# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.1154 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.142 0.161 0.042 0.015 0.250 0.018 0.046 0.150 0.071 0.065 0.040 2 M 0.163 0.102 0.036 0.017 0.215 0.031 0.058 0.126 0.080 0.108 0.065 3 F 0.129 0.231 0.062 0.023 0.304 0.021 0.034 0.069 0.044 0.045 0.038 4 K 0.137 0.161 0.097 0.036 0.191 0.030 0.052 0.073 0.055 0.100 0.068 5 W 0.083 0.340 0.147 0.009 0.274 0.008 0.015 0.035 0.026 0.022 0.042 6 P 0.122 0.225 0.052 0.013 0.210 0.014 0.031 0.122 0.101 0.063 0.046 7 W 0.071 0.156 0.078 0.019 0.143 0.029 0.085 0.180 0.111 0.085 0.043 8 K 0.110 0.200 0.128 0.025 0.165 0.018 0.031 0.114 0.054 0.101 0.054 9 A 0.050 0.192 0.071 0.026 0.109 0.030 0.056 0.265 0.108 0.067 0.026 10 D 0.058 0.104 0.047 0.023 0.103 0.028 0.036 0.290 0.145 0.123 0.042 11 D 0.052 0.077 0.032 0.010 0.101 0.012 0.030 0.379 0.177 0.099 0.031 12 E 0.053 0.069 0.033 0.011 0.073 0.019 0.055 0.415 0.141 0.101 0.030 13 S 0.061 0.137 0.051 0.029 0.080 0.037 0.058 0.214 0.125 0.157 0.051 14 G 0.048 0.186 0.105 0.072 0.096 0.037 0.056 0.135 0.088 0.131 0.047 15 N 0.061 0.107 0.081 0.042 0.074 0.025 0.051 0.125 0.113 0.255 0.065 16 A 0.033 0.383 0.217 0.029 0.109 0.010 0.026 0.070 0.043 0.056 0.022 17 E 0.047 0.269 0.167 0.037 0.089 0.018 0.037 0.141 0.076 0.083 0.034 18 M 0.026 0.306 0.264 0.023 0.074 0.015 0.028 0.151 0.060 0.035 0.018 19 P 0.028 0.300 0.080 0.005 0.058 0.006 0.013 0.375 0.075 0.044 0.015 20 W 0.006 0.015 0.004 0.001 0.010 0.002 0.005 0.684 0.235 0.034 0.005 21 E 0.004 0.010 0.004 0.002 0.006 0.004 0.010 0.794 0.154 0.012 0.002 22 Q 0.004 0.009 0.003 0.001 0.007 0.004 0.019 0.749 0.136 0.066 0.003 23 A 0.007 0.005 0.003 0.001 0.007 0.005 0.019 0.658 0.213 0.079 0.004 24 L 0.009 0.035 0.015 0.006 0.016 0.014 0.057 0.587 0.198 0.057 0.007 25 A 0.020 0.039 0.027 0.008 0.027 0.015 0.048 0.338 0.138 0.324 0.017 26 I 0.055 0.263 0.108 0.008 0.157 0.007 0.027 0.248 0.065 0.044 0.019 27 P 0.068 0.200 0.032 0.004 0.120 0.008 0.038 0.408 0.085 0.020 0.017 28 V 0.050 0.029 0.007 0.003 0.051 0.008 0.041 0.559 0.187 0.052 0.014 29 L 0.038 0.032 0.010 0.008 0.061 0.020 0.035 0.468 0.236 0.074 0.016 30 A 0.022 0.034 0.013 0.009 0.047 0.029 0.136 0.428 0.192 0.074 0.015 31 H 0.076 0.058 0.027 0.005 0.117 0.010 0.060 0.190 0.094 0.306 0.056 32 L 0.053 0.341 0.125 0.014 0.143 0.016 0.039 0.078 0.037 0.105 0.048 33 S 0.038 0.453 0.331 0.012 0.077 0.004 0.005 0.036 0.009 0.018 0.017 34 S 0.010 0.040 0.008 0.002 0.020 0.003 0.009 0.714 0.172 0.017 0.005 35 T 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.823 0.153 0.008 0.001 36 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.899 0.072 0.018 0.001 37 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.918 0.059 0.016 0.001 38 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.952 0.040 0.001 0.001 39 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.962 0.022 0.004 0.001 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.021 0.002 0.001 41 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.020 0.001 0.001 42 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.012 0.001 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.017 0.001 0.001 45 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.009 0.001 0.001 46 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.986 0.004 0.001 0.001 47 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.972 0.019 0.002 0.001 48 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.905 0.085 0.003 0.001 49 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.875 0.095 0.009 0.001 50 Q 0.008 0.007 0.003 0.001 0.009 0.002 0.037 0.790 0.114 0.026 0.003 51 K 0.027 0.064 0.017 0.005 0.065 0.009 0.065 0.596 0.116 0.027 0.009 52 R 0.089 0.030 0.011 0.007 0.095 0.011 0.064 0.469 0.114 0.084 0.026 53 L 0.178 0.056 0.014 0.009 0.157 0.009 0.054 0.324 0.097 0.067 0.035 54 V 0.073 0.181 0.059 0.019 0.219 0.026 0.082 0.193 0.060 0.047 0.041 55 A 0.219 0.096 0.064 0.022 0.161 0.016 0.033 0.099 0.048 0.118 0.126 56 L 0.090 0.146 0.076 0.067 0.156 0.098 0.076 0.124 0.060 0.064 0.044 57 Q 0.014 0.100 0.107 0.240 0.029 0.164 0.208 0.055 0.036 0.035 0.012 58 G 0.127 0.047 0.053 0.069 0.096 0.015 0.011 0.025 0.036 0.372 0.148 59 L 0.101 0.346 0.021 0.003 0.453 0.005 0.010 0.013 0.013 0.011 0.024 60 E 0.177 0.192 0.043 0.001 0.515 0.002 0.005 0.007 0.002 0.004 0.053 61 L 0.181 0.309 0.076 0.030 0.168 0.015 0.015 0.021 0.019 0.075 0.090 62 T 0.020 0.404 0.339 0.061 0.104 0.011 0.006 0.033 0.013 0.003 0.005 63 P 0.003 0.008 0.005 0.003 0.003 0.008 0.037 0.759 0.164 0.008 0.002 64 L 0.005 0.006 0.005 0.002 0.005 0.003 0.015 0.690 0.155 0.102 0.013 65 H 0.010 0.045 0.004 0.001 0.034 0.002 0.004 0.838 0.051 0.006 0.004 66 Q 0.008 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.002 0.941 0.027 0.002 0.002 67 A 0.007 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 0.966 0.012 0.001 0.001 68 R 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.976 0.005 0.001 0.001 69 I 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.979 0.011 0.001 0.001 70 A 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.967 0.019 0.001 0.001 71 M 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.960 0.024 0.001 0.001 72 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.939 0.036 0.003 0.001 73 F 0.005 0.009 0.003 0.002 0.006 0.001 0.020 0.909 0.039 0.006 0.002 74 C 0.006 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.009 0.910 0.048 0.014 0.002 75 L 0.004 0.025 0.007 0.002 0.015 0.002 0.008 0.836 0.093 0.005 0.003 76 P 0.007 0.011 0.003 0.001 0.007 0.001 0.016 0.862 0.084 0.005 0.002 77 V 0.005 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.019 0.813 0.129 0.018 0.002 78 L 0.010 0.023 0.011 0.004 0.029 0.012 0.061 0.559 0.207 0.076 0.008 79 E 0.053 0.018 0.012 0.012 0.035 0.016 0.129 0.459 0.095 0.134 0.037 80 L 0.013 0.473 0.194 0.023 0.078 0.024 0.056 0.073 0.028 0.029 0.009 81 G 0.125 0.035 0.030 0.033 0.063 0.016 0.009 0.063 0.054 0.365 0.207 82 I 0.067 0.130 0.033 0.012 0.163 0.016 0.027 0.263 0.208 0.057 0.025 83 E 0.073 0.074 0.027 0.011 0.151 0.023 0.064 0.343 0.124 0.076 0.034 84 W 0.139 0.065 0.038 0.017 0.122 0.017 0.063 0.252 0.109 0.125 0.053 85 L 0.079 0.098 0.081 0.077 0.126 0.080 0.063 0.176 0.085 0.090 0.044 86 D 0.018 0.159 0.132 0.217 0.035 0.096 0.133 0.107 0.049 0.039 0.015 87 G 0.035 0.024 0.056 0.068 0.025 0.021 0.016 0.040 0.046 0.522 0.146 88 F 0.220 0.194 0.030 0.008 0.332 0.012 0.019 0.035 0.042 0.061 0.048 89 H 0.142 0.194 0.051 0.028 0.307 0.069 0.093 0.033 0.021 0.025 0.036 90 E 0.325 0.071 0.012 0.008 0.495 0.007 0.007 0.005 0.005 0.020 0.044 91 V 0.215 0.071 0.001 0.001 0.699 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 92 L 0.182 0.037 0.003 0.001 0.767 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 93 I 0.394 0.064 0.010 0.002 0.416 0.004 0.003 0.002 0.002 0.006 0.097 94 Y 0.105 0.301 0.174 0.016 0.301 0.010 0.005 0.003 0.003 0.006 0.075 95 P 0.150 0.337 0.082 0.013 0.228 0.018 0.028 0.033 0.032 0.030 0.050