# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.1803 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.379 0.243 0.179 0.070 0.063 0.029 0.015 0.002 0.017 0.002 0.001 2 M 0.364 0.290 0.163 0.090 0.042 0.022 0.009 0.001 0.019 0.001 0.001 3 F 0.265 0.320 0.188 0.090 0.067 0.030 0.013 0.001 0.025 0.001 0.001 4 K 0.211 0.317 0.257 0.097 0.039 0.040 0.014 0.002 0.019 0.001 0.002 5 W 0.044 0.267 0.411 0.007 0.045 0.019 0.007 0.001 0.197 0.003 0.001 6 P 0.530 0.004 0.404 0.016 0.003 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 7 W 0.504 0.122 0.144 0.143 0.037 0.024 0.008 0.004 0.013 0.001 0.001 8 K 0.333 0.239 0.222 0.100 0.042 0.030 0.007 0.002 0.023 0.001 0.001 9 A 0.401 0.168 0.234 0.094 0.032 0.034 0.012 0.001 0.022 0.001 0.001 10 D 0.450 0.112 0.163 0.167 0.029 0.031 0.020 0.002 0.020 0.003 0.002 11 D 0.303 0.082 0.168 0.265 0.055 0.038 0.048 0.009 0.021 0.009 0.001 12 E 0.312 0.235 0.226 0.095 0.035 0.025 0.018 0.003 0.046 0.003 0.001 13 S 0.326 0.072 0.409 0.118 0.012 0.031 0.016 0.001 0.009 0.002 0.004 14 G 0.118 0.054 0.227 0.070 0.101 0.053 0.050 0.142 0.022 0.161 0.001 15 N 0.508 0.043 0.339 0.049 0.016 0.020 0.005 0.001 0.014 0.004 0.002 16 A 0.873 0.008 0.058 0.039 0.004 0.009 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 17 E 0.608 0.019 0.037 0.301 0.008 0.012 0.009 0.002 0.004 0.001 0.001 18 M 0.343 0.109 0.302 0.020 0.029 0.020 0.011 0.001 0.162 0.002 0.001 19 P 0.917 0.001 0.069 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 20 W 0.987 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 E 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 Q 0.983 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.990 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.861 0.003 0.003 0.129 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.628 0.009 0.020 0.309 0.003 0.005 0.022 0.001 0.003 0.001 0.001 26 I 0.367 0.154 0.290 0.023 0.013 0.013 0.019 0.001 0.121 0.001 0.001 27 P 0.865 0.001 0.110 0.011 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 28 V 0.835 0.028 0.031 0.076 0.010 0.012 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 29 L 0.780 0.051 0.086 0.051 0.013 0.008 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 30 A 0.759 0.039 0.048 0.107 0.010 0.011 0.016 0.001 0.008 0.001 0.001 31 H 0.377 0.069 0.098 0.327 0.038 0.028 0.037 0.005 0.018 0.002 0.001 32 L 0.153 0.194 0.337 0.172 0.025 0.051 0.023 0.002 0.038 0.003 0.001 33 S 0.070 0.067 0.594 0.027 0.019 0.142 0.020 0.001 0.050 0.006 0.002 34 S 0.895 0.002 0.071 0.015 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 35 T 0.973 0.001 0.005 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.964 0.001 0.003 0.029 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 Q 0.985 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 H 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 K 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 R 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 F 0.977 0.002 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 L 0.984 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 Q 0.949 0.001 0.003 0.043 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 50 Q 0.886 0.006 0.009 0.086 0.001 0.004 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 51 K 0.923 0.010 0.015 0.038 0.002 0.002 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 52 R 0.818 0.052 0.022 0.074 0.012 0.007 0.009 0.001 0.006 0.001 0.001 53 L 0.616 0.137 0.089 0.087 0.030 0.017 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 54 V 0.482 0.258 0.097 0.098 0.027 0.015 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 55 A 0.407 0.120 0.224 0.094 0.049 0.057 0.022 0.003 0.019 0.005 0.001 56 L 0.475 0.165 0.146 0.137 0.013 0.027 0.010 0.001 0.023 0.001 0.001 57 Q 0.164 0.032 0.152 0.336 0.017 0.016 0.263 0.006 0.007 0.006 0.001 58 G 0.016 0.006 0.015 0.020 0.035 0.005 0.183 0.643 0.002 0.074 0.001 59 L 0.075 0.397 0.430 0.043 0.025 0.014 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 60 E 0.038 0.340 0.479 0.018 0.023 0.076 0.004 0.001 0.020 0.001 0.002 61 L 0.132 0.307 0.407 0.048 0.027 0.059 0.002 0.001 0.011 0.001 0.005 62 T 0.074 0.209 0.395 0.006 0.074 0.027 0.006 0.001 0.200 0.010 0.001 63 P 0.951 0.001 0.038 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 64 L 0.927 0.003 0.008 0.049 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 H 0.939 0.014 0.013 0.027 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 Q 0.975 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 A 0.988 0.007 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 R 0.992 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 I 0.992 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.993 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 M 0.977 0.008 0.002 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 L 0.947 0.009 0.005 0.030 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 73 F 0.818 0.028 0.023 0.097 0.016 0.005 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 74 C 0.821 0.034 0.033 0.090 0.007 0.008 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 75 L 0.596 0.118 0.156 0.018 0.039 0.012 0.004 0.001 0.057 0.001 0.001 76 P 0.868 0.005 0.096 0.013 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 V 0.826 0.051 0.037 0.053 0.009 0.012 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 78 L 0.657 0.088 0.066 0.148 0.015 0.008 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 79 E 0.417 0.075 0.110 0.127 0.075 0.034 0.090 0.009 0.050 0.012 0.001 80 L 0.340 0.088 0.241 0.264 0.016 0.015 0.021 0.002 0.009 0.002 0.001 81 G 0.109 0.019 0.098 0.054 0.060 0.029 0.092 0.272 0.011 0.257 0.001 82 I 0.628 0.065 0.203 0.067 0.015 0.011 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 83 E 0.622 0.056 0.114 0.112 0.023 0.036 0.021 0.002 0.011 0.003 0.001 84 W 0.509 0.109 0.090 0.217 0.029 0.018 0.009 0.002 0.013 0.002 0.001 85 L 0.352 0.273 0.171 0.090 0.028 0.020 0.011 0.001 0.051 0.002 0.001 86 D 0.305 0.055 0.370 0.124 0.023 0.025 0.072 0.003 0.013 0.007 0.004 87 G 0.052 0.016 0.036 0.061 0.051 0.012 0.083 0.534 0.006 0.151 0.001 88 F 0.135 0.200 0.427 0.142 0.039 0.021 0.012 0.003 0.018 0.002 0.001 89 H 0.115 0.352 0.291 0.095 0.068 0.024 0.031 0.003 0.014 0.004 0.002 90 E 0.033 0.568 0.092 0.039 0.220 0.022 0.010 0.001 0.013 0.001 0.001 91 V 0.004 0.886 0.068 0.005 0.018 0.015 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 92 L 0.004 0.626 0.254 0.002 0.006 0.103 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 93 I 0.016 0.653 0.185 0.011 0.017 0.088 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 94 Y 0.002 0.403 0.235 0.001 0.048 0.010 0.004 0.001 0.296 0.002 0.001 95 P 0.085 0.004 0.748 0.008 0.006 0.027 0.003 0.001 0.005 0.006 0.108