# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.1154 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.165 0.094 0.062 0.125 0.117 0.096 0.132 0.089 0.061 0.036 0.024 2 M 0.036 0.036 0.035 0.071 0.082 0.076 0.137 0.136 0.155 0.126 0.109 3 F 0.018 0.019 0.024 0.053 0.077 0.101 0.186 0.158 0.161 0.121 0.082 4 K 0.098 0.150 0.162 0.227 0.145 0.083 0.061 0.031 0.023 0.013 0.007 5 W 0.038 0.029 0.042 0.082 0.107 0.121 0.196 0.150 0.111 0.072 0.052 6 P 0.084 0.064 0.055 0.112 0.107 0.098 0.149 0.110 0.102 0.077 0.042 7 W 0.034 0.032 0.049 0.082 0.093 0.121 0.202 0.130 0.124 0.088 0.046 8 K 0.072 0.122 0.184 0.221 0.145 0.095 0.074 0.038 0.026 0.016 0.008 9 A 0.066 0.062 0.079 0.122 0.119 0.122 0.183 0.110 0.071 0.045 0.022 10 D 0.134 0.178 0.142 0.196 0.121 0.080 0.068 0.037 0.022 0.014 0.007 11 D 0.129 0.105 0.106 0.156 0.131 0.107 0.111 0.070 0.043 0.028 0.015 12 E 0.223 0.171 0.110 0.166 0.108 0.073 0.069 0.040 0.022 0.014 0.007 13 S 0.108 0.101 0.071 0.110 0.104 0.114 0.145 0.092 0.074 0.053 0.028 14 G 0.247 0.136 0.090 0.151 0.112 0.082 0.082 0.048 0.028 0.016 0.008 15 N 0.198 0.219 0.092 0.167 0.102 0.075 0.066 0.037 0.023 0.014 0.008 16 A 0.074 0.065 0.037 0.079 0.095 0.105 0.160 0.133 0.114 0.080 0.057 17 E 0.351 0.239 0.070 0.147 0.080 0.045 0.033 0.017 0.009 0.005 0.003 18 M 0.142 0.068 0.057 0.114 0.109 0.114 0.134 0.097 0.078 0.050 0.036 19 P 0.227 0.241 0.063 0.167 0.117 0.062 0.059 0.034 0.016 0.009 0.006 20 W 0.015 0.015 0.013 0.038 0.059 0.076 0.148 0.161 0.191 0.154 0.129 21 E 0.140 0.096 0.114 0.196 0.159 0.104 0.093 0.051 0.025 0.014 0.007 22 Q 0.040 0.077 0.143 0.257 0.164 0.122 0.105 0.045 0.028 0.013 0.007 23 A 0.007 0.008 0.018 0.022 0.034 0.051 0.107 0.127 0.202 0.192 0.230 24 L 0.013 0.021 0.028 0.061 0.088 0.102 0.179 0.154 0.164 0.121 0.070 25 A 0.035 0.076 0.175 0.191 0.138 0.104 0.104 0.064 0.056 0.036 0.020 26 I 0.023 0.018 0.038 0.060 0.084 0.107 0.185 0.162 0.139 0.103 0.082 27 P 0.067 0.062 0.053 0.114 0.120 0.100 0.144 0.139 0.096 0.064 0.042 28 V 0.016 0.023 0.036 0.065 0.085 0.078 0.166 0.187 0.153 0.119 0.074 29 L 0.010 0.011 0.023 0.056 0.087 0.122 0.200 0.158 0.147 0.121 0.064 30 A 0.097 0.089 0.169 0.187 0.136 0.098 0.110 0.052 0.035 0.019 0.008 31 H 0.052 0.066 0.094 0.187 0.168 0.141 0.161 0.066 0.037 0.019 0.009 32 L 0.005 0.007 0.008 0.008 0.013 0.030 0.102 0.111 0.222 0.259 0.235 33 S 0.096 0.457 0.137 0.167 0.078 0.032 0.021 0.006 0.004 0.002 0.001 34 S 0.651 0.154 0.079 0.067 0.026 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 35 T 0.848 0.079 0.022 0.030 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.080 0.165 0.062 0.162 0.131 0.125 0.153 0.075 0.030 0.015 0.004 37 Q 0.014 0.025 0.075 0.110 0.147 0.239 0.218 0.098 0.043 0.024 0.006 38 H 0.029 0.036 0.634 0.146 0.064 0.047 0.029 0.010 0.003 0.001 0.001 39 K 0.005 0.038 0.345 0.290 0.163 0.089 0.048 0.015 0.004 0.002 0.001 40 L 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.012 0.067 0.144 0.238 0.314 0.212 41 T 0.007 0.020 0.240 0.191 0.227 0.169 0.098 0.028 0.012 0.005 0.002 42 Q 0.014 0.018 0.846 0.084 0.027 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.002 0.003 0.023 0.022 0.047 0.190 0.390 0.147 0.101 0.060 0.015 44 A 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.013 0.076 0.115 0.280 0.290 0.215 45 A 0.007 0.017 0.407 0.181 0.155 0.108 0.072 0.029 0.013 0.008 0.003 46 R 0.007 0.020 0.472 0.140 0.117 0.108 0.093 0.025 0.011 0.005 0.002 47 F 0.001 0.002 0.008 0.007 0.017 0.028 0.121 0.208 0.205 0.180 0.223 48 L 0.003 0.003 0.012 0.015 0.032 0.053 0.137 0.158 0.212 0.234 0.142 49 Q 0.009 0.032 0.387 0.184 0.131 0.109 0.090 0.027 0.018 0.009 0.003 50 Q 0.010 0.032 0.243 0.186 0.171 0.129 0.128 0.052 0.027 0.015 0.007 51 K 0.005 0.006 0.015 0.013 0.020 0.061 0.153 0.159 0.215 0.222 0.131 52 R 0.047 0.125 0.136 0.253 0.164 0.105 0.088 0.041 0.024 0.012 0.006 53 L 0.005 0.003 0.018 0.012 0.023 0.038 0.104 0.165 0.187 0.231 0.214 54 V 0.041 0.079 0.142 0.189 0.168 0.115 0.103 0.068 0.047 0.031 0.019 55 A 0.062 0.068 0.078 0.128 0.124 0.110 0.180 0.111 0.072 0.041 0.026 56 L 0.010 0.011 0.016 0.029 0.049 0.075 0.120 0.137 0.175 0.180 0.198 57 Q 0.085 0.144 0.085 0.172 0.145 0.102 0.130 0.066 0.041 0.020 0.008 58 G 0.184 0.100 0.072 0.201 0.149 0.095 0.095 0.048 0.028 0.017 0.011 59 L 0.018 0.008 0.011 0.013 0.019 0.043 0.100 0.112 0.214 0.229 0.233 60 E 0.060 0.104 0.048 0.255 0.221 0.114 0.103 0.051 0.027 0.011 0.007 61 L 0.002 0.003 0.006 0.004 0.009 0.015 0.053 0.094 0.181 0.250 0.382 62 T 0.050 0.158 0.108 0.287 0.223 0.084 0.045 0.020 0.013 0.007 0.005 63 P 0.611 0.160 0.057 0.086 0.033 0.020 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 64 L 0.120 0.079 0.049 0.189 0.165 0.140 0.118 0.062 0.040 0.023 0.016 65 H 0.032 0.049 0.035 0.069 0.078 0.107 0.206 0.155 0.125 0.094 0.049 66 Q 0.010 0.043 0.085 0.204 0.212 0.161 0.129 0.069 0.044 0.026 0.015 67 A 0.002 0.003 0.015 0.010 0.018 0.044 0.124 0.144 0.226 0.235 0.179 68 R 0.003 0.015 0.041 0.145 0.172 0.163 0.199 0.113 0.080 0.042 0.026 69 I 0.001 0.001 0.009 0.007 0.014 0.019 0.069 0.120 0.206 0.228 0.326 70 A 0.001 0.001 0.006 0.008 0.019 0.031 0.079 0.111 0.210 0.252 0.284 71 M 0.001 0.001 0.006 0.007 0.014 0.041 0.120 0.111 0.276 0.262 0.162 72 L 0.001 0.003 0.025 0.037 0.062 0.086 0.199 0.162 0.186 0.135 0.104 73 F 0.001 0.001 0.009 0.009 0.015 0.029 0.096 0.136 0.238 0.261 0.205 74 C 0.001 0.001 0.005 0.006 0.010 0.021 0.065 0.103 0.235 0.290 0.265 75 L 0.001 0.002 0.008 0.014 0.029 0.044 0.108 0.194 0.196 0.211 0.193 76 P 0.003 0.007 0.026 0.035 0.051 0.061 0.136 0.207 0.182 0.177 0.114 77 V 0.002 0.004 0.013 0.019 0.034 0.041 0.110 0.175 0.203 0.206 0.194 78 L 0.003 0.003 0.009 0.015 0.026 0.040 0.109 0.168 0.221 0.210 0.195 79 E 0.030 0.076 0.129 0.185 0.154 0.138 0.131 0.055 0.049 0.033 0.019 80 L 0.015 0.017 0.028 0.047 0.084 0.120 0.210 0.179 0.139 0.093 0.067 81 G 0.185 0.270 0.086 0.162 0.083 0.060 0.067 0.034 0.026 0.018 0.009 82 I 0.037 0.022 0.019 0.052 0.071 0.111 0.206 0.129 0.147 0.110 0.096 83 E 0.437 0.244 0.100 0.126 0.055 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 84 W 0.026 0.039 0.029 0.089 0.108 0.141 0.195 0.135 0.113 0.076 0.049 85 L 0.013 0.016 0.011 0.025 0.041 0.072 0.144 0.145 0.171 0.175 0.187 86 D 0.167 0.185 0.167 0.230 0.127 0.055 0.037 0.016 0.009 0.004 0.002 87 G 0.229 0.153 0.103 0.207 0.124 0.072 0.061 0.027 0.012 0.006 0.004 88 F 0.028 0.020 0.016 0.034 0.039 0.043 0.091 0.106 0.196 0.209 0.219 89 H 0.042 0.057 0.041 0.134 0.154 0.156 0.187 0.104 0.068 0.040 0.018 90 E 0.018 0.064 0.173 0.206 0.145 0.135 0.103 0.057 0.049 0.035 0.015 91 V 0.003 0.004 0.009 0.013 0.020 0.052 0.130 0.147 0.232 0.236 0.155 92 L 0.006 0.012 0.013 0.041 0.048 0.078 0.146 0.162 0.206 0.178 0.110 93 I 0.005 0.006 0.018 0.019 0.026 0.036 0.079 0.134 0.211 0.233 0.233 94 Y 0.010 0.013 0.027 0.054 0.087 0.092 0.167 0.195 0.152 0.118 0.083 95 P 0.049 0.046 0.046 0.089 0.089 0.083 0.153 0.152 0.137 0.094 0.062