# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.1803 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.163 0.132 0.029 0.010 0.282 0.014 0.027 0.149 0.077 0.066 0.050 2 M 0.156 0.114 0.029 0.012 0.272 0.019 0.041 0.146 0.066 0.078 0.066 3 F 0.177 0.133 0.040 0.011 0.281 0.014 0.034 0.124 0.047 0.079 0.060 4 K 0.130 0.176 0.068 0.026 0.231 0.029 0.046 0.101 0.044 0.095 0.054 5 W 0.111 0.309 0.132 0.017 0.248 0.011 0.016 0.066 0.032 0.031 0.027 6 P 0.077 0.113 0.042 0.014 0.121 0.019 0.046 0.275 0.193 0.062 0.038 7 W 0.071 0.164 0.043 0.010 0.137 0.015 0.050 0.269 0.120 0.091 0.031 8 K 0.096 0.123 0.039 0.012 0.144 0.015 0.039 0.232 0.100 0.141 0.060 9 A 0.089 0.137 0.052 0.015 0.157 0.019 0.033 0.246 0.110 0.099 0.042 10 D 0.068 0.093 0.051 0.021 0.113 0.025 0.060 0.271 0.152 0.106 0.039 11 D 0.070 0.086 0.059 0.019 0.109 0.019 0.048 0.236 0.150 0.165 0.039 12 E 0.048 0.213 0.087 0.019 0.113 0.024 0.063 0.195 0.126 0.079 0.033 13 S 0.057 0.100 0.073 0.036 0.076 0.034 0.085 0.176 0.091 0.208 0.063 14 G 0.039 0.290 0.193 0.056 0.090 0.031 0.027 0.059 0.040 0.144 0.031 15 N 0.061 0.300 0.206 0.017 0.172 0.008 0.010 0.093 0.075 0.037 0.020 16 A 0.005 0.019 0.008 0.002 0.011 0.004 0.024 0.513 0.390 0.017 0.005 17 E 0.015 0.027 0.011 0.003 0.022 0.006 0.051 0.533 0.135 0.180 0.016 18 M 0.022 0.222 0.058 0.004 0.063 0.004 0.006 0.492 0.068 0.045 0.016 19 P 0.005 0.009 0.003 0.001 0.006 0.001 0.004 0.877 0.083 0.008 0.004 20 W 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.917 0.061 0.007 0.001 21 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.946 0.034 0.010 0.001 22 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.925 0.057 0.010 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.837 0.137 0.009 0.001 24 L 0.003 0.010 0.004 0.001 0.005 0.002 0.033 0.792 0.120 0.027 0.002 25 A 0.026 0.032 0.011 0.002 0.026 0.004 0.037 0.570 0.094 0.175 0.023 26 I 0.036 0.175 0.053 0.007 0.079 0.008 0.019 0.470 0.086 0.046 0.022 27 P 0.050 0.073 0.013 0.003 0.084 0.006 0.025 0.593 0.118 0.024 0.012 28 V 0.040 0.029 0.003 0.001 0.041 0.003 0.036 0.606 0.162 0.063 0.016 29 L 0.029 0.030 0.007 0.004 0.045 0.014 0.055 0.503 0.252 0.042 0.018 30 A 0.014 0.032 0.011 0.007 0.030 0.024 0.141 0.455 0.239 0.036 0.010 31 H 0.041 0.051 0.048 0.008 0.066 0.009 0.096 0.234 0.095 0.305 0.046 32 L 0.032 0.476 0.207 0.009 0.113 0.008 0.012 0.035 0.014 0.073 0.021 33 S 0.012 0.568 0.300 0.008 0.048 0.002 0.004 0.031 0.014 0.008 0.006 34 S 0.002 0.013 0.004 0.001 0.004 0.001 0.006 0.633 0.324 0.009 0.002 35 T 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.817 0.159 0.010 0.001 36 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.874 0.093 0.021 0.001 37 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.047 0.008 0.001 38 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.033 0.001 0.001 39 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.010 0.005 0.001 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.032 0.002 0.001 41 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.018 0.001 0.001 42 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.011 0.001 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.016 0.001 0.001 45 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.010 0.001 0.001 46 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.973 0.017 0.005 0.001 47 F 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.924 0.044 0.018 0.002 48 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.793 0.184 0.004 0.002 49 Q 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.050 0.805 0.122 0.014 0.001 50 Q 0.028 0.026 0.006 0.001 0.030 0.002 0.043 0.678 0.116 0.058 0.011 51 K 0.044 0.075 0.020 0.004 0.086 0.014 0.056 0.517 0.138 0.027 0.019 52 R 0.116 0.045 0.010 0.003 0.115 0.008 0.037 0.449 0.079 0.094 0.044 53 L 0.167 0.109 0.019 0.003 0.243 0.006 0.032 0.243 0.063 0.062 0.052 54 V 0.090 0.214 0.052 0.017 0.251 0.032 0.067 0.190 0.033 0.029 0.026 55 A 0.218 0.069 0.079 0.016 0.186 0.012 0.040 0.163 0.044 0.095 0.077 56 L 0.079 0.063 0.081 0.118 0.095 0.100 0.059 0.224 0.076 0.060 0.046 57 Q 0.005 0.121 0.054 0.176 0.013 0.216 0.358 0.030 0.011 0.013 0.004 58 G 0.022 0.041 0.042 0.109 0.026 0.010 0.004 0.009 0.018 0.520 0.199 59 L 0.157 0.177 0.014 0.001 0.609 0.004 0.005 0.009 0.010 0.007 0.008 60 E 0.177 0.121 0.025 0.004 0.606 0.005 0.008 0.009 0.004 0.008 0.033 61 L 0.324 0.119 0.026 0.016 0.241 0.023 0.025 0.008 0.010 0.078 0.131 62 T 0.006 0.477 0.458 0.009 0.040 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 63 P 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.007 0.557 0.419 0.003 0.002 64 L 0.008 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.008 0.759 0.172 0.033 0.005 65 H 0.011 0.016 0.001 0.001 0.014 0.001 0.002 0.884 0.057 0.010 0.003 66 Q 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.981 0.007 0.006 0.001 67 A 0.005 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.958 0.025 0.002 0.001 68 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.006 0.001 0.001 69 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.023 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.974 0.016 0.005 0.001 71 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.956 0.030 0.005 0.001 72 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.026 0.826 0.121 0.012 0.003 73 F 0.010 0.024 0.007 0.001 0.015 0.002 0.022 0.795 0.095 0.025 0.005 74 C 0.025 0.035 0.008 0.003 0.028 0.007 0.071 0.613 0.095 0.091 0.024 75 L 0.070 0.103 0.037 0.012 0.097 0.014 0.035 0.439 0.121 0.043 0.028 76 P 0.051 0.052 0.011 0.002 0.092 0.008 0.043 0.545 0.171 0.012 0.013 77 V 0.063 0.040 0.009 0.002 0.073 0.007 0.063 0.535 0.106 0.081 0.022 78 L 0.087 0.204 0.026 0.003 0.165 0.007 0.036 0.340 0.059 0.041 0.032 79 E 0.080 0.021 0.016 0.038 0.062 0.049 0.085 0.396 0.074 0.089 0.090 80 L 0.020 0.238 0.095 0.074 0.061 0.073 0.113 0.238 0.038 0.038 0.013 81 G 0.047 0.034 0.047 0.086 0.048 0.026 0.022 0.107 0.052 0.400 0.131 82 I 0.056 0.110 0.049 0.009 0.107 0.009 0.020 0.302 0.256 0.055 0.027 83 E 0.027 0.073 0.025 0.011 0.063 0.019 0.080 0.457 0.197 0.029 0.018 84 W 0.103 0.039 0.017 0.003 0.071 0.008 0.108 0.304 0.115 0.200 0.031 85 L 0.102 0.120 0.103 0.099 0.115 0.059 0.033 0.159 0.063 0.091 0.057 86 D 0.017 0.140 0.101 0.140 0.037 0.173 0.236 0.092 0.044 0.013 0.007 87 G 0.030 0.006 0.013 0.023 0.020 0.006 0.005 0.013 0.015 0.623 0.247 88 F 0.329 0.080 0.015 0.002 0.247 0.004 0.046 0.013 0.081 0.015 0.168 89 H 0.054 0.057 0.020 0.031 0.093 0.289 0.368 0.027 0.014 0.012 0.035 90 E 0.206 0.172 0.013 0.005 0.571 0.006 0.008 0.005 0.002 0.005 0.008 91 V 0.138 0.011 0.001 0.001 0.848 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 L 0.292 0.014 0.001 0.001 0.671 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 93 I 0.244 0.134 0.031 0.024 0.340 0.026 0.013 0.004 0.003 0.022 0.159 94 Y 0.187 0.208 0.117 0.032 0.347 0.012 0.011 0.006 0.005 0.030 0.044 95 P 0.095 0.251 0.119 0.032 0.195 0.019 0.031 0.057 0.109 0.059 0.033