# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.1154 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.137 0.062 0.028 0.046 0.098 0.073 0.051 0.504 2 M 0.087 0.020 0.026 0.037 0.101 0.104 0.048 0.577 3 F 0.025 0.027 0.042 0.083 0.117 0.131 0.047 0.529 4 K 0.043 0.049 0.020 0.043 0.076 0.089 0.029 0.652 5 W 0.177 0.125 0.026 0.048 0.048 0.076 0.115 0.386 6 P 0.087 0.084 0.030 0.040 0.044 0.086 0.125 0.505 7 W 0.109 0.099 0.034 0.030 0.053 0.088 0.073 0.514 8 K 0.213 0.155 0.017 0.018 0.037 0.065 0.047 0.448 9 A 0.060 0.037 0.024 0.026 0.046 0.130 0.160 0.517 10 D 0.035 0.154 0.027 0.054 0.059 0.121 0.118 0.431 11 D 0.234 0.040 0.023 0.015 0.027 0.079 0.188 0.394 12 E 0.114 0.035 0.015 0.045 0.016 0.107 0.062 0.605 13 S 0.113 0.020 0.018 0.007 0.015 0.108 0.030 0.689 14 G 0.150 0.017 0.012 0.009 0.006 0.091 0.019 0.696 15 N 0.181 0.015 0.007 0.003 0.005 0.080 0.044 0.665 16 A 0.009 0.024 0.014 0.008 0.009 0.136 0.028 0.773 17 E 0.032 0.104 0.006 0.006 0.009 0.098 0.025 0.720 18 M 0.068 0.327 0.010 0.021 0.012 0.067 0.065 0.430 19 P 0.138 0.524 0.016 0.010 0.010 0.028 0.073 0.202 20 W 0.348 0.342 0.018 0.008 0.010 0.026 0.051 0.196 21 E 0.259 0.095 0.075 0.022 0.019 0.053 0.130 0.347 22 Q 0.393 0.070 0.012 0.011 0.018 0.035 0.018 0.443 23 A 0.374 0.014 0.015 0.004 0.014 0.059 0.063 0.458 24 L 0.006 0.021 0.034 0.025 0.023 0.131 0.018 0.741 25 A 0.057 0.075 0.012 0.006 0.024 0.084 0.015 0.727 26 I 0.056 0.204 0.024 0.085 0.022 0.077 0.062 0.469 27 P 0.187 0.131 0.086 0.026 0.045 0.058 0.132 0.334 28 V 0.287 0.131 0.118 0.016 0.020 0.050 0.074 0.302 29 L 0.304 0.038 0.101 0.008 0.016 0.067 0.091 0.375 30 A 0.113 0.037 0.049 0.017 0.027 0.119 0.049 0.589 31 H 0.008 0.005 0.045 0.004 0.013 0.190 0.094 0.641 32 L 0.006 0.070 0.035 0.009 0.010 0.181 0.081 0.608 33 S 0.112 0.715 0.002 0.001 0.001 0.022 0.069 0.078 34 S 0.027 0.841 0.001 0.001 0.001 0.014 0.035 0.082 35 T 0.005 0.917 0.002 0.001 0.001 0.007 0.031 0.038 36 E 0.006 0.969 0.002 0.001 0.001 0.002 0.015 0.007 37 Q 0.018 0.164 0.003 0.001 0.001 0.010 0.786 0.017 38 H 0.002 0.761 0.003 0.004 0.001 0.021 0.157 0.051 39 K 0.006 0.958 0.002 0.001 0.001 0.003 0.015 0.014 40 L 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 41 T 0.004 0.934 0.001 0.001 0.001 0.002 0.050 0.009 42 Q 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.005 43 M 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 44 A 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 45 A 0.004 0.910 0.002 0.001 0.001 0.003 0.070 0.009 46 R 0.008 0.765 0.007 0.002 0.003 0.006 0.193 0.015 47 F 0.028 0.791 0.011 0.004 0.003 0.008 0.132 0.024 48 L 0.049 0.672 0.024 0.009 0.005 0.023 0.144 0.075 49 Q 0.047 0.546 0.035 0.008 0.011 0.048 0.096 0.209 50 Q 0.090 0.439 0.057 0.012 0.017 0.066 0.103 0.216 51 K 0.065 0.208 0.050 0.026 0.030 0.077 0.159 0.384 52 R 0.025 0.130 0.072 0.047 0.071 0.087 0.057 0.510 53 L 0.028 0.078 0.192 0.044 0.108 0.089 0.077 0.385 54 V 0.035 0.016 0.253 0.089 0.080 0.086 0.129 0.313 55 A 0.180 0.019 0.060 0.027 0.038 0.087 0.048 0.541 56 L 0.156 0.015 0.086 0.015 0.031 0.090 0.044 0.563 57 Q 0.016 0.015 0.101 0.018 0.033 0.111 0.031 0.676 58 G 0.015 0.019 0.189 0.038 0.108 0.114 0.082 0.435 59 L 0.010 0.006 0.147 0.107 0.099 0.106 0.042 0.483 60 E 0.009 0.012 0.237 0.073 0.155 0.111 0.049 0.354 61 L 0.035 0.041 0.104 0.031 0.047 0.104 0.062 0.577 62 T 0.205 0.291 0.034 0.017 0.017 0.057 0.241 0.138 63 P 0.093 0.557 0.013 0.005 0.008 0.047 0.080 0.196 64 L 0.034 0.503 0.016 0.006 0.017 0.049 0.155 0.220 65 H 0.006 0.792 0.012 0.024 0.021 0.018 0.078 0.049 66 Q 0.009 0.829 0.010 0.018 0.033 0.009 0.053 0.039 67 A 0.002 0.922 0.005 0.020 0.013 0.003 0.025 0.011 68 R 0.013 0.842 0.009 0.016 0.026 0.003 0.081 0.010 69 I 0.034 0.815 0.007 0.038 0.020 0.005 0.061 0.020 70 A 0.129 0.621 0.017 0.016 0.044 0.013 0.106 0.054 71 M 0.082 0.659 0.021 0.027 0.032 0.017 0.089 0.072 72 L 0.108 0.232 0.022 0.020 0.051 0.055 0.237 0.275 73 F 0.013 0.696 0.027 0.053 0.042 0.030 0.031 0.108 74 C 0.061 0.767 0.008 0.007 0.027 0.012 0.019 0.098 75 L 0.037 0.737 0.011 0.041 0.013 0.020 0.066 0.074 76 P 0.103 0.473 0.026 0.023 0.038 0.030 0.172 0.135 77 V 0.229 0.175 0.081 0.022 0.030 0.048 0.217 0.198 78 L 0.262 0.162 0.017 0.018 0.016 0.052 0.061 0.414 79 E 0.175 0.091 0.017 0.007 0.015 0.079 0.029 0.587 80 L 0.029 0.174 0.018 0.006 0.011 0.076 0.026 0.661 81 G 0.083 0.290 0.017 0.009 0.009 0.079 0.071 0.442 82 I 0.302 0.123 0.008 0.012 0.006 0.067 0.065 0.416 83 E 0.087 0.058 0.030 0.013 0.016 0.075 0.077 0.645 84 W 0.189 0.028 0.027 0.004 0.006 0.062 0.027 0.658 85 L 0.552 0.025 0.009 0.003 0.003 0.040 0.061 0.308 86 D 0.020 0.006 0.022 0.004 0.006 0.086 0.017 0.839 87 G 0.021 0.008 0.044 0.007 0.020 0.111 0.025 0.763 88 F 0.018 0.006 0.064 0.035 0.028 0.146 0.037 0.667 89 H 0.004 0.004 0.373 0.034 0.072 0.105 0.065 0.342 90 E 0.001 0.002 0.609 0.066 0.120 0.031 0.076 0.096 91 V 0.001 0.001 0.796 0.057 0.053 0.013 0.014 0.067 92 L 0.001 0.001 0.891 0.048 0.039 0.004 0.008 0.011 93 I 0.002 0.001 0.781 0.043 0.069 0.015 0.015 0.074 94 Y 0.017 0.001 0.644 0.040 0.070 0.045 0.044 0.139 95 P 0.061 0.003 0.099 0.020 0.024 0.129 0.031 0.633