# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.1803 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.130 0.044 0.024 0.042 0.068 0.096 0.072 0.524 2 M 0.067 0.031 0.020 0.036 0.054 0.105 0.047 0.639 3 F 0.033 0.036 0.019 0.038 0.055 0.112 0.032 0.675 4 K 0.027 0.063 0.017 0.026 0.042 0.094 0.031 0.700 5 W 0.152 0.271 0.014 0.025 0.031 0.063 0.079 0.366 6 P 0.153 0.239 0.021 0.016 0.023 0.072 0.082 0.393 7 W 0.122 0.196 0.039 0.023 0.029 0.077 0.061 0.453 8 K 0.178 0.172 0.034 0.014 0.025 0.066 0.055 0.456 9 A 0.167 0.098 0.032 0.013 0.016 0.083 0.075 0.517 10 D 0.112 0.053 0.016 0.009 0.017 0.099 0.039 0.654 11 D 0.169 0.044 0.009 0.007 0.010 0.075 0.047 0.640 12 E 0.064 0.034 0.008 0.007 0.007 0.103 0.034 0.743 13 S 0.011 0.026 0.007 0.005 0.007 0.127 0.025 0.793 14 G 0.041 0.050 0.013 0.002 0.005 0.100 0.042 0.747 15 N 0.612 0.156 0.002 0.001 0.001 0.016 0.129 0.084 16 A 0.062 0.210 0.008 0.001 0.002 0.085 0.065 0.566 17 E 0.013 0.494 0.006 0.001 0.002 0.055 0.016 0.412 18 M 0.050 0.734 0.008 0.002 0.003 0.030 0.072 0.101 19 P 0.031 0.884 0.004 0.001 0.001 0.010 0.036 0.033 20 W 0.045 0.862 0.004 0.002 0.003 0.011 0.028 0.046 21 E 0.080 0.527 0.078 0.004 0.005 0.029 0.177 0.100 22 Q 0.393 0.274 0.036 0.005 0.009 0.038 0.095 0.151 23 A 0.230 0.076 0.016 0.005 0.008 0.057 0.108 0.500 24 L 0.011 0.053 0.014 0.004 0.005 0.165 0.030 0.717 25 A 0.012 0.427 0.010 0.004 0.008 0.052 0.013 0.474 26 I 0.108 0.393 0.019 0.012 0.012 0.061 0.064 0.330 27 P 0.116 0.306 0.053 0.014 0.015 0.065 0.171 0.260 28 V 0.272 0.163 0.037 0.007 0.017 0.075 0.112 0.317 29 L 0.288 0.035 0.113 0.006 0.012 0.077 0.171 0.298 30 A 0.132 0.011 0.031 0.008 0.014 0.129 0.051 0.624 31 H 0.008 0.007 0.012 0.005 0.008 0.122 0.039 0.799 32 L 0.003 0.020 0.015 0.004 0.007 0.183 0.038 0.731 33 S 0.082 0.753 0.002 0.001 0.001 0.018 0.052 0.091 34 S 0.149 0.765 0.001 0.001 0.001 0.008 0.030 0.047 35 T 0.023 0.803 0.002 0.001 0.001 0.011 0.089 0.071 36 E 0.016 0.897 0.001 0.001 0.001 0.006 0.052 0.026 37 Q 0.019 0.303 0.009 0.001 0.001 0.007 0.641 0.021 38 H 0.018 0.681 0.004 0.001 0.001 0.017 0.219 0.058 39 K 0.002 0.960 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.022 40 L 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 41 T 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 42 Q 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 43 M 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 44 A 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 45 A 0.004 0.950 0.003 0.001 0.001 0.001 0.030 0.010 46 R 0.011 0.816 0.016 0.002 0.002 0.006 0.122 0.026 47 F 0.041 0.782 0.023 0.004 0.004 0.011 0.090 0.045 48 L 0.104 0.586 0.024 0.004 0.005 0.025 0.089 0.163 49 Q 0.074 0.283 0.025 0.009 0.013 0.063 0.090 0.444 50 Q 0.083 0.187 0.019 0.009 0.018 0.073 0.098 0.515 51 K 0.078 0.089 0.036 0.026 0.028 0.139 0.099 0.506 52 R 0.029 0.073 0.029 0.032 0.084 0.078 0.036 0.638 53 L 0.053 0.020 0.040 0.028 0.047 0.085 0.069 0.659 54 V 0.024 0.003 0.163 0.145 0.131 0.080 0.086 0.368 55 A 0.088 0.002 0.030 0.016 0.040 0.077 0.045 0.702 56 L 0.529 0.002 0.014 0.012 0.006 0.061 0.050 0.326 57 Q 0.010 0.002 0.025 0.006 0.035 0.122 0.013 0.787 58 G 0.024 0.001 0.017 0.014 0.075 0.101 0.021 0.745 59 L 0.002 0.001 0.073 0.403 0.218 0.057 0.019 0.229 60 E 0.002 0.003 0.096 0.155 0.137 0.104 0.050 0.454 61 L 0.002 0.010 0.036 0.098 0.124 0.098 0.063 0.570 62 T 0.100 0.455 0.008 0.009 0.008 0.017 0.345 0.059 63 P 0.021 0.859 0.002 0.003 0.004 0.007 0.067 0.036 64 L 0.005 0.814 0.006 0.011 0.020 0.012 0.057 0.076 65 H 0.002 0.915 0.005 0.006 0.012 0.005 0.033 0.022 66 Q 0.001 0.974 0.001 0.003 0.010 0.001 0.005 0.006 67 A 0.001 0.955 0.002 0.011 0.018 0.001 0.006 0.007 68 R 0.003 0.868 0.011 0.022 0.022 0.002 0.059 0.012 69 I 0.010 0.752 0.018 0.032 0.029 0.005 0.123 0.031 70 A 0.011 0.806 0.025 0.017 0.026 0.006 0.069 0.040 71 M 0.081 0.527 0.038 0.029 0.040 0.023 0.143 0.119 72 L 0.044 0.198 0.037 0.046 0.045 0.048 0.298 0.283 73 F 0.014 0.393 0.058 0.035 0.053 0.084 0.079 0.284 74 C 0.028 0.486 0.042 0.025 0.040 0.048 0.086 0.245 75 L 0.055 0.405 0.051 0.035 0.042 0.054 0.131 0.227 76 P 0.116 0.274 0.068 0.031 0.052 0.074 0.126 0.260 77 V 0.118 0.055 0.134 0.030 0.042 0.088 0.194 0.339 78 L 0.166 0.032 0.122 0.029 0.055 0.099 0.055 0.442 79 E 0.091 0.017 0.022 0.012 0.019 0.097 0.048 0.694 80 L 0.023 0.020 0.019 0.011 0.015 0.174 0.026 0.713 81 G 0.065 0.205 0.012 0.012 0.031 0.089 0.066 0.521 82 I 0.204 0.112 0.011 0.020 0.020 0.095 0.094 0.444 83 E 0.050 0.052 0.062 0.086 0.083 0.102 0.110 0.455 84 W 0.153 0.014 0.021 0.013 0.039 0.097 0.061 0.601 85 L 0.685 0.003 0.009 0.004 0.005 0.037 0.102 0.155 86 D 0.026 0.002 0.012 0.004 0.011 0.148 0.029 0.768 87 G 0.006 0.001 0.033 0.005 0.014 0.140 0.022 0.780 88 F 0.003 0.001 0.169 0.077 0.070 0.202 0.049 0.428 89 H 0.001 0.001 0.533 0.058 0.069 0.066 0.068 0.204 90 E 0.001 0.001 0.521 0.062 0.213 0.020 0.079 0.104 91 V 0.001 0.001 0.747 0.072 0.074 0.013 0.031 0.061 92 L 0.001 0.001 0.829 0.082 0.060 0.005 0.008 0.015 93 I 0.002 0.001 0.690 0.061 0.076 0.028 0.033 0.109 94 Y 0.025 0.001 0.461 0.070 0.116 0.090 0.060 0.178 95 P 0.045 0.003 0.140 0.044 0.063 0.142 0.084 0.478