# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.1803 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.065 0.079 0.031 0.028 0.051 0.058 0.009 0.679 2 M 0.082 0.097 0.048 0.059 0.090 0.128 0.013 0.481 3 F 0.161 0.092 0.046 0.055 0.067 0.092 0.025 0.462 4 K 0.139 0.126 0.066 0.046 0.088 0.069 0.023 0.444 5 W 0.071 0.046 0.042 0.034 0.047 0.080 0.008 0.671 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 7 W 0.016 0.013 0.017 0.018 0.046 0.113 0.004 0.772 8 K 0.248 0.070 0.027 0.018 0.033 0.104 0.011 0.488 9 A 0.207 0.221 0.028 0.023 0.043 0.082 0.010 0.386 10 D 0.158 0.214 0.021 0.018 0.034 0.076 0.014 0.466 11 D 0.201 0.160 0.018 0.014 0.026 0.068 0.026 0.487 12 E 0.259 0.146 0.026 0.016 0.024 0.104 0.032 0.391 13 S 0.158 0.079 0.026 0.012 0.016 0.077 0.024 0.608 14 G 0.143 0.074 0.064 0.018 0.030 0.136 0.023 0.512 15 N 0.115 0.061 0.034 0.013 0.018 0.164 0.012 0.582 16 A 0.025 0.025 0.013 0.003 0.005 0.054 0.005 0.870 17 E 0.085 0.040 0.023 0.004 0.007 0.429 0.023 0.389 18 M 0.480 0.051 0.032 0.005 0.008 0.170 0.024 0.229 19 P 0.008 0.031 0.005 0.001 0.002 0.024 0.002 0.927 20 W 0.011 0.152 0.012 0.005 0.023 0.125 0.003 0.669 21 E 0.041 0.455 0.009 0.004 0.011 0.145 0.004 0.330 22 Q 0.030 0.827 0.003 0.003 0.007 0.034 0.003 0.093 23 A 0.052 0.898 0.002 0.002 0.004 0.009 0.003 0.031 24 L 0.059 0.895 0.001 0.002 0.002 0.006 0.010 0.024 25 A 0.165 0.690 0.005 0.002 0.003 0.005 0.076 0.054 26 I 0.216 0.584 0.032 0.007 0.008 0.011 0.033 0.109 27 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 28 V 0.020 0.163 0.106 0.020 0.037 0.165 0.010 0.479 29 L 0.219 0.513 0.077 0.010 0.019 0.022 0.007 0.134 30 A 0.119 0.527 0.068 0.019 0.022 0.038 0.011 0.195 31 H 0.268 0.239 0.088 0.015 0.027 0.023 0.039 0.301 32 L 0.521 0.108 0.050 0.012 0.021 0.029 0.057 0.200 33 S 0.116 0.082 0.041 0.010 0.020 0.188 0.036 0.508 34 S 0.013 0.015 0.035 0.001 0.006 0.026 0.003 0.901 35 T 0.004 0.011 0.002 0.001 0.001 0.225 0.002 0.755 36 E 0.043 0.011 0.001 0.001 0.001 0.851 0.004 0.088 37 Q 0.118 0.624 0.003 0.001 0.001 0.092 0.003 0.159 38 H 0.026 0.899 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.061 39 K 0.020 0.864 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.100 40 L 0.010 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.020 41 T 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 42 Q 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.014 43 M 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 44 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 45 A 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 46 R 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 47 F 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 48 L 0.007 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 49 Q 0.026 0.914 0.010 0.003 0.002 0.003 0.017 0.024 50 Q 0.099 0.749 0.020 0.005 0.007 0.007 0.051 0.063 51 K 0.166 0.590 0.039 0.012 0.010 0.014 0.063 0.105 52 R 0.152 0.182 0.138 0.027 0.013 0.077 0.047 0.363 53 L 0.061 0.095 0.283 0.058 0.059 0.054 0.012 0.378 54 V 0.044 0.057 0.205 0.204 0.204 0.060 0.010 0.218 55 A 0.023 0.039 0.098 0.045 0.069 0.064 0.009 0.653 56 L 0.043 0.030 0.391 0.085 0.158 0.046 0.009 0.238 57 Q 0.029 0.018 0.100 0.053 0.054 0.092 0.014 0.640 58 G 0.057 0.010 0.110 0.025 0.046 0.062 0.022 0.668 59 L 0.224 0.012 0.191 0.059 0.058 0.141 0.015 0.301 60 E 0.046 0.007 0.150 0.043 0.068 0.112 0.007 0.567 61 L 0.034 0.005 0.184 0.069 0.159 0.088 0.005 0.457 62 T 0.022 0.006 0.083 0.053 0.084 0.275 0.002 0.475 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 64 L 0.005 0.009 0.009 0.005 0.009 0.716 0.001 0.246 65 H 0.124 0.080 0.016 0.006 0.009 0.576 0.007 0.181 66 Q 0.016 0.855 0.005 0.003 0.007 0.034 0.001 0.079 67 A 0.004 0.961 0.003 0.002 0.006 0.004 0.001 0.020 68 R 0.001 0.982 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.007 69 I 0.001 0.988 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 70 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 71 M 0.002 0.988 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 72 L 0.005 0.980 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 73 F 0.010 0.970 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.009 74 C 0.042 0.875 0.015 0.004 0.009 0.004 0.018 0.033 75 L 0.056 0.689 0.075 0.015 0.020 0.018 0.014 0.115 76 P 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.986 77 V 0.040 0.460 0.036 0.010 0.038 0.048 0.007 0.361 78 L 0.094 0.768 0.052 0.008 0.009 0.008 0.003 0.059 79 E 0.066 0.676 0.062 0.011 0.025 0.016 0.009 0.135 80 L 0.219 0.401 0.074 0.016 0.027 0.025 0.038 0.199 81 G 0.320 0.155 0.033 0.015 0.027 0.042 0.074 0.334 82 I 0.119 0.112 0.088 0.023 0.029 0.092 0.020 0.517 83 E 0.032 0.054 0.043 0.014 0.014 0.126 0.006 0.711 84 W 0.157 0.080 0.021 0.016 0.031 0.135 0.012 0.549 85 L 0.286 0.187 0.033 0.039 0.058 0.111 0.013 0.273 86 D 0.077 0.112 0.013 0.015 0.018 0.036 0.011 0.719 87 G 0.159 0.098 0.021 0.014 0.036 0.053 0.035 0.583 88 F 0.533 0.028 0.065 0.032 0.023 0.071 0.034 0.213 89 H 0.057 0.018 0.228 0.147 0.082 0.071 0.011 0.386 90 E 0.011 0.006 0.399 0.165 0.158 0.072 0.004 0.184 91 V 0.011 0.004 0.621 0.066 0.089 0.025 0.002 0.182 92 L 0.001 0.001 0.824 0.075 0.079 0.007 0.001 0.013 93 I 0.001 0.001 0.732 0.074 0.133 0.008 0.001 0.051 94 Y 0.001 0.001 0.693 0.120 0.124 0.015 0.001 0.045 95 P 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.989