# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.1154 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.014 0.300 0.012 0.102 0.203 0.003 0.001 0.026 0.073 0.140 0.036 0.073 2 M 0.023 0.025 0.284 0.015 0.142 0.179 0.006 0.003 0.023 0.061 0.107 0.037 0.096 3 F 0.021 0.024 0.294 0.012 0.070 0.150 0.007 0.002 0.033 0.107 0.108 0.081 0.092 4 K 0.013 0.020 0.436 0.008 0.035 0.090 0.003 0.001 0.031 0.139 0.087 0.057 0.082 5 W 0.003 0.017 0.612 0.003 0.024 0.049 0.001 0.001 0.010 0.158 0.052 0.022 0.049 6 P 0.001 0.009 0.619 0.004 0.052 0.084 0.001 0.001 0.007 0.095 0.087 0.014 0.028 7 W 0.001 0.017 0.221 0.003 0.185 0.213 0.001 0.001 0.007 0.135 0.190 0.010 0.018 8 K 0.002 0.018 0.397 0.003 0.133 0.167 0.001 0.001 0.006 0.112 0.108 0.014 0.039 9 A 0.001 0.017 0.260 0.004 0.161 0.259 0.001 0.001 0.005 0.089 0.155 0.010 0.039 10 D 0.001 0.010 0.248 0.004 0.156 0.271 0.001 0.001 0.004 0.083 0.194 0.010 0.017 11 D 0.001 0.010 0.158 0.003 0.305 0.309 0.001 0.001 0.003 0.063 0.124 0.006 0.018 12 E 0.001 0.014 0.122 0.003 0.230 0.363 0.001 0.001 0.004 0.056 0.182 0.008 0.015 13 S 0.002 0.025 0.160 0.005 0.203 0.225 0.001 0.001 0.009 0.097 0.247 0.011 0.015 14 G 0.001 0.013 0.276 0.002 0.092 0.099 0.001 0.001 0.009 0.200 0.282 0.014 0.010 15 N 0.001 0.019 0.473 0.002 0.070 0.043 0.001 0.001 0.006 0.141 0.227 0.004 0.015 16 A 0.001 0.029 0.542 0.001 0.033 0.033 0.001 0.001 0.008 0.225 0.111 0.010 0.008 17 E 0.001 0.015 0.650 0.001 0.014 0.054 0.001 0.001 0.005 0.181 0.070 0.002 0.007 18 M 0.001 0.026 0.520 0.001 0.025 0.083 0.001 0.001 0.005 0.302 0.030 0.005 0.003 19 P 0.001 0.006 0.651 0.001 0.049 0.154 0.001 0.001 0.004 0.083 0.029 0.001 0.021 20 W 0.001 0.001 0.012 0.001 0.087 0.837 0.001 0.001 0.001 0.007 0.054 0.001 0.001 21 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.289 0.681 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.001 0.001 22 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.150 0.820 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.001 0.002 23 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.129 0.797 0.001 0.001 0.001 0.003 0.057 0.001 0.001 24 L 0.001 0.006 0.026 0.001 0.056 0.690 0.001 0.001 0.002 0.020 0.191 0.003 0.004 25 A 0.002 0.009 0.114 0.002 0.024 0.490 0.001 0.001 0.005 0.054 0.286 0.006 0.007 26 I 0.002 0.013 0.362 0.002 0.013 0.221 0.001 0.001 0.009 0.235 0.120 0.011 0.010 27 P 0.001 0.010 0.550 0.002 0.018 0.148 0.001 0.001 0.012 0.120 0.111 0.005 0.021 28 V 0.001 0.014 0.212 0.003 0.136 0.433 0.002 0.003 0.038 0.054 0.085 0.006 0.012 29 L 0.001 0.009 0.090 0.005 0.434 0.324 0.002 0.004 0.029 0.036 0.051 0.005 0.011 30 A 0.001 0.006 0.075 0.003 0.468 0.218 0.001 0.003 0.046 0.060 0.095 0.014 0.011 31 H 0.002 0.020 0.291 0.002 0.123 0.172 0.001 0.002 0.045 0.099 0.199 0.005 0.039 32 L 0.001 0.043 0.531 0.001 0.015 0.060 0.001 0.001 0.016 0.260 0.054 0.013 0.005 33 S 0.001 0.003 0.865 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 0.002 0.094 0.009 0.002 0.005 34 S 0.001 0.001 0.064 0.001 0.152 0.634 0.001 0.001 0.001 0.031 0.116 0.001 0.001 35 T 0.001 0.001 0.015 0.001 0.217 0.681 0.001 0.001 0.001 0.010 0.075 0.001 0.001 36 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.136 0.833 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.001 0.001 37 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.016 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 38 H 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 39 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 40 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 41 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 45 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 47 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 48 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 49 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.951 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.001 0.002 50 Q 0.001 0.001 0.023 0.001 0.025 0.793 0.001 0.001 0.002 0.017 0.125 0.003 0.008 51 K 0.003 0.004 0.141 0.005 0.022 0.504 0.001 0.001 0.006 0.084 0.203 0.017 0.011 52 R 0.009 0.014 0.265 0.004 0.032 0.286 0.002 0.002 0.015 0.120 0.187 0.025 0.039 53 L 0.022 0.025 0.329 0.014 0.061 0.197 0.007 0.005 0.027 0.075 0.112 0.033 0.092 54 V 0.033 0.020 0.224 0.022 0.093 0.172 0.009 0.009 0.041 0.071 0.132 0.111 0.063 55 A 0.042 0.046 0.217 0.019 0.110 0.100 0.012 0.022 0.059 0.075 0.091 0.037 0.170 56 L 0.034 0.016 0.357 0.030 0.071 0.044 0.008 0.010 0.045 0.116 0.088 0.124 0.059 57 Q 0.005 0.006 0.115 0.073 0.033 0.020 0.002 0.002 0.038 0.181 0.497 0.012 0.017 58 G 0.005 0.010 0.169 0.011 0.037 0.012 0.003 0.001 0.015 0.247 0.457 0.021 0.014 59 L 0.054 0.022 0.455 0.005 0.012 0.011 0.019 0.023 0.118 0.106 0.017 0.035 0.123 60 E 0.070 0.068 0.195 0.004 0.007 0.018 0.046 0.036 0.179 0.052 0.020 0.198 0.107 61 L 0.029 0.052 0.374 0.015 0.009 0.053 0.020 0.017 0.088 0.081 0.027 0.040 0.196 62 T 0.003 0.004 0.719 0.018 0.005 0.063 0.001 0.001 0.010 0.116 0.006 0.043 0.013 63 P 0.001 0.002 0.071 0.003 0.055 0.737 0.001 0.001 0.003 0.046 0.061 0.001 0.020 64 L 0.001 0.001 0.009 0.002 0.020 0.942 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.001 0.001 65 H 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.004 66 Q 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 67 A 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 68 R 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 69 I 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 70 A 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 71 M 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 72 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 73 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 74 C 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.949 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 0.001 0.002 75 L 0.001 0.001 0.015 0.001 0.011 0.919 0.001 0.001 0.001 0.022 0.027 0.003 0.001 76 P 0.001 0.001 0.019 0.001 0.012 0.840 0.001 0.001 0.001 0.011 0.111 0.001 0.005 77 V 0.001 0.001 0.008 0.001 0.067 0.855 0.001 0.001 0.001 0.003 0.065 0.001 0.001 78 L 0.001 0.002 0.012 0.001 0.079 0.856 0.001 0.001 0.001 0.009 0.037 0.001 0.002 79 E 0.001 0.002 0.018 0.001 0.070 0.837 0.001 0.001 0.003 0.011 0.054 0.001 0.004 80 L 0.001 0.003 0.038 0.001 0.031 0.465 0.001 0.001 0.004 0.039 0.412 0.002 0.004 81 G 0.001 0.003 0.144 0.001 0.010 0.252 0.001 0.001 0.002 0.109 0.473 0.002 0.003 82 I 0.001 0.011 0.389 0.001 0.045 0.300 0.001 0.001 0.004 0.178 0.052 0.006 0.010 83 E 0.001 0.014 0.203 0.002 0.072 0.445 0.001 0.001 0.011 0.129 0.089 0.011 0.023 84 W 0.002 0.034 0.101 0.004 0.169 0.438 0.001 0.001 0.012 0.036 0.161 0.007 0.034 85 L 0.008 0.020 0.237 0.007 0.155 0.303 0.001 0.001 0.008 0.081 0.110 0.035 0.034 86 D 0.003 0.005 0.056 0.015 0.099 0.122 0.001 0.001 0.005 0.062 0.594 0.007 0.030 87 G 0.002 0.003 0.043 0.009 0.043 0.033 0.001 0.001 0.005 0.059 0.789 0.007 0.008 88 F 0.020 0.007 0.523 0.032 0.032 0.022 0.003 0.002 0.028 0.116 0.073 0.019 0.123 89 H 0.036 0.011 0.234 0.110 0.014 0.011 0.025 0.014 0.182 0.160 0.030 0.117 0.055 90 E 0.052 0.003 0.080 0.053 0.006 0.006 0.159 0.105 0.350 0.032 0.019 0.045 0.089 91 V 0.115 0.001 0.014 0.013 0.001 0.001 0.152 0.439 0.223 0.004 0.001 0.016 0.021 92 L 0.143 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.159 0.477 0.177 0.001 0.001 0.022 0.013 93 I 0.077 0.002 0.018 0.002 0.001 0.001 0.110 0.395 0.329 0.002 0.001 0.009 0.055 94 Y 0.015 0.006 0.385 0.018 0.001 0.001 0.023 0.054 0.347 0.037 0.002 0.087 0.026 95 P 0.001 0.001 0.824 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.034 0.083 0.008 0.004 0.034