# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.7041 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.375 0.246 0.186 0.067 0.060 0.030 0.014 0.002 0.017 0.002 0.001 2 M 0.368 0.290 0.163 0.087 0.041 0.021 0.008 0.001 0.019 0.001 0.001 3 F 0.269 0.315 0.185 0.092 0.069 0.029 0.013 0.001 0.025 0.001 0.001 4 K 0.213 0.320 0.254 0.097 0.040 0.038 0.014 0.002 0.019 0.001 0.002 5 W 0.044 0.276 0.408 0.007 0.045 0.018 0.007 0.001 0.192 0.003 0.001 6 P 0.500 0.004 0.431 0.015 0.003 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 7 W 0.499 0.122 0.148 0.146 0.036 0.023 0.008 0.004 0.013 0.001 0.001 8 K 0.311 0.247 0.238 0.090 0.044 0.031 0.007 0.002 0.027 0.002 0.001 9 A 0.420 0.149 0.248 0.088 0.027 0.035 0.010 0.001 0.018 0.001 0.002 10 D 0.454 0.113 0.153 0.173 0.030 0.030 0.020 0.003 0.020 0.003 0.002 11 D 0.315 0.084 0.165 0.253 0.058 0.036 0.048 0.009 0.021 0.010 0.001 12 E 0.305 0.241 0.221 0.099 0.037 0.025 0.018 0.003 0.045 0.003 0.001 13 S 0.299 0.084 0.420 0.120 0.013 0.031 0.016 0.001 0.009 0.002 0.004 14 G 0.106 0.056 0.226 0.060 0.107 0.048 0.050 0.142 0.024 0.179 0.001 15 N 0.486 0.044 0.357 0.052 0.016 0.020 0.005 0.001 0.013 0.004 0.002 16 A 0.823 0.013 0.081 0.052 0.006 0.013 0.006 0.001 0.003 0.002 0.001 17 E 0.593 0.028 0.055 0.280 0.010 0.016 0.009 0.002 0.005 0.001 0.001 18 M 0.285 0.131 0.334 0.019 0.031 0.021 0.009 0.001 0.168 0.002 0.001 19 P 0.890 0.001 0.093 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 20 W 0.983 0.003 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 E 0.991 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 Q 0.979 0.005 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.987 0.002 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.844 0.004 0.004 0.143 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.603 0.011 0.024 0.321 0.004 0.006 0.026 0.001 0.004 0.001 0.001 26 I 0.347 0.165 0.299 0.021 0.013 0.013 0.018 0.001 0.121 0.001 0.001 27 P 0.866 0.001 0.110 0.010 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 28 V 0.840 0.028 0.031 0.073 0.010 0.011 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 29 L 0.801 0.046 0.078 0.047 0.012 0.008 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 30 A 0.767 0.037 0.044 0.107 0.009 0.010 0.016 0.001 0.007 0.001 0.001 31 H 0.377 0.067 0.093 0.342 0.035 0.026 0.036 0.004 0.018 0.002 0.001 32 L 0.132 0.196 0.364 0.155 0.025 0.053 0.025 0.002 0.043 0.003 0.001 33 S 0.067 0.057 0.637 0.022 0.015 0.132 0.016 0.001 0.045 0.005 0.003 34 S 0.902 0.002 0.068 0.013 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 35 T 0.976 0.001 0.005 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.966 0.001 0.002 0.027 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 Q 0.986 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 H 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 K 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 R 0.987 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 F 0.968 0.004 0.003 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 48 L 0.981 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 Q 0.945 0.002 0.003 0.045 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 50 Q 0.881 0.007 0.010 0.086 0.002 0.005 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 51 K 0.922 0.011 0.016 0.036 0.002 0.002 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 52 R 0.821 0.052 0.022 0.071 0.012 0.006 0.009 0.001 0.006 0.001 0.001 53 L 0.615 0.134 0.087 0.091 0.032 0.016 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 54 V 0.489 0.248 0.098 0.101 0.026 0.014 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 55 A 0.408 0.110 0.224 0.097 0.050 0.057 0.025 0.004 0.019 0.006 0.001 56 L 0.484 0.157 0.140 0.146 0.013 0.025 0.010 0.001 0.022 0.001 0.001 57 Q 0.157 0.030 0.144 0.339 0.017 0.015 0.277 0.007 0.007 0.007 0.001 58 G 0.016 0.006 0.015 0.020 0.036 0.005 0.185 0.642 0.002 0.072 0.001 59 L 0.069 0.402 0.436 0.040 0.024 0.014 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 60 E 0.036 0.346 0.478 0.018 0.023 0.073 0.004 0.001 0.019 0.001 0.002 61 L 0.128 0.330 0.392 0.047 0.027 0.055 0.002 0.001 0.012 0.001 0.005 62 T 0.068 0.226 0.390 0.005 0.074 0.023 0.005 0.001 0.200 0.009 0.001 63 P 0.929 0.001 0.056 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 64 L 0.897 0.006 0.013 0.065 0.008 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 65 H 0.906 0.025 0.023 0.033 0.003 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 66 Q 0.954 0.024 0.010 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 A 0.976 0.015 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 R 0.984 0.009 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 I 0.986 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.989 0.005 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 M 0.969 0.011 0.003 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 72 L 0.936 0.012 0.007 0.033 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 73 F 0.802 0.033 0.027 0.099 0.021 0.006 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 74 C 0.801 0.042 0.037 0.096 0.008 0.008 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 75 L 0.574 0.128 0.163 0.018 0.042 0.013 0.004 0.001 0.056 0.001 0.001 76 P 0.846 0.007 0.111 0.015 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 77 V 0.786 0.068 0.047 0.059 0.011 0.015 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 78 L 0.611 0.104 0.074 0.162 0.017 0.010 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 79 E 0.373 0.083 0.121 0.133 0.076 0.037 0.103 0.010 0.051 0.013 0.001 80 L 0.312 0.097 0.248 0.268 0.018 0.017 0.024 0.002 0.010 0.003 0.001 81 G 0.101 0.020 0.106 0.053 0.062 0.031 0.099 0.250 0.012 0.266 0.001 82 I 0.648 0.060 0.188 0.069 0.014 0.010 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 83 E 0.626 0.055 0.112 0.113 0.023 0.034 0.020 0.002 0.011 0.003 0.001 84 W 0.504 0.109 0.093 0.221 0.029 0.018 0.009 0.002 0.013 0.002 0.001 85 L 0.337 0.280 0.172 0.090 0.030 0.020 0.012 0.001 0.055 0.002 0.001 86 D 0.298 0.055 0.387 0.121 0.022 0.024 0.068 0.003 0.012 0.007 0.004 87 G 0.050 0.016 0.036 0.060 0.051 0.012 0.083 0.531 0.006 0.154 0.001 88 F 0.140 0.192 0.443 0.134 0.037 0.021 0.010 0.002 0.017 0.002 0.001 89 H 0.136 0.329 0.290 0.102 0.065 0.025 0.031 0.003 0.014 0.004 0.002 90 E 0.040 0.536 0.098 0.044 0.228 0.025 0.012 0.001 0.013 0.001 0.001 91 V 0.005 0.891 0.064 0.005 0.017 0.014 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 92 L 0.006 0.558 0.287 0.002 0.006 0.134 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 93 I 0.027 0.658 0.173 0.016 0.017 0.069 0.003 0.001 0.036 0.001 0.001 94 Y 0.003 0.390 0.236 0.001 0.058 0.009 0.005 0.001 0.296 0.002 0.001 95 P 0.092 0.005 0.689 0.018 0.007 0.026 0.003 0.001 0.003 0.006 0.151 96 A 0.065 0.280 0.368 0.024 0.123 0.015 0.014 0.007 0.092 0.009 0.001 97 P 0.378 0.031 0.478 0.041 0.012 0.014 0.001 0.001 0.005 0.001 0.038 98 F 0.110 0.331 0.288 0.107 0.082 0.047 0.009 0.003 0.021 0.001 0.001 99 I 0.081 0.512 0.263 0.039 0.040 0.041 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 100 V 0.077 0.513 0.260 0.035 0.037 0.047 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 101 D 0.152 0.190 0.349 0.097 0.059 0.080 0.033 0.002 0.031 0.004 0.003 102 D 0.289 0.126 0.189 0.147 0.110 0.029 0.042 0.015 0.034 0.016 0.002 103 E 0.309 0.250 0.199 0.114 0.059 0.026 0.016 0.003 0.020 0.002 0.001 104 W 0.174 0.381 0.221 0.094 0.042 0.049 0.010 0.002 0.025 0.002 0.002 105 E 0.251 0.290 0.247 0.088 0.034 0.048 0.008 0.001 0.028 0.002 0.002 106 D 0.265 0.124 0.228 0.158 0.069 0.056 0.050 0.006 0.027 0.016 0.001 107 D 0.528 0.061 0.084 0.177 0.034 0.027 0.049 0.010 0.018 0.011 0.002 108 I 0.143 0.069 0.088 0.605 0.018 0.006 0.057 0.004 0.008 0.002 0.001 109 G 0.023 0.041 0.056 0.011 0.100 0.007 0.157 0.470 0.007 0.127 0.001 110 L 0.040 0.451 0.419 0.016 0.019 0.044 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 111 V 0.066 0.583 0.237 0.028 0.026 0.037 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 112 H 0.117 0.352 0.238 0.063 0.126 0.046 0.017 0.002 0.035 0.004 0.001 113 N 0.183 0.197 0.165 0.166 0.150 0.041 0.054 0.008 0.029 0.007 0.002 114 Q 0.226 0.287 0.221 0.102 0.081 0.021 0.023 0.004 0.028 0.004 0.001 115 R 0.230 0.264 0.312 0.063 0.054 0.035 0.017 0.002 0.019 0.002 0.003 116 V 0.156 0.405 0.290 0.040 0.037 0.036 0.007 0.001 0.026 0.001 0.002 117 V 0.186 0.422 0.284 0.026 0.030 0.030 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 118 Q 0.159 0.379 0.274 0.042 0.057 0.043 0.005 0.001 0.038 0.001 0.001 119 S 0.142 0.352 0.275 0.095 0.069 0.012 0.023 0.002 0.028 0.002 0.001 120 G 0.042 0.021 0.070 0.010 0.169 0.011 0.054 0.301 0.005 0.317 0.001 121 Q 0.384 0.250 0.225 0.065 0.046 0.016 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 122 S 0.321 0.235 0.165 0.108 0.101 0.028 0.009 0.002 0.025 0.005 0.001 123 W 0.442 0.170 0.149 0.107 0.060 0.025 0.014 0.002 0.024 0.005 0.001 124 Q 0.480 0.123 0.140 0.156 0.036 0.018 0.026 0.002 0.016 0.002 0.002 125 Q 0.085 0.059 0.126 0.532 0.037 0.019 0.106 0.017 0.012 0.007 0.001 126 G 0.028 0.169 0.326 0.011 0.166 0.008 0.073 0.049 0.091 0.079 0.001 127 P 0.092 0.049 0.774 0.016 0.010 0.033 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 128 V 0.029 0.724 0.170 0.014 0.022 0.028 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 129 V 0.034 0.520 0.293 0.015 0.055 0.060 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 130 L 0.039 0.628 0.170 0.031 0.055 0.041 0.003 0.001 0.032 0.001 0.001 131 N 0.028 0.260 0.337 0.025 0.120 0.091 0.023 0.002 0.104 0.008 0.001