# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.1837 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.497 0.225 0.111 0.085 0.052 0.025 0.005 2 M 0.264 0.174 0.164 0.171 0.132 0.078 0.015 3 F 0.221 0.174 0.199 0.199 0.139 0.060 0.008 4 K 0.441 0.319 0.137 0.064 0.027 0.010 0.001 5 W 0.227 0.180 0.191 0.205 0.140 0.051 0.005 6 P 0.305 0.253 0.183 0.140 0.084 0.032 0.003 7 W 0.218 0.217 0.231 0.191 0.105 0.036 0.002 8 K 0.370 0.262 0.184 0.118 0.050 0.014 0.001 9 A 0.400 0.242 0.173 0.116 0.055 0.014 0.001 10 D 0.569 0.254 0.108 0.050 0.016 0.004 0.001 11 D 0.479 0.242 0.158 0.084 0.030 0.007 0.001 12 E 0.435 0.288 0.156 0.086 0.027 0.007 0.001 13 S 0.297 0.207 0.220 0.173 0.080 0.022 0.001 14 G 0.418 0.286 0.171 0.089 0.029 0.007 0.001 15 N 0.462 0.323 0.135 0.055 0.020 0.005 0.001 16 A 0.141 0.147 0.203 0.276 0.179 0.050 0.003 17 E 0.291 0.335 0.198 0.114 0.047 0.014 0.001 18 M 0.254 0.245 0.235 0.175 0.068 0.021 0.002 19 P 0.346 0.353 0.175 0.083 0.032 0.009 0.001 20 W 0.067 0.082 0.149 0.284 0.268 0.135 0.015 21 E 0.183 0.281 0.244 0.174 0.083 0.032 0.003 22 Q 0.166 0.287 0.236 0.177 0.089 0.040 0.006 23 A 0.044 0.063 0.097 0.208 0.287 0.239 0.061 24 L 0.038 0.073 0.126 0.209 0.263 0.236 0.055 25 A 0.071 0.159 0.199 0.206 0.164 0.151 0.050 26 I 0.040 0.068 0.127 0.209 0.262 0.223 0.071 27 P 0.033 0.065 0.100 0.156 0.248 0.282 0.115 28 V 0.016 0.042 0.067 0.126 0.235 0.363 0.151 29 L 0.037 0.082 0.145 0.232 0.266 0.204 0.036 30 A 0.112 0.278 0.271 0.186 0.107 0.042 0.003 31 H 0.090 0.216 0.292 0.243 0.118 0.039 0.002 32 L 0.048 0.058 0.160 0.346 0.290 0.094 0.004 33 S 0.401 0.366 0.147 0.058 0.024 0.003 0.001 34 S 0.687 0.277 0.028 0.007 0.002 0.001 0.001 35 T 0.642 0.303 0.041 0.012 0.002 0.001 0.001 36 E 0.354 0.306 0.200 0.107 0.031 0.003 0.001 37 Q 0.317 0.335 0.231 0.091 0.023 0.003 0.001 38 H 0.458 0.345 0.141 0.045 0.010 0.001 0.001 39 K 0.135 0.317 0.339 0.168 0.035 0.005 0.001 40 L 0.041 0.053 0.097 0.204 0.359 0.228 0.018 41 T 0.048 0.163 0.319 0.329 0.111 0.028 0.001 42 Q 0.268 0.397 0.202 0.093 0.031 0.009 0.001 43 M 0.024 0.066 0.169 0.326 0.265 0.130 0.020 44 A 0.018 0.033 0.059 0.148 0.309 0.351 0.082 45 A 0.048 0.150 0.247 0.250 0.189 0.098 0.017 46 R 0.072 0.175 0.233 0.236 0.177 0.086 0.020 47 F 0.017 0.032 0.058 0.145 0.223 0.383 0.141 48 L 0.025 0.044 0.099 0.217 0.260 0.260 0.094 49 Q 0.094 0.223 0.227 0.202 0.153 0.082 0.018 50 Q 0.092 0.193 0.194 0.231 0.181 0.090 0.019 51 K 0.027 0.043 0.075 0.174 0.291 0.317 0.073 52 R 0.053 0.169 0.208 0.243 0.197 0.110 0.020 53 L 0.051 0.063 0.114 0.230 0.287 0.210 0.045 54 V 0.102 0.191 0.238 0.224 0.158 0.075 0.011 55 A 0.127 0.205 0.179 0.202 0.155 0.110 0.022 56 L 0.063 0.081 0.166 0.252 0.240 0.156 0.042 57 Q 0.154 0.266 0.261 0.193 0.083 0.038 0.005 58 G 0.172 0.243 0.209 0.176 0.125 0.064 0.012 59 L 0.045 0.051 0.092 0.203 0.310 0.258 0.042 60 E 0.101 0.294 0.271 0.205 0.092 0.034 0.003 61 L 0.038 0.064 0.118 0.243 0.302 0.210 0.025 62 T 0.191 0.278 0.231 0.195 0.084 0.019 0.001 63 P 0.474 0.359 0.098 0.043 0.019 0.006 0.001 64 L 0.223 0.284 0.247 0.166 0.058 0.018 0.003 65 H 0.076 0.122 0.209 0.274 0.225 0.085 0.009 66 Q 0.099 0.241 0.276 0.209 0.108 0.056 0.013 67 A 0.035 0.045 0.082 0.177 0.284 0.292 0.085 68 R 0.039 0.090 0.155 0.233 0.234 0.193 0.056 69 I 0.014 0.019 0.031 0.066 0.148 0.378 0.344 70 A 0.010 0.017 0.034 0.081 0.132 0.280 0.445 71 M 0.006 0.010 0.018 0.047 0.116 0.314 0.490 72 L 0.009 0.020 0.040 0.083 0.157 0.281 0.409 73 F 0.005 0.011 0.021 0.051 0.106 0.304 0.500 74 C 0.004 0.008 0.015 0.043 0.098 0.293 0.537 75 L 0.010 0.019 0.032 0.075 0.168 0.335 0.362 76 P 0.016 0.040 0.071 0.145 0.235 0.292 0.202 77 V 0.016 0.029 0.044 0.111 0.175 0.368 0.257 78 L 0.013 0.035 0.068 0.167 0.309 0.314 0.093 79 E 0.066 0.193 0.271 0.261 0.141 0.058 0.010 80 L 0.038 0.107 0.222 0.281 0.237 0.104 0.011 81 G 0.113 0.236 0.221 0.228 0.123 0.070 0.009 82 I 0.032 0.072 0.218 0.339 0.251 0.083 0.004 83 E 0.199 0.466 0.219 0.090 0.022 0.004 0.001 84 W 0.015 0.050 0.100 0.258 0.362 0.202 0.014 85 L 0.014 0.052 0.112 0.315 0.312 0.186 0.010 86 D 0.174 0.376 0.278 0.127 0.036 0.009 0.001 87 G 0.091 0.302 0.348 0.197 0.052 0.009 0.001 88 F 0.006 0.015 0.030 0.119 0.360 0.390 0.080 89 H 0.006 0.057 0.185 0.394 0.236 0.114 0.008 90 E 0.046 0.173 0.227 0.249 0.172 0.115 0.018 91 V 0.013 0.025 0.057 0.150 0.265 0.375 0.115 92 L 0.017 0.023 0.040 0.130 0.212 0.373 0.206 93 I 0.035 0.072 0.132 0.209 0.200 0.231 0.120 94 Y 0.086 0.121 0.158 0.219 0.215 0.154 0.047 95 P 0.320 0.262 0.161 0.131 0.069 0.046 0.011