# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.7041 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.062 0.073 0.030 0.028 0.050 0.058 0.009 0.690 2 M 0.080 0.095 0.048 0.061 0.093 0.129 0.013 0.481 3 F 0.154 0.092 0.045 0.055 0.067 0.095 0.024 0.467 4 K 0.137 0.126 0.063 0.045 0.086 0.069 0.023 0.451 5 W 0.071 0.046 0.041 0.033 0.046 0.079 0.008 0.676 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 7 W 0.017 0.013 0.018 0.018 0.048 0.106 0.004 0.777 8 K 0.235 0.071 0.026 0.018 0.031 0.101 0.011 0.507 9 A 0.198 0.212 0.028 0.021 0.042 0.084 0.010 0.405 10 D 0.155 0.219 0.021 0.018 0.034 0.080 0.013 0.460 11 D 0.207 0.169 0.017 0.014 0.024 0.072 0.026 0.471 12 E 0.276 0.163 0.024 0.015 0.023 0.099 0.032 0.368 13 S 0.185 0.097 0.027 0.013 0.017 0.072 0.025 0.564 14 G 0.149 0.086 0.059 0.018 0.031 0.128 0.024 0.505 15 N 0.120 0.067 0.034 0.014 0.018 0.144 0.013 0.590 16 A 0.025 0.027 0.013 0.003 0.005 0.052 0.005 0.870 17 E 0.080 0.039 0.023 0.005 0.007 0.423 0.023 0.400 18 M 0.470 0.052 0.034 0.006 0.009 0.169 0.024 0.236 19 P 0.006 0.022 0.004 0.001 0.001 0.019 0.001 0.945 20 W 0.011 0.135 0.011 0.005 0.023 0.125 0.003 0.687 21 E 0.049 0.450 0.009 0.005 0.013 0.141 0.005 0.328 22 Q 0.034 0.814 0.003 0.004 0.009 0.035 0.003 0.097 23 A 0.055 0.887 0.003 0.002 0.005 0.010 0.003 0.036 24 L 0.063 0.885 0.001 0.002 0.003 0.007 0.011 0.028 25 A 0.156 0.692 0.006 0.002 0.004 0.006 0.072 0.062 26 I 0.203 0.567 0.039 0.009 0.011 0.014 0.031 0.128 27 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 28 V 0.019 0.159 0.093 0.022 0.045 0.168 0.009 0.486 29 L 0.208 0.525 0.065 0.011 0.020 0.022 0.007 0.142 30 A 0.122 0.536 0.056 0.020 0.023 0.038 0.011 0.194 31 H 0.286 0.248 0.077 0.016 0.028 0.022 0.039 0.284 32 L 0.517 0.120 0.045 0.013 0.022 0.027 0.057 0.198 33 S 0.121 0.086 0.037 0.010 0.021 0.180 0.038 0.507 34 S 0.012 0.015 0.031 0.001 0.005 0.023 0.003 0.911 35 T 0.004 0.010 0.002 0.001 0.001 0.202 0.001 0.780 36 E 0.036 0.010 0.001 0.001 0.001 0.872 0.004 0.076 37 Q 0.113 0.623 0.003 0.001 0.001 0.101 0.003 0.156 38 H 0.023 0.909 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.056 39 K 0.018 0.880 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.088 40 L 0.009 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.017 41 T 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 42 Q 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 43 M 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 44 A 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 45 A 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 46 R 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 47 F 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 48 L 0.006 0.985 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 49 Q 0.024 0.914 0.012 0.004 0.002 0.004 0.016 0.025 50 Q 0.095 0.747 0.020 0.006 0.008 0.007 0.051 0.066 51 K 0.169 0.587 0.038 0.012 0.011 0.015 0.063 0.105 52 R 0.158 0.178 0.130 0.027 0.014 0.082 0.049 0.362 53 L 0.063 0.092 0.266 0.059 0.061 0.055 0.012 0.393 54 V 0.043 0.053 0.192 0.215 0.216 0.060 0.009 0.213 55 A 0.022 0.037 0.086 0.044 0.067 0.064 0.009 0.672 56 L 0.043 0.029 0.377 0.088 0.167 0.047 0.010 0.240 57 Q 0.028 0.017 0.091 0.054 0.052 0.093 0.014 0.651 58 G 0.060 0.010 0.107 0.025 0.046 0.065 0.023 0.664 59 L 0.231 0.011 0.184 0.060 0.059 0.137 0.015 0.303 60 E 0.044 0.006 0.160 0.049 0.076 0.117 0.007 0.541 61 L 0.028 0.004 0.179 0.077 0.172 0.083 0.004 0.451 62 T 0.021 0.006 0.094 0.067 0.104 0.243 0.002 0.463 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 64 L 0.006 0.008 0.013 0.006 0.012 0.680 0.001 0.272 65 H 0.137 0.079 0.023 0.010 0.013 0.514 0.008 0.217 66 Q 0.021 0.791 0.010 0.006 0.012 0.050 0.002 0.109 67 A 0.005 0.934 0.007 0.004 0.012 0.007 0.001 0.031 68 R 0.002 0.971 0.004 0.003 0.006 0.004 0.001 0.011 69 I 0.001 0.979 0.002 0.003 0.005 0.002 0.001 0.007 70 A 0.001 0.988 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 71 M 0.003 0.980 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 72 L 0.007 0.969 0.006 0.003 0.003 0.002 0.003 0.008 73 F 0.014 0.956 0.005 0.003 0.004 0.002 0.005 0.013 74 C 0.053 0.837 0.020 0.006 0.014 0.005 0.022 0.044 75 L 0.067 0.644 0.080 0.020 0.026 0.020 0.016 0.127 76 P 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.983 77 V 0.050 0.378 0.044 0.013 0.052 0.050 0.009 0.404 78 L 0.120 0.687 0.070 0.012 0.014 0.010 0.005 0.082 79 E 0.075 0.581 0.074 0.017 0.035 0.022 0.010 0.187 80 L 0.220 0.326 0.081 0.020 0.035 0.030 0.034 0.253 81 G 0.250 0.132 0.033 0.017 0.031 0.052 0.057 0.427 82 I 0.110 0.091 0.073 0.022 0.030 0.100 0.018 0.556 83 E 0.037 0.057 0.037 0.014 0.015 0.125 0.006 0.709 84 W 0.153 0.085 0.020 0.016 0.031 0.135 0.012 0.548 85 L 0.280 0.192 0.033 0.039 0.060 0.105 0.012 0.279 86 D 0.070 0.109 0.012 0.014 0.017 0.035 0.010 0.734 87 G 0.160 0.091 0.021 0.015 0.037 0.054 0.036 0.586 88 F 0.529 0.029 0.064 0.035 0.024 0.070 0.033 0.216 89 H 0.056 0.018 0.192 0.180 0.098 0.067 0.012 0.376 90 E 0.012 0.006 0.347 0.170 0.166 0.082 0.004 0.213 91 V 0.011 0.003 0.632 0.057 0.076 0.025 0.002 0.194 92 L 0.001 0.001 0.879 0.052 0.047 0.008 0.001 0.012 93 I 0.001 0.001 0.793 0.048 0.089 0.007 0.001 0.062 94 Y 0.001 0.001 0.802 0.079 0.092 0.006 0.001 0.019 95 P 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.005 0.001 0.980 96 A 0.002 0.001 0.183 0.050 0.149 0.174 0.001 0.440 97 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.991 98 F 0.066 0.001 0.046 0.044 0.098 0.108 0.005 0.631 99 I 0.222 0.004 0.096 0.100 0.124 0.062 0.006 0.386 100 V 0.098 0.014 0.062 0.152 0.137 0.057 0.003 0.477 101 D 0.041 0.014 0.037 0.095 0.208 0.079 0.003 0.523 102 D 0.025 0.011 0.018 0.034 0.071 0.064 0.005 0.773 103 E 0.057 0.016 0.020 0.041 0.054 0.330 0.016 0.465 104 W 0.154 0.030 0.032 0.047 0.065 0.198 0.022 0.452 105 E 0.072 0.105 0.046 0.102 0.126 0.138 0.009 0.403 106 D 0.034 0.077 0.024 0.065 0.086 0.142 0.009 0.562 107 D 0.091 0.091 0.039 0.038 0.104 0.120 0.028 0.490 108 I 0.269 0.050 0.037 0.040 0.059 0.191 0.077 0.277 109 G 0.359 0.017 0.073 0.080 0.062 0.116 0.054 0.239 110 L 0.037 0.012 0.186 0.231 0.161 0.109 0.007 0.257 111 V 0.007 0.005 0.125 0.244 0.331 0.042 0.002 0.245 112 H 0.007 0.008 0.070 0.208 0.418 0.049 0.002 0.238 113 N 0.009 0.009 0.046 0.102 0.226 0.080 0.004 0.525 114 Q 0.026 0.010 0.054 0.108 0.239 0.080 0.010 0.472 115 R 0.057 0.016 0.042 0.098 0.117 0.146 0.013 0.511 116 V 0.035 0.018 0.032 0.100 0.138 0.099 0.008 0.570 117 V 0.027 0.041 0.058 0.177 0.266 0.084 0.005 0.342 118 Q 0.034 0.078 0.032 0.134 0.201 0.116 0.008 0.397 119 S 0.069 0.113 0.031 0.061 0.171 0.077 0.021 0.457 120 G 0.230 0.065 0.042 0.076 0.149 0.071 0.053 0.315 121 Q 0.188 0.024 0.061 0.137 0.096 0.153 0.034 0.308 122 S 0.023 0.020 0.081 0.113 0.132 0.116 0.007 0.509 123 W 0.023 0.015 0.067 0.193 0.359 0.077 0.006 0.260 124 Q 0.037 0.020 0.064 0.078 0.131 0.140 0.009 0.521 125 Q 0.055 0.014 0.100 0.065 0.124 0.050 0.026 0.565 126 G 0.237 0.006 0.145 0.124 0.111 0.129 0.016 0.232 127 P 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.005 0.001 0.987 128 V 0.006 0.001 0.243 0.181 0.366 0.051 0.001 0.151 129 V 0.014 0.001 0.336 0.111 0.178 0.036 0.002 0.322 130 L 0.004 0.001 0.461 0.177 0.227 0.022 0.001 0.107 131 N 0.005 0.003 0.320 0.101 0.179 0.099 0.002 0.291