# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.7041 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.397 0.133 0.120 0.123 0.102 0.061 0.032 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 2 M 0.355 0.159 0.133 0.125 0.094 0.061 0.039 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 3 F 0.179 0.081 0.107 0.147 0.168 0.133 0.084 0.053 0.026 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 4 K 0.326 0.173 0.137 0.134 0.098 0.057 0.039 0.017 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 5 W 0.194 0.100 0.116 0.152 0.146 0.120 0.072 0.048 0.027 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 6 P 0.198 0.148 0.143 0.148 0.126 0.094 0.075 0.036 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 7 W 0.163 0.095 0.126 0.140 0.155 0.119 0.073 0.061 0.033 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 8 K 0.241 0.185 0.137 0.155 0.126 0.073 0.040 0.021 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 9 A 0.140 0.073 0.112 0.140 0.162 0.151 0.102 0.063 0.031 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 10 D 0.329 0.198 0.143 0.137 0.087 0.049 0.031 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.579 0.196 0.090 0.060 0.037 0.017 0.009 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.410 0.175 0.129 0.119 0.079 0.045 0.025 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 S 0.339 0.187 0.155 0.120 0.085 0.053 0.038 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 G 0.318 0.159 0.147 0.128 0.112 0.068 0.039 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 15 N 0.469 0.207 0.114 0.082 0.062 0.030 0.021 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.354 0.166 0.139 0.134 0.097 0.057 0.028 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 17 E 0.395 0.184 0.127 0.105 0.088 0.047 0.030 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 18 M 0.178 0.106 0.128 0.161 0.166 0.118 0.066 0.040 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 19 P 0.245 0.156 0.146 0.148 0.130 0.080 0.047 0.024 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 20 W 0.249 0.140 0.132 0.147 0.131 0.088 0.049 0.030 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 21 E 0.239 0.163 0.142 0.148 0.126 0.083 0.049 0.025 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 22 Q 0.158 0.110 0.134 0.147 0.156 0.122 0.073 0.050 0.026 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 23 A 0.234 0.166 0.133 0.140 0.126 0.083 0.053 0.032 0.019 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 24 L 0.203 0.136 0.126 0.154 0.131 0.101 0.062 0.040 0.024 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 25 A 0.172 0.129 0.125 0.141 0.144 0.109 0.086 0.046 0.027 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 26 I 0.102 0.067 0.085 0.131 0.167 0.148 0.103 0.088 0.053 0.028 0.016 0.008 0.004 0.001 27 P 0.186 0.106 0.109 0.121 0.130 0.113 0.084 0.063 0.043 0.023 0.013 0.006 0.003 0.001 28 V 0.079 0.044 0.066 0.113 0.139 0.149 0.133 0.123 0.068 0.043 0.023 0.012 0.005 0.002 29 L 0.066 0.054 0.072 0.107 0.147 0.146 0.122 0.116 0.077 0.052 0.024 0.010 0.004 0.002 30 A 0.259 0.181 0.158 0.138 0.092 0.070 0.044 0.027 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 31 H 0.172 0.165 0.149 0.159 0.119 0.098 0.066 0.037 0.019 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 32 L 0.061 0.044 0.081 0.143 0.207 0.197 0.145 0.077 0.028 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 33 S 0.446 0.199 0.128 0.103 0.062 0.029 0.021 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 S 0.693 0.127 0.075 0.057 0.026 0.011 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 T 0.782 0.102 0.051 0.038 0.016 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.672 0.137 0.090 0.060 0.023 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 Q 0.402 0.200 0.182 0.108 0.060 0.028 0.015 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 H 0.699 0.162 0.074 0.036 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 K 0.358 0.328 0.182 0.066 0.036 0.015 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.028 0.019 0.041 0.103 0.258 0.227 0.138 0.110 0.052 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 41 T 0.072 0.134 0.207 0.265 0.166 0.108 0.030 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.662 0.238 0.069 0.017 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.050 0.059 0.091 0.180 0.257 0.185 0.085 0.060 0.024 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 44 A 0.033 0.016 0.022 0.051 0.131 0.208 0.240 0.183 0.082 0.026 0.006 0.002 0.001 0.001 45 A 0.139 0.180 0.189 0.203 0.143 0.077 0.039 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 46 R 0.390 0.177 0.161 0.130 0.069 0.039 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 47 F 0.039 0.028 0.057 0.136 0.227 0.228 0.148 0.083 0.035 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 48 L 0.067 0.046 0.065 0.126 0.192 0.187 0.127 0.108 0.056 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 49 Q 0.257 0.256 0.198 0.149 0.065 0.042 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 Q 0.227 0.146 0.167 0.168 0.136 0.077 0.043 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 51 K 0.086 0.078 0.118 0.187 0.189 0.158 0.094 0.047 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 52 R 0.183 0.173 0.168 0.140 0.130 0.089 0.059 0.031 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 53 L 0.125 0.060 0.065 0.094 0.159 0.150 0.122 0.100 0.063 0.033 0.017 0.009 0.004 0.001 54 V 0.156 0.093 0.108 0.159 0.141 0.124 0.078 0.058 0.041 0.022 0.012 0.006 0.002 0.001 55 A 0.133 0.070 0.098 0.128 0.123 0.126 0.120 0.080 0.053 0.031 0.019 0.012 0.005 0.003 56 L 0.059 0.052 0.065 0.095 0.154 0.145 0.116 0.107 0.085 0.057 0.034 0.020 0.009 0.004 57 Q 0.230 0.171 0.138 0.131 0.093 0.082 0.063 0.034 0.026 0.014 0.009 0.006 0.002 0.001 58 G 0.167 0.160 0.126 0.131 0.124 0.091 0.076 0.053 0.037 0.017 0.010 0.004 0.004 0.001 59 L 0.067 0.036 0.045 0.068 0.132 0.139 0.162 0.134 0.093 0.047 0.036 0.029 0.010 0.003 60 E 0.117 0.100 0.146 0.184 0.185 0.110 0.071 0.044 0.022 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 61 L 0.062 0.035 0.051 0.098 0.143 0.135 0.130 0.130 0.103 0.061 0.031 0.013 0.006 0.002 62 T 0.220 0.146 0.136 0.175 0.115 0.091 0.057 0.029 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 63 P 0.292 0.190 0.165 0.119 0.079 0.061 0.045 0.020 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 64 L 0.079 0.086 0.117 0.169 0.186 0.153 0.083 0.064 0.034 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 65 H 0.089 0.095 0.103 0.126 0.172 0.149 0.114 0.076 0.039 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 66 Q 0.065 0.066 0.074 0.119 0.159 0.160 0.144 0.110 0.058 0.028 0.011 0.003 0.002 0.001 67 A 0.026 0.019 0.024 0.052 0.096 0.129 0.189 0.173 0.149 0.082 0.039 0.014 0.005 0.002 68 R 0.066 0.063 0.092 0.147 0.173 0.160 0.139 0.083 0.043 0.019 0.008 0.003 0.002 0.001 69 I 0.049 0.031 0.032 0.045 0.063 0.123 0.197 0.161 0.122 0.089 0.048 0.024 0.010 0.004 70 A 0.010 0.010 0.014 0.035 0.059 0.160 0.264 0.260 0.121 0.044 0.017 0.005 0.002 0.001 71 M 0.025 0.037 0.052 0.085 0.118 0.172 0.226 0.158 0.080 0.029 0.010 0.004 0.002 0.001 72 L 0.036 0.069 0.121 0.172 0.200 0.175 0.127 0.065 0.022 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 73 F 0.015 0.017 0.036 0.076 0.097 0.213 0.268 0.177 0.066 0.024 0.007 0.003 0.001 0.001 74 C 0.011 0.016 0.037 0.075 0.131 0.219 0.258 0.161 0.068 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 75 L 0.074 0.100 0.160 0.161 0.185 0.150 0.091 0.048 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 76 P 0.076 0.077 0.131 0.171 0.191 0.164 0.109 0.051 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 77 V 0.039 0.034 0.074 0.135 0.180 0.208 0.148 0.109 0.050 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 78 L 0.079 0.075 0.093 0.132 0.190 0.168 0.140 0.072 0.033 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 79 E 0.223 0.190 0.202 0.151 0.107 0.065 0.041 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 80 L 0.130 0.081 0.131 0.178 0.198 0.133 0.079 0.036 0.019 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 81 G 0.222 0.169 0.149 0.148 0.129 0.082 0.062 0.020 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 82 I 0.206 0.106 0.136 0.149 0.171 0.114 0.062 0.030 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 83 E 0.570 0.229 0.093 0.051 0.030 0.013 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 W 0.111 0.082 0.153 0.196 0.175 0.131 0.072 0.044 0.023 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 85 L 0.066 0.063 0.090 0.163 0.222 0.180 0.113 0.054 0.029 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 86 D 0.359 0.247 0.166 0.095 0.052 0.039 0.025 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 87 G 0.134 0.300 0.225 0.127 0.077 0.056 0.041 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 88 F 0.016 0.014 0.026 0.057 0.141 0.168 0.162 0.197 0.119 0.049 0.025 0.018 0.006 0.002 89 H 0.016 0.027 0.049 0.107 0.177 0.168 0.165 0.127 0.079 0.045 0.022 0.009 0.006 0.003 90 E 0.041 0.034 0.045 0.090 0.111 0.116 0.122 0.147 0.129 0.076 0.043 0.021 0.015 0.010 91 V 0.004 0.004 0.006 0.009 0.015 0.033 0.072 0.089 0.148 0.173 0.194 0.163 0.062 0.028 92 L 0.009 0.007 0.009 0.016 0.027 0.052 0.090 0.121 0.161 0.155 0.157 0.114 0.054 0.028 93 I 0.009 0.008 0.010 0.012 0.024 0.037 0.057 0.088 0.147 0.172 0.163 0.146 0.078 0.048 94 Y 0.015 0.017 0.026 0.043 0.068 0.090 0.119 0.154 0.133 0.114 0.094 0.067 0.036 0.023 95 P 0.012 0.019 0.026 0.054 0.086 0.106 0.132 0.150 0.140 0.113 0.081 0.042 0.023 0.015 96 A 0.027 0.044 0.064 0.099 0.130 0.143 0.138 0.121 0.100 0.062 0.037 0.020 0.009 0.006 97 P 0.070 0.097 0.126 0.144 0.156 0.129 0.097 0.073 0.054 0.028 0.015 0.006 0.004 0.002 98 F 0.040 0.032 0.058 0.083 0.131 0.148 0.146 0.144 0.100 0.061 0.033 0.016 0.006 0.002 99 I 0.085 0.084 0.126 0.164 0.168 0.143 0.093 0.066 0.039 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 100 V 0.103 0.072 0.100 0.139 0.168 0.147 0.113 0.078 0.041 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 101 D 0.270 0.200 0.161 0.136 0.090 0.061 0.046 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 102 D 0.382 0.216 0.152 0.105 0.067 0.037 0.020 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 103 E 0.440 0.223 0.121 0.092 0.063 0.030 0.017 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 W 0.187 0.117 0.168 0.189 0.149 0.099 0.052 0.022 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 105 E 0.353 0.164 0.128 0.127 0.095 0.059 0.042 0.016 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 106 D 0.474 0.173 0.122 0.090 0.057 0.035 0.026 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 107 D 0.367 0.211 0.134 0.106 0.065 0.044 0.038 0.015 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 108 I 0.084 0.054 0.084 0.109 0.161 0.160 0.136 0.093 0.055 0.029 0.016 0.013 0.006 0.002 109 G 0.112 0.082 0.101 0.120 0.149 0.127 0.112 0.083 0.049 0.032 0.018 0.008 0.005 0.002 110 L 0.069 0.032 0.042 0.067 0.108 0.114 0.106 0.144 0.109 0.087 0.062 0.037 0.015 0.007 111 V 0.079 0.053 0.066 0.090 0.122 0.127 0.107 0.106 0.088 0.067 0.051 0.027 0.011 0.006 112 H 0.090 0.061 0.080 0.122 0.142 0.131 0.108 0.090 0.068 0.048 0.033 0.018 0.007 0.004 113 N 0.163 0.131 0.124 0.141 0.127 0.101 0.079 0.048 0.038 0.023 0.013 0.007 0.003 0.002 114 Q 0.173 0.130 0.135 0.147 0.127 0.103 0.073 0.044 0.033 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 115 R 0.241 0.190 0.165 0.130 0.095 0.066 0.053 0.025 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 116 V 0.128 0.091 0.120 0.139 0.152 0.133 0.089 0.065 0.044 0.020 0.010 0.005 0.003 0.001 117 V 0.096 0.063 0.080 0.110 0.155 0.143 0.130 0.091 0.059 0.036 0.021 0.010 0.004 0.002 118 Q 0.119 0.081 0.086 0.113 0.131 0.112 0.096 0.087 0.068 0.051 0.029 0.015 0.007 0.004 119 S 0.089 0.050 0.057 0.067 0.097 0.104 0.101 0.107 0.102 0.087 0.066 0.044 0.020 0.009 120 G 0.093 0.060 0.066 0.078 0.108 0.106 0.108 0.106 0.087 0.076 0.057 0.032 0.015 0.007 121 Q 0.118 0.080 0.088 0.124 0.141 0.111 0.082 0.086 0.068 0.046 0.030 0.015 0.007 0.004 122 S 0.117 0.069 0.074 0.103 0.126 0.128 0.106 0.095 0.071 0.050 0.033 0.016 0.007 0.004 123 W 0.106 0.072 0.088 0.124 0.138 0.143 0.122 0.088 0.050 0.034 0.019 0.010 0.004 0.002 124 Q 0.187 0.125 0.138 0.139 0.116 0.096 0.070 0.048 0.036 0.024 0.012 0.006 0.002 0.001 125 Q 0.168 0.119 0.134 0.169 0.128 0.101 0.063 0.044 0.035 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 126 G 0.112 0.072 0.088 0.126 0.148 0.146 0.120 0.071 0.055 0.031 0.015 0.009 0.004 0.002 127 P 0.103 0.071 0.092 0.106 0.137 0.139 0.120 0.090 0.061 0.037 0.021 0.012 0.006 0.003 128 V 0.077 0.034 0.040 0.051 0.072 0.097 0.110 0.130 0.118 0.099 0.088 0.054 0.021 0.010 129 V 0.085 0.042 0.047 0.063 0.086 0.104 0.111 0.124 0.098 0.083 0.077 0.048 0.020 0.011 130 L 0.067 0.040 0.041 0.053 0.080 0.092 0.108 0.111 0.122 0.101 0.086 0.056 0.029 0.014 131 N 0.191 0.101 0.108 0.121 0.117 0.100 0.102 0.058 0.041 0.026 0.017 0.011 0.004 0.002