# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.7041 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.020 0.019 0.365 0.013 0.055 0.121 0.005 0.002 0.032 0.074 0.093 0.118 0.081 2 M 0.018 0.014 0.385 0.016 0.065 0.112 0.005 0.001 0.023 0.095 0.105 0.045 0.116 3 F 0.014 0.015 0.324 0.009 0.084 0.109 0.004 0.001 0.017 0.120 0.137 0.101 0.067 4 K 0.010 0.023 0.464 0.009 0.046 0.060 0.004 0.001 0.018 0.129 0.104 0.027 0.105 5 W 0.004 0.012 0.579 0.006 0.025 0.037 0.001 0.001 0.011 0.160 0.025 0.104 0.035 6 P 0.004 0.015 0.534 0.004 0.104 0.091 0.002 0.001 0.018 0.060 0.044 0.017 0.108 7 W 0.004 0.021 0.294 0.009 0.195 0.202 0.003 0.002 0.021 0.085 0.062 0.060 0.041 8 K 0.005 0.017 0.283 0.005 0.195 0.217 0.003 0.002 0.030 0.072 0.074 0.034 0.063 9 A 0.004 0.018 0.310 0.005 0.187 0.206 0.003 0.004 0.027 0.068 0.082 0.034 0.053 10 D 0.002 0.015 0.391 0.005 0.093 0.159 0.002 0.002 0.027 0.085 0.191 0.015 0.015 11 D 0.001 0.011 0.307 0.004 0.110 0.142 0.001 0.001 0.011 0.178 0.211 0.005 0.018 12 E 0.001 0.013 0.406 0.002 0.088 0.096 0.001 0.001 0.011 0.198 0.165 0.015 0.006 13 S 0.001 0.030 0.395 0.001 0.085 0.062 0.001 0.001 0.015 0.129 0.263 0.004 0.014 14 G 0.001 0.032 0.512 0.001 0.023 0.034 0.001 0.001 0.007 0.248 0.131 0.007 0.004 15 N 0.001 0.010 0.655 0.001 0.040 0.050 0.001 0.001 0.003 0.175 0.057 0.003 0.005 16 A 0.001 0.006 0.144 0.001 0.164 0.333 0.001 0.001 0.002 0.115 0.231 0.002 0.002 17 E 0.001 0.006 0.124 0.001 0.130 0.394 0.001 0.001 0.002 0.129 0.208 0.001 0.004 18 M 0.001 0.006 0.219 0.001 0.062 0.479 0.001 0.001 0.002 0.190 0.029 0.009 0.003 19 P 0.001 0.002 0.086 0.001 0.029 0.846 0.001 0.001 0.003 0.016 0.013 0.001 0.005 20 W 0.001 0.001 0.007 0.001 0.017 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 21 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 22 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.963 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.017 0.901 0.001 0.001 0.001 0.005 0.061 0.002 0.001 25 A 0.002 0.002 0.055 0.001 0.010 0.746 0.001 0.001 0.003 0.024 0.153 0.001 0.004 26 I 0.001 0.004 0.281 0.002 0.013 0.461 0.001 0.001 0.004 0.129 0.091 0.011 0.002 27 P 0.001 0.006 0.204 0.001 0.061 0.509 0.001 0.001 0.009 0.040 0.155 0.002 0.011 28 V 0.001 0.010 0.140 0.004 0.130 0.490 0.001 0.003 0.012 0.040 0.155 0.007 0.007 29 L 0.001 0.005 0.065 0.004 0.350 0.467 0.001 0.003 0.010 0.025 0.057 0.003 0.009 30 A 0.001 0.005 0.054 0.003 0.368 0.303 0.001 0.003 0.013 0.046 0.194 0.006 0.004 31 H 0.001 0.016 0.186 0.001 0.086 0.144 0.001 0.002 0.018 0.156 0.378 0.003 0.008 32 L 0.001 0.011 0.448 0.001 0.008 0.030 0.001 0.001 0.003 0.468 0.023 0.008 0.002 33 S 0.001 0.006 0.832 0.001 0.009 0.031 0.001 0.001 0.002 0.099 0.019 0.001 0.001 34 S 0.001 0.005 0.173 0.001 0.197 0.489 0.001 0.001 0.001 0.065 0.069 0.001 0.001 35 T 0.001 0.001 0.020 0.001 0.205 0.731 0.001 0.001 0.001 0.015 0.027 0.001 0.001 36 E 0.001 0.001 0.010 0.001 0.134 0.839 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 37 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.014 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 38 H 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 39 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 40 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 41 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 42 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 47 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 48 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.004 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.001 0.001 49 Q 0.001 0.001 0.028 0.001 0.015 0.885 0.001 0.001 0.001 0.009 0.058 0.001 0.001 50 Q 0.001 0.001 0.049 0.001 0.035 0.808 0.001 0.001 0.001 0.017 0.083 0.001 0.004 51 K 0.002 0.002 0.108 0.003 0.044 0.640 0.001 0.001 0.005 0.048 0.130 0.011 0.006 52 R 0.005 0.006 0.266 0.004 0.051 0.338 0.002 0.003 0.025 0.060 0.182 0.016 0.042 53 L 0.024 0.022 0.339 0.012 0.053 0.204 0.008 0.010 0.034 0.094 0.096 0.045 0.060 54 V 0.030 0.035 0.283 0.014 0.058 0.108 0.011 0.011 0.046 0.126 0.138 0.068 0.071 55 A 0.014 0.018 0.310 0.012 0.085 0.053 0.006 0.007 0.037 0.098 0.233 0.026 0.100 56 L 0.006 0.008 0.479 0.021 0.045 0.025 0.003 0.002 0.043 0.128 0.183 0.024 0.033 57 Q 0.002 0.003 0.096 0.050 0.022 0.009 0.002 0.001 0.018 0.209 0.565 0.015 0.008 58 G 0.006 0.005 0.114 0.013 0.017 0.006 0.004 0.003 0.017 0.187 0.578 0.026 0.025 59 L 0.040 0.035 0.435 0.010 0.007 0.004 0.019 0.008 0.061 0.083 0.012 0.129 0.157 60 E 0.082 0.103 0.143 0.008 0.005 0.005 0.033 0.016 0.114 0.037 0.006 0.223 0.226 61 L 0.033 0.064 0.350 0.013 0.006 0.013 0.018 0.017 0.093 0.044 0.015 0.088 0.246 62 T 0.003 0.005 0.782 0.010 0.004 0.016 0.002 0.001 0.019 0.074 0.009 0.045 0.032 63 P 0.001 0.003 0.104 0.014 0.099 0.472 0.001 0.001 0.007 0.096 0.171 0.007 0.026 64 L 0.001 0.001 0.022 0.003 0.111 0.688 0.001 0.001 0.001 0.024 0.136 0.005 0.006 65 H 0.002 0.001 0.032 0.001 0.049 0.855 0.001 0.001 0.002 0.022 0.019 0.007 0.009 66 Q 0.001 0.001 0.019 0.001 0.005 0.948 0.001 0.001 0.002 0.006 0.008 0.003 0.006 67 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 68 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 70 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.980 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 71 M 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.959 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 72 L 0.002 0.001 0.019 0.001 0.015 0.910 0.001 0.001 0.002 0.005 0.042 0.001 0.001 73 F 0.001 0.001 0.026 0.001 0.019 0.788 0.001 0.001 0.001 0.010 0.150 0.001 0.002 74 C 0.002 0.002 0.146 0.002 0.011 0.605 0.001 0.001 0.005 0.054 0.166 0.002 0.004 75 L 0.002 0.005 0.226 0.004 0.045 0.583 0.001 0.002 0.006 0.058 0.057 0.006 0.005 76 P 0.001 0.003 0.096 0.002 0.090 0.644 0.001 0.002 0.011 0.030 0.111 0.002 0.008 77 V 0.001 0.003 0.046 0.002 0.085 0.704 0.001 0.018 0.016 0.024 0.094 0.003 0.004 78 L 0.002 0.005 0.059 0.006 0.081 0.653 0.002 0.018 0.040 0.028 0.098 0.004 0.004 79 E 0.005 0.011 0.167 0.003 0.122 0.370 0.007 0.018 0.047 0.076 0.152 0.007 0.017 80 L 0.002 0.010 0.116 0.012 0.037 0.214 0.004 0.009 0.018 0.133 0.435 0.005 0.005 81 G 0.001 0.007 0.511 0.007 0.021 0.076 0.001 0.001 0.017 0.124 0.218 0.007 0.009 82 I 0.002 0.019 0.466 0.004 0.133 0.196 0.001 0.001 0.008 0.086 0.049 0.006 0.029 83 E 0.003 0.039 0.197 0.005 0.184 0.301 0.001 0.002 0.014 0.091 0.105 0.037 0.021 84 W 0.004 0.021 0.112 0.003 0.257 0.355 0.002 0.005 0.021 0.027 0.141 0.005 0.049 85 L 0.005 0.012 0.244 0.012 0.145 0.317 0.002 0.006 0.016 0.081 0.108 0.034 0.018 86 D 0.002 0.003 0.030 0.023 0.060 0.092 0.001 0.001 0.003 0.116 0.659 0.004 0.006 87 G 0.001 0.001 0.027 0.004 0.013 0.014 0.001 0.001 0.002 0.059 0.874 0.003 0.002 88 F 0.007 0.010 0.658 0.009 0.025 0.013 0.002 0.003 0.041 0.118 0.049 0.020 0.044 89 H 0.015 0.018 0.371 0.035 0.008 0.005 0.007 0.010 0.179 0.225 0.033 0.048 0.045 90 E 0.043 0.005 0.108 0.028 0.004 0.003 0.080 0.207 0.364 0.042 0.013 0.040 0.061 91 V 0.059 0.001 0.013 0.014 0.001 0.001 0.197 0.491 0.167 0.002 0.001 0.020 0.032 92 L 0.074 0.002 0.004 0.009 0.001 0.001 0.147 0.617 0.111 0.001 0.001 0.021 0.012 93 I 0.167 0.007 0.034 0.023 0.002 0.002 0.189 0.311 0.157 0.007 0.006 0.030 0.065 94 Y 0.024 0.007 0.405 0.012 0.005 0.002 0.027 0.059 0.283 0.065 0.023 0.041 0.048 95 P 0.003 0.007 0.507 0.010 0.017 0.003 0.003 0.005 0.070 0.282 0.052 0.007 0.034 96 A 0.001 0.005 0.499 0.013 0.021 0.004 0.001 0.001 0.011 0.368 0.052 0.019 0.007 97 P 0.004 0.015 0.282 0.008 0.170 0.033 0.002 0.001 0.010 0.221 0.194 0.009 0.052 98 F 0.013 0.049 0.264 0.012 0.121 0.073 0.010 0.004 0.029 0.150 0.171 0.060 0.045 99 I 0.029 0.086 0.282 0.010 0.066 0.062 0.014 0.009 0.046 0.100 0.061 0.049 0.186 100 V 0.013 0.034 0.484 0.013 0.021 0.039 0.007 0.005 0.032 0.091 0.046 0.126 0.088 101 D 0.010 0.015 0.454 0.016 0.035 0.052 0.005 0.001 0.027 0.092 0.156 0.026 0.112 102 D 0.009 0.013 0.275 0.025 0.073 0.099 0.002 0.001 0.013 0.169 0.202 0.069 0.051 103 E 0.021 0.026 0.260 0.010 0.098 0.108 0.003 0.001 0.013 0.109 0.110 0.099 0.143 104 W 0.037 0.059 0.231 0.009 0.092 0.084 0.004 0.001 0.012 0.072 0.078 0.103 0.217 105 E 0.027 0.054 0.261 0.018 0.074 0.094 0.003 0.002 0.013 0.102 0.108 0.107 0.138 106 D 0.019 0.015 0.298 0.021 0.081 0.084 0.002 0.001 0.008 0.128 0.157 0.067 0.120 107 D 0.015 0.009 0.185 0.020 0.110 0.122 0.002 0.001 0.008 0.122 0.300 0.042 0.066 108 I 0.030 0.010 0.190 0.026 0.055 0.058 0.003 0.001 0.008 0.149 0.382 0.038 0.052 109 G 0.061 0.019 0.234 0.019 0.027 0.047 0.008 0.002 0.013 0.166 0.231 0.096 0.077 110 L 0.102 0.034 0.269 0.011 0.020 0.052 0.016 0.004 0.026 0.060 0.063 0.079 0.264 111 V 0.156 0.054 0.154 0.029 0.016 0.054 0.015 0.005 0.023 0.047 0.036 0.201 0.209 112 H 0.083 0.016 0.212 0.029 0.019 0.070 0.009 0.002 0.022 0.057 0.054 0.166 0.261 113 N 0.058 0.010 0.196 0.035 0.030 0.099 0.006 0.001 0.018 0.072 0.108 0.125 0.242 114 Q 0.040 0.013 0.196 0.037 0.050 0.163 0.004 0.001 0.019 0.096 0.099 0.116 0.166 115 R 0.063 0.017 0.143 0.025 0.061 0.186 0.005 0.001 0.014 0.075 0.052 0.179 0.180 116 V 0.060 0.019 0.102 0.010 0.069 0.244 0.006 0.003 0.021 0.035 0.055 0.132 0.242 117 V 0.070 0.021 0.105 0.022 0.065 0.295 0.010 0.006 0.024 0.031 0.076 0.081 0.193 118 Q 0.093 0.015 0.127 0.039 0.081 0.218 0.010 0.003 0.015 0.046 0.099 0.146 0.108 119 S 0.057 0.008 0.117 0.019 0.077 0.158 0.005 0.001 0.010 0.059 0.335 0.047 0.106 120 G 0.047 0.014 0.169 0.023 0.038 0.089 0.003 0.001 0.008 0.158 0.304 0.065 0.080 121 Q 0.044 0.026 0.321 0.012 0.039 0.071 0.003 0.001 0.008 0.152 0.076 0.145 0.101 122 S 0.032 0.046 0.280 0.007 0.078 0.086 0.002 0.001 0.010 0.098 0.090 0.059 0.210 123 W 0.027 0.025 0.319 0.026 0.083 0.064 0.003 0.001 0.009 0.122 0.133 0.082 0.106 124 Q 0.023 0.011 0.161 0.053 0.116 0.057 0.003 0.001 0.009 0.139 0.262 0.074 0.090 125 Q 0.035 0.010 0.221 0.050 0.070 0.015 0.006 0.001 0.023 0.184 0.226 0.027 0.133 126 G 0.031 0.008 0.261 0.050 0.017 0.007 0.006 0.002 0.032 0.268 0.070 0.205 0.042 127 P 0.099 0.009 0.317 0.013 0.012 0.005 0.027 0.018 0.080 0.059 0.024 0.044 0.294 128 V 0.196 0.012 0.073 0.031 0.003 0.003 0.173 0.060 0.125 0.022 0.006 0.215 0.082 129 V 0.255 0.008 0.031 0.009 0.002 0.002 0.250 0.091 0.108 0.005 0.004 0.071 0.163 130 L 0.203 0.049 0.091 0.023 0.003 0.003 0.120 0.110 0.116 0.015 0.011 0.119 0.136 131 N 0.002 0.003 0.847 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.068 0.031 0.006 0.015 0.018