# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.1837 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.166 0.049 0.005 0.048 0.033 0.079 0.091 0.008 0.001 0.060 0.458 2 M 0.072 0.015 0.003 0.042 0.044 0.068 0.113 0.004 0.001 0.068 0.571 3 F 0.008 0.012 0.001 0.069 0.047 0.081 0.119 0.001 0.001 0.027 0.633 4 K 0.030 0.058 0.002 0.034 0.044 0.069 0.086 0.005 0.001 0.033 0.638 5 W 0.193 0.109 0.004 0.020 0.050 0.034 0.091 0.014 0.001 0.046 0.438 6 P 0.121 0.138 0.005 0.028 0.022 0.032 0.097 0.014 0.002 0.048 0.494 7 W 0.110 0.152 0.004 0.017 0.018 0.034 0.071 0.012 0.001 0.036 0.546 8 K 0.170 0.172 0.004 0.018 0.029 0.032 0.069 0.014 0.001 0.048 0.443 9 A 0.080 0.068 0.005 0.020 0.026 0.032 0.093 0.008 0.001 0.140 0.528 10 D 0.049 0.081 0.006 0.020 0.022 0.031 0.102 0.007 0.002 0.110 0.569 11 D 0.153 0.051 0.005 0.012 0.020 0.022 0.092 0.013 0.002 0.089 0.540 12 E 0.145 0.048 0.004 0.017 0.015 0.019 0.104 0.010 0.002 0.047 0.589 13 S 0.094 0.021 0.004 0.014 0.007 0.013 0.090 0.008 0.002 0.044 0.703 14 G 0.093 0.014 0.002 0.015 0.011 0.017 0.109 0.004 0.001 0.031 0.704 15 N 0.061 0.009 0.001 0.014 0.009 0.014 0.112 0.002 0.001 0.069 0.707 16 A 0.010 0.010 0.001 0.020 0.011 0.011 0.147 0.001 0.001 0.044 0.745 17 E 0.032 0.091 0.001 0.021 0.008 0.013 0.117 0.003 0.001 0.021 0.693 18 M 0.071 0.197 0.002 0.012 0.021 0.012 0.111 0.006 0.001 0.036 0.531 19 P 0.050 0.661 0.003 0.007 0.006 0.005 0.038 0.011 0.001 0.019 0.198 20 W 0.106 0.826 0.001 0.003 0.001 0.003 0.009 0.014 0.001 0.006 0.030 21 E 0.149 0.509 0.037 0.012 0.010 0.009 0.025 0.011 0.007 0.056 0.173 22 Q 0.343 0.233 0.011 0.018 0.012 0.019 0.046 0.011 0.003 0.034 0.270 23 A 0.149 0.032 0.004 0.019 0.007 0.013 0.097 0.004 0.001 0.085 0.589 24 L 0.028 0.052 0.005 0.030 0.023 0.025 0.129 0.001 0.001 0.029 0.678 25 A 0.025 0.238 0.001 0.010 0.004 0.010 0.047 0.005 0.001 0.009 0.651 26 I 0.148 0.336 0.008 0.009 0.022 0.011 0.090 0.014 0.001 0.021 0.340 27 P 0.123 0.415 0.025 0.024 0.016 0.017 0.057 0.024 0.006 0.041 0.252 28 V 0.416 0.205 0.010 0.026 0.005 0.014 0.051 0.030 0.003 0.031 0.210 29 L 0.358 0.083 0.008 0.048 0.010 0.016 0.059 0.021 0.002 0.081 0.314 30 A 0.053 0.029 0.002 0.059 0.012 0.024 0.079 0.003 0.001 0.057 0.682 31 H 0.009 0.013 0.001 0.056 0.007 0.016 0.121 0.001 0.001 0.142 0.633 32 L 0.009 0.073 0.003 0.019 0.024 0.014 0.129 0.003 0.001 0.091 0.635 33 S 0.111 0.758 0.001 0.002 0.002 0.001 0.012 0.017 0.001 0.017 0.079 34 S 0.049 0.835 0.001 0.004 0.001 0.001 0.019 0.008 0.001 0.032 0.050 35 T 0.007 0.920 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.021 0.039 36 E 0.017 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.006 0.010 37 Q 0.003 0.091 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.889 0.010 38 H 0.001 0.725 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.219 0.034 39 K 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 40 L 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.003 41 T 0.001 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.004 42 Q 0.001 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.004 43 M 0.002 0.966 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 0.004 44 A 0.003 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.013 0.006 45 A 0.004 0.795 0.002 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.160 0.025 46 R 0.006 0.828 0.006 0.002 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.110 0.033 47 F 0.020 0.897 0.011 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.001 0.031 0.017 48 L 0.037 0.420 0.027 0.005 0.002 0.003 0.037 0.007 0.006 0.359 0.098 49 Q 0.041 0.618 0.010 0.008 0.004 0.007 0.049 0.007 0.002 0.088 0.166 50 Q 0.046 0.519 0.005 0.016 0.004 0.010 0.051 0.012 0.001 0.047 0.290 51 K 0.062 0.307 0.035 0.028 0.027 0.030 0.071 0.008 0.004 0.096 0.331 52 R 0.060 0.270 0.006 0.040 0.021 0.052 0.076 0.009 0.002 0.053 0.412 53 L 0.125 0.118 0.008 0.069 0.023 0.034 0.086 0.008 0.006 0.060 0.463 54 V 0.051 0.022 0.073 0.163 0.053 0.078 0.091 0.007 0.032 0.097 0.334 55 A 0.173 0.012 0.002 0.057 0.010 0.035 0.094 0.007 0.001 0.043 0.566 56 L 0.230 0.004 0.002 0.037 0.010 0.015 0.099 0.006 0.001 0.054 0.541 57 Q 0.016 0.005 0.001 0.115 0.018 0.053 0.146 0.001 0.001 0.025 0.621 58 G 0.018 0.004 0.001 0.037 0.012 0.080 0.085 0.002 0.001 0.060 0.701 59 L 0.008 0.001 0.001 0.105 0.336 0.121 0.067 0.001 0.001 0.033 0.327 60 E 0.003 0.007 0.001 0.234 0.059 0.164 0.086 0.001 0.001 0.041 0.404 61 L 0.012 0.068 0.002 0.078 0.044 0.039 0.090 0.003 0.001 0.048 0.615 62 T 0.268 0.578 0.001 0.003 0.002 0.002 0.012 0.021 0.001 0.085 0.028 63 P 0.026 0.871 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.026 0.060 64 L 0.004 0.857 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.070 0.056 65 H 0.002 0.932 0.001 0.003 0.003 0.006 0.004 0.001 0.001 0.036 0.013 66 Q 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.005 67 A 0.001 0.961 0.001 0.003 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.014 0.011 68 R 0.002 0.970 0.001 0.003 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.008 0.008 69 I 0.011 0.927 0.003 0.009 0.003 0.007 0.005 0.002 0.001 0.021 0.012 70 A 0.031 0.695 0.031 0.017 0.007 0.011 0.020 0.004 0.004 0.116 0.065 71 M 0.124 0.536 0.008 0.019 0.010 0.015 0.042 0.008 0.001 0.060 0.177 72 L 0.056 0.139 0.010 0.023 0.016 0.021 0.082 0.003 0.001 0.255 0.393 73 F 0.014 0.241 0.007 0.031 0.018 0.025 0.094 0.003 0.001 0.090 0.477 74 C 0.050 0.666 0.003 0.007 0.006 0.010 0.031 0.016 0.001 0.029 0.181 75 L 0.083 0.469 0.021 0.012 0.025 0.013 0.053 0.014 0.005 0.053 0.253 76 P 0.142 0.553 0.012 0.016 0.009 0.013 0.036 0.014 0.006 0.026 0.173 77 V 0.269 0.109 0.079 0.023 0.007 0.015 0.063 0.025 0.033 0.085 0.291 78 L 0.409 0.049 0.007 0.035 0.009 0.015 0.074 0.009 0.003 0.027 0.365 79 E 0.086 0.036 0.001 0.024 0.004 0.013 0.072 0.003 0.001 0.017 0.742 80 L 0.017 0.053 0.002 0.024 0.009 0.007 0.086 0.002 0.001 0.014 0.786 81 G 0.080 0.423 0.002 0.017 0.010 0.018 0.053 0.024 0.001 0.045 0.328 82 I 0.185 0.230 0.002 0.011 0.021 0.012 0.075 0.011 0.001 0.067 0.386 83 E 0.075 0.155 0.037 0.066 0.034 0.039 0.072 0.010 0.011 0.136 0.364 84 W 0.305 0.063 0.004 0.017 0.010 0.021 0.074 0.014 0.003 0.059 0.430 85 L 0.472 0.019 0.008 0.016 0.012 0.011 0.065 0.010 0.004 0.062 0.320 86 D 0.044 0.004 0.002 0.020 0.007 0.015 0.117 0.001 0.001 0.027 0.761 87 G 0.017 0.002 0.001 0.034 0.007 0.028 0.160 0.001 0.001 0.030 0.720 88 F 0.010 0.001 0.002 0.090 0.052 0.067 0.178 0.002 0.001 0.070 0.530 89 H 0.003 0.001 0.001 0.313 0.042 0.070 0.091 0.001 0.001 0.103 0.377 90 E 0.001 0.001 0.001 0.535 0.050 0.128 0.024 0.001 0.001 0.107 0.154 91 V 0.001 0.001 0.001 0.692 0.086 0.072 0.009 0.001 0.001 0.067 0.074 92 L 0.001 0.001 0.001 0.799 0.078 0.065 0.004 0.001 0.001 0.028 0.026 93 I 0.001 0.001 0.001 0.800 0.053 0.051 0.008 0.001 0.001 0.027 0.059 94 Y 0.003 0.001 0.001 0.657 0.077 0.081 0.028 0.001 0.001 0.035 0.118 95 P 0.141 0.006 0.001 0.131 0.028 0.040 0.116 0.006 0.001 0.098 0.432