This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA M A 3 3 NATAA F A 4 4 NATAA K A 5 5 NATAA W A 6 6 NATRO P A 7 7 NATAA W A 8 8 NATAA K A 9 9 NATAA A A 10 10 NATAA D A 11 11 NATAA D A 12 12 NATAA E A 13 13 NATAA S A 14 14 NATAA G A 15 15 NATAA N A 16 16 NATAA A A 17 17 NATAA E A 18 18 NATAA M A 19 19 NATRO P A 20 20 NATAA W A 21 21 NATAA E A 22 22 NATAA Q A 23 23 NATAA A A 24 24 NATAA L A 25 25 NATAA A A 26 26 NATAA I A 27 27 NATRO P A 28 28 NATAA V A 29 29 NATAA L A 30 30 NATAA A A 31 31 NATAA H A 32 32 NATAA L A 33 33 NATAA S A 34 34 NATAA S A 35 35 NATAA T A 36 36 NATAA E A 37 37 NATAA Q A 38 38 NATAA H A 39 39 NATAA K A 40 40 NATAA L A 41 41 NATAA T A 42 42 NATAA Q A 43 43 NATAA M A 44 44 NATAA A A 45 45 NATAA A A 46 46 NATAA R A 47 47 NATAA F A 48 48 NATAA L A 49 49 NATAA Q A 50 50 NATAA Q A 51 51 NATAA K A 52 52 NATAA R A 53 53 NATAA L A 54 54 NATAA V A 55 55 NATAA A A 56 56 NATAA L A 57 57 NATAA Q A 58 58 NATAA G A 59 59 NATAA L A 60 60 NATAA E A 61 61 NATAA L A 62 62 NATAA T A 63 63 NATRO P A 64 64 NATAA L A 65 65 NATAA H A 66 66 NATAA Q A 67 67 NATAA A A 68 68 NATAA R A 69 69 NATAA I A 70 70 NATAA A A 71 71 NATAA M A 72 72 NATAA L A 73 73 NATAA F A 74 74 NATRO C A 75 75 NATAA L A 76 76 NATRO P A 77 77 NATAA V A 78 78 NATAA L A 79 79 NATAA E A 80 80 NATAA L A 81 81 NATAA G A 82 82 NATAA I A 83 83 NATAA E A 84 84 NATAA W A 85 85 NATAA L A 86 86 NATAA D A 87 87 NATAA G A 88 88 NATAA F A 89 89 NATAA H A 90 90 NATAA E A 91 91 NATAA V A 92 92 NATAA L A 93 93 NATAA I A 94 94 NATAA Y A 95 95 NATRO P A 96 96 NATAA A A 97 97 NATRO P A 98 98 NATAA F A 99 99 NATAA I A 100 100 NATAA V A 101 101 NATAA D A 102 102 NATAA D A 103 103 NATAA E A 104 104 NATAA W A 105 105 NATAA E A 106 106 NATAA D A 107 107 NATAA D A 108 108 NATAA I A 109 109 NATAA G A 110 110 NATAA L A 111 111 NATAA V A 112 112 NATAA H A 113 113 NATAA N A 114 114 NATAA Q A 115 115 NATAA R A 116 116 NATAA V A 117 117 NATAA V A 118 118 NATAA Q A 119 119 NATAA S A 120 120 NATAA G A 121 121 NATAA Q A 122 122 NATAA S A 123 123 NATAA W A 124 124 NATAA Q A 125 125 NATAA Q A 126 126 NATAA G A 127 127 NATRO P A 128 128 NATAA V A 129 129 NATAA V A 130 130 NATAA L A 131 131 NATAA N A 132 132 NATAA W A 133 133 NATAA L A 134 134 NATAA D A 135 135 NATAA I A 136 136 NATAA Q A 137 137 NATAA D A 138 138 NATAA S A 139 139 NATAA F A 140 140 NATAA D A 141 141 NATAA A A 142 142 NATAA S A 143 143 NATAA G A 144 144 NATAA F A 145 145 NATAA N A 146 146 NATAA L A 147 147 NATAA V A 148 148 NATAA V A 149 149 NATAA H A 150 150 NATAA E A 151 151 NATAA V A 152 152 NATAA A A 153 153 NATAA H A 154 154 NATAA K A 155 155 NATAA L A 156 156 NATAA D A 157 157 NATAA T A 158 158 NATAA R A 159 159 NATAA N A 160 160 NATAA G A 161 161 NATAA D A 162 162 NATAA R A 163 163 NATAA A A 164 164 NATAA S A 165 165 NATAA G A 166 166 NATAA V A 167 167 NATRO P A 168 168 NATAA L A 169 169 NATAA I A 170 170 NATRO P A 171 171 NATAA L A 172 172 NATAA R A 173 173 NATAA E A 174 174 NATAA V A 175 175 NATAA A A 176 176 NATAA G A 177 177 NATAA W A 178 178 NATAA E A 179 179 NATAA H A 180 180 NATAA D A 181 181 NATAA L A 182 182 NATAA H A 183 183 NATAA A A 184 184 NATAA A A 185 185 NATAA M A 186 186 NATAA N A 187 187 NATAA N A 188 188 NATAA I A 189 189 NATAA Q A 190 190 NATAA D A 191 191 NATAA E A 192 192 NATAA I A 193 193 NATAA D A 194 194 NATAA L A 195 195 NATAA V A 196 196 NATAA G A 197 197 NATAA E A 198 198 NATAA S A 199 199 NATAA A A 200 200 NATAA A A 201 201 NATAA S A 202 202 NATAA I A 203 203 NATAA D A 204 204 NATAA A A 205 205 NATAA Y A 206 206 NATAA A A 207 207 NATAA A A 208 208 NATAA T A 209 209 NATAA D A 210 210 NATRO P A 211 211 NATAA A A 212 212 NATAA E A 213 213 NATRO C A 214 214 NATAA F A 215 215 NATAA A A 216 216 NATAA V A 217 217 NATAA L A 218 218 NATAA S A 219 219 NATAA E A 220 220 NATAA Y A 221 221 NATAA F A 222 222 NATAA F A 223 223 NATAA S A 224 224 NATAA A A 225 225 NATRO P A 226 226 NATAA E A 227 227 NATAA L A 228 228 NATAA F A 229 229 NATAA A A 230 230 NATRO P A 231 231 NATAA R A 232 232 NATAA F A 233 233 NATRO P A 234 234 NATAA A A 235 235 NATAA L A 236 236 NATAA W A 237 237 NATAA Q A 238 238 NATAA R A 239 239 NATAA F A 240 240 NATRO C A 241 241 NATAA H A 242 242 NATAA F A 243 243 NATAA Y A 244 244 NATAA R A 245 245 NATAA Q A 246 246 NATAA D A 247 247 NATRO P A 248 248 NATAA L A 249 249 NATAA A A 250 250 NATAA R A 251 251 NATAA R A 252 252 NATAA R A 253 253 NATAA E A 254 254 NATAA N A 255 255 NATAA G A 256 256 NATAA L A 257 257 NATAA Q A 258 258 NATAA D A 259 259 NATAA E A 260 260 NATAA G A 261 261 NATAA D A 262 262 NATAA R A 263 263 NATAA R A 264 264 NATAA I A 265 265 NATAA V A 266 266 NATAA H