# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.1154 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.207 0.116 0.125 0.137 0.145 0.104 0.066 0.046 0.026 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 2 M 0.107 0.075 0.078 0.127 0.160 0.135 0.116 0.091 0.054 0.029 0.016 0.007 0.003 0.002 3 F 0.112 0.077 0.089 0.130 0.161 0.133 0.104 0.084 0.051 0.029 0.016 0.009 0.003 0.001 4 K 0.340 0.181 0.144 0.104 0.078 0.061 0.039 0.021 0.017 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 5 W 0.142 0.099 0.116 0.146 0.163 0.135 0.084 0.056 0.029 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 6 P 0.202 0.133 0.137 0.151 0.136 0.100 0.069 0.034 0.023 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 7 W 0.252 0.142 0.136 0.158 0.128 0.086 0.048 0.026 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 8 K 0.442 0.177 0.154 0.092 0.061 0.033 0.022 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 9 A 0.409 0.183 0.138 0.112 0.076 0.041 0.024 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 10 D 0.598 0.168 0.105 0.055 0.033 0.018 0.016 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.597 0.164 0.084 0.063 0.042 0.023 0.018 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.613 0.156 0.093 0.051 0.037 0.022 0.018 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 S 0.449 0.164 0.124 0.093 0.076 0.047 0.030 0.008 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 14 G 0.524 0.149 0.118 0.077 0.059 0.032 0.024 0.006 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 15 N 0.416 0.179 0.130 0.101 0.077 0.047 0.028 0.009 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.229 0.112 0.116 0.146 0.157 0.115 0.062 0.029 0.019 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 17 E 0.313 0.168 0.167 0.117 0.095 0.064 0.039 0.013 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 18 M 0.322 0.156 0.123 0.141 0.117 0.070 0.034 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 19 P 0.330 0.212 0.141 0.115 0.080 0.064 0.032 0.011 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 20 W 0.053 0.047 0.068 0.143 0.193 0.205 0.133 0.086 0.045 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 21 E 0.324 0.202 0.184 0.112 0.080 0.050 0.026 0.008 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 22 Q 0.448 0.216 0.170 0.072 0.038 0.036 0.009 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.061 0.058 0.062 0.143 0.181 0.181 0.147 0.096 0.040 0.015 0.008 0.005 0.003 0.001 24 L 0.058 0.062 0.089 0.154 0.207 0.166 0.126 0.077 0.037 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 25 A 0.371 0.191 0.155 0.104 0.067 0.058 0.024 0.012 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 26 I 0.156 0.101 0.103 0.154 0.178 0.128 0.082 0.047 0.026 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 27 P 0.110 0.088 0.112 0.126 0.168 0.143 0.111 0.071 0.036 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 28 V 0.071 0.053 0.065 0.109 0.160 0.155 0.147 0.120 0.062 0.033 0.016 0.005 0.003 0.001 29 L 0.106 0.089 0.078 0.133 0.151 0.137 0.116 0.089 0.052 0.026 0.014 0.006 0.003 0.001 30 A 0.302 0.172 0.160 0.134 0.095 0.066 0.034 0.018 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 31 H 0.134 0.125 0.165 0.185 0.169 0.107 0.057 0.029 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 32 L 0.114 0.079 0.066 0.150 0.213 0.150 0.113 0.068 0.031 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 33 S 0.395 0.227 0.180 0.088 0.055 0.032 0.014 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 S 0.655 0.161 0.101 0.038 0.022 0.013 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 T 0.662 0.160 0.092 0.041 0.025 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.525 0.171 0.116 0.065 0.048 0.045 0.022 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 Q 0.307 0.171 0.148 0.135 0.119 0.066 0.041 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 38 H 0.686 0.178 0.082 0.026 0.014 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 K 0.298 0.275 0.220 0.098 0.051 0.042 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.015 0.015 0.023 0.095 0.179 0.231 0.214 0.136 0.067 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 41 T 0.066 0.128 0.220 0.254 0.174 0.099 0.033 0.013 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.618 0.227 0.112 0.024 0.008 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.038 0.065 0.088 0.197 0.228 0.195 0.113 0.051 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 44 A 0.013 0.018 0.031 0.079 0.131 0.214 0.238 0.188 0.055 0.017 0.012 0.002 0.002 0.001 45 A 0.191 0.215 0.163 0.197 0.120 0.066 0.028 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 R 0.302 0.183 0.172 0.160 0.102 0.048 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 F 0.051 0.048 0.069 0.144 0.198 0.203 0.136 0.091 0.035 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 48 L 0.058 0.067 0.085 0.143 0.217 0.179 0.139 0.072 0.027 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 49 Q 0.506 0.201 0.153 0.065 0.035 0.024 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 Q 0.320 0.155 0.176 0.144 0.090 0.068 0.027 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 K 0.103 0.087 0.119 0.177 0.193 0.157 0.099 0.039 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 52 R 0.156 0.130 0.121 0.172 0.173 0.127 0.064 0.033 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 53 L 0.118 0.055 0.042 0.082 0.132 0.134 0.156 0.126 0.068 0.039 0.028 0.011 0.007 0.002 54 V 0.132 0.097 0.121 0.117 0.144 0.127 0.092 0.072 0.047 0.021 0.020 0.006 0.002 0.002 55 A 0.100 0.072 0.088 0.124 0.152 0.128 0.101 0.082 0.061 0.042 0.025 0.013 0.007 0.004 56 L 0.049 0.039 0.039 0.082 0.118 0.143 0.136 0.126 0.112 0.064 0.047 0.024 0.016 0.005 57 Q 0.122 0.102 0.132 0.143 0.147 0.124 0.091 0.060 0.040 0.021 0.013 0.004 0.001 0.001 58 G 0.086 0.087 0.095 0.132 0.167 0.141 0.108 0.078 0.054 0.027 0.016 0.005 0.002 0.002 59 L 0.077 0.044 0.042 0.072 0.113 0.139 0.150 0.128 0.082 0.064 0.053 0.018 0.015 0.004 60 E 0.113 0.118 0.146 0.185 0.154 0.120 0.068 0.050 0.028 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 61 L 0.054 0.042 0.046 0.087 0.141 0.137 0.149 0.131 0.104 0.055 0.028 0.016 0.007 0.002 62 T 0.135 0.160 0.166 0.183 0.138 0.095 0.061 0.030 0.020 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 63 P 0.340 0.200 0.145 0.105 0.071 0.069 0.035 0.012 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 64 L 0.085 0.114 0.112 0.175 0.193 0.137 0.098 0.044 0.024 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 65 H 0.050 0.068 0.078 0.147 0.185 0.161 0.127 0.093 0.047 0.025 0.010 0.005 0.003 0.001 66 Q 0.037 0.048 0.051 0.117 0.168 0.160 0.159 0.136 0.065 0.039 0.010 0.006 0.002 0.002 67 A 0.017 0.011 0.017 0.029 0.058 0.100 0.161 0.145 0.163 0.123 0.093 0.049 0.026 0.008 68 R 0.028 0.036 0.055 0.084 0.120 0.142 0.168 0.161 0.089 0.057 0.027 0.018 0.008 0.006 69 I 0.029 0.024 0.027 0.043 0.065 0.089 0.148 0.131 0.144 0.124 0.073 0.056 0.031 0.015 70 A 0.010 0.015 0.016 0.043 0.071 0.145 0.162 0.178 0.159 0.092 0.047 0.032 0.021 0.011 71 M 0.009 0.016 0.019 0.043 0.082 0.117 0.225 0.203 0.100 0.072 0.061 0.027 0.016 0.011 72 L 0.028 0.065 0.061 0.112 0.143 0.163 0.145 0.110 0.081 0.043 0.022 0.014 0.008 0.005 73 F 0.016 0.025 0.037 0.065 0.102 0.152 0.183 0.172 0.105 0.067 0.036 0.020 0.015 0.006 74 C 0.015 0.020 0.026 0.062 0.111 0.176 0.199 0.174 0.097 0.057 0.031 0.017 0.010 0.005 75 L 0.052 0.075 0.110 0.149 0.157 0.160 0.111 0.083 0.051 0.029 0.009 0.007 0.004 0.002 76 P 0.095 0.067 0.067 0.130 0.187 0.142 0.139 0.086 0.039 0.024 0.012 0.007 0.003 0.002 77 V 0.041 0.048 0.067 0.108 0.141 0.174 0.147 0.120 0.078 0.037 0.021 0.010 0.006 0.003 78 L 0.062 0.040 0.052 0.076 0.155 0.156 0.185 0.133 0.060 0.040 0.027 0.007 0.004 0.002 79 E 0.164 0.185 0.165 0.167 0.116 0.093 0.053 0.029 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 80 L 0.136 0.078 0.108 0.153 0.184 0.139 0.085 0.062 0.027 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 81 G 0.203 0.157 0.180 0.159 0.111 0.096 0.048 0.019 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 82 I 0.152 0.094 0.119 0.166 0.175 0.136 0.075 0.045 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 83 E 0.553 0.195 0.147 0.049 0.026 0.014 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 W 0.093 0.100 0.130 0.187 0.193 0.135 0.075 0.046 0.026 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 85 L 0.051 0.075 0.067 0.159 0.209 0.169 0.130 0.076 0.043 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 86 D 0.235 0.266 0.190 0.136 0.073 0.057 0.023 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 87 G 0.160 0.225 0.184 0.180 0.110 0.078 0.033 0.015 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 88 F 0.010 0.024 0.032 0.094 0.158 0.198 0.189 0.163 0.063 0.030 0.020 0.009 0.006 0.003 89 H 0.007 0.016 0.028 0.068 0.116 0.166 0.179 0.177 0.119 0.066 0.027 0.017 0.008 0.005 90 E 0.011 0.011 0.017 0.036 0.072 0.091 0.147 0.157 0.160 0.127 0.077 0.056 0.024 0.016 91 V 0.002 0.002 0.003 0.005 0.011 0.023 0.044 0.056 0.130 0.165 0.224 0.193 0.096 0.047 92 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.016 0.030 0.057 0.117 0.158 0.209 0.194 0.131 0.071 93 I 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 0.012 0.028 0.055 0.112 0.173 0.205 0.200 0.139 0.062 94 Y 0.004 0.005 0.006 0.013 0.020 0.042 0.070 0.111 0.158 0.178 0.135 0.135 0.076 0.048 95 P 0.007 0.010 0.014 0.029 0.054 0.075 0.131 0.148 0.143 0.143 0.126 0.068 0.030 0.023