# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.1803 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.683 0.192 0.068 0.037 0.016 0.004 0.001 2 M 0.593 0.241 0.104 0.045 0.013 0.004 0.001 3 F 0.288 0.186 0.220 0.190 0.091 0.025 0.002 4 K 0.435 0.307 0.143 0.075 0.031 0.009 0.001 5 W 0.270 0.233 0.184 0.165 0.111 0.036 0.002 6 P 0.323 0.296 0.179 0.122 0.061 0.019 0.001 7 W 0.203 0.214 0.246 0.197 0.110 0.029 0.001 8 K 0.253 0.294 0.248 0.142 0.050 0.012 0.001 9 A 0.168 0.140 0.227 0.257 0.164 0.043 0.002 10 D 0.479 0.296 0.127 0.066 0.025 0.006 0.001 11 D 0.617 0.256 0.080 0.034 0.010 0.002 0.001 12 E 0.536 0.267 0.115 0.061 0.017 0.004 0.001 13 S 0.459 0.298 0.148 0.067 0.022 0.005 0.001 14 G 0.224 0.162 0.220 0.236 0.123 0.033 0.002 15 N 0.482 0.289 0.137 0.061 0.024 0.007 0.001 16 A 0.450 0.268 0.150 0.090 0.032 0.009 0.001 17 E 0.444 0.303 0.140 0.072 0.030 0.010 0.001 18 M 0.169 0.155 0.176 0.226 0.179 0.085 0.010 19 P 0.194 0.225 0.213 0.180 0.121 0.060 0.008 20 W 0.180 0.196 0.204 0.202 0.137 0.071 0.010 21 E 0.173 0.200 0.215 0.197 0.134 0.070 0.012 22 Q 0.126 0.143 0.162 0.212 0.200 0.132 0.026 23 A 0.133 0.183 0.216 0.210 0.151 0.087 0.019 24 L 0.116 0.158 0.197 0.223 0.176 0.107 0.023 25 A 0.089 0.160 0.179 0.208 0.182 0.148 0.035 26 I 0.045 0.060 0.100 0.201 0.272 0.260 0.063 27 P 0.068 0.123 0.174 0.209 0.216 0.166 0.044 28 V 0.028 0.054 0.083 0.154 0.244 0.331 0.106 29 L 0.037 0.066 0.115 0.196 0.273 0.265 0.048 30 A 0.110 0.264 0.277 0.197 0.109 0.041 0.002 31 H 0.116 0.248 0.290 0.217 0.096 0.031 0.002 32 L 0.052 0.063 0.168 0.361 0.265 0.088 0.003 33 S 0.390 0.349 0.157 0.069 0.031 0.004 0.001 34 S 0.698 0.267 0.027 0.007 0.002 0.001 0.001 35 T 0.669 0.286 0.033 0.009 0.002 0.001 0.001 36 E 0.367 0.307 0.188 0.106 0.029 0.003 0.001 37 Q 0.312 0.336 0.231 0.093 0.025 0.003 0.001 38 H 0.438 0.345 0.152 0.053 0.012 0.001 0.001 39 K 0.104 0.271 0.353 0.212 0.052 0.007 0.001 40 L 0.039 0.053 0.090 0.188 0.356 0.255 0.019 41 T 0.040 0.149 0.314 0.354 0.114 0.029 0.001 42 Q 0.231 0.382 0.226 0.114 0.035 0.010 0.001 43 M 0.022 0.059 0.165 0.332 0.270 0.134 0.018 44 A 0.022 0.035 0.060 0.159 0.318 0.336 0.071 45 A 0.058 0.168 0.252 0.243 0.179 0.088 0.013 46 R 0.086 0.186 0.229 0.231 0.171 0.081 0.017 47 F 0.024 0.036 0.061 0.144 0.207 0.376 0.151 48 L 0.032 0.047 0.098 0.207 0.253 0.257 0.105 49 Q 0.101 0.213 0.224 0.203 0.150 0.087 0.022 50 Q 0.096 0.175 0.179 0.225 0.190 0.109 0.026 51 K 0.033 0.045 0.070 0.161 0.271 0.327 0.093 52 R 0.064 0.159 0.184 0.230 0.199 0.133 0.030 53 L 0.060 0.064 0.105 0.208 0.271 0.230 0.063 54 V 0.097 0.165 0.210 0.224 0.175 0.108 0.021 55 A 0.104 0.149 0.150 0.196 0.196 0.167 0.039 56 L 0.079 0.099 0.169 0.250 0.221 0.143 0.039 57 Q 0.203 0.289 0.232 0.161 0.075 0.035 0.005 58 G 0.201 0.265 0.209 0.164 0.101 0.050 0.010 59 L 0.052 0.053 0.094 0.190 0.311 0.257 0.043 60 E 0.104 0.292 0.270 0.209 0.088 0.033 0.003 61 L 0.040 0.061 0.104 0.210 0.292 0.260 0.034 62 T 0.144 0.217 0.237 0.246 0.121 0.033 0.002 63 P 0.446 0.369 0.109 0.048 0.020 0.007 0.001 64 L 0.178 0.249 0.265 0.204 0.075 0.026 0.003 65 H 0.076 0.130 0.204 0.266 0.224 0.091 0.010 66 Q 0.063 0.186 0.261 0.248 0.144 0.081 0.017 67 A 0.026 0.035 0.063 0.149 0.285 0.336 0.106 68 R 0.026 0.065 0.122 0.219 0.260 0.237 0.071 69 I 0.008 0.013 0.022 0.051 0.127 0.375 0.404 70 A 0.006 0.010 0.022 0.062 0.105 0.269 0.526 71 M 0.003 0.006 0.011 0.033 0.095 0.310 0.542 72 L 0.005 0.012 0.027 0.062 0.141 0.288 0.465 73 F 0.003 0.006 0.011 0.034 0.077 0.285 0.584 74 C 0.002 0.004 0.008 0.025 0.069 0.280 0.613 75 L 0.005 0.010 0.019 0.050 0.137 0.340 0.440 76 P 0.009 0.023 0.046 0.104 0.215 0.331 0.272 77 V 0.009 0.019 0.032 0.084 0.145 0.390 0.321 78 L 0.009 0.026 0.053 0.149 0.311 0.348 0.104 79 E 0.061 0.187 0.266 0.260 0.152 0.064 0.009 80 L 0.036 0.102 0.213 0.290 0.246 0.104 0.009 81 G 0.137 0.273 0.233 0.197 0.101 0.054 0.005 82 I 0.037 0.078 0.230 0.342 0.239 0.071 0.003 83 E 0.234 0.475 0.200 0.072 0.017 0.003 0.001 84 W 0.023 0.062 0.118 0.272 0.336 0.179 0.011 85 L 0.023 0.065 0.132 0.317 0.302 0.155 0.006 86 D 0.254 0.408 0.222 0.087 0.024 0.006 0.001 87 G 0.145 0.351 0.303 0.156 0.037 0.007 0.001 88 F 0.009 0.019 0.039 0.130 0.372 0.367 0.065 89 H 0.010 0.070 0.194 0.376 0.232 0.111 0.007 90 E 0.047 0.157 0.214 0.251 0.185 0.127 0.019 91 V 0.015 0.023 0.049 0.119 0.241 0.412 0.141 92 L 0.020 0.025 0.043 0.116 0.196 0.378 0.221 93 I 0.045 0.079 0.140 0.220 0.194 0.211 0.110 94 Y 0.101 0.124 0.166 0.226 0.201 0.143 0.038 95 P 0.374 0.251 0.146 0.120 0.063 0.039 0.008