# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.1837 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.048 0.034 0.110 0.202 0.005 0.087 0.014 0.005 0.010 0.006 0.034 0.064 0.333 0.005 0.007 0.037 2 M 0.036 0.061 0.182 0.288 0.009 0.046 0.022 0.005 0.004 0.002 0.039 0.042 0.223 0.011 0.007 0.023 3 F 0.014 0.049 0.148 0.372 0.013 0.074 0.018 0.011 0.004 0.002 0.021 0.038 0.201 0.007 0.011 0.017 4 K 0.014 0.073 0.148 0.512 0.007 0.030 0.009 0.011 0.007 0.004 0.016 0.011 0.106 0.007 0.008 0.037 5 W 0.031 0.025 0.102 0.338 0.025 0.215 0.025 0.007 0.007 0.009 0.026 0.028 0.132 0.008 0.007 0.016 6 P 0.018 0.114 0.108 0.185 0.019 0.136 0.019 0.023 0.004 0.004 0.168 0.032 0.136 0.009 0.010 0.015 7 W 0.017 0.137 0.052 0.256 0.012 0.090 0.011 0.020 0.015 0.007 0.081 0.157 0.105 0.008 0.012 0.020 8 K 0.029 0.090 0.140 0.156 0.021 0.127 0.034 0.015 0.013 0.010 0.057 0.075 0.170 0.013 0.013 0.036 9 A 0.023 0.104 0.161 0.134 0.007 0.123 0.019 0.029 0.007 0.005 0.097 0.057 0.178 0.007 0.026 0.024 10 D 0.021 0.079 0.100 0.131 0.006 0.135 0.013 0.015 0.014 0.010 0.100 0.124 0.202 0.006 0.015 0.028 11 D 0.030 0.037 0.051 0.060 0.008 0.147 0.008 0.009 0.006 0.004 0.161 0.116 0.333 0.005 0.007 0.017 12 E 0.013 0.037 0.051 0.029 0.051 0.037 0.097 0.008 0.004 0.002 0.154 0.099 0.196 0.199 0.006 0.019 13 S 0.007 0.068 0.096 0.056 0.003 0.013 0.025 0.067 0.004 0.001 0.013 0.064 0.144 0.013 0.409 0.018 14 G 0.010 0.016 0.120 0.060 0.003 0.031 0.029 0.008 0.044 0.035 0.019 0.011 0.220 0.011 0.023 0.360 15 N 0.414 0.080 0.162 0.099 0.003 0.018 0.023 0.004 0.008 0.003 0.020 0.025 0.082 0.007 0.011 0.041 16 A 0.059 0.051 0.343 0.175 0.006 0.117 0.025 0.009 0.005 0.005 0.039 0.040 0.074 0.006 0.010 0.035 17 E 0.021 0.186 0.364 0.317 0.003 0.020 0.004 0.003 0.005 0.001 0.009 0.009 0.026 0.001 0.004 0.028 18 M 0.038 0.028 0.135 0.550 0.016 0.142 0.012 0.003 0.002 0.008 0.013 0.018 0.027 0.002 0.001 0.006 19 P 0.004 0.038 0.027 0.053 0.003 0.748 0.001 0.022 0.001 0.002 0.048 0.019 0.031 0.001 0.001 0.001 20 W 0.001 0.009 0.001 0.013 0.001 0.067 0.001 0.003 0.003 0.001 0.825 0.035 0.037 0.001 0.001 0.001 21 E 0.003 0.031 0.008 0.015 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.030 0.792 0.109 0.001 0.002 0.001 22 Q 0.001 0.003 0.018 0.015 0.001 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.010 0.032 0.874 0.004 0.006 0.016 23 A 0.005 0.007 0.069 0.016 0.011 0.015 0.104 0.002 0.001 0.001 0.033 0.017 0.594 0.085 0.009 0.031 24 L 0.007 0.040 0.062 0.046 0.002 0.015 0.023 0.033 0.001 0.001 0.013 0.037 0.604 0.005 0.092 0.019 25 A 0.010 0.046 0.082 0.092 0.001 0.014 0.009 0.002 0.028 0.008 0.005 0.009 0.309 0.006 0.007 0.372 26 I 0.211 0.013 0.203 0.187 0.001 0.034 0.008 0.002 0.002 0.002 0.026 0.012 0.272 0.002 0.007 0.020 27 P 0.012 0.032 0.199 0.096 0.003 0.293 0.003 0.005 0.001 0.002 0.055 0.044 0.244 0.001 0.002 0.005 28 V 0.004 0.050 0.006 0.085 0.005 0.214 0.002 0.003 0.001 0.001 0.248 0.102 0.269 0.008 0.001 0.002 29 L 0.001 0.043 0.018 0.048 0.007 0.035 0.028 0.003 0.001 0.001 0.075 0.243 0.462 0.021 0.011 0.003 30 A 0.002 0.016 0.035 0.043 0.001 0.009 0.017 0.011 0.002 0.001 0.027 0.062 0.689 0.003 0.057 0.026 31 H 0.017 0.030 0.063 0.051 0.001 0.008 0.013 0.001 0.015 0.002 0.004 0.010 0.179 0.015 0.008 0.583 32 L 0.060 0.037 0.627 0.140 0.001 0.005 0.012 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.064 0.002 0.016 0.028 33 S 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.001 0.001 0.001 34 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 35 T 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.978 0.010 0.001 0.001 0.001 36 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.036 0.951 0.001 0.001 0.002 37 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.978 0.001 0.001 0.001 38 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.986 0.001 0.001 0.001 39 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 41 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.997 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 45 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 46 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 47 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 0.001 48 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.004 0.004 0.001 49 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.009 0.015 0.033 50 Q 0.008 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.747 0.034 0.043 0.135 51 K 0.026 0.006 0.263 0.007 0.001 0.004 0.011 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.529 0.007 0.039 0.096 52 R 0.033 0.072 0.154 0.080 0.001 0.035 0.008 0.002 0.004 0.001 0.017 0.019 0.480 0.006 0.005 0.085 53 L 0.057 0.028 0.109 0.127 0.033 0.105 0.081 0.002 0.003 0.001 0.039 0.032 0.327 0.030 0.003 0.021 54 V 0.005 0.206 0.188 0.229 0.013 0.038 0.016 0.027 0.001 0.001 0.022 0.037 0.181 0.003 0.023 0.011 55 A 0.007 0.023 0.037 0.122 0.273 0.139 0.056 0.011 0.021 0.022 0.021 0.022 0.135 0.041 0.005 0.066 56 L 0.015 0.019 0.032 0.019 0.290 0.022 0.272 0.039 0.001 0.002 0.050 0.007 0.027 0.184 0.016 0.003 57 Q 0.002 0.028 0.010 0.013 0.001 0.008 0.003 0.485 0.015 0.010 0.008 0.017 0.011 0.002 0.380 0.008 58 G 0.031 0.013 0.017 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.459 0.028 0.004 0.004 0.007 0.001 0.002 0.403 59 L 0.887 0.002 0.070 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 60 E 0.009 0.029 0.688 0.180 0.004 0.071 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.004 61 L 0.002 0.060 0.024 0.871 0.002 0.025 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 62 T 0.001 0.005 0.003 0.015 0.003 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 63 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 64 L 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.008 0.001 0.001 0.001 65 H 0.001 0.001 0.018 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.014 0.922 0.001 0.002 0.008 66 Q 0.002 0.011 0.052 0.015 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.033 0.863 0.001 0.001 0.004 67 A 0.001 0.003 0.007 0.037 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.027 0.897 0.001 0.001 0.001 68 R 0.001 0.004 0.003 0.028 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.937 0.001 0.001 0.001 69 I 0.001 0.004 0.001 0.015 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.945 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.003 0.001 0.031 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.946 0.001 0.001 0.001 71 M 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 72 L 0.001 0.002 0.002 0.007 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.967 0.004 0.001 0.004 73 F 0.001 0.002 0.002 0.011 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.966 0.001 0.006 0.002 74 C 0.001 0.013 0.008 0.013 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.909 0.001 0.001 0.036 75 L 0.013 0.011 0.012 0.067 0.001 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 0.836 0.001 0.002 0.004 76 P 0.001 0.026 0.020 0.031 0.001 0.072 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.022 0.798 0.002 0.002 0.005 77 V 0.001 0.020 0.008 0.042 0.004 0.024 0.017 0.001 0.001 0.001 0.039 0.026 0.786 0.018 0.003 0.011 78 L 0.001 0.026 0.029 0.033 0.001 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.008 0.052 0.803 0.001 0.020 0.007 79 E 0.003 0.003 0.016 0.012 0.050 0.007 0.127 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 0.146 0.561 0.002 0.061 80 L 0.011 0.014 0.045 0.030 0.001 0.005 0.004 0.157 0.001 0.001 0.008 0.004 0.082 0.002 0.631 0.006 81 G 0.004 0.021 0.041 0.030 0.002 0.047 0.006 0.003 0.082 0.147 0.016 0.014 0.200 0.004 0.003 0.380 82 I 0.465 0.008 0.010 0.029 0.002 0.070 0.009 0.002 0.001 0.001 0.139 0.064 0.193 0.002 0.002 0.002 83 E 0.004 0.288 0.098 0.069 0.002 0.027 0.005 0.006 0.003 0.001 0.052 0.252 0.169 0.003 0.009 0.014 84 W 0.017 0.045 0.084 0.153 0.010 0.035 0.014 0.004 0.010 0.002 0.019 0.060 0.426 0.007 0.011 0.102 85 L 0.014 0.005 0.123 0.014 0.140 0.049 0.391 0.002 0.001 0.001 0.012 0.006 0.086 0.149 0.002 0.004 86 D 0.003 0.034 0.018 0.017 0.001 0.017 0.002 0.497 0.001 0.001 0.033 0.007 0.041 0.001 0.327 0.003 87 G 0.002 0.024 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.367 0.022 0.003 0.005 0.007 0.002 0.001 0.550 88 F 0.783 0.002 0.041 0.020 0.001 0.078 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.050 0.001 0.002 0.001 89 H 0.001 0.782 0.199 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 90 E 0.003 0.001 0.011 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 V 0.002 0.001 0.934 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 L 0.001 0.001 0.005 0.990 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 I 0.001 0.005 0.006 0.979 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 Y 0.001 0.005 0.005 0.497 0.201 0.277 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 P 0.002 0.198 0.004 0.205 0.087 0.246 0.002 0.103 0.002 0.003 0.141 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001