# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.1154 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.093 0.059 0.006 0.054 0.068 0.092 0.134 0.002 0.001 0.005 0.487 2 M 0.080 0.095 0.006 0.063 0.068 0.119 0.074 0.003 0.001 0.003 0.490 3 F 0.093 0.111 0.009 0.109 0.092 0.180 0.086 0.005 0.001 0.005 0.310 4 K 0.079 0.086 0.009 0.063 0.052 0.108 0.090 0.006 0.001 0.004 0.503 5 W 0.060 0.049 0.010 0.045 0.063 0.091 0.072 0.003 0.001 0.003 0.604 6 P 0.006 0.002 0.001 0.004 0.004 0.010 0.010 0.001 0.001 0.001 0.964 7 W 0.030 0.010 0.002 0.020 0.013 0.036 0.118 0.001 0.001 0.001 0.769 8 K 0.306 0.053 0.005 0.018 0.013 0.024 0.112 0.003 0.001 0.007 0.459 9 A 0.164 0.097 0.005 0.017 0.008 0.014 0.083 0.003 0.001 0.003 0.606 10 D 0.125 0.076 0.005 0.021 0.014 0.027 0.116 0.004 0.001 0.005 0.607 11 D 0.182 0.083 0.007 0.018 0.011 0.018 0.114 0.004 0.001 0.007 0.555 12 E 0.107 0.152 0.006 0.020 0.010 0.018 0.205 0.004 0.001 0.005 0.473 13 S 0.185 0.189 0.018 0.020 0.011 0.024 0.194 0.008 0.001 0.012 0.338 14 G 0.301 0.158 0.023 0.020 0.018 0.028 0.080 0.011 0.001 0.008 0.354 15 N 0.111 0.077 0.012 0.017 0.009 0.011 0.070 0.007 0.001 0.002 0.684 16 A 0.144 0.064 0.026 0.029 0.022 0.033 0.071 0.006 0.001 0.003 0.602 17 E 0.033 0.026 0.007 0.034 0.011 0.025 0.125 0.003 0.001 0.003 0.732 18 M 0.079 0.035 0.014 0.024 0.032 0.042 0.145 0.002 0.001 0.006 0.620 19 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.982 20 W 0.026 0.024 0.002 0.014 0.008 0.037 0.071 0.001 0.001 0.001 0.816 21 E 0.156 0.100 0.003 0.029 0.005 0.018 0.120 0.001 0.001 0.007 0.560 22 Q 0.196 0.267 0.002 0.027 0.005 0.008 0.095 0.003 0.001 0.002 0.397 23 A 0.367 0.397 0.008 0.008 0.005 0.008 0.009 0.008 0.001 0.001 0.189 24 L 0.150 0.620 0.013 0.019 0.009 0.017 0.019 0.020 0.001 0.001 0.132 25 A 0.254 0.367 0.015 0.013 0.008 0.016 0.018 0.054 0.001 0.002 0.252 26 I 0.279 0.164 0.046 0.028 0.014 0.025 0.017 0.018 0.001 0.001 0.405 27 P 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.978 28 V 0.034 0.034 0.013 0.058 0.019 0.038 0.203 0.001 0.001 0.002 0.598 29 L 0.177 0.181 0.004 0.118 0.016 0.041 0.076 0.003 0.001 0.009 0.376 30 A 0.215 0.265 0.006 0.077 0.017 0.034 0.057 0.004 0.001 0.004 0.321 31 H 0.458 0.220 0.009 0.035 0.005 0.012 0.032 0.010 0.001 0.003 0.216 32 L 0.540 0.193 0.006 0.036 0.006 0.019 0.022 0.017 0.001 0.002 0.159 33 S 0.116 0.130 0.004 0.025 0.007 0.011 0.227 0.016 0.001 0.001 0.461 34 S 0.029 0.049 0.004 0.004 0.001 0.002 0.079 0.003 0.001 0.001 0.826 35 T 0.008 0.049 0.006 0.001 0.001 0.002 0.402 0.001 0.001 0.008 0.523 36 E 0.046 0.049 0.002 0.001 0.001 0.001 0.781 0.001 0.001 0.006 0.114 37 Q 0.061 0.611 0.005 0.001 0.001 0.001 0.161 0.002 0.001 0.003 0.156 38 H 0.008 0.929 0.004 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.041 39 K 0.005 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.052 40 L 0.009 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.033 41 T 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 42 Q 0.004 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.027 43 M 0.007 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.015 44 A 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 45 A 0.002 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 46 R 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.011 47 F 0.008 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.011 48 L 0.006 0.967 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.010 49 Q 0.010 0.940 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.017 50 Q 0.037 0.864 0.018 0.002 0.002 0.002 0.004 0.026 0.001 0.001 0.044 51 K 0.062 0.813 0.026 0.004 0.006 0.007 0.005 0.023 0.001 0.001 0.053 52 R 0.092 0.489 0.032 0.022 0.028 0.038 0.039 0.037 0.001 0.001 0.220 53 L 0.126 0.241 0.081 0.076 0.047 0.072 0.035 0.032 0.001 0.004 0.287 54 V 0.069 0.126 0.054 0.116 0.150 0.127 0.065 0.021 0.001 0.004 0.270 55 A 0.015 0.015 0.009 0.075 0.074 0.123 0.038 0.003 0.001 0.001 0.647 56 L 0.026 0.025 0.017 0.164 0.144 0.311 0.057 0.003 0.001 0.005 0.249 57 Q 0.059 0.025 0.004 0.147 0.080 0.133 0.129 0.002 0.001 0.012 0.408 58 G 0.099 0.007 0.006 0.066 0.028 0.061 0.092 0.001 0.001 0.016 0.623 59 L 0.460 0.011 0.036 0.168 0.057 0.060 0.064 0.001 0.001 0.010 0.132 60 E 0.013 0.005 0.002 0.122 0.062 0.077 0.157 0.001 0.001 0.002 0.559 61 L 0.016 0.007 0.009 0.094 0.108 0.218 0.088 0.001 0.001 0.003 0.454 62 T 0.018 0.014 0.004 0.087 0.125 0.195 0.186 0.001 0.001 0.005 0.366 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.993 64 L 0.014 0.010 0.001 0.017 0.009 0.046 0.420 0.001 0.001 0.003 0.479 65 H 0.444 0.079 0.002 0.007 0.012 0.014 0.222 0.001 0.001 0.013 0.205 66 Q 0.035 0.722 0.003 0.003 0.011 0.014 0.051 0.001 0.001 0.001 0.158 67 A 0.009 0.804 0.004 0.004 0.012 0.018 0.034 0.001 0.001 0.001 0.114 68 R 0.009 0.839 0.001 0.003 0.011 0.025 0.022 0.001 0.001 0.001 0.088 69 I 0.004 0.936 0.001 0.002 0.008 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.031 70 A 0.002 0.974 0.002 0.001 0.003 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 71 M 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.012 72 L 0.005 0.974 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.011 73 F 0.010 0.948 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.025 74 C 0.042 0.838 0.009 0.001 0.001 0.002 0.009 0.020 0.001 0.001 0.079 75 L 0.019 0.889 0.027 0.002 0.002 0.002 0.005 0.011 0.001 0.001 0.044 76 P 0.011 0.466 0.005 0.003 0.003 0.005 0.017 0.008 0.001 0.001 0.483 77 V 0.049 0.658 0.019 0.009 0.004 0.007 0.028 0.020 0.001 0.001 0.206 78 L 0.040 0.895 0.010 0.006 0.002 0.004 0.006 0.013 0.001 0.001 0.024 79 E 0.055 0.801 0.008 0.007 0.002 0.004 0.006 0.020 0.001 0.001 0.096 80 L 0.109 0.676 0.032 0.020 0.003 0.005 0.020 0.028 0.001 0.002 0.106 81 G 0.323 0.213 0.011 0.013 0.006 0.012 0.049 0.042 0.001 0.004 0.326 82 I 0.156 0.167 0.172 0.026 0.008 0.014 0.052 0.013 0.001 0.004 0.388 83 E 0.020 0.046 0.006 0.018 0.010 0.017 0.119 0.003 0.001 0.002 0.759 84 W 0.072 0.041 0.008 0.011 0.008 0.015 0.146 0.004 0.001 0.003 0.692 85 L 0.270 0.299 0.010 0.023 0.020 0.045 0.049 0.013 0.001 0.006 0.265 86 D 0.104 0.128 0.010 0.020 0.012 0.024 0.047 0.008 0.001 0.004 0.642 87 G 0.320 0.044 0.010 0.037 0.013 0.021 0.060 0.011 0.001 0.005 0.480 88 F 0.520 0.021 0.042 0.121 0.027 0.024 0.047 0.005 0.001 0.008 0.185 89 H 0.040 0.010 0.010 0.240 0.240 0.251 0.052 0.002 0.001 0.005 0.150 90 E 0.004 0.001 0.004 0.373 0.210 0.234 0.049 0.001 0.001 0.002 0.121 91 V 0.004 0.001 0.001 0.774 0.039 0.071 0.012 0.001 0.001 0.001 0.098 92 L 0.001 0.001 0.001 0.918 0.033 0.032 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 93 I 0.001 0.001 0.001 0.824 0.034 0.061 0.009 0.001 0.001 0.001 0.072 94 Y 0.001 0.001 0.001 0.791 0.079 0.067 0.017 0.001 0.001 0.001 0.045 95 P 0.001 0.001 0.001 0.041 0.012 0.040 0.011 0.001 0.001 0.001 0.895