# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.1837 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.183 0.106 0.125 0.132 0.128 0.120 0.083 0.049 0.032 0.019 0.014 0.005 0.002 0.001 2 M 0.070 0.044 0.054 0.095 0.149 0.152 0.143 0.111 0.091 0.044 0.026 0.013 0.006 0.002 3 F 0.081 0.070 0.074 0.136 0.134 0.158 0.134 0.087 0.051 0.035 0.023 0.009 0.005 0.001 4 K 0.363 0.223 0.150 0.098 0.068 0.038 0.030 0.014 0.009 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 5 W 0.103 0.081 0.125 0.155 0.165 0.140 0.109 0.056 0.032 0.019 0.011 0.003 0.001 0.001 6 P 0.162 0.102 0.134 0.136 0.161 0.121 0.088 0.051 0.027 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 7 W 0.227 0.127 0.145 0.157 0.147 0.079 0.051 0.036 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 8 K 0.358 0.155 0.125 0.135 0.106 0.056 0.029 0.018 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 9 A 0.410 0.162 0.134 0.115 0.088 0.046 0.021 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 10 D 0.457 0.170 0.121 0.112 0.077 0.031 0.015 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.466 0.164 0.124 0.108 0.071 0.037 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.499 0.165 0.120 0.096 0.063 0.029 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 S 0.331 0.137 0.130 0.130 0.109 0.074 0.045 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 14 G 0.484 0.184 0.101 0.093 0.066 0.036 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 15 N 0.413 0.201 0.163 0.093 0.063 0.031 0.018 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.153 0.074 0.089 0.140 0.177 0.164 0.099 0.053 0.026 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 17 E 0.238 0.174 0.176 0.141 0.118 0.068 0.043 0.021 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 18 M 0.291 0.125 0.121 0.138 0.116 0.094 0.051 0.033 0.015 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 19 P 0.200 0.150 0.138 0.157 0.149 0.091 0.053 0.030 0.019 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 20 W 0.040 0.034 0.055 0.121 0.169 0.186 0.140 0.127 0.073 0.040 0.011 0.003 0.001 0.001 21 E 0.271 0.222 0.164 0.140 0.092 0.055 0.028 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 22 Q 0.292 0.219 0.191 0.124 0.083 0.044 0.022 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 23 A 0.044 0.030 0.044 0.105 0.159 0.186 0.180 0.162 0.056 0.022 0.007 0.003 0.001 0.001 24 L 0.045 0.055 0.101 0.142 0.173 0.185 0.156 0.081 0.035 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 25 A 0.328 0.201 0.153 0.104 0.089 0.053 0.035 0.020 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 26 I 0.091 0.098 0.135 0.166 0.184 0.138 0.090 0.042 0.027 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 27 P 0.113 0.066 0.087 0.120 0.149 0.160 0.126 0.078 0.055 0.025 0.014 0.006 0.002 0.001 28 V 0.061 0.057 0.065 0.124 0.170 0.165 0.132 0.091 0.070 0.032 0.020 0.008 0.003 0.002 29 L 0.083 0.065 0.077 0.122 0.132 0.157 0.121 0.087 0.070 0.037 0.031 0.011 0.005 0.002 30 A 0.292 0.194 0.156 0.126 0.085 0.063 0.038 0.018 0.012 0.006 0.007 0.002 0.001 0.001 31 H 0.274 0.156 0.147 0.127 0.123 0.073 0.047 0.026 0.017 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 32 L 0.075 0.059 0.094 0.186 0.208 0.163 0.104 0.055 0.033 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 33 S 0.412 0.220 0.164 0.106 0.053 0.024 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 S 0.700 0.166 0.070 0.039 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 T 0.673 0.227 0.064 0.025 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.483 0.244 0.138 0.064 0.044 0.018 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 Q 0.280 0.193 0.175 0.162 0.122 0.041 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 H 0.742 0.174 0.054 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 K 0.200 0.211 0.190 0.177 0.148 0.047 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.015 0.010 0.021 0.081 0.157 0.218 0.226 0.186 0.065 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 41 T 0.112 0.156 0.212 0.209 0.156 0.090 0.043 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.555 0.273 0.113 0.031 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.022 0.037 0.079 0.161 0.223 0.205 0.155 0.097 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 44 A 0.007 0.009 0.027 0.063 0.153 0.200 0.271 0.168 0.074 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 45 A 0.083 0.124 0.122 0.184 0.205 0.144 0.069 0.037 0.020 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 46 R 0.230 0.222 0.184 0.156 0.095 0.056 0.030 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 47 F 0.034 0.031 0.063 0.156 0.212 0.199 0.151 0.082 0.048 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 48 L 0.036 0.038 0.072 0.140 0.204 0.192 0.147 0.088 0.054 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 49 Q 0.348 0.205 0.163 0.119 0.075 0.044 0.023 0.012 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 50 Q 0.221 0.159 0.141 0.169 0.148 0.076 0.036 0.019 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 51 K 0.110 0.086 0.108 0.177 0.185 0.139 0.084 0.053 0.034 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 52 R 0.092 0.087 0.104 0.161 0.199 0.137 0.089 0.062 0.040 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 53 L 0.055 0.035 0.050 0.097 0.139 0.159 0.135 0.115 0.091 0.062 0.034 0.017 0.008 0.003 54 V 0.099 0.082 0.114 0.174 0.139 0.123 0.098 0.065 0.051 0.025 0.017 0.009 0.003 0.002 55 A 0.089 0.055 0.063 0.098 0.128 0.124 0.108 0.105 0.106 0.060 0.036 0.019 0.007 0.004 56 L 0.038 0.038 0.043 0.076 0.122 0.139 0.126 0.162 0.111 0.068 0.041 0.019 0.014 0.003 57 Q 0.147 0.112 0.129 0.152 0.122 0.101 0.099 0.047 0.031 0.023 0.022 0.009 0.004 0.004 58 G 0.104 0.081 0.143 0.126 0.192 0.125 0.095 0.040 0.045 0.023 0.015 0.006 0.002 0.002 59 L 0.079 0.033 0.044 0.086 0.125 0.170 0.119 0.096 0.085 0.075 0.043 0.021 0.019 0.005 60 E 0.097 0.109 0.107 0.212 0.188 0.095 0.089 0.049 0.031 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 61 L 0.043 0.023 0.033 0.068 0.099 0.174 0.141 0.150 0.111 0.094 0.041 0.014 0.007 0.001 62 T 0.161 0.146 0.168 0.181 0.157 0.092 0.045 0.022 0.016 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 63 P 0.206 0.137 0.142 0.163 0.140 0.077 0.053 0.035 0.021 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 64 L 0.095 0.119 0.112 0.174 0.172 0.126 0.084 0.063 0.034 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 65 H 0.070 0.076 0.096 0.124 0.112 0.157 0.151 0.120 0.051 0.023 0.014 0.004 0.002 0.001 66 Q 0.041 0.054 0.075 0.127 0.201 0.176 0.140 0.103 0.047 0.022 0.008 0.004 0.002 0.001 67 A 0.052 0.030 0.043 0.060 0.075 0.142 0.176 0.141 0.127 0.063 0.048 0.022 0.016 0.004 68 R 0.039 0.044 0.063 0.112 0.146 0.192 0.188 0.100 0.060 0.028 0.012 0.008 0.004 0.003 69 I 0.022 0.015 0.021 0.029 0.046 0.113 0.151 0.193 0.189 0.097 0.065 0.031 0.023 0.006 70 A 0.014 0.014 0.027 0.060 0.104 0.201 0.247 0.185 0.087 0.036 0.012 0.007 0.004 0.002 71 M 0.024 0.039 0.062 0.079 0.140 0.184 0.191 0.122 0.087 0.041 0.019 0.007 0.004 0.001 72 L 0.014 0.031 0.055 0.108 0.150 0.193 0.226 0.174 0.032 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 73 F 0.007 0.013 0.035 0.047 0.081 0.146 0.317 0.296 0.040 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 74 C 0.008 0.014 0.041 0.070 0.140 0.183 0.252 0.214 0.054 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 75 L 0.039 0.073 0.114 0.148 0.204 0.165 0.128 0.086 0.027 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 76 P 0.042 0.053 0.096 0.164 0.177 0.166 0.156 0.096 0.031 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 77 V 0.027 0.024 0.050 0.107 0.151 0.191 0.229 0.145 0.052 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 78 L 0.048 0.046 0.086 0.110 0.153 0.224 0.177 0.084 0.042 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 79 E 0.226 0.166 0.135 0.160 0.154 0.081 0.035 0.020 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 80 L 0.125 0.094 0.115 0.197 0.171 0.143 0.076 0.037 0.021 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 81 G 0.205 0.120 0.100 0.146 0.155 0.128 0.062 0.031 0.040 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 82 I 0.156 0.143 0.140 0.217 0.152 0.086 0.049 0.026 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 83 E 0.604 0.229 0.113 0.033 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 W 0.177 0.126 0.163 0.150 0.169 0.119 0.051 0.022 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 85 L 0.054 0.061 0.081 0.171 0.255 0.167 0.111 0.055 0.030 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 86 D 0.236 0.288 0.188 0.142 0.074 0.032 0.022 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 G 0.198 0.219 0.230 0.122 0.090 0.066 0.039 0.016 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 88 F 0.013 0.020 0.041 0.099 0.187 0.194 0.159 0.129 0.070 0.049 0.023 0.009 0.004 0.002 89 H 0.017 0.030 0.045 0.088 0.110 0.137 0.204 0.128 0.098 0.062 0.044 0.021 0.009 0.006 90 E 0.009 0.011 0.020 0.036 0.062 0.094 0.118 0.150 0.173 0.128 0.106 0.051 0.023 0.018 91 V 0.003 0.002 0.003 0.005 0.010 0.021 0.034 0.078 0.132 0.141 0.210 0.183 0.125 0.052 92 L 0.002 0.002 0.003 0.006 0.010 0.018 0.034 0.086 0.128 0.184 0.158 0.194 0.116 0.059 93 I 0.003 0.002 0.002 0.005 0.008 0.016 0.035 0.097 0.144 0.187 0.212 0.178 0.078 0.034 94 Y 0.006 0.008 0.011 0.022 0.034 0.069 0.095 0.155 0.157 0.143 0.157 0.076 0.042 0.026 95 P 0.019 0.025 0.029 0.050 0.085 0.107 0.126 0.110 0.134 0.118 0.092 0.060 0.022 0.024