# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.1803 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.046 0.047 0.004 0.052 0.055 0.094 0.045 0.002 0.001 0.004 0.651 2 M 0.070 0.044 0.003 0.053 0.091 0.150 0.053 0.003 0.001 0.003 0.528 3 F 0.109 0.052 0.007 0.067 0.111 0.205 0.042 0.004 0.001 0.006 0.397 4 K 0.106 0.047 0.017 0.061 0.075 0.158 0.062 0.007 0.001 0.007 0.460 5 W 0.059 0.024 0.013 0.050 0.086 0.156 0.083 0.002 0.001 0.003 0.526 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 7 W 0.013 0.004 0.001 0.026 0.061 0.170 0.062 0.001 0.001 0.002 0.660 8 K 0.238 0.019 0.001 0.038 0.042 0.080 0.064 0.001 0.001 0.004 0.513 9 A 0.186 0.085 0.002 0.039 0.061 0.096 0.060 0.001 0.001 0.003 0.467 10 D 0.104 0.089 0.002 0.031 0.047 0.075 0.132 0.005 0.001 0.005 0.509 11 D 0.159 0.061 0.004 0.017 0.017 0.030 0.054 0.004 0.001 0.008 0.646 12 E 0.143 0.052 0.012 0.022 0.012 0.018 0.193 0.005 0.001 0.007 0.536 13 S 0.072 0.020 0.008 0.013 0.008 0.013 0.180 0.005 0.001 0.010 0.672 14 G 0.188 0.048 0.021 0.027 0.015 0.027 0.127 0.005 0.001 0.010 0.533 15 N 0.058 0.056 0.007 0.014 0.016 0.022 0.172 0.003 0.001 0.004 0.649 16 A 0.031 0.044 0.002 0.006 0.003 0.005 0.067 0.001 0.001 0.002 0.840 17 E 0.068 0.075 0.002 0.006 0.002 0.005 0.433 0.007 0.001 0.004 0.398 18 M 0.421 0.166 0.008 0.006 0.003 0.006 0.130 0.009 0.001 0.006 0.246 19 P 0.022 0.103 0.004 0.005 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.847 20 W 0.017 0.130 0.016 0.008 0.008 0.013 0.072 0.002 0.001 0.001 0.734 21 E 0.038 0.560 0.004 0.006 0.008 0.006 0.066 0.001 0.001 0.003 0.307 22 Q 0.034 0.852 0.001 0.002 0.003 0.003 0.013 0.002 0.001 0.001 0.090 23 A 0.028 0.922 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.034 24 L 0.090 0.858 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 0.001 0.001 0.026 25 A 0.265 0.568 0.014 0.001 0.001 0.001 0.004 0.096 0.001 0.002 0.048 26 I 0.329 0.360 0.147 0.006 0.003 0.004 0.008 0.062 0.001 0.001 0.080 27 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 28 V 0.027 0.062 0.042 0.043 0.016 0.036 0.165 0.005 0.001 0.004 0.601 29 L 0.257 0.208 0.004 0.044 0.007 0.016 0.083 0.006 0.001 0.005 0.372 30 A 0.123 0.420 0.002 0.031 0.006 0.011 0.087 0.006 0.001 0.002 0.313 31 H 0.275 0.356 0.004 0.029 0.004 0.009 0.078 0.023 0.001 0.005 0.218 32 L 0.470 0.232 0.015 0.027 0.004 0.008 0.063 0.026 0.001 0.004 0.152 33 S 0.127 0.110 0.016 0.016 0.005 0.007 0.272 0.018 0.001 0.004 0.426 34 S 0.021 0.036 0.024 0.007 0.002 0.004 0.057 0.002 0.001 0.003 0.846 35 T 0.009 0.052 0.001 0.002 0.001 0.001 0.403 0.001 0.001 0.001 0.528 36 E 0.026 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.666 0.001 0.001 0.002 0.262 37 Q 0.069 0.711 0.001 0.002 0.001 0.001 0.108 0.001 0.001 0.001 0.105 38 H 0.027 0.897 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.057 39 K 0.011 0.896 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.076 40 L 0.007 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.024 41 T 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 42 Q 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 43 M 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 44 A 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 45 A 0.003 0.988 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 46 R 0.005 0.984 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 47 F 0.012 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.011 48 L 0.023 0.937 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.021 49 Q 0.039 0.853 0.009 0.002 0.002 0.004 0.011 0.020 0.001 0.001 0.060 50 Q 0.108 0.699 0.009 0.004 0.004 0.008 0.015 0.042 0.001 0.001 0.109 51 K 0.133 0.622 0.014 0.006 0.006 0.007 0.014 0.031 0.001 0.002 0.165 52 R 0.122 0.451 0.040 0.021 0.017 0.021 0.045 0.030 0.001 0.003 0.251 53 L 0.144 0.337 0.035 0.037 0.042 0.058 0.026 0.010 0.001 0.004 0.308 54 V 0.056 0.229 0.031 0.109 0.125 0.128 0.049 0.009 0.001 0.006 0.258 55 A 0.026 0.066 0.011 0.062 0.049 0.079 0.040 0.007 0.001 0.003 0.657 56 L 0.054 0.088 0.012 0.172 0.079 0.153 0.063 0.006 0.001 0.007 0.365 57 Q 0.036 0.034 0.005 0.084 0.043 0.050 0.131 0.006 0.001 0.007 0.604 58 G 0.122 0.016 0.013 0.058 0.020 0.034 0.081 0.005 0.001 0.027 0.625 59 L 0.341 0.016 0.045 0.136 0.038 0.036 0.103 0.001 0.001 0.011 0.272 60 E 0.009 0.003 0.003 0.063 0.028 0.033 0.058 0.001 0.001 0.004 0.798 61 L 0.029 0.006 0.018 0.096 0.053 0.162 0.072 0.001 0.001 0.007 0.556 62 T 0.011 0.009 0.001 0.040 0.060 0.117 0.278 0.001 0.001 0.002 0.482 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 64 L 0.003 0.015 0.001 0.004 0.002 0.009 0.633 0.001 0.001 0.001 0.332 65 H 0.345 0.087 0.001 0.006 0.004 0.012 0.249 0.001 0.001 0.005 0.290 66 Q 0.061 0.847 0.001 0.002 0.006 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.067 67 A 0.010 0.913 0.005 0.001 0.014 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.043 68 R 0.004 0.940 0.001 0.002 0.007 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.035 69 I 0.004 0.959 0.001 0.001 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 70 A 0.003 0.971 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 71 M 0.006 0.968 0.002 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 72 L 0.013 0.951 0.001 0.002 0.003 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.021 73 F 0.013 0.953 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.021 74 C 0.042 0.853 0.012 0.002 0.001 0.003 0.008 0.021 0.001 0.001 0.058 75 L 0.088 0.790 0.015 0.003 0.005 0.006 0.007 0.015 0.001 0.001 0.070 76 P 0.004 0.154 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.829 77 V 0.055 0.612 0.019 0.007 0.017 0.025 0.090 0.010 0.001 0.002 0.163 78 L 0.032 0.932 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.025 79 E 0.119 0.718 0.004 0.006 0.003 0.006 0.025 0.029 0.001 0.001 0.090 80 L 0.151 0.666 0.076 0.013 0.003 0.006 0.007 0.021 0.001 0.003 0.055 81 G 0.357 0.198 0.017 0.023 0.009 0.014 0.030 0.104 0.001 0.004 0.243 82 I 0.075 0.044 0.465 0.024 0.005 0.007 0.025 0.009 0.001 0.003 0.344 83 E 0.015 0.035 0.010 0.051 0.023 0.017 0.150 0.003 0.001 0.004 0.693 84 W 0.094 0.039 0.015 0.050 0.013 0.026 0.155 0.005 0.001 0.014 0.590 85 L 0.153 0.186 0.003 0.092 0.023 0.066 0.229 0.006 0.001 0.004 0.238 86 D 0.123 0.127 0.004 0.049 0.025 0.030 0.115 0.006 0.001 0.008 0.512 87 G 0.197 0.108 0.002 0.053 0.013 0.025 0.077 0.015 0.001 0.012 0.498 88 F 0.409 0.044 0.040 0.058 0.027 0.032 0.092 0.015 0.001 0.014 0.271 89 H 0.084 0.028 0.022 0.211 0.216 0.104 0.148 0.003 0.001 0.011 0.174 90 E 0.010 0.006 0.009 0.216 0.105 0.116 0.059 0.001 0.001 0.002 0.477 91 V 0.009 0.004 0.001 0.500 0.146 0.169 0.025 0.001 0.001 0.001 0.145 92 L 0.002 0.002 0.001 0.729 0.076 0.132 0.013 0.001 0.001 0.002 0.043 93 I 0.004 0.003 0.001 0.493 0.085 0.177 0.026 0.001 0.001 0.002 0.208 94 Y 0.001 0.001 0.001 0.555 0.096 0.247 0.026 0.001 0.001 0.001 0.072 95 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999