# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.1803 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.116 0.055 0.005 0.026 0.039 0.065 0.080 0.009 0.002 0.037 0.565 2 M 0.072 0.019 0.004 0.022 0.038 0.055 0.092 0.003 0.002 0.052 0.641 3 F 0.008 0.014 0.002 0.022 0.066 0.060 0.117 0.001 0.001 0.025 0.683 4 K 0.041 0.099 0.002 0.013 0.025 0.032 0.065 0.004 0.001 0.018 0.701 5 W 0.278 0.213 0.002 0.010 0.017 0.019 0.054 0.018 0.001 0.024 0.365 6 P 0.085 0.145 0.005 0.010 0.012 0.021 0.075 0.008 0.002 0.040 0.597 7 W 0.064 0.071 0.004 0.021 0.028 0.066 0.083 0.004 0.001 0.043 0.615 8 K 0.163 0.064 0.003 0.032 0.018 0.034 0.079 0.007 0.002 0.064 0.535 9 A 0.091 0.019 0.007 0.026 0.020 0.022 0.100 0.007 0.004 0.080 0.623 10 D 0.082 0.025 0.007 0.030 0.023 0.031 0.088 0.008 0.002 0.046 0.659 11 D 0.178 0.016 0.002 0.009 0.008 0.011 0.068 0.006 0.001 0.040 0.661 12 E 0.045 0.012 0.001 0.011 0.014 0.013 0.110 0.002 0.001 0.021 0.771 13 S 0.009 0.014 0.001 0.009 0.005 0.009 0.086 0.001 0.001 0.017 0.848 14 G 0.042 0.039 0.002 0.030 0.009 0.014 0.127 0.010 0.001 0.035 0.689 15 N 0.522 0.080 0.002 0.008 0.002 0.002 0.043 0.012 0.001 0.064 0.263 16 A 0.042 0.146 0.001 0.017 0.004 0.005 0.088 0.004 0.001 0.044 0.649 17 E 0.009 0.581 0.001 0.003 0.001 0.002 0.031 0.003 0.001 0.014 0.356 18 M 0.025 0.751 0.002 0.004 0.002 0.003 0.024 0.010 0.001 0.091 0.088 19 P 0.013 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.006 0.022 20 W 0.039 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.005 0.013 21 E 0.115 0.628 0.045 0.001 0.001 0.002 0.010 0.047 0.052 0.024 0.075 22 Q 0.465 0.218 0.053 0.005 0.006 0.013 0.025 0.028 0.017 0.047 0.122 23 A 0.224 0.047 0.009 0.007 0.003 0.005 0.045 0.009 0.007 0.058 0.586 24 L 0.017 0.088 0.003 0.014 0.019 0.014 0.153 0.002 0.001 0.028 0.662 25 A 0.006 0.288 0.002 0.005 0.003 0.010 0.048 0.004 0.001 0.010 0.624 26 I 0.109 0.396 0.005 0.016 0.013 0.013 0.068 0.012 0.002 0.057 0.309 27 P 0.086 0.375 0.012 0.053 0.022 0.028 0.047 0.013 0.005 0.066 0.291 28 V 0.295 0.240 0.007 0.050 0.011 0.027 0.036 0.031 0.004 0.042 0.256 29 L 0.441 0.048 0.005 0.050 0.005 0.010 0.052 0.013 0.003 0.100 0.273 30 A 0.029 0.030 0.002 0.071 0.010 0.018 0.098 0.003 0.001 0.063 0.676 31 H 0.012 0.029 0.002 0.029 0.005 0.011 0.113 0.002 0.001 0.150 0.647 32 L 0.015 0.174 0.005 0.024 0.013 0.007 0.141 0.006 0.001 0.107 0.505 33 S 0.029 0.849 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.001 0.019 0.076 34 S 0.055 0.874 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.001 0.019 0.034 35 T 0.019 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.014 0.029 36 E 0.010 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.022 0.033 37 Q 0.007 0.160 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.786 0.029 38 H 0.008 0.796 0.003 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.135 0.039 39 K 0.002 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.026 0.011 40 L 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 41 T 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 42 Q 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 43 M 0.004 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.003 44 A 0.010 0.947 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.024 0.008 45 A 0.016 0.869 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.072 0.032 46 R 0.013 0.850 0.010 0.001 0.002 0.002 0.010 0.003 0.002 0.049 0.058 47 F 0.051 0.760 0.025 0.002 0.003 0.004 0.016 0.009 0.005 0.066 0.059 48 L 0.161 0.362 0.050 0.006 0.007 0.008 0.038 0.014 0.015 0.095 0.243 49 Q 0.106 0.238 0.015 0.008 0.013 0.021 0.054 0.006 0.003 0.037 0.499 50 Q 0.107 0.120 0.004 0.009 0.008 0.018 0.071 0.005 0.001 0.040 0.616 51 K 0.040 0.057 0.005 0.033 0.029 0.043 0.118 0.002 0.001 0.051 0.622 52 R 0.025 0.034 0.002 0.063 0.022 0.073 0.101 0.003 0.001 0.036 0.641 53 L 0.053 0.008 0.003 0.155 0.056 0.060 0.097 0.002 0.001 0.067 0.496 54 V 0.020 0.004 0.005 0.288 0.114 0.129 0.070 0.001 0.001 0.048 0.320 55 A 0.133 0.011 0.003 0.092 0.036 0.063 0.071 0.003 0.001 0.030 0.558 56 L 0.242 0.005 0.002 0.086 0.040 0.050 0.091 0.004 0.001 0.048 0.432 57 Q 0.020 0.005 0.001 0.119 0.042 0.079 0.131 0.001 0.001 0.024 0.578 58 G 0.010 0.002 0.001 0.118 0.046 0.112 0.135 0.001 0.001 0.036 0.540 59 L 0.002 0.001 0.001 0.147 0.173 0.168 0.128 0.001 0.001 0.022 0.357 60 E 0.003 0.007 0.001 0.180 0.096 0.134 0.087 0.001 0.001 0.035 0.457 61 L 0.016 0.060 0.002 0.076 0.082 0.048 0.092 0.003 0.001 0.057 0.564 62 T 0.283 0.495 0.002 0.013 0.015 0.013 0.021 0.011 0.001 0.061 0.085 63 P 0.059 0.847 0.001 0.003 0.002 0.004 0.011 0.003 0.001 0.020 0.051 64 L 0.009 0.852 0.002 0.004 0.002 0.008 0.016 0.002 0.001 0.034 0.072 65 H 0.006 0.895 0.001 0.006 0.007 0.028 0.007 0.001 0.001 0.025 0.024 66 Q 0.003 0.957 0.001 0.001 0.003 0.009 0.002 0.001 0.001 0.012 0.012 67 A 0.001 0.959 0.001 0.001 0.012 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 68 R 0.001 0.948 0.001 0.001 0.009 0.021 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 69 I 0.017 0.938 0.002 0.002 0.005 0.008 0.002 0.002 0.001 0.017 0.007 70 A 0.045 0.807 0.026 0.005 0.013 0.016 0.005 0.013 0.009 0.036 0.024 71 M 0.182 0.596 0.022 0.010 0.017 0.032 0.012 0.023 0.006 0.030 0.070 72 L 0.178 0.284 0.012 0.013 0.016 0.023 0.034 0.009 0.004 0.086 0.342 73 F 0.009 0.473 0.004 0.009 0.025 0.024 0.041 0.002 0.001 0.016 0.396 74 C 0.007 0.824 0.002 0.002 0.007 0.011 0.013 0.003 0.001 0.012 0.118 75 L 0.060 0.724 0.010 0.006 0.012 0.015 0.021 0.014 0.003 0.037 0.098 76 P 0.213 0.509 0.007 0.019 0.010 0.019 0.024 0.019 0.006 0.037 0.136 77 V 0.304 0.118 0.042 0.061 0.014 0.031 0.035 0.033 0.018 0.085 0.260 78 L 0.158 0.061 0.010 0.095 0.019 0.031 0.073 0.010 0.003 0.037 0.503 79 E 0.196 0.045 0.004 0.039 0.009 0.013 0.053 0.004 0.001 0.043 0.593 80 L 0.011 0.044 0.002 0.030 0.019 0.017 0.122 0.002 0.001 0.026 0.725 81 G 0.062 0.263 0.003 0.013 0.011 0.023 0.079 0.013 0.001 0.028 0.504 82 I 0.294 0.085 0.002 0.008 0.015 0.018 0.095 0.011 0.002 0.070 0.399 83 E 0.047 0.080 0.011 0.043 0.029 0.050 0.108 0.005 0.004 0.087 0.536 84 W 0.113 0.051 0.013 0.017 0.017 0.047 0.088 0.008 0.004 0.085 0.556 85 L 0.528 0.015 0.009 0.016 0.011 0.018 0.071 0.007 0.003 0.097 0.226 86 D 0.098 0.009 0.005 0.016 0.012 0.024 0.121 0.002 0.001 0.085 0.627 87 G 0.018 0.004 0.004 0.042 0.016 0.061 0.167 0.002 0.001 0.052 0.634 88 F 0.005 0.001 0.001 0.055 0.042 0.108 0.188 0.001 0.001 0.060 0.539 89 H 0.002 0.001 0.001 0.231 0.185 0.248 0.074 0.001 0.001 0.041 0.216 90 E 0.001 0.001 0.001 0.320 0.159 0.318 0.033 0.001 0.001 0.033 0.135 91 V 0.001 0.001 0.001 0.494 0.224 0.151 0.018 0.001 0.001 0.021 0.091 92 L 0.001 0.001 0.001 0.530 0.222 0.174 0.011 0.001 0.001 0.018 0.043 93 I 0.001 0.001 0.001 0.459 0.160 0.148 0.034 0.001 0.001 0.018 0.179 94 Y 0.038 0.001 0.002 0.281 0.134 0.122 0.074 0.002 0.001 0.055 0.292 95 P 0.028 0.002 0.001 0.064 0.040 0.053 0.168 0.002 0.001 0.037 0.606