# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.1803 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.038 0.017 0.001 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.012 0.069 0.697 2 M 0.054 0.035 0.009 0.003 0.020 0.020 0.021 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.276 0.013 0.072 0.463 3 F 0.044 0.023 0.007 0.001 0.006 0.012 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.199 0.010 0.061 0.614 4 K 0.042 0.025 0.008 0.002 0.003 0.005 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.373 0.014 0.071 0.439 5 W 0.021 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.146 0.004 0.050 0.753 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.994 7 W 0.022 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.191 0.005 0.149 0.612 8 K 0.188 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.120 0.012 0.126 0.509 9 A 0.203 0.104 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.149 0.012 0.078 0.431 10 D 0.131 0.102 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.104 0.018 0.115 0.511 11 D 0.215 0.062 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.057 0.033 0.093 0.520 12 E 0.196 0.057 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.019 0.134 0.543 13 S 0.037 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.007 0.098 0.814 14 G 0.133 0.026 0.018 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.016 0.207 0.535 15 N 0.059 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 0.223 0.665 16 A 0.016 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.040 0.914 17 E 0.176 0.031 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.022 0.246 0.499 18 M 0.528 0.040 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.013 0.102 0.271 19 P 0.007 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.965 20 W 0.023 0.120 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.004 0.093 0.722 21 E 0.049 0.325 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.128 0.482 22 Q 0.055 0.690 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.050 0.192 23 A 0.051 0.870 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.062 24 L 0.090 0.827 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.005 0.056 25 A 0.350 0.466 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.087 0.002 0.084 26 I 0.266 0.427 0.123 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.016 0.007 0.146 27 P 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 28 V 0.044 0.104 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.011 0.165 0.610 29 L 0.268 0.314 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.010 0.057 0.308 30 A 0.160 0.554 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.014 0.030 0.194 31 H 0.472 0.269 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.050 0.015 0.170 32 L 0.624 0.175 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.035 0.020 0.113 33 S 0.107 0.069 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.019 0.291 0.495 34 S 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 0.967 35 T 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.508 0.484 36 E 0.046 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.671 0.255 37 Q 0.062 0.735 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.094 38 H 0.013 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.065 39 K 0.020 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.055 40 L 0.017 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.028 41 T 0.006 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 42 Q 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 43 M 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 44 A 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 45 A 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 46 R 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 47 F 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 48 L 0.014 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 49 Q 0.048 0.907 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.001 0.018 50 Q 0.128 0.769 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.041 0.002 0.043 51 K 0.094 0.769 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.029 0.005 0.070 52 R 0.137 0.402 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.064 0.046 0.033 0.295 53 L 0.106 0.307 0.083 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.011 0.002 0.001 0.080 0.033 0.048 0.310 54 V 0.069 0.166 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.002 0.023 0.005 0.001 0.001 0.304 0.021 0.078 0.296 55 A 0.042 0.082 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.011 0.058 0.622 56 L 0.090 0.085 0.012 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.076 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.265 0.016 0.055 0.379 57 Q 0.063 0.043 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.027 0.144 0.580 58 G 0.249 0.013 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.066 0.108 0.434 59 L 0.212 0.011 0.041 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.224 0.017 0.123 0.355 60 E 0.020 0.007 0.005 0.004 0.020 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.002 0.259 0.004 0.122 0.530 61 L 0.009 0.006 0.005 0.001 0.014 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.003 0.103 0.722 62 T 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.014 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.003 0.309 0.479 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 64 L 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.593 0.379 65 H 0.621 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.014 0.164 0.169 66 Q 0.094 0.741 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.035 0.109 67 A 0.007 0.868 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.038 0.074 68 R 0.005 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.031 0.038 69 I 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.012 70 A 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 71 M 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.006 72 L 0.014 0.961 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.011 73 F 0.051 0.888 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.001 0.026 74 C 0.140 0.713 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.065 0.002 0.044 75 L 0.137 0.548 0.134 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.021 0.007 0.120 76 P 0.013 0.161 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.006 0.012 0.776 77 V 0.161 0.323 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.040 0.025 0.326 78 L 0.111 0.600 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.011 0.045 0.105 79 E 0.103 0.529 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.032 0.021 0.165 80 L 0.164 0.502 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.070 0.012 0.175 81 G 0.334 0.066 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.097 0.054 0.092 0.321 82 I 0.073 0.029 0.165 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.028 0.008 0.129 0.558 83 E 0.043 0.077 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.052 0.008 0.005 0.002 0.074 0.009 0.153 0.550 84 W 0.138 0.062 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.013 0.202 0.520 85 L 0.214 0.226 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.024 0.016 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.057 0.014 0.075 0.223 86 D 0.066 0.172 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.014 0.082 0.609 87 G 0.132 0.047 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.040 0.117 0.631 88 F 0.617 0.013 0.040 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.027 0.084 0.174 89 H 0.043 0.016 0.002 0.004 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.548 0.005 0.122 0.251 90 E 0.029 0.006 0.006 0.001 0.031 0.010 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.537 0.002 0.181 0.174 91 V 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.781 0.001 0.040 0.136 92 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.948 0.001 0.009 0.022 93 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.003 0.780 0.001 0.016 0.182 94 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.002 0.942 0.001 0.006 0.031 95 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.996