# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.1154 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.525 0.227 0.155 0.056 0.025 0.010 0.001 2 M 0.271 0.193 0.178 0.176 0.120 0.054 0.006 3 F 0.202 0.164 0.176 0.242 0.146 0.064 0.006 4 K 0.444 0.283 0.184 0.060 0.020 0.008 0.001 5 W 0.203 0.194 0.187 0.231 0.130 0.052 0.004 6 P 0.286 0.226 0.200 0.143 0.097 0.043 0.005 7 W 0.240 0.222 0.193 0.204 0.101 0.037 0.003 8 K 0.455 0.245 0.168 0.084 0.036 0.011 0.001 9 A 0.338 0.260 0.182 0.140 0.058 0.020 0.002 10 D 0.518 0.242 0.147 0.063 0.023 0.007 0.001 11 D 0.434 0.255 0.142 0.115 0.042 0.011 0.001 12 E 0.534 0.239 0.130 0.066 0.024 0.007 0.001 13 S 0.444 0.225 0.166 0.109 0.044 0.012 0.001 14 G 0.525 0.244 0.133 0.070 0.022 0.005 0.001 15 N 0.488 0.289 0.138 0.058 0.021 0.007 0.001 16 A 0.219 0.182 0.200 0.216 0.138 0.043 0.002 17 E 0.323 0.335 0.189 0.106 0.035 0.012 0.001 18 M 0.222 0.242 0.196 0.209 0.104 0.025 0.002 19 P 0.243 0.312 0.240 0.137 0.050 0.016 0.002 20 W 0.045 0.071 0.124 0.262 0.306 0.178 0.014 21 E 0.114 0.232 0.277 0.231 0.111 0.033 0.003 22 Q 0.119 0.311 0.248 0.209 0.082 0.027 0.004 23 A 0.036 0.051 0.085 0.172 0.303 0.304 0.049 24 L 0.029 0.075 0.120 0.261 0.246 0.219 0.051 25 A 0.126 0.254 0.282 0.187 0.084 0.052 0.015 26 I 0.053 0.107 0.164 0.256 0.244 0.144 0.032 27 P 0.059 0.134 0.175 0.205 0.211 0.172 0.044 28 V 0.045 0.070 0.100 0.166 0.247 0.297 0.075 29 L 0.063 0.080 0.145 0.233 0.283 0.172 0.024 30 A 0.154 0.338 0.268 0.155 0.055 0.026 0.003 31 H 0.127 0.254 0.293 0.194 0.098 0.033 0.002 32 L 0.072 0.090 0.179 0.327 0.248 0.082 0.003 33 S 0.353 0.409 0.164 0.060 0.013 0.002 0.001 34 S 0.658 0.278 0.048 0.014 0.002 0.001 0.001 35 T 0.693 0.232 0.059 0.013 0.002 0.001 0.001 36 E 0.319 0.372 0.186 0.094 0.026 0.003 0.001 37 Q 0.219 0.356 0.240 0.149 0.033 0.003 0.001 38 H 0.384 0.370 0.153 0.074 0.017 0.002 0.001 39 K 0.179 0.353 0.288 0.133 0.041 0.006 0.001 40 L 0.018 0.031 0.083 0.237 0.455 0.171 0.006 41 T 0.083 0.212 0.304 0.298 0.082 0.020 0.001 42 Q 0.348 0.324 0.230 0.062 0.025 0.009 0.001 43 M 0.082 0.152 0.203 0.250 0.190 0.105 0.019 44 A 0.040 0.070 0.091 0.193 0.265 0.279 0.062 45 A 0.120 0.223 0.228 0.211 0.131 0.072 0.014 46 R 0.096 0.141 0.208 0.223 0.181 0.123 0.029 47 F 0.038 0.056 0.091 0.164 0.260 0.313 0.078 48 L 0.057 0.093 0.141 0.207 0.243 0.207 0.052 49 Q 0.144 0.230 0.218 0.198 0.120 0.070 0.020 50 Q 0.105 0.183 0.224 0.233 0.147 0.085 0.023 51 K 0.071 0.116 0.136 0.237 0.239 0.166 0.035 52 R 0.097 0.199 0.235 0.247 0.140 0.071 0.011 53 L 0.069 0.080 0.098 0.196 0.274 0.245 0.039 54 V 0.127 0.206 0.227 0.227 0.137 0.067 0.010 55 A 0.147 0.255 0.219 0.183 0.119 0.065 0.012 56 L 0.089 0.107 0.187 0.292 0.198 0.111 0.015 57 Q 0.350 0.325 0.190 0.084 0.033 0.015 0.002 58 G 0.140 0.273 0.254 0.197 0.099 0.033 0.004 59 L 0.044 0.051 0.079 0.194 0.319 0.289 0.025 60 E 0.086 0.308 0.305 0.218 0.064 0.018 0.002 61 L 0.041 0.057 0.110 0.256 0.364 0.160 0.012 62 T 0.159 0.351 0.219 0.194 0.060 0.015 0.002 63 P 0.377 0.334 0.166 0.082 0.028 0.011 0.001 64 L 0.099 0.194 0.259 0.243 0.149 0.051 0.005 65 H 0.040 0.101 0.168 0.264 0.252 0.155 0.021 66 Q 0.058 0.168 0.232 0.247 0.168 0.096 0.030 67 A 0.023 0.040 0.059 0.106 0.197 0.417 0.159 68 R 0.027 0.067 0.113 0.217 0.241 0.217 0.119 69 I 0.009 0.013 0.018 0.040 0.106 0.324 0.490 70 A 0.010 0.018 0.026 0.053 0.110 0.286 0.496 71 M 0.009 0.022 0.031 0.079 0.142 0.294 0.422 72 L 0.009 0.025 0.043 0.098 0.184 0.260 0.380 73 F 0.004 0.008 0.013 0.029 0.087 0.318 0.541 74 C 0.005 0.011 0.018 0.047 0.113 0.329 0.477 75 L 0.007 0.012 0.022 0.047 0.117 0.316 0.478 76 P 0.009 0.019 0.032 0.074 0.146 0.344 0.377 77 V 0.011 0.019 0.037 0.081 0.176 0.366 0.310 78 L 0.010 0.021 0.037 0.103 0.236 0.421 0.173 79 E 0.063 0.160 0.267 0.229 0.147 0.101 0.032 80 L 0.029 0.066 0.121 0.274 0.264 0.206 0.040 81 G 0.116 0.226 0.224 0.183 0.132 0.102 0.016 82 I 0.065 0.120 0.169 0.324 0.227 0.084 0.010 83 E 0.300 0.362 0.228 0.077 0.023 0.009 0.001 84 W 0.049 0.090 0.167 0.291 0.271 0.122 0.011 85 L 0.052 0.100 0.165 0.293 0.248 0.129 0.013 86 D 0.353 0.341 0.201 0.072 0.024 0.008 0.001 87 G 0.145 0.323 0.250 0.182 0.079 0.018 0.003 88 F 0.021 0.041 0.075 0.154 0.291 0.358 0.059 89 H 0.036 0.120 0.182 0.316 0.217 0.107 0.022 90 E 0.070 0.189 0.276 0.270 0.129 0.053 0.013 91 V 0.025 0.051 0.085 0.150 0.270 0.343 0.076 92 L 0.024 0.036 0.055 0.121 0.223 0.385 0.157 93 I 0.055 0.071 0.100 0.166 0.253 0.268 0.087 94 Y 0.128 0.171 0.191 0.254 0.166 0.072 0.016 95 P 0.315 0.265 0.184 0.127 0.067 0.036 0.006