# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.1837 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.175 0.069 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.116 0.094 0.081 0.434 2 M 0.102 0.032 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.135 0.056 0.104 0.546 3 F 0.016 0.022 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.036 0.137 0.656 4 K 0.042 0.049 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.057 0.126 0.618 5 W 0.212 0.104 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.119 0.096 0.414 6 P 0.136 0.092 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.096 0.111 0.509 7 W 0.054 0.060 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.048 0.112 0.671 8 K 0.119 0.117 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.062 0.101 0.548 9 A 0.087 0.087 0.008 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.128 0.101 0.528 10 D 0.081 0.092 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.156 0.092 0.527 11 D 0.262 0.040 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.110 0.085 0.452 12 E 0.087 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.038 0.104 0.704 13 S 0.054 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.030 0.102 0.771 14 G 0.050 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.041 0.129 0.682 15 N 0.035 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.025 0.121 0.776 16 A 0.015 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.030 0.159 0.697 17 E 0.013 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.013 0.116 0.778 18 M 0.072 0.257 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.049 0.089 0.098 0.428 19 P 0.114 0.674 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.069 0.020 0.110 20 W 0.243 0.538 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.032 0.025 0.146 21 E 0.083 0.262 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.140 0.057 0.402 22 Q 0.339 0.146 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.112 0.054 0.281 23 A 0.167 0.044 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.077 0.114 0.533 24 L 0.013 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.036 0.174 0.657 25 A 0.022 0.158 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.027 0.104 0.603 26 I 0.050 0.338 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.063 0.086 0.404 27 P 0.149 0.316 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.126 0.060 0.294 28 V 0.260 0.270 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.088 0.062 0.280 29 L 0.252 0.061 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.137 0.084 0.406 30 A 0.056 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.101 0.140 0.609 31 H 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.045 0.159 0.726 32 L 0.006 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.068 0.222 0.576 33 S 0.124 0.681 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.051 0.024 0.116 34 S 0.135 0.634 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.155 0.012 0.063 35 T 0.018 0.879 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.009 0.048 36 E 0.016 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.023 37 Q 0.009 0.254 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.708 0.007 0.019 38 H 0.005 0.769 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.183 0.009 0.027 39 K 0.004 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.012 40 L 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 41 T 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.005 42 Q 0.002 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 0.008 43 M 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 44 A 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 45 A 0.005 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.002 0.010 46 R 0.020 0.856 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.007 0.022 47 F 0.080 0.632 0.105 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.126 0.018 0.035 48 L 0.117 0.404 0.081 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.175 0.046 0.169 49 Q 0.095 0.316 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.056 0.054 0.444 50 Q 0.091 0.290 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.065 0.069 0.456 51 K 0.064 0.154 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.071 0.112 0.520 52 R 0.058 0.077 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.157 0.064 0.086 0.543 53 L 0.072 0.036 0.010 0.002 0.006 0.009 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.098 0.078 0.536 54 V 0.020 0.010 0.026 0.002 0.118 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.315 0.074 0.075 0.338 55 A 0.084 0.007 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 0.060 0.088 0.605 56 L 0.565 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.085 0.045 0.243 57 Q 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.021 0.146 0.702 58 G 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.217 0.023 0.107 0.638 59 L 0.006 0.002 0.001 0.001 0.004 0.006 0.006 0.002 0.159 0.031 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.225 0.031 0.095 0.423 60 E 0.009 0.012 0.002 0.001 0.052 0.011 0.015 0.004 0.004 0.017 0.005 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.270 0.038 0.094 0.455 61 L 0.017 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.008 0.003 0.001 0.075 0.066 0.084 0.660 62 T 0.177 0.684 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.089 0.007 0.033 63 P 0.017 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.007 0.042 64 L 0.005 0.871 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.056 0.011 0.047 65 H 0.005 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.035 0.004 0.013 66 Q 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.002 0.007 67 A 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 68 R 0.005 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.002 0.007 69 I 0.010 0.899 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.063 0.004 0.011 70 A 0.038 0.656 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.197 0.017 0.041 71 M 0.060 0.603 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.143 0.044 0.121 72 L 0.040 0.369 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.197 0.105 0.262 73 F 0.011 0.508 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.078 0.126 0.260 74 C 0.068 0.725 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.039 0.042 0.110 75 L 0.130 0.621 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.045 0.039 0.146 76 P 0.187 0.411 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.084 0.063 0.186 77 V 0.206 0.083 0.135 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.170 0.074 0.250 78 L 0.194 0.026 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.186 0.035 0.101 0.436 79 E 0.057 0.046 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.030 0.115 0.647 80 L 0.005 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.016 0.138 0.734 81 G 0.200 0.358 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.095 0.055 0.271 82 I 0.392 0.121 0.003 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.079 0.059 0.304 83 E 0.051 0.034 0.023 0.001 0.068 0.026 0.017 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.103 0.098 0.482 84 W 0.104 0.008 0.009 0.001 0.029 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.050 0.114 0.603 85 L 0.672 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.074 0.049 0.159 86 D 0.016 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.017 0.166 0.728 87 G 0.012 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.195 0.071 0.164 0.539 88 F 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.226 0.098 0.161 0.387 89 H 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.491 0.145 0.087 0.249 90 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.031 0.006 0.005 0.003 0.747 0.133 0.013 0.054 91 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.018 0.004 0.851 0.055 0.010 0.042 92 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.017 0.005 0.018 93 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.802 0.026 0.031 0.131 94 Y 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.828 0.029 0.054 0.080 95 P 0.041 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.167 0.053 0.163 0.568