# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.1154 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.164 0.056 0.005 0.017 0.034 0.055 0.064 0.015 0.003 0.046 0.539 2 M 0.097 0.020 0.002 0.019 0.043 0.053 0.078 0.008 0.001 0.042 0.636 3 F 0.022 0.014 0.002 0.021 0.043 0.049 0.121 0.003 0.001 0.025 0.699 4 K 0.022 0.030 0.002 0.019 0.042 0.048 0.102 0.004 0.001 0.023 0.708 5 W 0.099 0.075 0.002 0.015 0.036 0.034 0.138 0.007 0.001 0.053 0.541 6 P 0.123 0.084 0.003 0.023 0.024 0.031 0.112 0.007 0.001 0.080 0.511 7 W 0.111 0.119 0.003 0.023 0.012 0.021 0.081 0.007 0.001 0.044 0.578 8 K 0.123 0.141 0.002 0.029 0.016 0.025 0.053 0.009 0.001 0.048 0.552 9 A 0.068 0.045 0.002 0.026 0.018 0.027 0.112 0.007 0.001 0.157 0.537 10 D 0.057 0.096 0.005 0.042 0.028 0.033 0.098 0.007 0.002 0.151 0.480 11 D 0.214 0.061 0.004 0.030 0.029 0.030 0.102 0.011 0.002 0.104 0.414 12 E 0.187 0.044 0.003 0.020 0.019 0.031 0.077 0.007 0.001 0.051 0.558 13 S 0.093 0.010 0.001 0.014 0.016 0.027 0.095 0.004 0.001 0.047 0.691 14 G 0.071 0.011 0.002 0.014 0.019 0.029 0.099 0.004 0.001 0.030 0.721 15 N 0.061 0.004 0.001 0.009 0.011 0.012 0.071 0.002 0.001 0.036 0.791 16 A 0.018 0.007 0.001 0.013 0.012 0.012 0.154 0.002 0.001 0.025 0.757 17 E 0.011 0.107 0.001 0.009 0.006 0.006 0.103 0.001 0.001 0.015 0.740 18 M 0.098 0.498 0.002 0.010 0.014 0.014 0.055 0.011 0.001 0.053 0.245 19 P 0.091 0.754 0.002 0.005 0.004 0.007 0.022 0.005 0.001 0.021 0.087 20 W 0.108 0.696 0.004 0.005 0.003 0.007 0.015 0.006 0.001 0.031 0.121 21 E 0.223 0.259 0.040 0.016 0.022 0.027 0.046 0.027 0.014 0.086 0.240 22 Q 0.254 0.166 0.009 0.009 0.013 0.030 0.054 0.018 0.006 0.043 0.398 23 A 0.116 0.036 0.004 0.016 0.027 0.020 0.066 0.009 0.002 0.059 0.644 24 L 0.010 0.028 0.004 0.032 0.034 0.031 0.178 0.003 0.002 0.031 0.646 25 A 0.022 0.257 0.003 0.015 0.012 0.025 0.090 0.007 0.001 0.018 0.549 26 I 0.122 0.429 0.004 0.019 0.028 0.015 0.061 0.018 0.001 0.052 0.251 27 P 0.171 0.342 0.006 0.030 0.013 0.022 0.075 0.014 0.003 0.128 0.197 28 V 0.212 0.247 0.008 0.029 0.009 0.017 0.054 0.013 0.003 0.082 0.326 29 L 0.182 0.062 0.006 0.050 0.019 0.021 0.052 0.017 0.004 0.093 0.493 30 A 0.063 0.035 0.003 0.046 0.017 0.029 0.065 0.007 0.002 0.068 0.665 31 H 0.012 0.017 0.001 0.020 0.013 0.012 0.080 0.003 0.001 0.060 0.781 32 L 0.022 0.070 0.003 0.025 0.016 0.010 0.135 0.008 0.002 0.103 0.605 33 S 0.090 0.630 0.001 0.005 0.002 0.002 0.051 0.005 0.001 0.032 0.182 34 S 0.053 0.774 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 0.004 0.001 0.039 0.114 35 T 0.010 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.024 0.038 36 E 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 37 Q 0.019 0.213 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.694 0.054 38 H 0.005 0.856 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.101 0.021 39 K 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 40 L 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.009 41 T 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 42 Q 0.003 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.035 0.007 43 M 0.002 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 44 A 0.003 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.006 45 A 0.005 0.944 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.013 46 R 0.011 0.863 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.079 0.023 47 F 0.036 0.672 0.034 0.002 0.001 0.001 0.012 0.007 0.024 0.161 0.051 48 L 0.107 0.484 0.064 0.004 0.001 0.002 0.026 0.016 0.049 0.121 0.128 49 Q 0.114 0.502 0.023 0.004 0.001 0.002 0.033 0.013 0.018 0.037 0.254 50 Q 0.108 0.382 0.012 0.008 0.002 0.004 0.042 0.013 0.010 0.058 0.361 51 K 0.057 0.224 0.023 0.020 0.007 0.010 0.126 0.015 0.011 0.105 0.403 52 R 0.068 0.181 0.014 0.028 0.009 0.018 0.122 0.016 0.006 0.077 0.461 53 L 0.096 0.103 0.018 0.067 0.017 0.015 0.114 0.014 0.008 0.129 0.418 54 V 0.058 0.039 0.048 0.104 0.029 0.032 0.157 0.011 0.013 0.085 0.424 55 A 0.224 0.033 0.010 0.034 0.009 0.020 0.100 0.018 0.006 0.051 0.497 56 L 0.424 0.008 0.003 0.037 0.010 0.013 0.048 0.013 0.002 0.041 0.402 57 Q 0.021 0.006 0.001 0.037 0.013 0.014 0.139 0.001 0.001 0.017 0.751 58 G 0.013 0.003 0.001 0.060 0.021 0.095 0.088 0.003 0.001 0.042 0.676 59 L 0.006 0.003 0.001 0.080 0.087 0.050 0.104 0.001 0.001 0.032 0.636 60 E 0.007 0.025 0.001 0.148 0.103 0.119 0.115 0.002 0.001 0.030 0.450 61 L 0.012 0.077 0.001 0.024 0.035 0.025 0.084 0.003 0.001 0.055 0.684 62 T 0.091 0.641 0.002 0.014 0.016 0.013 0.020 0.006 0.002 0.099 0.097 63 P 0.011 0.909 0.001 0.002 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.018 0.050 64 L 0.002 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.019 0.025 65 H 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 66 Q 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 67 A 0.001 0.982 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 68 R 0.001 0.969 0.003 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 69 I 0.004 0.935 0.013 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.028 0.006 70 A 0.028 0.632 0.053 0.004 0.012 0.018 0.007 0.010 0.044 0.152 0.040 71 M 0.049 0.721 0.038 0.003 0.008 0.011 0.011 0.007 0.031 0.049 0.071 72 L 0.068 0.374 0.019 0.008 0.012 0.019 0.033 0.017 0.019 0.130 0.300 73 F 0.016 0.704 0.009 0.005 0.006 0.007 0.032 0.006 0.006 0.046 0.162 74 C 0.008 0.910 0.002 0.002 0.002 0.003 0.010 0.003 0.002 0.016 0.042 75 L 0.013 0.847 0.008 0.004 0.007 0.005 0.012 0.004 0.002 0.047 0.051 76 P 0.046 0.599 0.028 0.012 0.008 0.017 0.027 0.008 0.010 0.178 0.066 77 V 0.143 0.140 0.173 0.035 0.023 0.031 0.039 0.019 0.041 0.185 0.170 78 L 0.254 0.065 0.027 0.043 0.022 0.038 0.102 0.018 0.018 0.048 0.366 79 E 0.083 0.025 0.005 0.042 0.011 0.021 0.043 0.008 0.004 0.026 0.732 80 L 0.014 0.034 0.004 0.038 0.019 0.011 0.160 0.005 0.002 0.016 0.698 81 G 0.092 0.100 0.003 0.027 0.011 0.047 0.097 0.029 0.002 0.029 0.563 82 I 0.169 0.106 0.003 0.023 0.014 0.008 0.088 0.011 0.001 0.038 0.538 83 E 0.065 0.053 0.016 0.095 0.038 0.057 0.108 0.011 0.006 0.066 0.486 84 W 0.134 0.024 0.010 0.022 0.012 0.024 0.086 0.012 0.004 0.044 0.627 85 L 0.562 0.011 0.008 0.028 0.017 0.022 0.045 0.014 0.004 0.044 0.245 86 D 0.044 0.002 0.001 0.020 0.016 0.020 0.138 0.001 0.001 0.024 0.733 87 G 0.015 0.005 0.001 0.037 0.020 0.051 0.142 0.001 0.001 0.026 0.701 88 F 0.010 0.001 0.001 0.048 0.062 0.112 0.148 0.001 0.001 0.045 0.572 89 H 0.003 0.001 0.001 0.140 0.112 0.162 0.132 0.001 0.001 0.048 0.401 90 E 0.001 0.001 0.001 0.202 0.130 0.392 0.041 0.001 0.001 0.050 0.183 91 V 0.001 0.001 0.001 0.312 0.237 0.188 0.036 0.001 0.001 0.072 0.154 92 L 0.001 0.001 0.001 0.550 0.151 0.210 0.012 0.001 0.001 0.025 0.052 93 I 0.001 0.001 0.001 0.312 0.144 0.187 0.045 0.001 0.001 0.057 0.252 94 Y 0.017 0.003 0.001 0.235 0.176 0.201 0.059 0.001 0.001 0.056 0.251 95 P 0.048 0.008 0.001 0.078 0.039 0.072 0.143 0.001 0.001 0.051 0.559