# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 53.6898 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.020 0.515 0.010 0.020 0.085 0.003 0.001 0.024 0.079 0.035 0.130 0.060 2 M 0.013 0.021 0.514 0.010 0.028 0.108 0.003 0.001 0.024 0.059 0.063 0.031 0.125 3 F 0.010 0.025 0.426 0.009 0.041 0.166 0.002 0.001 0.024 0.096 0.078 0.074 0.048 4 K 0.006 0.019 0.433 0.009 0.030 0.156 0.002 0.001 0.019 0.138 0.077 0.029 0.082 5 W 0.003 0.014 0.549 0.005 0.023 0.125 0.001 0.001 0.011 0.139 0.061 0.036 0.034 6 P 0.003 0.012 0.427 0.006 0.071 0.270 0.001 0.001 0.008 0.058 0.099 0.012 0.035 7 W 0.003 0.011 0.212 0.003 0.128 0.447 0.001 0.001 0.006 0.054 0.103 0.016 0.016 8 K 0.003 0.013 0.247 0.003 0.114 0.444 0.001 0.001 0.005 0.054 0.078 0.011 0.027 9 A 0.003 0.018 0.293 0.003 0.090 0.394 0.001 0.001 0.005 0.070 0.084 0.015 0.025 10 D 0.002 0.014 0.394 0.003 0.071 0.298 0.001 0.001 0.004 0.085 0.100 0.010 0.018 11 D 0.001 0.009 0.270 0.003 0.124 0.317 0.001 0.001 0.002 0.076 0.180 0.007 0.010 12 E 0.001 0.009 0.194 0.002 0.125 0.286 0.001 0.001 0.002 0.067 0.302 0.005 0.007 13 S 0.001 0.013 0.300 0.002 0.126 0.160 0.001 0.001 0.003 0.127 0.255 0.005 0.009 14 G 0.001 0.013 0.497 0.001 0.050 0.068 0.001 0.001 0.005 0.190 0.161 0.007 0.007 15 N 0.001 0.018 0.611 0.001 0.042 0.027 0.001 0.001 0.005 0.128 0.155 0.003 0.009 16 A 0.001 0.019 0.642 0.001 0.036 0.023 0.001 0.001 0.009 0.157 0.102 0.006 0.004 17 E 0.001 0.019 0.720 0.001 0.022 0.024 0.001 0.001 0.007 0.131 0.068 0.002 0.007 18 M 0.001 0.017 0.675 0.001 0.018 0.066 0.001 0.001 0.005 0.189 0.023 0.004 0.002 19 P 0.001 0.009 0.515 0.001 0.059 0.317 0.001 0.001 0.003 0.066 0.025 0.001 0.003 20 W 0.001 0.001 0.016 0.001 0.069 0.903 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 21 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.129 0.855 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 22 Q 0.001 0.001 0.006 0.001 0.079 0.869 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.077 0.882 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.012 0.001 0.034 0.765 0.001 0.001 0.001 0.014 0.172 0.001 0.001 25 A 0.001 0.004 0.053 0.001 0.040 0.565 0.001 0.001 0.001 0.024 0.307 0.001 0.005 26 I 0.001 0.005 0.424 0.001 0.004 0.346 0.001 0.001 0.003 0.182 0.028 0.006 0.002 27 P 0.001 0.003 0.566 0.002 0.037 0.271 0.001 0.001 0.005 0.053 0.052 0.002 0.008 28 V 0.001 0.004 0.079 0.001 0.263 0.500 0.001 0.001 0.006 0.014 0.128 0.002 0.004 29 L 0.001 0.001 0.021 0.002 0.573 0.331 0.001 0.001 0.003 0.011 0.055 0.001 0.002 30 A 0.001 0.002 0.026 0.001 0.493 0.181 0.001 0.001 0.003 0.019 0.272 0.002 0.002 31 H 0.001 0.018 0.085 0.001 0.314 0.085 0.001 0.001 0.006 0.031 0.448 0.001 0.009 32 L 0.001 0.058 0.432 0.001 0.016 0.028 0.001 0.001 0.009 0.414 0.025 0.010 0.006 33 S 0.001 0.004 0.938 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.048 0.003 0.001 0.001 34 S 0.001 0.002 0.049 0.001 0.266 0.628 0.001 0.001 0.001 0.011 0.043 0.001 0.001 35 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.193 0.770 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 36 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.113 0.875 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 37 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 39 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 47 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 48 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 49 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.001 0.001 50 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.948 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.001 0.001 51 K 0.002 0.001 0.025 0.004 0.027 0.818 0.001 0.001 0.001 0.035 0.077 0.005 0.006 52 R 0.008 0.003 0.048 0.005 0.053 0.600 0.001 0.001 0.007 0.033 0.204 0.013 0.026 53 L 0.045 0.012 0.181 0.018 0.069 0.323 0.006 0.005 0.035 0.068 0.077 0.051 0.112 54 V 0.058 0.019 0.109 0.034 0.057 0.251 0.012 0.009 0.054 0.058 0.069 0.203 0.067 55 A 0.040 0.042 0.125 0.009 0.047 0.145 0.008 0.008 0.038 0.049 0.115 0.050 0.325 56 L 0.016 0.006 0.275 0.156 0.090 0.061 0.005 0.004 0.020 0.094 0.166 0.054 0.053 57 Q 0.002 0.001 0.034 0.048 0.040 0.017 0.001 0.001 0.005 0.117 0.711 0.016 0.006 58 G 0.003 0.007 0.120 0.005 0.028 0.005 0.001 0.001 0.009 0.157 0.606 0.007 0.048 59 L 0.009 0.013 0.622 0.003 0.007 0.003 0.002 0.002 0.057 0.102 0.007 0.133 0.042 60 E 0.010 0.053 0.322 0.001 0.002 0.003 0.010 0.004 0.245 0.048 0.009 0.100 0.193 61 L 0.012 0.238 0.324 0.009 0.004 0.012 0.013 0.010 0.113 0.070 0.010 0.044 0.140 62 T 0.001 0.013 0.740 0.036 0.003 0.025 0.001 0.001 0.036 0.088 0.005 0.032 0.018 63 P 0.002 0.003 0.038 0.007 0.129 0.593 0.001 0.001 0.008 0.035 0.129 0.005 0.050 64 L 0.004 0.003 0.027 0.009 0.151 0.583 0.001 0.002 0.004 0.016 0.168 0.010 0.020 65 H 0.019 0.002 0.023 0.009 0.091 0.753 0.003 0.002 0.003 0.024 0.029 0.019 0.023 66 Q 0.028 0.002 0.020 0.005 0.019 0.846 0.002 0.001 0.003 0.009 0.025 0.005 0.034 67 A 0.028 0.001 0.004 0.004 0.007 0.935 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.007 68 R 0.028 0.001 0.001 0.003 0.003 0.942 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.010 69 I 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 70 A 0.019 0.001 0.001 0.005 0.002 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 71 M 0.019 0.001 0.001 0.001 0.003 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 72 L 0.018 0.001 0.001 0.003 0.005 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.003 73 F 0.031 0.001 0.003 0.001 0.009 0.915 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 0.007 0.006 74 C 0.020 0.001 0.009 0.003 0.012 0.906 0.001 0.001 0.001 0.007 0.023 0.003 0.016 75 L 0.013 0.001 0.039 0.003 0.006 0.866 0.001 0.001 0.001 0.023 0.021 0.015 0.010 76 P 0.006 0.001 0.035 0.003 0.011 0.829 0.001 0.001 0.002 0.014 0.082 0.010 0.008 77 V 0.006 0.002 0.017 0.002 0.032 0.835 0.001 0.001 0.001 0.012 0.081 0.003 0.010 78 L 0.009 0.004 0.033 0.002 0.032 0.770 0.001 0.001 0.003 0.041 0.072 0.023 0.009 79 E 0.012 0.015 0.112 0.004 0.073 0.416 0.001 0.001 0.008 0.055 0.212 0.010 0.080 80 L 0.006 0.019 0.270 0.013 0.046 0.156 0.001 0.001 0.009 0.153 0.254 0.044 0.028 81 G 0.002 0.010 0.348 0.005 0.031 0.055 0.001 0.001 0.006 0.171 0.335 0.011 0.026 82 I 0.002 0.010 0.238 0.003 0.202 0.266 0.001 0.001 0.003 0.118 0.128 0.007 0.022 83 E 0.003 0.013 0.073 0.005 0.314 0.269 0.001 0.001 0.007 0.063 0.203 0.037 0.012 84 W 0.006 0.037 0.082 0.002 0.307 0.204 0.002 0.002 0.007 0.067 0.169 0.007 0.108 85 L 0.005 0.019 0.305 0.026 0.232 0.122 0.002 0.001 0.006 0.107 0.111 0.042 0.022 86 D 0.003 0.005 0.060 0.022 0.399 0.058 0.001 0.001 0.002 0.071 0.354 0.009 0.016 87 G 0.004 0.007 0.065 0.025 0.177 0.017 0.001 0.001 0.004 0.086 0.578 0.010 0.025 88 F 0.022 0.007 0.496 0.027 0.028 0.005 0.006 0.002 0.048 0.165 0.064 0.024 0.106 89 H 0.053 0.006 0.297 0.127 0.004 0.003 0.017 0.013 0.114 0.157 0.024 0.154 0.032 90 E 0.185 0.002 0.020 0.016 0.001 0.002 0.117 0.226 0.244 0.020 0.004 0.060 0.102 91 V 0.093 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.230 0.574 0.080 0.001 0.001 0.004 0.013 92 L 0.106 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.219 0.615 0.045 0.001 0.001 0.008 0.004 93 I 0.169 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.178 0.412 0.159 0.001 0.001 0.021 0.046 94 Y 0.076 0.005 0.169 0.020 0.001 0.001 0.037 0.052 0.355 0.034 0.007 0.174 0.069 95 P 0.016 0.011 0.451 0.017 0.004 0.001 0.008 0.004 0.111 0.202 0.059 0.012 0.105 96 A 0.005 0.008 0.445 0.029 0.012 0.003 0.002 0.001 0.035 0.300 0.085 0.058 0.018 97 P 0.020 0.010 0.243 0.014 0.091 0.021 0.004 0.002 0.009 0.139 0.284 0.014 0.150 98 F 0.078 0.028 0.233 0.010 0.076 0.020 0.011 0.006 0.022 0.084 0.082 0.299 0.052 99 I 0.134 0.060 0.192 0.008 0.039 0.016 0.028 0.010 0.040 0.042 0.024 0.049 0.358 100 V 0.054 0.047 0.421 0.023 0.016 0.011 0.008 0.003 0.034 0.068 0.032 0.199 0.084 101 D 0.015 0.019 0.431 0.039 0.016 0.018 0.003 0.001 0.015 0.135 0.127 0.030 0.151 102 D 0.012 0.013 0.291 0.017 0.051 0.049 0.002 0.001 0.007 0.199 0.207 0.084 0.068 103 E 0.028 0.023 0.256 0.011 0.107 0.126 0.004 0.001 0.009 0.095 0.119 0.080 0.140 104 W 0.046 0.046 0.204 0.006 0.090 0.143 0.006 0.004 0.014 0.084 0.123 0.114 0.121 105 E 0.020 0.049 0.298 0.011 0.063 0.150 0.003 0.002 0.008 0.071 0.160 0.037 0.127 106 D 0.013 0.022 0.244 0.019 0.088 0.097 0.001 0.001 0.003 0.116 0.288 0.049 0.060 107 D 0.013 0.008 0.126 0.029 0.086 0.074 0.001 0.001 0.002 0.158 0.399 0.041 0.062 108 I 0.014 0.006 0.133 0.027 0.053 0.033 0.002 0.001 0.002 0.147 0.485 0.022 0.075 109 G 0.025 0.006 0.254 0.015 0.011 0.012 0.003 0.001 0.005 0.236 0.212 0.167 0.053 110 L 0.096 0.021 0.339 0.005 0.006 0.015 0.009 0.002 0.017 0.045 0.020 0.128 0.296 111 V 0.153 0.031 0.173 0.014 0.007 0.024 0.021 0.005 0.030 0.025 0.012 0.249 0.255 112 H 0.109 0.018 0.200 0.044 0.008 0.029 0.013 0.003 0.023 0.036 0.015 0.238 0.263 113 N 0.066 0.010 0.233 0.050 0.017 0.060 0.006 0.001 0.012 0.057 0.056 0.105 0.326 114 Q 0.062 0.007 0.170 0.052 0.036 0.217 0.005 0.001 0.007 0.084 0.103 0.142 0.114 115 R 0.084 0.008 0.134 0.015 0.044 0.213 0.006 0.001 0.007 0.047 0.098 0.141 0.203 116 V 0.089 0.012 0.130 0.006 0.039 0.310 0.005 0.002 0.006 0.020 0.041 0.090 0.250 117 V 0.094 0.019 0.122 0.021 0.069 0.388 0.007 0.002 0.009 0.021 0.048 0.086 0.113 118 Q 0.092 0.012 0.120 0.026 0.074 0.272 0.005 0.001 0.010 0.037 0.084 0.123 0.144 119 S 0.039 0.008 0.116 0.028 0.075 0.214 0.003 0.001 0.005 0.053 0.266 0.028 0.165 120 G 0.019 0.006 0.176 0.014 0.030 0.101 0.002 0.001 0.004 0.224 0.277 0.100 0.047 121 Q 0.038 0.020 0.351 0.008 0.035 0.095 0.002 0.001 0.008 0.095 0.057 0.137 0.154 122 S 0.030 0.035 0.281 0.005 0.054 0.122 0.003 0.002 0.008 0.065 0.087 0.058 0.249 123 W 0.010 0.019 0.320 0.025 0.111 0.156 0.002 0.001 0.006 0.093 0.177 0.042 0.039 124 Q 0.004 0.008 0.158 0.020 0.094 0.056 0.001 0.001 0.004 0.122 0.481 0.030 0.023 125 Q 0.004 0.008 0.149 0.022 0.050 0.012 0.002 0.001 0.005 0.139 0.563 0.008 0.040 126 G 0.003 0.006 0.316 0.016 0.004 0.003 0.001 0.002 0.012 0.482 0.098 0.049 0.008 127 P 0.022 0.016 0.554 0.011 0.004 0.004 0.007 0.013 0.056 0.138 0.022 0.049 0.104 128 V 0.105 0.012 0.058 0.007 0.004 0.004 0.129 0.147 0.287 0.023 0.008 0.073 0.143 129 V 0.117 0.021 0.051 0.016 0.003 0.003 0.174 0.230 0.243 0.013 0.004 0.052 0.072 130 L 0.078 0.045 0.202 0.009 0.003 0.003 0.074 0.111 0.240 0.036 0.008 0.097 0.096 131 N 0.007 0.011 0.676 0.009 0.002 0.003 0.005 0.008 0.094 0.077 0.009 0.031 0.068