# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.1837 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.110 0.078 0.011 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.117 0.022 0.081 0.565 2 M 0.099 0.098 0.011 0.002 0.007 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.002 0.206 0.018 0.089 0.442 3 F 0.088 0.099 0.009 0.002 0.006 0.008 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.005 0.004 0.286 0.018 0.062 0.382 4 K 0.080 0.067 0.011 0.001 0.002 0.003 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.249 0.019 0.054 0.492 5 W 0.063 0.047 0.007 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.008 0.004 0.007 0.003 0.003 0.004 0.005 0.005 0.168 0.012 0.070 0.583 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.984 7 W 0.036 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.004 0.003 0.003 0.002 0.107 0.010 0.226 0.579 8 K 0.314 0.034 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.093 0.017 0.071 0.454 9 A 0.079 0.046 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.009 0.076 0.704 10 D 0.063 0.038 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.016 0.126 0.667 11 D 0.126 0.035 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.012 0.113 0.664 12 E 0.094 0.076 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.013 0.261 0.501 13 S 0.194 0.165 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.036 0.283 0.265 14 G 0.284 0.221 0.012 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.040 0.053 0.344 15 N 0.146 0.102 0.036 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.024 0.099 0.540 16 A 0.243 0.093 0.048 0.003 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.021 0.090 0.393 17 E 0.084 0.066 0.028 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.014 0.132 0.617 18 M 0.112 0.047 0.016 0.003 0.004 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.012 0.098 0.598 19 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.988 20 W 0.040 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.003 0.134 0.710 21 E 0.052 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.003 0.098 0.733 22 Q 0.173 0.230 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.090 0.484 23 A 0.142 0.583 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.007 0.039 0.209 24 L 0.157 0.654 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.012 0.026 0.124 25 A 0.166 0.585 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.049 0.020 0.141 26 I 0.276 0.373 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.051 0.013 0.216 27 P 0.001 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.969 28 V 0.052 0.099 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.006 0.058 0.682 29 L 0.098 0.388 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.005 0.057 0.384 30 A 0.241 0.458 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.009 0.029 0.207 31 H 0.402 0.277 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.036 0.018 0.229 32 L 0.482 0.156 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.038 0.031 0.215 33 S 0.069 0.073 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.025 0.197 0.583 34 S 0.024 0.032 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.006 0.057 0.835 35 T 0.004 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.443 0.521 36 E 0.050 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.817 0.104 37 Q 0.044 0.831 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.098 38 H 0.037 0.862 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.013 0.079 39 K 0.030 0.787 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.019 0.153 40 L 0.023 0.876 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.075 41 T 0.012 0.923 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.049 42 Q 0.009 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.042 43 M 0.009 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.022 44 A 0.006 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 45 A 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 46 R 0.012 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.015 47 F 0.023 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.015 48 L 0.019 0.948 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.003 0.018 49 Q 0.028 0.872 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.013 0.055 50 Q 0.102 0.736 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.047 0.014 0.081 51 K 0.181 0.580 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.060 0.011 0.125 52 R 0.115 0.340 0.069 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.066 0.049 0.043 0.312 53 L 0.090 0.233 0.090 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.004 0.001 0.146 0.027 0.038 0.344 54 V 0.063 0.150 0.016 0.003 0.002 0.002 0.004 0.002 0.002 0.004 0.010 0.002 0.033 0.019 0.006 0.003 0.323 0.020 0.059 0.279 55 A 0.031 0.062 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.171 0.008 0.039 0.640 56 L 0.036 0.090 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.371 0.012 0.070 0.341 57 Q 0.081 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.157 0.029 0.090 0.615 58 G 0.090 0.009 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.134 0.026 0.104 0.622 59 L 0.206 0.010 0.032 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.002 0.002 0.276 0.026 0.116 0.310 60 E 0.023 0.009 0.004 0.004 0.018 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.010 0.014 0.005 0.268 0.007 0.255 0.357 61 L 0.004 0.006 0.004 0.003 0.032 0.008 0.008 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.194 0.002 0.057 0.667 62 T 0.012 0.020 0.001 0.001 0.002 0.022 0.012 0.006 0.031 0.022 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.264 0.004 0.305 0.281 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.981 64 L 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.596 0.385 65 H 0.241 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.022 0.532 0.156 66 Q 0.028 0.831 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.027 0.094 67 A 0.009 0.825 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.006 0.026 0.089 68 R 0.007 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.002 0.003 0.017 69 I 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.008 70 A 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.008 71 M 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.006 72 L 0.018 0.930 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.004 0.029 73 F 0.104 0.760 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.036 0.009 0.066 74 C 0.139 0.602 0.069 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.035 0.012 0.139 75 L 0.152 0.545 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.013 0.019 0.213 76 P 0.002 0.065 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.925 77 V 0.126 0.546 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.007 0.032 0.260 78 L 0.099 0.856 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.006 0.027 79 E 0.157 0.751 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 0.005 0.057 80 L 0.289 0.521 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.057 0.006 0.095 81 G 0.245 0.225 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.071 0.050 0.360 82 I 0.107 0.075 0.329 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.014 0.049 0.406 83 E 0.043 0.095 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.006 0.002 0.001 0.034 0.008 0.130 0.652 84 W 0.280 0.094 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.014 0.105 0.455 85 L 0.157 0.491 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.008 0.033 0.159 86 D 0.104 0.114 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.017 0.031 0.708 87 G 0.199 0.040 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.049 0.069 0.586 88 F 0.637 0.014 0.040 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.017 0.054 0.183 89 H 0.036 0.013 0.011 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.596 0.009 0.074 0.249 90 E 0.005 0.002 0.002 0.002 0.045 0.009 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.579 0.003 0.086 0.244 91 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.701 0.001 0.027 0.225 92 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.001 0.006 0.011 93 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.761 0.001 0.018 0.209 94 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.956 0.001 0.017 0.016 95 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.001 0.009 0.917