# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.7041 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.669 0.194 0.073 0.041 0.018 0.005 0.001 2 M 0.548 0.243 0.122 0.060 0.019 0.006 0.001 3 F 0.288 0.189 0.212 0.185 0.096 0.028 0.002 4 K 0.421 0.302 0.148 0.081 0.037 0.011 0.001 5 W 0.275 0.234 0.182 0.161 0.109 0.036 0.002 6 P 0.320 0.285 0.178 0.127 0.067 0.022 0.001 7 W 0.223 0.222 0.243 0.185 0.100 0.026 0.001 8 K 0.285 0.298 0.232 0.130 0.043 0.011 0.001 9 A 0.173 0.139 0.215 0.251 0.170 0.049 0.003 10 D 0.431 0.287 0.151 0.088 0.034 0.009 0.001 11 D 0.597 0.264 0.087 0.037 0.012 0.003 0.001 12 E 0.480 0.281 0.134 0.076 0.023 0.006 0.001 13 S 0.351 0.269 0.192 0.120 0.052 0.015 0.001 14 G 0.211 0.165 0.214 0.230 0.135 0.042 0.003 15 N 0.453 0.292 0.149 0.069 0.028 0.008 0.001 16 A 0.438 0.266 0.152 0.095 0.038 0.011 0.001 17 E 0.441 0.300 0.140 0.075 0.033 0.011 0.001 18 M 0.182 0.157 0.181 0.226 0.168 0.077 0.009 19 P 0.256 0.260 0.207 0.147 0.086 0.040 0.005 20 W 0.214 0.216 0.205 0.189 0.114 0.055 0.007 21 E 0.168 0.189 0.210 0.202 0.145 0.075 0.012 22 Q 0.121 0.139 0.161 0.214 0.205 0.136 0.024 23 A 0.139 0.194 0.224 0.207 0.142 0.078 0.016 24 L 0.124 0.168 0.202 0.222 0.167 0.098 0.019 25 A 0.093 0.166 0.182 0.208 0.180 0.140 0.031 26 I 0.047 0.064 0.108 0.211 0.272 0.244 0.054 27 P 0.076 0.139 0.189 0.213 0.205 0.144 0.035 28 V 0.031 0.061 0.091 0.166 0.257 0.313 0.083 29 L 0.040 0.077 0.135 0.218 0.276 0.225 0.030 30 A 0.131 0.296 0.276 0.177 0.089 0.030 0.001 31 H 0.130 0.265 0.296 0.205 0.080 0.023 0.001 32 L 0.053 0.063 0.177 0.371 0.259 0.074 0.002 33 S 0.416 0.354 0.145 0.058 0.024 0.003 0.001 34 S 0.731 0.245 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 35 T 0.679 0.282 0.029 0.008 0.001 0.001 0.001 36 E 0.361 0.311 0.194 0.105 0.027 0.003 0.001 37 Q 0.301 0.335 0.243 0.096 0.024 0.003 0.001 38 H 0.452 0.350 0.142 0.046 0.009 0.001 0.001 39 K 0.104 0.276 0.353 0.211 0.050 0.006 0.001 40 L 0.039 0.054 0.093 0.195 0.359 0.242 0.017 41 T 0.041 0.156 0.321 0.348 0.106 0.026 0.001 42 Q 0.241 0.388 0.221 0.109 0.032 0.009 0.001 43 M 0.022 0.062 0.172 0.339 0.265 0.125 0.016 44 A 0.021 0.034 0.057 0.156 0.316 0.343 0.074 45 A 0.048 0.145 0.236 0.250 0.199 0.104 0.016 46 R 0.080 0.179 0.224 0.229 0.179 0.089 0.020 47 F 0.022 0.035 0.060 0.142 0.206 0.377 0.159 48 L 0.030 0.045 0.093 0.198 0.249 0.269 0.116 49 Q 0.093 0.203 0.222 0.208 0.158 0.092 0.023 50 Q 0.093 0.174 0.180 0.225 0.192 0.110 0.026 51 K 0.034 0.047 0.076 0.168 0.279 0.315 0.081 52 R 0.065 0.170 0.193 0.231 0.193 0.123 0.025 53 L 0.058 0.066 0.112 0.220 0.278 0.215 0.050 54 V 0.101 0.179 0.228 0.227 0.164 0.087 0.014 55 A 0.120 0.173 0.162 0.198 0.181 0.139 0.027 56 L 0.076 0.097 0.180 0.262 0.223 0.131 0.030 57 Q 0.213 0.313 0.235 0.151 0.061 0.025 0.003 58 G 0.207 0.274 0.214 0.160 0.095 0.043 0.007 59 L 0.047 0.051 0.094 0.195 0.322 0.255 0.037 60 E 0.097 0.299 0.283 0.209 0.081 0.028 0.002 61 L 0.038 0.061 0.108 0.225 0.300 0.242 0.026 62 T 0.174 0.265 0.244 0.207 0.089 0.019 0.001 63 P 0.453 0.372 0.103 0.047 0.018 0.006 0.001 64 L 0.172 0.250 0.273 0.204 0.076 0.023 0.003 65 H 0.074 0.133 0.215 0.278 0.214 0.079 0.007 66 Q 0.067 0.201 0.275 0.241 0.134 0.070 0.013 67 A 0.027 0.037 0.066 0.157 0.292 0.327 0.095 68 R 0.026 0.067 0.124 0.220 0.260 0.236 0.067 69 I 0.009 0.014 0.023 0.054 0.132 0.375 0.392 70 A 0.006 0.011 0.023 0.063 0.108 0.272 0.517 71 M 0.003 0.006 0.012 0.036 0.100 0.310 0.533 72 L 0.005 0.012 0.027 0.061 0.140 0.287 0.467 73 F 0.003 0.006 0.012 0.035 0.079 0.286 0.579 74 C 0.002 0.004 0.008 0.025 0.071 0.283 0.608 75 L 0.005 0.010 0.020 0.051 0.137 0.341 0.436 76 P 0.009 0.023 0.046 0.106 0.218 0.333 0.265 77 V 0.009 0.020 0.033 0.083 0.148 0.398 0.308 78 L 0.010 0.028 0.059 0.163 0.323 0.330 0.089 79 E 0.069 0.206 0.274 0.251 0.138 0.055 0.007 80 L 0.041 0.110 0.221 0.292 0.236 0.092 0.007 81 G 0.160 0.287 0.229 0.183 0.092 0.045 0.004 82 I 0.046 0.095 0.258 0.341 0.204 0.054 0.002 83 E 0.254 0.475 0.187 0.067 0.015 0.003 0.001 84 W 0.024 0.068 0.129 0.287 0.328 0.157 0.008 85 L 0.021 0.064 0.136 0.322 0.303 0.148 0.006 86 D 0.224 0.421 0.232 0.091 0.026 0.006 0.001 87 G 0.116 0.338 0.320 0.169 0.047 0.008 0.001 88 F 0.005 0.013 0.028 0.106 0.382 0.397 0.068 89 H 0.004 0.045 0.156 0.374 0.269 0.143 0.009 90 E 0.012 0.068 0.165 0.267 0.234 0.216 0.039 91 V 0.002 0.004 0.011 0.032 0.160 0.541 0.250 92 L 0.002 0.005 0.013 0.045 0.131 0.422 0.382 93 I 0.004 0.015 0.041 0.098 0.157 0.330 0.354 94 Y 0.008 0.024 0.060 0.146 0.250 0.330 0.182 95 P 0.026 0.065 0.129 0.203 0.244 0.256 0.076 96 A 0.115 0.246 0.226 0.203 0.139 0.063 0.007 97 P 0.193 0.405 0.213 0.116 0.053 0.018 0.002 98 F 0.027 0.047 0.101 0.257 0.358 0.195 0.015 99 I 0.042 0.115 0.213 0.297 0.232 0.096 0.005 100 V 0.098 0.177 0.263 0.274 0.146 0.040 0.001 101 D 0.465 0.350 0.119 0.047 0.016 0.003 0.001 102 D 0.481 0.308 0.119 0.069 0.020 0.003 0.001 103 E 0.484 0.312 0.125 0.058 0.018 0.003 0.001 104 W 0.192 0.193 0.282 0.229 0.085 0.018 0.001 105 E 0.426 0.278 0.171 0.086 0.032 0.007 0.001 106 D 0.486 0.290 0.126 0.066 0.026 0.007 0.001 107 D 0.291 0.265 0.207 0.151 0.062 0.021 0.002 108 I 0.161 0.184 0.190 0.211 0.165 0.080 0.009 109 G 0.171 0.203 0.180 0.187 0.150 0.092 0.016 110 L 0.070 0.074 0.107 0.172 0.233 0.268 0.077 111 V 0.066 0.094 0.135 0.200 0.213 0.221 0.070 112 H 0.095 0.121 0.173 0.235 0.215 0.131 0.029 113 N 0.303 0.314 0.182 0.115 0.057 0.024 0.004 114 Q 0.332 0.250 0.170 0.138 0.074 0.032 0.005 115 R 0.316 0.260 0.182 0.131 0.072 0.033 0.006 116 V 0.151 0.188 0.198 0.213 0.150 0.085 0.016 117 V 0.156 0.150 0.154 0.192 0.194 0.128 0.027 118 Q 0.154 0.166 0.170 0.181 0.160 0.133 0.037 119 S 0.131 0.108 0.117 0.166 0.179 0.203 0.095 120 G 0.109 0.091 0.084 0.121 0.186 0.265 0.144 121 Q 0.142 0.158 0.154 0.154 0.148 0.158 0.087 122 S 0.108 0.101 0.106 0.168 0.178 0.215 0.123 123 W 0.122 0.108 0.144 0.194 0.189 0.171 0.071 124 Q 0.229 0.237 0.199 0.167 0.091 0.060 0.017 125 Q 0.237 0.294 0.201 0.129 0.077 0.045 0.018 126 G 0.071 0.077 0.090 0.186 0.272 0.237 0.067 127 P 0.105 0.202 0.195 0.199 0.164 0.114 0.020 128 V 0.056 0.063 0.096 0.180 0.203 0.295 0.107 129 V 0.064 0.075 0.133 0.203 0.213 0.233 0.079 130 L 0.112 0.098 0.144 0.223 0.205 0.173 0.045 131 N 0.491 0.272 0.108 0.063 0.040 0.021 0.004