# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.1837 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.041 0.019 0.353 0.018 0.035 0.126 0.006 0.003 0.034 0.068 0.044 0.145 0.106 2 M 0.039 0.021 0.334 0.020 0.044 0.149 0.008 0.003 0.034 0.057 0.077 0.055 0.159 3 F 0.026 0.025 0.328 0.014 0.049 0.150 0.006 0.003 0.033 0.091 0.096 0.097 0.081 4 K 0.013 0.021 0.418 0.011 0.030 0.092 0.003 0.002 0.022 0.147 0.087 0.050 0.104 5 W 0.004 0.014 0.593 0.005 0.018 0.054 0.001 0.001 0.011 0.156 0.066 0.039 0.039 6 P 0.002 0.015 0.533 0.005 0.049 0.096 0.001 0.001 0.008 0.097 0.152 0.013 0.029 7 W 0.002 0.020 0.416 0.003 0.082 0.158 0.001 0.001 0.007 0.129 0.150 0.015 0.017 8 K 0.002 0.018 0.508 0.002 0.064 0.174 0.001 0.001 0.006 0.118 0.073 0.012 0.022 9 A 0.002 0.020 0.391 0.002 0.073 0.272 0.001 0.001 0.004 0.101 0.106 0.010 0.019 10 D 0.001 0.016 0.387 0.003 0.080 0.276 0.001 0.001 0.003 0.097 0.117 0.008 0.011 11 D 0.001 0.012 0.271 0.002 0.138 0.366 0.001 0.001 0.002 0.073 0.117 0.006 0.010 12 E 0.001 0.012 0.203 0.002 0.147 0.389 0.001 0.001 0.002 0.052 0.179 0.005 0.009 13 S 0.001 0.012 0.211 0.003 0.180 0.259 0.001 0.001 0.002 0.085 0.235 0.005 0.007 14 G 0.001 0.009 0.291 0.002 0.086 0.142 0.001 0.001 0.002 0.137 0.319 0.005 0.005 15 N 0.001 0.012 0.419 0.002 0.076 0.063 0.001 0.001 0.003 0.126 0.288 0.003 0.008 16 A 0.001 0.016 0.564 0.001 0.045 0.037 0.001 0.001 0.008 0.165 0.150 0.009 0.005 17 E 0.001 0.025 0.731 0.001 0.018 0.020 0.001 0.001 0.010 0.110 0.072 0.002 0.011 18 M 0.001 0.019 0.813 0.001 0.005 0.018 0.001 0.001 0.007 0.122 0.009 0.005 0.002 19 P 0.001 0.010 0.781 0.001 0.018 0.078 0.001 0.001 0.005 0.084 0.017 0.001 0.005 20 W 0.001 0.002 0.045 0.001 0.115 0.806 0.001 0.001 0.001 0.013 0.016 0.001 0.001 21 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.260 0.709 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 22 Q 0.001 0.001 0.010 0.001 0.168 0.752 0.001 0.001 0.001 0.003 0.065 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.017 0.001 0.114 0.800 0.001 0.001 0.001 0.004 0.060 0.001 0.001 24 L 0.001 0.004 0.047 0.001 0.054 0.667 0.001 0.001 0.001 0.036 0.181 0.004 0.003 25 A 0.001 0.009 0.134 0.001 0.043 0.460 0.001 0.001 0.003 0.057 0.277 0.001 0.013 26 I 0.001 0.006 0.463 0.001 0.007 0.282 0.001 0.001 0.006 0.185 0.037 0.008 0.004 27 P 0.001 0.005 0.512 0.003 0.039 0.286 0.001 0.001 0.010 0.065 0.062 0.005 0.012 28 V 0.001 0.006 0.111 0.002 0.189 0.532 0.001 0.001 0.013 0.022 0.108 0.004 0.010 29 L 0.001 0.002 0.039 0.005 0.404 0.450 0.001 0.001 0.007 0.019 0.064 0.002 0.005 30 A 0.001 0.004 0.044 0.001 0.359 0.245 0.001 0.001 0.006 0.029 0.303 0.004 0.004 31 H 0.001 0.020 0.118 0.001 0.289 0.111 0.001 0.001 0.009 0.044 0.389 0.002 0.015 32 L 0.001 0.043 0.466 0.001 0.019 0.035 0.001 0.001 0.011 0.370 0.033 0.013 0.008 33 S 0.001 0.005 0.904 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.069 0.007 0.001 0.002 34 S 0.001 0.004 0.098 0.001 0.210 0.588 0.001 0.001 0.001 0.024 0.075 0.001 0.001 35 T 0.001 0.001 0.009 0.001 0.197 0.747 0.001 0.001 0.001 0.005 0.040 0.001 0.001 36 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.140 0.837 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 37 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 38 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 39 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 47 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 48 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 49 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 50 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 51 K 0.001 0.001 0.009 0.001 0.019 0.909 0.001 0.001 0.001 0.013 0.045 0.001 0.002 52 R 0.002 0.001 0.021 0.002 0.053 0.731 0.001 0.001 0.002 0.017 0.161 0.003 0.007 53 L 0.012 0.007 0.104 0.009 0.103 0.538 0.002 0.002 0.014 0.057 0.100 0.015 0.036 54 V 0.018 0.014 0.085 0.018 0.094 0.433 0.004 0.004 0.027 0.065 0.136 0.071 0.029 55 A 0.017 0.041 0.120 0.007 0.073 0.248 0.004 0.005 0.025 0.066 0.226 0.024 0.145 56 L 0.008 0.007 0.338 0.086 0.101 0.091 0.003 0.004 0.019 0.128 0.152 0.032 0.032 57 Q 0.001 0.002 0.048 0.046 0.066 0.034 0.001 0.001 0.007 0.134 0.641 0.014 0.006 58 G 0.004 0.008 0.117 0.006 0.043 0.011 0.002 0.002 0.015 0.141 0.602 0.006 0.043 59 L 0.009 0.013 0.586 0.004 0.009 0.005 0.003 0.003 0.095 0.111 0.009 0.117 0.037 60 E 0.009 0.049 0.323 0.002 0.002 0.004 0.011 0.006 0.296 0.054 0.011 0.078 0.153 61 L 0.010 0.192 0.357 0.009 0.005 0.019 0.012 0.013 0.139 0.081 0.012 0.042 0.109 62 T 0.001 0.012 0.723 0.031 0.003 0.042 0.001 0.001 0.041 0.099 0.007 0.023 0.016 63 P 0.001 0.003 0.040 0.006 0.110 0.634 0.001 0.001 0.008 0.035 0.122 0.005 0.035 64 L 0.004 0.003 0.026 0.007 0.125 0.653 0.001 0.002 0.004 0.015 0.134 0.008 0.018 65 H 0.014 0.001 0.019 0.007 0.072 0.808 0.002 0.001 0.003 0.019 0.024 0.014 0.016 66 Q 0.016 0.002 0.016 0.004 0.016 0.889 0.001 0.001 0.003 0.007 0.021 0.003 0.022 67 A 0.014 0.001 0.003 0.002 0.006 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.004 68 R 0.013 0.001 0.001 0.002 0.002 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 69 I 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 70 A 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 71 M 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 72 L 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 73 F 0.009 0.001 0.002 0.001 0.007 0.951 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.003 0.002 74 C 0.005 0.001 0.006 0.001 0.009 0.944 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 0.001 0.006 75 L 0.003 0.001 0.026 0.001 0.004 0.926 0.001 0.001 0.001 0.017 0.014 0.004 0.003 76 P 0.002 0.001 0.020 0.001 0.009 0.899 0.001 0.001 0.001 0.008 0.054 0.003 0.003 77 V 0.002 0.001 0.007 0.001 0.023 0.905 0.001 0.001 0.001 0.005 0.051 0.001 0.003 78 L 0.003 0.002 0.015 0.001 0.031 0.876 0.001 0.001 0.001 0.016 0.044 0.006 0.004 79 E 0.007 0.007 0.055 0.003 0.104 0.606 0.001 0.001 0.004 0.028 0.146 0.005 0.032 80 L 0.005 0.013 0.171 0.010 0.066 0.236 0.001 0.001 0.007 0.117 0.326 0.027 0.020 81 G 0.001 0.008 0.268 0.003 0.030 0.053 0.001 0.001 0.006 0.151 0.455 0.006 0.018 82 I 0.002 0.011 0.400 0.002 0.130 0.205 0.001 0.001 0.005 0.140 0.079 0.008 0.017 83 E 0.002 0.014 0.109 0.005 0.286 0.258 0.001 0.001 0.010 0.082 0.185 0.032 0.014 84 W 0.004 0.036 0.074 0.002 0.312 0.217 0.002 0.003 0.009 0.068 0.186 0.006 0.081 85 L 0.004 0.018 0.287 0.025 0.271 0.130 0.002 0.002 0.009 0.101 0.107 0.027 0.019 86 D 0.002 0.005 0.054 0.023 0.484 0.051 0.001 0.001 0.003 0.060 0.296 0.008 0.013 87 G 0.004 0.006 0.056 0.032 0.210 0.016 0.001 0.001 0.006 0.095 0.534 0.013 0.027 88 F 0.037 0.006 0.409 0.029 0.030 0.004 0.008 0.004 0.062 0.158 0.064 0.025 0.164 89 H 0.093 0.006 0.222 0.133 0.004 0.002 0.025 0.017 0.121 0.120 0.019 0.198 0.040 90 E 0.258 0.002 0.019 0.017 0.001 0.002 0.117 0.179 0.195 0.015 0.003 0.073 0.119 91 V 0.200 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.263 0.415 0.078 0.001 0.001 0.010 0.025 92 L 0.253 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.293 0.364 0.054 0.001 0.001 0.023 0.007 93 I 0.347 0.002 0.013 0.004 0.001 0.001 0.179 0.206 0.120 0.001 0.001 0.036 0.092 94 Y 0.138 0.006 0.201 0.017 0.001 0.001 0.038 0.024 0.234 0.029 0.004 0.246 0.062 95 P 0.021 0.011 0.528 0.006 0.003 0.001 0.006 0.002 0.072 0.135 0.028 0.016 0.172