# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.1837 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.056 0.042 0.005 0.046 0.073 0.110 0.094 0.002 0.001 0.006 0.565 2 M 0.084 0.059 0.004 0.076 0.113 0.192 0.075 0.002 0.001 0.005 0.389 3 F 0.070 0.073 0.003 0.054 0.095 0.164 0.080 0.003 0.001 0.005 0.453 4 K 0.078 0.052 0.005 0.037 0.050 0.118 0.084 0.005 0.001 0.005 0.566 5 W 0.076 0.030 0.005 0.033 0.044 0.083 0.085 0.004 0.001 0.002 0.638 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.991 7 W 0.008 0.002 0.001 0.006 0.007 0.017 0.110 0.001 0.001 0.001 0.848 8 K 0.287 0.027 0.002 0.019 0.016 0.027 0.123 0.001 0.001 0.009 0.489 9 A 0.124 0.049 0.003 0.015 0.011 0.019 0.057 0.002 0.001 0.004 0.718 10 D 0.055 0.046 0.003 0.020 0.015 0.031 0.096 0.001 0.001 0.004 0.729 11 D 0.095 0.048 0.002 0.021 0.013 0.024 0.095 0.002 0.001 0.006 0.693 12 E 0.112 0.121 0.004 0.017 0.022 0.028 0.208 0.004 0.001 0.008 0.475 13 S 0.239 0.181 0.005 0.017 0.016 0.031 0.216 0.008 0.001 0.011 0.277 14 G 0.301 0.243 0.008 0.017 0.017 0.028 0.068 0.017 0.001 0.012 0.290 15 N 0.140 0.089 0.023 0.017 0.012 0.018 0.085 0.017 0.001 0.010 0.589 16 A 0.171 0.064 0.040 0.028 0.028 0.035 0.080 0.007 0.001 0.011 0.535 17 E 0.045 0.017 0.009 0.015 0.006 0.016 0.108 0.004 0.001 0.005 0.774 18 M 0.110 0.020 0.013 0.032 0.016 0.027 0.190 0.002 0.001 0.004 0.586 19 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.984 20 W 0.007 0.005 0.001 0.013 0.005 0.027 0.065 0.001 0.001 0.001 0.878 21 E 0.081 0.094 0.001 0.025 0.015 0.026 0.140 0.001 0.001 0.008 0.610 22 Q 0.174 0.246 0.001 0.010 0.016 0.022 0.103 0.002 0.001 0.005 0.420 23 A 0.202 0.588 0.002 0.009 0.012 0.016 0.016 0.003 0.001 0.002 0.150 24 L 0.089 0.642 0.004 0.007 0.022 0.028 0.022 0.006 0.001 0.002 0.178 25 A 0.219 0.292 0.014 0.008 0.009 0.026 0.034 0.029 0.001 0.003 0.364 26 I 0.233 0.293 0.032 0.018 0.018 0.023 0.035 0.014 0.001 0.001 0.332 27 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.992 28 V 0.010 0.045 0.008 0.028 0.030 0.080 0.103 0.001 0.001 0.001 0.694 29 L 0.120 0.392 0.002 0.053 0.070 0.070 0.049 0.002 0.001 0.005 0.238 30 A 0.168 0.377 0.001 0.022 0.032 0.033 0.043 0.009 0.001 0.003 0.310 31 H 0.419 0.313 0.003 0.023 0.011 0.019 0.030 0.026 0.001 0.002 0.155 32 L 0.597 0.177 0.020 0.028 0.011 0.018 0.026 0.021 0.001 0.002 0.100 33 S 0.054 0.062 0.055 0.012 0.008 0.011 0.188 0.013 0.001 0.006 0.590 34 S 0.005 0.005 0.005 0.005 0.001 0.003 0.029 0.001 0.001 0.005 0.942 35 T 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.347 0.001 0.001 0.003 0.638 36 E 0.074 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.744 0.001 0.001 0.009 0.161 37 Q 0.225 0.453 0.004 0.005 0.001 0.003 0.089 0.001 0.001 0.004 0.215 38 H 0.029 0.777 0.005 0.003 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.165 39 K 0.018 0.850 0.005 0.002 0.001 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.108 40 L 0.017 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.047 41 T 0.008 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.042 42 Q 0.010 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.058 43 M 0.008 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 44 A 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 45 A 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 46 R 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 47 F 0.012 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.007 48 L 0.014 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.006 49 Q 0.040 0.883 0.007 0.002 0.003 0.002 0.003 0.023 0.001 0.001 0.037 50 Q 0.184 0.651 0.019 0.006 0.002 0.003 0.007 0.054 0.001 0.001 0.074 51 K 0.206 0.515 0.050 0.017 0.006 0.006 0.013 0.039 0.001 0.002 0.146 52 R 0.088 0.159 0.199 0.066 0.022 0.015 0.072 0.024 0.001 0.003 0.352 53 L 0.069 0.124 0.081 0.171 0.045 0.053 0.040 0.009 0.001 0.003 0.405 54 V 0.044 0.087 0.006 0.435 0.102 0.119 0.037 0.004 0.001 0.004 0.163 55 A 0.014 0.031 0.002 0.112 0.048 0.057 0.060 0.007 0.001 0.001 0.668 56 L 0.033 0.038 0.003 0.402 0.112 0.191 0.035 0.003 0.001 0.003 0.181 57 Q 0.028 0.025 0.002 0.113 0.090 0.124 0.137 0.003 0.001 0.010 0.467 58 G 0.085 0.011 0.007 0.097 0.043 0.056 0.122 0.005 0.001 0.032 0.542 59 L 0.190 0.016 0.024 0.109 0.108 0.097 0.139 0.002 0.001 0.007 0.308 60 E 0.077 0.010 0.003 0.206 0.145 0.186 0.089 0.001 0.001 0.010 0.272 61 L 0.027 0.011 0.014 0.073 0.063 0.108 0.101 0.001 0.001 0.005 0.596 62 T 0.041 0.009 0.002 0.158 0.061 0.173 0.237 0.001 0.001 0.004 0.316 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.994 64 L 0.001 0.006 0.001 0.007 0.004 0.017 0.363 0.001 0.001 0.003 0.596 65 H 0.167 0.061 0.001 0.003 0.001 0.003 0.511 0.001 0.001 0.015 0.239 66 Q 0.078 0.826 0.001 0.002 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.078 67 A 0.005 0.937 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.046 68 R 0.004 0.964 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.025 69 I 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 70 A 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 71 M 0.010 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 72 L 0.040 0.928 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.019 73 F 0.043 0.883 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.045 74 C 0.070 0.753 0.049 0.003 0.001 0.001 0.003 0.037 0.001 0.001 0.084 75 L 0.041 0.783 0.038 0.006 0.003 0.003 0.004 0.009 0.001 0.001 0.113 76 P 0.002 0.123 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.861 77 V 0.042 0.710 0.009 0.008 0.004 0.011 0.008 0.011 0.001 0.001 0.197 78 L 0.046 0.883 0.001 0.008 0.011 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.038 79 E 0.083 0.769 0.004 0.005 0.010 0.007 0.015 0.014 0.001 0.001 0.092 80 L 0.239 0.569 0.011 0.011 0.004 0.005 0.013 0.027 0.001 0.002 0.120 81 G 0.248 0.204 0.035 0.014 0.007 0.011 0.057 0.053 0.001 0.007 0.363 82 I 0.137 0.049 0.234 0.021 0.008 0.015 0.083 0.006 0.001 0.003 0.443 83 E 0.016 0.036 0.011 0.033 0.013 0.015 0.251 0.002 0.001 0.005 0.617 84 W 0.091 0.068 0.009 0.034 0.015 0.027 0.229 0.003 0.001 0.005 0.519 85 L 0.133 0.424 0.005 0.072 0.038 0.076 0.061 0.006 0.001 0.003 0.182 86 D 0.080 0.225 0.004 0.032 0.039 0.045 0.070 0.008 0.001 0.015 0.483 87 G 0.249 0.080 0.010 0.024 0.022 0.031 0.066 0.021 0.001 0.018 0.478 88 F 0.528 0.057 0.060 0.044 0.025 0.048 0.095 0.012 0.001 0.006 0.124 89 H 0.131 0.045 0.021 0.190 0.171 0.163 0.048 0.006 0.001 0.017 0.209 90 E 0.023 0.010 0.023 0.345 0.132 0.162 0.068 0.003 0.001 0.004 0.230 91 V 0.011 0.003 0.002 0.595 0.168 0.136 0.015 0.001 0.001 0.001 0.068 92 L 0.002 0.001 0.001 0.626 0.115 0.222 0.006 0.001 0.001 0.001 0.027 93 I 0.001 0.001 0.001 0.659 0.073 0.196 0.008 0.001 0.001 0.002 0.058 94 Y 0.003 0.001 0.001 0.699 0.084 0.158 0.010 0.001 0.001 0.002 0.042 95 P 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.006 0.024 0.001 0.001 0.001 0.952