# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.1154 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.276 0.292 0.215 0.073 0.068 0.025 0.021 0.003 0.023 0.002 0.001 2 M 0.264 0.317 0.236 0.080 0.029 0.034 0.016 0.002 0.021 0.001 0.001 3 F 0.135 0.358 0.241 0.108 0.074 0.039 0.018 0.002 0.022 0.002 0.001 4 K 0.139 0.292 0.272 0.095 0.055 0.069 0.037 0.005 0.031 0.003 0.003 5 W 0.034 0.359 0.381 0.010 0.055 0.028 0.008 0.001 0.120 0.003 0.001 6 P 0.318 0.022 0.556 0.023 0.008 0.030 0.004 0.001 0.004 0.006 0.027 7 W 0.306 0.194 0.219 0.151 0.064 0.022 0.012 0.007 0.020 0.003 0.001 8 K 0.261 0.223 0.296 0.090 0.029 0.037 0.023 0.003 0.032 0.003 0.002 9 A 0.455 0.131 0.229 0.082 0.036 0.019 0.017 0.005 0.016 0.006 0.003 10 D 0.485 0.094 0.183 0.110 0.030 0.031 0.029 0.011 0.015 0.008 0.003 11 D 0.511 0.106 0.173 0.114 0.034 0.022 0.012 0.005 0.018 0.003 0.002 12 E 0.625 0.106 0.136 0.092 0.008 0.014 0.006 0.001 0.010 0.001 0.002 13 S 0.376 0.102 0.136 0.265 0.027 0.014 0.053 0.005 0.018 0.003 0.002 14 G 0.313 0.044 0.120 0.078 0.118 0.010 0.057 0.139 0.010 0.107 0.004 15 N 0.205 0.074 0.219 0.324 0.026 0.040 0.067 0.017 0.017 0.005 0.005 16 A 0.122 0.237 0.384 0.085 0.089 0.023 0.017 0.004 0.032 0.005 0.001 17 E 0.208 0.113 0.509 0.057 0.007 0.063 0.024 0.002 0.012 0.002 0.004 18 M 0.243 0.188 0.438 0.021 0.051 0.023 0.005 0.002 0.022 0.007 0.001 19 P 0.397 0.021 0.458 0.015 0.008 0.079 0.003 0.001 0.007 0.005 0.007 20 W 0.900 0.014 0.035 0.035 0.004 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 21 E 0.957 0.020 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 Q 0.920 0.019 0.008 0.040 0.008 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 23 A 0.856 0.018 0.039 0.075 0.003 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 24 L 0.646 0.076 0.087 0.138 0.007 0.011 0.020 0.001 0.012 0.001 0.001 25 A 0.413 0.073 0.152 0.167 0.017 0.044 0.112 0.009 0.007 0.003 0.001 26 I 0.081 0.271 0.412 0.005 0.029 0.023 0.005 0.001 0.171 0.002 0.001 27 P 0.248 0.001 0.653 0.006 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 28 V 0.662 0.097 0.106 0.080 0.011 0.024 0.003 0.002 0.014 0.001 0.001 29 L 0.691 0.111 0.103 0.058 0.005 0.017 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 30 A 0.546 0.092 0.071 0.210 0.038 0.013 0.015 0.004 0.007 0.002 0.001 31 H 0.228 0.074 0.110 0.338 0.051 0.041 0.119 0.018 0.014 0.004 0.002 32 L 0.172 0.210 0.352 0.149 0.042 0.027 0.014 0.002 0.030 0.002 0.001 33 S 0.097 0.080 0.613 0.038 0.022 0.079 0.014 0.001 0.045 0.008 0.002 34 S 0.882 0.004 0.075 0.028 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 T 0.954 0.006 0.013 0.023 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.897 0.006 0.008 0.084 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 Q 0.974 0.002 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 H 0.977 0.005 0.005 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 39 K 0.978 0.003 0.006 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.990 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 F 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 L 0.983 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 Q 0.986 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 Q 0.893 0.002 0.003 0.099 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 K 0.849 0.015 0.024 0.082 0.006 0.003 0.016 0.002 0.002 0.001 0.001 52 R 0.757 0.074 0.051 0.068 0.005 0.013 0.025 0.001 0.006 0.001 0.001 53 L 0.481 0.190 0.168 0.084 0.017 0.041 0.008 0.001 0.010 0.001 0.001 54 V 0.263 0.430 0.130 0.097 0.025 0.022 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 55 A 0.267 0.154 0.269 0.062 0.061 0.094 0.041 0.008 0.031 0.009 0.004 56 L 0.325 0.237 0.163 0.169 0.033 0.026 0.010 0.002 0.031 0.002 0.002 57 Q 0.195 0.088 0.150 0.262 0.036 0.013 0.212 0.010 0.024 0.007 0.003 58 G 0.020 0.011 0.032 0.016 0.087 0.006 0.261 0.497 0.003 0.067 0.001 59 L 0.024 0.449 0.368 0.038 0.083 0.022 0.006 0.002 0.006 0.001 0.001 60 E 0.013 0.291 0.475 0.012 0.021 0.162 0.006 0.001 0.017 0.001 0.002 61 L 0.074 0.305 0.394 0.034 0.012 0.158 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 62 T 0.046 0.145 0.346 0.004 0.030 0.093 0.005 0.001 0.324 0.006 0.001 63 P 0.964 0.001 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 L 0.842 0.003 0.004 0.146 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 H 0.852 0.010 0.010 0.107 0.012 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 66 Q 0.921 0.032 0.019 0.014 0.003 0.003 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 67 A 0.918 0.054 0.015 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 R 0.912 0.065 0.011 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 69 I 0.926 0.056 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 70 A 0.950 0.026 0.006 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 71 M 0.873 0.068 0.011 0.025 0.011 0.004 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 72 L 0.857 0.092 0.010 0.018 0.007 0.004 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 73 F 0.567 0.126 0.069 0.128 0.074 0.014 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 74 C 0.440 0.141 0.116 0.182 0.023 0.046 0.030 0.001 0.020 0.001 0.001 75 L 0.453 0.263 0.126 0.006 0.005 0.029 0.033 0.001 0.085 0.001 0.001 76 P 0.763 0.007 0.177 0.014 0.010 0.014 0.004 0.001 0.002 0.003 0.004 77 V 0.366 0.290 0.156 0.087 0.040 0.027 0.007 0.001 0.026 0.001 0.001 78 L 0.364 0.316 0.193 0.026 0.013 0.060 0.009 0.001 0.019 0.001 0.001 79 E 0.253 0.170 0.284 0.047 0.030 0.152 0.016 0.003 0.035 0.005 0.003 80 L 0.320 0.115 0.198 0.260 0.016 0.024 0.037 0.001 0.026 0.001 0.002 81 G 0.080 0.015 0.090 0.031 0.110 0.029 0.105 0.316 0.010 0.211 0.002 82 I 0.387 0.126 0.332 0.096 0.015 0.024 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 83 E 0.616 0.097 0.163 0.067 0.011 0.024 0.010 0.002 0.008 0.001 0.002 84 W 0.559 0.113 0.096 0.149 0.034 0.029 0.006 0.002 0.011 0.001 0.001 85 L 0.431 0.251 0.115 0.120 0.021 0.020 0.007 0.001 0.032 0.001 0.001 86 D 0.265 0.103 0.248 0.142 0.018 0.020 0.168 0.008 0.017 0.006 0.005 87 G 0.038 0.009 0.015 0.019 0.110 0.003 0.124 0.569 0.003 0.108 0.001 88 F 0.078 0.181 0.562 0.116 0.016 0.033 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 89 H 0.147 0.348 0.192 0.206 0.064 0.015 0.013 0.002 0.013 0.001 0.001 90 E 0.008 0.666 0.105 0.014 0.177 0.007 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 91 V 0.003 0.828 0.107 0.002 0.031 0.021 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 92 L 0.003 0.731 0.193 0.004 0.019 0.037 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 93 I 0.012 0.709 0.165 0.009 0.014 0.068 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 94 Y 0.002 0.404 0.266 0.001 0.067 0.039 0.002 0.001 0.218 0.002 0.001 95 P 0.063 0.003 0.835 0.007 0.004 0.027 0.001 0.001 0.002 0.005 0.055