# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.1803 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.020 0.019 0.357 0.014 0.057 0.133 0.005 0.002 0.031 0.076 0.095 0.116 0.075 2 M 0.018 0.013 0.378 0.016 0.065 0.120 0.005 0.001 0.023 0.097 0.109 0.042 0.110 3 F 0.014 0.015 0.321 0.008 0.083 0.117 0.004 0.001 0.017 0.120 0.137 0.096 0.067 4 K 0.011 0.024 0.464 0.010 0.044 0.062 0.004 0.001 0.018 0.129 0.100 0.028 0.105 5 W 0.004 0.012 0.586 0.006 0.025 0.039 0.001 0.001 0.012 0.160 0.025 0.095 0.036 6 P 0.004 0.014 0.530 0.004 0.107 0.100 0.002 0.001 0.019 0.061 0.047 0.016 0.097 7 W 0.004 0.019 0.276 0.009 0.202 0.220 0.003 0.002 0.024 0.079 0.069 0.055 0.039 8 K 0.005 0.018 0.263 0.005 0.188 0.228 0.004 0.003 0.035 0.072 0.080 0.033 0.066 9 A 0.005 0.020 0.323 0.005 0.164 0.197 0.003 0.004 0.030 0.075 0.078 0.041 0.053 10 D 0.002 0.015 0.409 0.004 0.082 0.147 0.002 0.002 0.030 0.083 0.195 0.014 0.015 11 D 0.001 0.011 0.309 0.003 0.102 0.131 0.001 0.001 0.011 0.177 0.232 0.005 0.015 12 E 0.001 0.013 0.390 0.002 0.089 0.086 0.001 0.001 0.010 0.209 0.182 0.012 0.005 13 S 0.001 0.028 0.368 0.001 0.086 0.056 0.001 0.001 0.012 0.133 0.299 0.003 0.010 14 G 0.001 0.034 0.473 0.001 0.025 0.034 0.001 0.001 0.006 0.259 0.157 0.006 0.003 15 N 0.001 0.010 0.651 0.001 0.040 0.047 0.001 0.001 0.003 0.181 0.058 0.003 0.005 16 A 0.001 0.006 0.136 0.001 0.161 0.324 0.001 0.001 0.002 0.118 0.247 0.002 0.002 17 E 0.001 0.006 0.124 0.001 0.129 0.376 0.001 0.001 0.002 0.143 0.213 0.001 0.004 18 M 0.001 0.006 0.233 0.001 0.059 0.454 0.001 0.001 0.002 0.205 0.028 0.010 0.002 19 P 0.001 0.002 0.089 0.001 0.028 0.847 0.001 0.001 0.002 0.015 0.012 0.001 0.005 20 W 0.001 0.001 0.006 0.001 0.017 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 21 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 22 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.968 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.017 0.903 0.001 0.001 0.001 0.004 0.063 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.046 0.001 0.010 0.754 0.001 0.001 0.003 0.022 0.158 0.001 0.002 26 I 0.001 0.004 0.265 0.001 0.014 0.481 0.001 0.001 0.003 0.129 0.091 0.008 0.001 27 P 0.001 0.005 0.187 0.001 0.063 0.520 0.001 0.001 0.008 0.039 0.167 0.001 0.007 28 V 0.001 0.010 0.137 0.003 0.125 0.483 0.001 0.002 0.011 0.041 0.175 0.005 0.005 29 L 0.001 0.005 0.073 0.004 0.338 0.465 0.001 0.003 0.011 0.029 0.059 0.003 0.008 30 A 0.001 0.006 0.058 0.003 0.371 0.300 0.001 0.003 0.013 0.048 0.187 0.005 0.003 31 H 0.001 0.016 0.183 0.001 0.090 0.149 0.001 0.002 0.018 0.154 0.376 0.003 0.006 32 L 0.001 0.011 0.433 0.001 0.009 0.035 0.001 0.001 0.003 0.475 0.026 0.007 0.002 33 S 0.001 0.007 0.812 0.001 0.011 0.034 0.001 0.001 0.002 0.110 0.021 0.001 0.001 34 S 0.001 0.005 0.170 0.001 0.203 0.478 0.001 0.001 0.001 0.067 0.074 0.001 0.001 35 T 0.001 0.001 0.022 0.001 0.210 0.720 0.001 0.001 0.001 0.017 0.030 0.001 0.001 36 E 0.001 0.001 0.011 0.001 0.142 0.827 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.001 0.001 37 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.015 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 38 H 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 39 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 40 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 41 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 47 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 48 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.001 0.001 49 Q 0.001 0.001 0.025 0.001 0.015 0.888 0.001 0.001 0.001 0.009 0.059 0.001 0.001 50 Q 0.001 0.001 0.047 0.001 0.035 0.812 0.001 0.001 0.001 0.017 0.082 0.001 0.003 51 K 0.001 0.002 0.112 0.003 0.043 0.639 0.001 0.001 0.005 0.051 0.129 0.009 0.005 52 R 0.004 0.006 0.278 0.004 0.050 0.332 0.002 0.003 0.025 0.061 0.186 0.013 0.036 53 L 0.021 0.022 0.345 0.011 0.054 0.209 0.008 0.011 0.035 0.096 0.094 0.040 0.054 54 V 0.028 0.034 0.278 0.014 0.062 0.118 0.012 0.013 0.051 0.123 0.134 0.066 0.066 55 A 0.014 0.019 0.302 0.011 0.092 0.062 0.007 0.009 0.043 0.091 0.228 0.024 0.098 56 L 0.006 0.008 0.480 0.020 0.046 0.029 0.003 0.003 0.048 0.126 0.174 0.024 0.032 57 Q 0.002 0.003 0.092 0.048 0.024 0.011 0.002 0.001 0.018 0.207 0.571 0.014 0.008 58 G 0.004 0.005 0.108 0.011 0.017 0.006 0.003 0.002 0.015 0.176 0.612 0.022 0.019 59 L 0.029 0.034 0.475 0.009 0.008 0.005 0.015 0.006 0.057 0.097 0.015 0.109 0.143 60 E 0.062 0.110 0.177 0.007 0.005 0.005 0.027 0.013 0.120 0.045 0.008 0.220 0.202 61 L 0.023 0.074 0.391 0.010 0.006 0.014 0.014 0.013 0.089 0.051 0.015 0.074 0.224 62 T 0.001 0.004 0.820 0.006 0.003 0.015 0.001 0.001 0.015 0.069 0.006 0.036 0.023 63 P 0.001 0.002 0.083 0.009 0.092 0.583 0.001 0.001 0.005 0.070 0.133 0.004 0.018 64 L 0.001 0.001 0.013 0.002 0.088 0.782 0.001 0.001 0.001 0.014 0.093 0.003 0.003 65 H 0.001 0.001 0.015 0.001 0.035 0.919 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 0.003 0.004 66 Q 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.002 67 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 71 M 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 72 L 0.002 0.001 0.012 0.001 0.010 0.936 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 0.001 0.001 73 F 0.001 0.001 0.021 0.001 0.014 0.815 0.001 0.001 0.001 0.008 0.138 0.001 0.001 74 C 0.002 0.002 0.134 0.001 0.009 0.622 0.001 0.001 0.005 0.047 0.171 0.002 0.003 75 L 0.002 0.004 0.225 0.004 0.036 0.592 0.001 0.002 0.005 0.059 0.059 0.006 0.005 76 P 0.001 0.003 0.105 0.002 0.082 0.644 0.001 0.002 0.010 0.032 0.108 0.002 0.009 77 V 0.001 0.003 0.045 0.001 0.083 0.716 0.001 0.016 0.015 0.023 0.088 0.003 0.004 78 L 0.002 0.004 0.051 0.006 0.080 0.679 0.002 0.016 0.036 0.023 0.093 0.003 0.004 79 E 0.005 0.010 0.148 0.003 0.129 0.401 0.007 0.017 0.045 0.065 0.145 0.007 0.017 80 L 0.002 0.009 0.090 0.014 0.036 0.213 0.004 0.008 0.016 0.116 0.483 0.005 0.005 81 G 0.002 0.006 0.454 0.008 0.020 0.074 0.001 0.001 0.017 0.123 0.277 0.008 0.009 82 I 0.003 0.020 0.499 0.004 0.116 0.176 0.001 0.001 0.008 0.089 0.046 0.007 0.032 83 E 0.003 0.045 0.220 0.006 0.163 0.282 0.001 0.002 0.015 0.097 0.099 0.043 0.024 84 W 0.004 0.023 0.116 0.003 0.242 0.344 0.002 0.005 0.024 0.028 0.147 0.005 0.056 85 L 0.006 0.013 0.250 0.014 0.137 0.286 0.002 0.007 0.022 0.088 0.114 0.040 0.021 86 D 0.001 0.003 0.031 0.028 0.048 0.082 0.001 0.002 0.004 0.126 0.663 0.004 0.007 87 G 0.001 0.001 0.023 0.005 0.009 0.011 0.001 0.001 0.002 0.062 0.880 0.004 0.002 88 F 0.014 0.012 0.570 0.014 0.022 0.013 0.003 0.004 0.043 0.134 0.062 0.031 0.079 89 H 0.042 0.022 0.277 0.051 0.007 0.004 0.013 0.011 0.162 0.190 0.024 0.104 0.091 90 E 0.130 0.006 0.077 0.035 0.004 0.003 0.109 0.150 0.258 0.023 0.006 0.076 0.125 91 V 0.155 0.001 0.011 0.022 0.001 0.001 0.253 0.374 0.094 0.002 0.001 0.033 0.050 92 L 0.218 0.002 0.004 0.019 0.001 0.001 0.221 0.356 0.110 0.002 0.001 0.042 0.024 93 I 0.291 0.005 0.029 0.011 0.001 0.002 0.224 0.170 0.116 0.005 0.005 0.048 0.092 94 Y 0.041 0.013 0.416 0.012 0.003 0.003 0.033 0.046 0.224 0.059 0.016 0.051 0.084 95 P 0.002 0.005 0.752 0.004 0.007 0.004 0.002 0.001 0.052 0.121 0.027 0.007 0.017