# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.1837 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.163 0.136 0.036 0.012 0.298 0.016 0.036 0.122 0.070 0.062 0.050 2 M 0.204 0.106 0.026 0.013 0.299 0.019 0.033 0.107 0.063 0.062 0.068 3 F 0.119 0.186 0.060 0.025 0.270 0.032 0.053 0.095 0.055 0.058 0.047 4 K 0.110 0.173 0.098 0.033 0.183 0.029 0.048 0.069 0.060 0.136 0.062 5 W 0.089 0.316 0.162 0.013 0.272 0.007 0.011 0.043 0.030 0.029 0.026 6 P 0.078 0.217 0.067 0.012 0.160 0.020 0.048 0.192 0.125 0.048 0.033 7 W 0.061 0.175 0.077 0.019 0.129 0.023 0.075 0.217 0.113 0.078 0.035 8 K 0.093 0.140 0.086 0.027 0.147 0.022 0.034 0.194 0.083 0.110 0.065 9 A 0.047 0.171 0.082 0.025 0.097 0.025 0.040 0.263 0.126 0.096 0.029 10 D 0.065 0.128 0.053 0.019 0.142 0.020 0.036 0.267 0.109 0.120 0.040 11 D 0.056 0.077 0.042 0.009 0.116 0.011 0.030 0.404 0.164 0.069 0.022 12 E 0.041 0.035 0.020 0.008 0.046 0.015 0.078 0.517 0.164 0.057 0.020 13 S 0.043 0.109 0.058 0.055 0.078 0.049 0.084 0.241 0.125 0.130 0.030 14 G 0.029 0.122 0.089 0.127 0.048 0.044 0.054 0.202 0.121 0.127 0.036 15 N 0.042 0.057 0.047 0.028 0.066 0.014 0.027 0.128 0.111 0.392 0.088 16 A 0.051 0.299 0.113 0.011 0.194 0.012 0.028 0.116 0.088 0.069 0.019 17 E 0.070 0.209 0.109 0.020 0.114 0.022 0.042 0.141 0.085 0.135 0.053 18 M 0.040 0.388 0.251 0.011 0.138 0.007 0.014 0.081 0.034 0.022 0.013 19 P 0.046 0.275 0.081 0.005 0.080 0.008 0.021 0.333 0.091 0.036 0.023 20 W 0.019 0.020 0.005 0.002 0.026 0.003 0.008 0.629 0.251 0.029 0.009 21 E 0.006 0.008 0.002 0.001 0.014 0.006 0.011 0.766 0.171 0.012 0.003 22 Q 0.010 0.008 0.003 0.001 0.017 0.002 0.016 0.782 0.126 0.031 0.004 23 A 0.019 0.011 0.004 0.002 0.019 0.005 0.027 0.718 0.127 0.060 0.010 24 L 0.018 0.072 0.022 0.007 0.047 0.009 0.029 0.596 0.138 0.053 0.009 25 A 0.035 0.057 0.036 0.008 0.067 0.012 0.043 0.401 0.147 0.165 0.028 26 I 0.029 0.391 0.190 0.008 0.103 0.007 0.021 0.181 0.049 0.012 0.010 27 P 0.066 0.160 0.049 0.007 0.122 0.013 0.056 0.364 0.091 0.039 0.033 28 V 0.069 0.058 0.010 0.003 0.073 0.005 0.024 0.436 0.230 0.058 0.034 29 L 0.049 0.027 0.005 0.003 0.054 0.009 0.016 0.429 0.339 0.040 0.028 30 A 0.011 0.032 0.014 0.006 0.032 0.035 0.177 0.454 0.195 0.037 0.006 31 H 0.047 0.041 0.024 0.006 0.068 0.006 0.043 0.186 0.125 0.415 0.038 32 L 0.058 0.332 0.129 0.013 0.197 0.009 0.018 0.047 0.051 0.116 0.031 33 S 0.032 0.535 0.247 0.004 0.127 0.002 0.004 0.023 0.009 0.007 0.009 34 S 0.003 0.017 0.004 0.001 0.007 0.003 0.020 0.546 0.381 0.016 0.002 35 T 0.002 0.008 0.003 0.001 0.004 0.002 0.021 0.800 0.137 0.021 0.002 36 E 0.004 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.755 0.097 0.117 0.009 37 Q 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.926 0.055 0.008 0.002 38 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.951 0.041 0.002 0.001 39 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.970 0.019 0.004 0.001 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.024 0.001 0.001 41 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.027 0.001 0.001 42 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.011 0.001 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.009 0.001 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.021 0.001 0.001 45 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.027 0.001 0.001 46 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.980 0.016 0.001 0.001 47 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.963 0.024 0.002 0.001 48 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.849 0.124 0.009 0.002 49 Q 0.003 0.007 0.003 0.001 0.005 0.004 0.039 0.825 0.098 0.012 0.002 50 Q 0.022 0.027 0.010 0.002 0.024 0.004 0.074 0.668 0.113 0.038 0.018 51 K 0.085 0.122 0.030 0.004 0.145 0.012 0.056 0.364 0.087 0.050 0.044 52 R 0.160 0.082 0.009 0.004 0.217 0.011 0.050 0.242 0.076 0.080 0.070 53 L 0.322 0.059 0.007 0.005 0.311 0.008 0.014 0.093 0.044 0.032 0.104 54 V 0.091 0.135 0.058 0.029 0.201 0.106 0.158 0.129 0.037 0.035 0.021 55 A 0.196 0.110 0.075 0.027 0.153 0.017 0.059 0.111 0.046 0.108 0.099 56 L 0.120 0.077 0.052 0.110 0.121 0.067 0.061 0.090 0.085 0.120 0.097 57 Q 0.013 0.104 0.074 0.308 0.031 0.184 0.141 0.049 0.046 0.037 0.012 58 G 0.047 0.015 0.014 0.044 0.028 0.010 0.012 0.018 0.052 0.582 0.178 59 L 0.101 0.276 0.050 0.003 0.513 0.003 0.004 0.007 0.011 0.014 0.017 60 E 0.206 0.163 0.017 0.003 0.526 0.007 0.022 0.015 0.006 0.013 0.022 61 L 0.186 0.301 0.039 0.019 0.260 0.015 0.014 0.012 0.014 0.051 0.088 62 T 0.049 0.240 0.478 0.016 0.191 0.005 0.002 0.008 0.003 0.003 0.006 63 P 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.017 0.648 0.319 0.003 0.001 64 L 0.013 0.025 0.011 0.004 0.016 0.007 0.034 0.457 0.146 0.275 0.012 65 H 0.042 0.091 0.019 0.003 0.086 0.006 0.013 0.496 0.075 0.121 0.048 66 Q 0.029 0.022 0.004 0.001 0.032 0.004 0.019 0.801 0.059 0.017 0.011 67 A 0.029 0.019 0.002 0.001 0.053 0.002 0.004 0.828 0.054 0.006 0.003 68 R 0.008 0.004 0.001 0.001 0.016 0.001 0.006 0.943 0.019 0.001 0.001 69 I 0.025 0.005 0.001 0.001 0.029 0.001 0.003 0.903 0.028 0.002 0.004 70 A 0.005 0.004 0.001 0.001 0.009 0.001 0.008 0.936 0.033 0.002 0.002 71 M 0.010 0.004 0.001 0.001 0.014 0.001 0.011 0.863 0.090 0.004 0.003 72 L 0.005 0.006 0.002 0.001 0.007 0.004 0.032 0.815 0.115 0.010 0.003 73 F 0.011 0.025 0.008 0.002 0.024 0.005 0.085 0.720 0.086 0.029 0.006 74 C 0.043 0.030 0.015 0.005 0.041 0.005 0.024 0.502 0.193 0.106 0.035 75 L 0.018 0.173 0.063 0.005 0.055 0.007 0.016 0.533 0.110 0.014 0.008 76 P 0.022 0.068 0.019 0.002 0.048 0.003 0.033 0.684 0.094 0.013 0.012 77 V 0.036 0.012 0.003 0.002 0.022 0.004 0.023 0.663 0.195 0.029 0.014 78 L 0.009 0.056 0.010 0.005 0.024 0.019 0.062 0.648 0.139 0.021 0.008 79 E 0.081 0.046 0.055 0.014 0.084 0.023 0.082 0.362 0.053 0.117 0.084 80 L 0.013 0.488 0.210 0.019 0.056 0.015 0.041 0.099 0.032 0.019 0.008 81 G 0.099 0.077 0.045 0.043 0.060 0.024 0.019 0.062 0.036 0.292 0.242 82 I 0.090 0.179 0.033 0.012 0.243 0.012 0.013 0.157 0.143 0.068 0.049 83 E 0.060 0.080 0.052 0.016 0.108 0.053 0.098 0.351 0.107 0.051 0.025 84 W 0.121 0.087 0.035 0.015 0.087 0.012 0.076 0.261 0.108 0.156 0.042 85 L 0.154 0.092 0.047 0.083 0.193 0.030 0.022 0.123 0.098 0.092 0.064 86 D 0.009 0.032 0.050 0.216 0.012 0.190 0.090 0.222 0.152 0.022 0.005 87 G 0.045 0.020 0.025 0.035 0.042 0.015 0.041 0.068 0.068 0.593 0.049 88 F 0.366 0.079 0.017 0.005 0.301 0.006 0.011 0.027 0.029 0.074 0.084 89 H 0.102 0.152 0.024 0.012 0.253 0.104 0.225 0.041 0.023 0.037 0.027 90 E 0.313 0.051 0.005 0.002 0.590 0.003 0.011 0.003 0.004 0.004 0.014 91 V 0.128 0.050 0.003 0.001 0.808 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 92 L 0.252 0.022 0.001 0.001 0.704 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 93 I 0.305 0.085 0.009 0.004 0.377 0.003 0.003 0.001 0.001 0.019 0.193 94 Y 0.097 0.331 0.203 0.021 0.297 0.008 0.005 0.001 0.001 0.008 0.027 95 P 0.103 0.392 0.172 0.023 0.231 0.009 0.010 0.010 0.017 0.012 0.020