# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.1154 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.076 0.057 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.178 0.072 0.115 0.483 2 M 0.052 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.148 0.064 0.117 0.590 3 F 0.024 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.172 0.036 0.149 0.585 4 K 0.019 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.050 0.118 0.653 5 W 0.079 0.063 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.069 0.126 0.553 6 P 0.058 0.045 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.086 0.130 0.591 7 W 0.055 0.039 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.054 0.108 0.646 8 K 0.126 0.063 0.002 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.061 0.090 0.574 9 A 0.047 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.087 0.108 0.664 10 D 0.062 0.063 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.106 0.094 0.593 11 D 0.208 0.024 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.119 0.073 0.528 12 E 0.098 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.048 0.090 0.685 13 S 0.069 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.038 0.091 0.761 14 G 0.025 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.031 0.125 0.752 15 N 0.035 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.021 0.089 0.825 16 A 0.012 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.017 0.109 0.808 17 E 0.032 0.098 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.014 0.072 0.759 18 M 0.071 0.427 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.031 0.041 0.065 0.348 19 P 0.092 0.669 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.047 0.027 0.137 20 W 0.222 0.569 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.032 0.021 0.124 21 E 0.200 0.187 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.099 0.049 0.380 22 Q 0.176 0.116 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.039 0.083 0.507 23 A 0.130 0.034 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.043 0.086 0.657 24 L 0.012 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.027 0.151 0.709 25 A 0.013 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.071 0.847 26 I 0.050 0.161 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.032 0.115 0.579 27 P 0.066 0.268 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.111 0.096 0.093 0.347 28 V 0.321 0.195 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.114 0.048 0.235 29 L 0.483 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.096 0.043 0.283 30 A 0.050 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.110 0.084 0.642 31 H 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.060 0.110 0.775 32 L 0.016 0.070 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.129 0.144 0.595 33 S 0.042 0.637 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.040 0.031 0.245 34 S 0.073 0.665 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.160 0.017 0.080 35 T 0.024 0.776 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.127 0.015 0.051 36 E 0.034 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.020 37 Q 0.017 0.055 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.910 0.002 0.011 38 H 0.004 0.792 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.165 0.005 0.029 39 K 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.010 40 L 0.003 0.958 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.004 41 T 0.006 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.001 0.003 42 Q 0.004 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.002 0.006 43 M 0.004 0.946 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.002 0.006 44 A 0.004 0.954 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.006 45 A 0.014 0.873 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.002 0.022 46 R 0.021 0.881 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.008 0.034 47 F 0.032 0.894 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.009 0.028 48 L 0.089 0.674 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.091 0.025 0.088 49 Q 0.070 0.631 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.056 0.035 0.193 50 Q 0.093 0.544 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.034 0.051 0.264 51 K 0.063 0.457 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.071 0.083 0.273 52 R 0.077 0.449 0.010 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.079 0.060 0.259 53 L 0.133 0.148 0.072 0.007 0.021 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.215 0.060 0.260 54 V 0.086 0.011 0.148 0.005 0.116 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.160 0.086 0.305 55 A 0.255 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.032 0.079 0.533 56 L 0.224 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.060 0.113 0.556 57 Q 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.021 0.196 0.690 58 G 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.043 0.117 0.691 59 L 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.097 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.205 0.054 0.096 0.497 60 E 0.003 0.008 0.001 0.001 0.006 0.010 0.004 0.001 0.007 0.006 0.004 0.001 0.022 0.008 0.003 0.003 0.423 0.051 0.074 0.365 61 L 0.006 0.011 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.016 0.006 0.002 0.206 0.032 0.084 0.602 62 T 0.282 0.304 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.002 0.096 0.105 0.042 0.153 63 P 0.071 0.459 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.073 0.076 0.285 64 L 0.016 0.487 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.067 0.067 0.302 65 H 0.011 0.807 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.032 0.017 0.074 66 Q 0.012 0.819 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.046 0.014 0.057 67 A 0.011 0.845 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.061 0.008 0.035 68 R 0.014 0.746 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.167 0.005 0.031 69 I 0.050 0.755 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.070 0.016 0.057 70 A 0.085 0.593 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.127 0.019 0.114 71 M 0.156 0.483 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.069 0.043 0.183 72 L 0.123 0.193 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.082 0.091 0.454 73 F 0.029 0.211 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.048 0.140 0.487 74 C 0.054 0.367 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.035 0.088 0.425 75 L 0.102 0.344 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.065 0.067 0.375 76 P 0.175 0.323 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.063 0.074 0.276 77 V 0.073 0.064 0.028 0.002 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.127 0.102 0.516 78 L 0.105 0.042 0.011 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.140 0.038 0.120 0.530 79 E 0.260 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.051 0.071 0.510 80 L 0.023 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.018 0.142 0.748 81 G 0.045 0.109 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.065 0.141 0.566 82 I 0.156 0.085 0.004 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.103 0.098 0.478 83 E 0.068 0.042 0.024 0.003 0.047 0.027 0.006 0.002 0.008 0.006 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.119 0.129 0.092 0.414 84 W 0.094 0.018 0.008 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.081 0.046 0.109 0.615 85 L 0.369 0.018 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.103 0.079 0.082 0.327 86 D 0.038 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.042 0.203 0.647 87 G 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.214 0.045 0.161 0.557 88 F 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.294 0.085 0.139 0.435 89 H 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.628 0.061 0.047 0.246 90 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.010 0.002 0.002 0.002 0.831 0.050 0.014 0.079 91 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.840 0.028 0.015 0.105 92 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.012 0.005 0.026 93 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.765 0.031 0.034 0.159 94 Y 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.721 0.056 0.036 0.167 95 P 0.034 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.171 0.075 0.119 0.584