# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.1803 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.288 0.124 0.074 0.115 0.095 0.075 0.099 0.063 0.035 0.021 0.011 2 M 0.098 0.095 0.078 0.163 0.138 0.114 0.133 0.079 0.054 0.030 0.017 3 F 0.064 0.048 0.055 0.082 0.092 0.105 0.175 0.130 0.119 0.079 0.051 4 K 0.066 0.089 0.114 0.204 0.176 0.103 0.103 0.065 0.042 0.024 0.015 5 W 0.023 0.034 0.063 0.088 0.105 0.106 0.170 0.146 0.123 0.088 0.054 6 P 0.037 0.048 0.078 0.155 0.158 0.131 0.154 0.100 0.071 0.045 0.022 7 W 0.043 0.037 0.087 0.097 0.097 0.118 0.182 0.128 0.103 0.071 0.036 8 K 0.057 0.102 0.173 0.255 0.168 0.091 0.079 0.040 0.021 0.010 0.005 9 A 0.042 0.026 0.041 0.050 0.064 0.075 0.169 0.154 0.157 0.135 0.088 10 D 0.080 0.129 0.132 0.212 0.148 0.091 0.094 0.054 0.031 0.019 0.008 11 D 0.105 0.182 0.180 0.185 0.110 0.082 0.075 0.040 0.022 0.014 0.006 12 E 0.255 0.154 0.097 0.148 0.106 0.083 0.076 0.042 0.021 0.012 0.006 13 S 0.487 0.218 0.055 0.093 0.050 0.029 0.031 0.019 0.009 0.005 0.003 14 G 0.154 0.089 0.036 0.076 0.078 0.095 0.139 0.104 0.102 0.078 0.048 15 N 0.226 0.278 0.073 0.152 0.099 0.062 0.052 0.028 0.016 0.009 0.004 16 A 0.266 0.154 0.087 0.160 0.103 0.079 0.073 0.040 0.021 0.010 0.005 17 E 0.356 0.196 0.080 0.156 0.086 0.048 0.040 0.021 0.010 0.005 0.003 18 M 0.028 0.025 0.021 0.057 0.077 0.095 0.164 0.166 0.161 0.116 0.091 19 P 0.060 0.098 0.085 0.164 0.166 0.121 0.130 0.083 0.048 0.031 0.014 20 W 0.033 0.040 0.094 0.136 0.135 0.145 0.174 0.104 0.073 0.045 0.021 21 E 0.111 0.099 0.165 0.211 0.141 0.089 0.091 0.049 0.024 0.013 0.006 22 Q 0.025 0.034 0.060 0.105 0.107 0.121 0.201 0.138 0.106 0.068 0.034 23 A 0.022 0.027 0.067 0.097 0.112 0.124 0.172 0.134 0.111 0.087 0.047 24 L 0.024 0.045 0.125 0.133 0.126 0.140 0.166 0.101 0.074 0.049 0.019 25 A 0.020 0.052 0.133 0.142 0.128 0.124 0.158 0.101 0.073 0.046 0.023 26 I 0.012 0.010 0.023 0.034 0.050 0.088 0.171 0.159 0.186 0.153 0.114 27 P 0.078 0.079 0.111 0.157 0.147 0.114 0.123 0.083 0.056 0.034 0.021 28 V 0.012 0.019 0.041 0.058 0.082 0.087 0.179 0.168 0.157 0.122 0.076 29 L 0.005 0.006 0.011 0.027 0.050 0.081 0.161 0.158 0.195 0.181 0.123 30 A 0.113 0.103 0.167 0.197 0.140 0.090 0.097 0.047 0.027 0.014 0.006 31 H 0.055 0.067 0.104 0.194 0.178 0.136 0.151 0.064 0.029 0.014 0.007 32 L 0.006 0.010 0.008 0.011 0.018 0.037 0.110 0.120 0.215 0.242 0.222 33 S 0.121 0.469 0.113 0.147 0.073 0.033 0.027 0.009 0.005 0.002 0.001 34 S 0.659 0.150 0.078 0.067 0.025 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 35 T 0.851 0.079 0.023 0.028 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.068 0.152 0.065 0.158 0.130 0.125 0.163 0.085 0.034 0.017 0.004 37 Q 0.017 0.028 0.082 0.110 0.146 0.230 0.215 0.104 0.041 0.023 0.005 38 H 0.030 0.037 0.657 0.144 0.058 0.038 0.025 0.009 0.002 0.001 0.001 39 K 0.007 0.041 0.338 0.274 0.159 0.091 0.062 0.022 0.005 0.002 0.001 40 L 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.012 0.067 0.134 0.240 0.316 0.217 41 T 0.008 0.021 0.242 0.183 0.223 0.159 0.109 0.034 0.013 0.006 0.002 42 Q 0.016 0.019 0.845 0.084 0.024 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.002 0.004 0.024 0.023 0.050 0.201 0.390 0.141 0.096 0.055 0.014 44 A 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.016 0.079 0.113 0.276 0.292 0.209 45 A 0.008 0.018 0.389 0.183 0.158 0.108 0.078 0.034 0.014 0.008 0.003 46 R 0.008 0.022 0.485 0.144 0.113 0.098 0.089 0.025 0.009 0.004 0.002 47 F 0.001 0.002 0.009 0.008 0.021 0.034 0.131 0.200 0.202 0.182 0.209 48 L 0.003 0.003 0.012 0.016 0.035 0.055 0.130 0.145 0.210 0.241 0.150 49 Q 0.010 0.030 0.365 0.179 0.133 0.112 0.105 0.033 0.020 0.010 0.003 50 Q 0.010 0.033 0.259 0.182 0.159 0.119 0.132 0.056 0.028 0.014 0.007 51 K 0.004 0.006 0.014 0.012 0.019 0.055 0.142 0.154 0.221 0.228 0.146 52 R 0.047 0.111 0.125 0.235 0.162 0.113 0.104 0.052 0.029 0.015 0.007 53 L 0.006 0.004 0.019 0.015 0.027 0.041 0.098 0.153 0.184 0.229 0.224 54 V 0.037 0.069 0.114 0.162 0.173 0.118 0.118 0.088 0.058 0.038 0.024 55 A 0.061 0.057 0.063 0.106 0.109 0.098 0.186 0.129 0.096 0.058 0.037 56 L 0.015 0.017 0.021 0.044 0.067 0.095 0.140 0.135 0.159 0.153 0.156 57 Q 0.101 0.169 0.095 0.178 0.136 0.092 0.113 0.058 0.035 0.017 0.007 58 G 0.256 0.120 0.065 0.184 0.125 0.080 0.082 0.042 0.024 0.014 0.008 59 L 0.036 0.016 0.015 0.024 0.032 0.066 0.127 0.121 0.198 0.194 0.171 60 E 0.087 0.135 0.058 0.257 0.204 0.100 0.085 0.040 0.021 0.009 0.005 61 L 0.002 0.005 0.006 0.006 0.011 0.019 0.054 0.083 0.183 0.252 0.379 62 T 0.053 0.150 0.098 0.260 0.231 0.088 0.059 0.030 0.017 0.009 0.006 63 P 0.638 0.150 0.062 0.080 0.027 0.016 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 64 L 0.103 0.069 0.054 0.188 0.160 0.142 0.136 0.069 0.042 0.023 0.014 65 H 0.028 0.047 0.037 0.069 0.075 0.107 0.200 0.157 0.130 0.099 0.050 66 Q 0.011 0.040 0.097 0.187 0.198 0.161 0.135 0.079 0.049 0.029 0.015 67 A 0.005 0.007 0.035 0.025 0.037 0.077 0.172 0.164 0.193 0.176 0.109 68 R 0.005 0.017 0.050 0.132 0.157 0.152 0.208 0.124 0.086 0.044 0.025 69 I 0.001 0.002 0.010 0.009 0.018 0.022 0.073 0.119 0.203 0.227 0.316 70 A 0.001 0.001 0.008 0.010 0.028 0.040 0.090 0.116 0.206 0.241 0.261 71 M 0.001 0.001 0.011 0.011 0.023 0.053 0.142 0.121 0.259 0.235 0.144 72 L 0.001 0.003 0.026 0.031 0.061 0.077 0.195 0.168 0.190 0.140 0.109 73 F 0.001 0.001 0.009 0.008 0.015 0.027 0.086 0.121 0.237 0.280 0.215 74 C 0.001 0.001 0.005 0.007 0.013 0.025 0.071 0.105 0.237 0.285 0.252 75 L 0.001 0.002 0.009 0.013 0.034 0.044 0.106 0.196 0.194 0.211 0.189 76 P 0.002 0.005 0.024 0.029 0.052 0.056 0.131 0.208 0.186 0.188 0.119 77 V 0.001 0.003 0.012 0.016 0.034 0.038 0.098 0.163 0.205 0.222 0.207 78 L 0.003 0.003 0.010 0.016 0.032 0.046 0.122 0.164 0.222 0.208 0.175 79 E 0.025 0.067 0.136 0.176 0.154 0.138 0.144 0.059 0.050 0.033 0.019 80 L 0.015 0.017 0.028 0.045 0.082 0.127 0.214 0.173 0.140 0.093 0.067 81 G 0.207 0.286 0.090 0.155 0.074 0.051 0.062 0.031 0.022 0.015 0.007 82 I 0.041 0.023 0.019 0.052 0.069 0.110 0.198 0.128 0.146 0.112 0.103 83 E 0.459 0.256 0.095 0.115 0.046 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 84 W 0.029 0.041 0.028 0.094 0.115 0.143 0.193 0.134 0.108 0.069 0.046 85 L 0.012 0.016 0.010 0.025 0.039 0.069 0.133 0.136 0.172 0.185 0.202 86 D 0.162 0.193 0.174 0.236 0.125 0.049 0.032 0.015 0.008 0.003 0.002 87 G 0.273 0.154 0.105 0.200 0.109 0.060 0.055 0.025 0.011 0.005 0.003 88 F 0.026 0.020 0.016 0.034 0.037 0.043 0.089 0.098 0.198 0.215 0.224 89 H 0.049 0.065 0.046 0.138 0.151 0.150 0.180 0.104 0.065 0.037 0.016 90 E 0.020 0.061 0.172 0.193 0.133 0.137 0.111 0.066 0.054 0.037 0.016 91 V 0.005 0.006 0.012 0.016 0.023 0.054 0.128 0.149 0.226 0.228 0.155 92 L 0.009 0.016 0.015 0.049 0.058 0.089 0.149 0.163 0.197 0.163 0.091 93 I 0.009 0.010 0.020 0.025 0.036 0.044 0.088 0.141 0.205 0.213 0.209 94 Y 0.019 0.022 0.031 0.069 0.122 0.101 0.173 0.193 0.126 0.090 0.055 95 P 0.090 0.066 0.050 0.097 0.094 0.081 0.147 0.133 0.118 0.077 0.045