# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.7041 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.167 0.129 0.029 0.010 0.287 0.014 0.026 0.145 0.076 0.068 0.051 2 M 0.156 0.119 0.030 0.012 0.275 0.020 0.040 0.145 0.066 0.075 0.063 3 F 0.173 0.133 0.040 0.011 0.277 0.015 0.035 0.126 0.049 0.081 0.059 4 K 0.135 0.177 0.067 0.023 0.239 0.026 0.042 0.098 0.044 0.094 0.054 5 W 0.108 0.316 0.131 0.016 0.249 0.011 0.016 0.065 0.032 0.030 0.026 6 P 0.080 0.121 0.043 0.013 0.128 0.018 0.045 0.275 0.179 0.059 0.038 7 W 0.073 0.167 0.043 0.010 0.140 0.015 0.047 0.267 0.111 0.094 0.032 8 K 0.091 0.146 0.045 0.012 0.150 0.014 0.034 0.241 0.093 0.120 0.054 9 A 0.085 0.111 0.041 0.013 0.139 0.018 0.035 0.292 0.127 0.100 0.040 10 D 0.058 0.089 0.048 0.020 0.100 0.023 0.059 0.300 0.169 0.100 0.034 11 D 0.060 0.075 0.050 0.018 0.092 0.019 0.054 0.264 0.169 0.163 0.036 12 E 0.051 0.206 0.081 0.016 0.117 0.020 0.063 0.199 0.129 0.084 0.033 13 S 0.059 0.101 0.071 0.034 0.078 0.034 0.087 0.171 0.089 0.212 0.064 14 G 0.039 0.299 0.199 0.058 0.092 0.032 0.028 0.054 0.037 0.130 0.030 15 N 0.066 0.289 0.204 0.019 0.175 0.008 0.011 0.090 0.076 0.041 0.021 16 A 0.007 0.025 0.011 0.003 0.014 0.005 0.027 0.494 0.389 0.020 0.006 17 E 0.019 0.033 0.013 0.004 0.028 0.007 0.055 0.484 0.136 0.202 0.020 18 M 0.026 0.259 0.070 0.005 0.075 0.004 0.006 0.425 0.066 0.046 0.018 19 P 0.006 0.011 0.004 0.001 0.008 0.002 0.005 0.857 0.093 0.009 0.004 20 W 0.004 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.903 0.070 0.009 0.001 21 E 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.935 0.040 0.013 0.001 22 Q 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.910 0.067 0.012 0.001 23 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.828 0.139 0.011 0.001 24 L 0.004 0.014 0.006 0.001 0.007 0.003 0.033 0.781 0.116 0.031 0.003 25 A 0.030 0.033 0.011 0.002 0.028 0.004 0.036 0.564 0.095 0.170 0.026 26 I 0.034 0.182 0.053 0.007 0.078 0.008 0.018 0.478 0.079 0.043 0.020 27 P 0.052 0.076 0.013 0.002 0.087 0.006 0.023 0.599 0.106 0.024 0.012 28 V 0.036 0.026 0.003 0.001 0.037 0.003 0.031 0.622 0.172 0.056 0.014 29 L 0.021 0.022 0.005 0.003 0.032 0.012 0.054 0.530 0.269 0.037 0.014 30 A 0.012 0.028 0.009 0.006 0.025 0.020 0.146 0.460 0.248 0.036 0.009 31 H 0.038 0.052 0.051 0.008 0.061 0.009 0.100 0.224 0.093 0.319 0.045 32 L 0.030 0.494 0.212 0.008 0.108 0.008 0.011 0.029 0.012 0.069 0.020 33 S 0.010 0.579 0.306 0.007 0.044 0.002 0.003 0.025 0.012 0.006 0.005 34 S 0.002 0.011 0.003 0.001 0.003 0.001 0.006 0.631 0.333 0.008 0.002 35 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.824 0.154 0.010 0.001 36 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.880 0.089 0.020 0.001 37 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.045 0.008 0.001 38 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.032 0.001 0.001 39 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.011 0.006 0.001 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.039 0.003 0.001 41 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.024 0.001 0.001 42 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.011 0.001 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.014 0.002 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.019 0.001 0.001 45 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.010 0.001 0.001 46 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.970 0.018 0.006 0.001 47 F 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.917 0.044 0.020 0.002 48 L 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.794 0.177 0.005 0.002 49 Q 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.052 0.795 0.126 0.015 0.002 50 Q 0.031 0.028 0.006 0.001 0.033 0.003 0.042 0.664 0.117 0.062 0.013 51 K 0.045 0.078 0.020 0.004 0.089 0.014 0.056 0.508 0.140 0.026 0.019 52 R 0.118 0.047 0.010 0.003 0.119 0.008 0.039 0.439 0.080 0.093 0.045 53 L 0.175 0.111 0.019 0.003 0.249 0.005 0.031 0.233 0.060 0.062 0.052 54 V 0.089 0.221 0.056 0.018 0.245 0.034 0.070 0.181 0.031 0.029 0.026 55 A 0.214 0.072 0.089 0.019 0.182 0.013 0.040 0.158 0.043 0.092 0.078 56 L 0.075 0.063 0.079 0.115 0.091 0.099 0.061 0.232 0.080 0.060 0.045 57 Q 0.005 0.111 0.051 0.182 0.012 0.222 0.359 0.029 0.011 0.013 0.004 58 G 0.023 0.044 0.045 0.113 0.027 0.010 0.004 0.008 0.018 0.511 0.198 59 L 0.161 0.164 0.013 0.001 0.624 0.003 0.005 0.008 0.009 0.006 0.007 60 E 0.180 0.117 0.023 0.004 0.615 0.005 0.007 0.008 0.003 0.007 0.031 61 L 0.348 0.110 0.023 0.014 0.253 0.020 0.022 0.006 0.009 0.064 0.130 62 T 0.007 0.478 0.441 0.011 0.049 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 63 P 0.003 0.008 0.003 0.001 0.004 0.002 0.011 0.532 0.430 0.005 0.003 64 L 0.015 0.009 0.002 0.001 0.014 0.002 0.011 0.701 0.191 0.046 0.008 65 H 0.021 0.029 0.002 0.001 0.028 0.001 0.004 0.829 0.066 0.014 0.005 66 Q 0.004 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.966 0.009 0.009 0.002 67 A 0.011 0.007 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.931 0.032 0.003 0.002 68 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.983 0.008 0.002 0.001 69 I 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.957 0.029 0.002 0.001 70 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.966 0.019 0.006 0.001 71 M 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.948 0.033 0.006 0.001 72 L 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.029 0.811 0.126 0.015 0.004 73 F 0.012 0.027 0.008 0.001 0.018 0.003 0.024 0.772 0.102 0.026 0.006 74 C 0.026 0.038 0.009 0.003 0.031 0.009 0.078 0.602 0.095 0.085 0.024 75 L 0.086 0.109 0.035 0.010 0.116 0.013 0.036 0.402 0.115 0.047 0.031 76 P 0.058 0.065 0.013 0.003 0.113 0.009 0.047 0.502 0.163 0.013 0.015 77 V 0.071 0.043 0.010 0.003 0.085 0.008 0.075 0.488 0.104 0.085 0.027 78 L 0.089 0.227 0.035 0.004 0.172 0.008 0.040 0.287 0.060 0.042 0.035 79 E 0.076 0.023 0.019 0.047 0.060 0.056 0.090 0.353 0.075 0.106 0.095 80 L 0.021 0.266 0.111 0.076 0.065 0.067 0.103 0.202 0.036 0.039 0.012 81 G 0.046 0.036 0.048 0.083 0.048 0.025 0.022 0.110 0.061 0.393 0.128 82 I 0.054 0.106 0.048 0.009 0.102 0.010 0.021 0.300 0.266 0.056 0.027 83 E 0.029 0.078 0.027 0.012 0.067 0.019 0.080 0.449 0.189 0.032 0.019 84 W 0.108 0.042 0.018 0.003 0.076 0.009 0.103 0.287 0.111 0.210 0.033 85 L 0.109 0.124 0.101 0.097 0.124 0.056 0.030 0.150 0.061 0.088 0.059 86 D 0.017 0.126 0.095 0.140 0.037 0.179 0.242 0.097 0.047 0.014 0.007 87 G 0.032 0.006 0.013 0.023 0.022 0.006 0.005 0.013 0.015 0.623 0.240 88 F 0.334 0.079 0.015 0.002 0.245 0.003 0.046 0.013 0.083 0.014 0.166 89 H 0.046 0.047 0.019 0.032 0.076 0.315 0.376 0.028 0.014 0.012 0.034 90 E 0.214 0.174 0.014 0.005 0.560 0.006 0.007 0.005 0.002 0.006 0.008 91 V 0.144 0.011 0.001 0.001 0.842 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 L 0.277 0.016 0.002 0.001 0.682 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 93 I 0.264 0.117 0.023 0.023 0.335 0.031 0.015 0.004 0.003 0.026 0.159 94 Y 0.178 0.198 0.135 0.037 0.348 0.011 0.012 0.005 0.005 0.031 0.041 95 P 0.118 0.164 0.095 0.058 0.164 0.037 0.046 0.041 0.114 0.115 0.047 96 A 0.028 0.388 0.289 0.047 0.106 0.026 0.029 0.017 0.030 0.026 0.012 97 P 0.116 0.181 0.058 0.014 0.196 0.018 0.046 0.070 0.141 0.099 0.061 98 F 0.127 0.252 0.063 0.007 0.392 0.008 0.016 0.024 0.023 0.051 0.035 99 I 0.257 0.154 0.036 0.006 0.428 0.006 0.008 0.013 0.010 0.033 0.049 100 V 0.072 0.339 0.187 0.051 0.185 0.029 0.025 0.034 0.021 0.025 0.033 101 D 0.129 0.176 0.091 0.035 0.209 0.024 0.037 0.110 0.074 0.071 0.043 102 D 0.059 0.108 0.057 0.026 0.108 0.020 0.026 0.188 0.207 0.155 0.047 103 E 0.084 0.175 0.050 0.009 0.195 0.013 0.035 0.204 0.105 0.093 0.037 104 W 0.141 0.112 0.030 0.007 0.207 0.010 0.030 0.202 0.086 0.119 0.056 105 E 0.103 0.118 0.048 0.024 0.166 0.035 0.043 0.238 0.088 0.094 0.041 106 D 0.068 0.094 0.131 0.043 0.096 0.034 0.054 0.284 0.104 0.060 0.032 107 D 0.070 0.036 0.040 0.028 0.066 0.031 0.050 0.344 0.144 0.146 0.046 108 I 0.031 0.441 0.094 0.027 0.090 0.034 0.086 0.096 0.043 0.038 0.020 109 G 0.045 0.068 0.056 0.098 0.050 0.047 0.025 0.048 0.045 0.295 0.221 110 L 0.175 0.250 0.036 0.003 0.446 0.003 0.006 0.029 0.011 0.023 0.018 111 V 0.290 0.112 0.020 0.009 0.449 0.010 0.014 0.030 0.013 0.020 0.033 112 H 0.095 0.304 0.139 0.048 0.217 0.037 0.039 0.050 0.021 0.019 0.032 113 N 0.135 0.100 0.044 0.024 0.184 0.023 0.033 0.174 0.096 0.101 0.086 114 Q 0.101 0.114 0.049 0.016 0.162 0.017 0.032 0.231 0.128 0.105 0.045 115 R 0.095 0.192 0.055 0.013 0.190 0.019 0.036 0.204 0.090 0.068 0.037 116 V 0.198 0.135 0.017 0.003 0.305 0.005 0.015 0.172 0.064 0.054 0.032 117 V 0.150 0.109 0.024 0.008 0.239 0.015 0.040 0.271 0.063 0.042 0.038 118 Q 0.119 0.083 0.044 0.039 0.143 0.049 0.087 0.223 0.060 0.083 0.069 119 S 0.087 0.160 0.072 0.067 0.124 0.049 0.060 0.148 0.055 0.113 0.064 120 G 0.046 0.078 0.112 0.137 0.067 0.052 0.036 0.157 0.072 0.177 0.067 121 Q 0.113 0.166 0.076 0.015 0.208 0.012 0.026 0.143 0.116 0.086 0.038 122 S 0.156 0.166 0.036 0.007 0.217 0.011 0.033 0.178 0.095 0.067 0.036 123 W 0.104 0.080 0.059 0.038 0.111 0.049 0.094 0.230 0.116 0.071 0.047 124 Q 0.098 0.073 0.052 0.064 0.116 0.053 0.099 0.159 0.092 0.142 0.050 125 Q 0.079 0.096 0.098 0.144 0.101 0.078 0.080 0.059 0.039 0.172 0.055 126 G 0.031 0.155 0.205 0.167 0.067 0.074 0.053 0.031 0.030 0.136 0.053 127 P 0.175 0.190 0.015 0.002 0.597 0.001 0.003 0.003 0.003 0.005 0.005 128 V 0.196 0.038 0.001 0.001 0.760 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 129 V 0.315 0.053 0.007 0.002 0.574 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.040 130 L 0.211 0.116 0.035 0.056 0.266 0.078 0.043 0.011 0.011 0.038 0.136 131 N 0.197 0.197 0.132 0.014 0.381 0.004 0.004 0.006 0.005 0.027 0.034