# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 53.6898 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.077 0.035 0.136 0.223 0.010 0.107 0.020 0.011 0.021 0.017 0.039 0.055 0.185 0.006 0.010 0.046 2 M 0.062 0.099 0.215 0.293 0.007 0.044 0.014 0.009 0.007 0.004 0.044 0.046 0.121 0.005 0.008 0.021 3 F 0.025 0.047 0.130 0.402 0.012 0.124 0.013 0.010 0.007 0.005 0.032 0.052 0.116 0.005 0.006 0.016 4 K 0.018 0.098 0.180 0.521 0.004 0.028 0.004 0.010 0.005 0.002 0.022 0.016 0.067 0.002 0.005 0.018 5 W 0.019 0.019 0.075 0.349 0.015 0.305 0.010 0.005 0.005 0.008 0.024 0.040 0.113 0.003 0.003 0.008 6 P 0.013 0.093 0.076 0.171 0.017 0.155 0.011 0.015 0.002 0.002 0.228 0.035 0.164 0.006 0.005 0.007 7 W 0.008 0.099 0.030 0.228 0.008 0.091 0.008 0.021 0.009 0.004 0.109 0.203 0.154 0.007 0.010 0.012 8 K 0.017 0.094 0.130 0.171 0.010 0.065 0.020 0.011 0.012 0.005 0.042 0.076 0.274 0.009 0.015 0.048 9 A 0.027 0.052 0.181 0.152 0.009 0.088 0.031 0.014 0.006 0.004 0.049 0.043 0.284 0.012 0.017 0.032 10 D 0.017 0.055 0.108 0.099 0.007 0.198 0.018 0.019 0.004 0.005 0.073 0.064 0.285 0.008 0.020 0.019 11 D 0.015 0.050 0.039 0.070 0.006 0.103 0.007 0.012 0.008 0.004 0.219 0.078 0.345 0.006 0.009 0.027 12 E 0.021 0.042 0.045 0.037 0.044 0.033 0.101 0.006 0.006 0.002 0.100 0.126 0.206 0.198 0.007 0.025 13 S 0.010 0.079 0.168 0.060 0.002 0.010 0.025 0.047 0.003 0.001 0.008 0.035 0.131 0.011 0.386 0.023 14 G 0.012 0.016 0.174 0.081 0.004 0.047 0.040 0.006 0.039 0.038 0.019 0.011 0.174 0.010 0.018 0.312 15 N 0.375 0.101 0.175 0.127 0.003 0.020 0.020 0.005 0.005 0.002 0.029 0.022 0.070 0.005 0.008 0.033 16 A 0.051 0.066 0.299 0.288 0.005 0.091 0.014 0.007 0.007 0.006 0.027 0.046 0.050 0.004 0.007 0.034 17 E 0.028 0.136 0.306 0.349 0.007 0.067 0.006 0.003 0.004 0.002 0.013 0.015 0.041 0.001 0.003 0.018 18 M 0.025 0.039 0.086 0.365 0.016 0.290 0.008 0.007 0.002 0.009 0.066 0.030 0.048 0.002 0.001 0.005 19 P 0.004 0.048 0.014 0.040 0.003 0.540 0.001 0.025 0.001 0.003 0.167 0.088 0.062 0.001 0.002 0.001 20 W 0.001 0.011 0.002 0.007 0.001 0.073 0.001 0.003 0.004 0.002 0.614 0.131 0.148 0.001 0.001 0.002 21 E 0.003 0.016 0.010 0.008 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.046 0.616 0.286 0.001 0.004 0.001 22 Q 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 0.938 0.001 0.002 0.005 23 A 0.002 0.002 0.015 0.003 0.001 0.006 0.025 0.001 0.001 0.001 0.025 0.012 0.859 0.031 0.002 0.016 24 L 0.001 0.011 0.012 0.006 0.001 0.004 0.007 0.002 0.001 0.001 0.005 0.039 0.891 0.001 0.017 0.003 25 A 0.002 0.016 0.033 0.033 0.001 0.003 0.004 0.001 0.006 0.001 0.002 0.005 0.631 0.008 0.004 0.252 26 I 0.050 0.003 0.126 0.069 0.001 0.018 0.007 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 0.686 0.001 0.009 0.011 27 P 0.004 0.017 0.105 0.033 0.001 0.105 0.003 0.002 0.001 0.001 0.042 0.018 0.660 0.001 0.001 0.007 28 V 0.002 0.026 0.002 0.043 0.002 0.152 0.002 0.001 0.001 0.001 0.097 0.122 0.540 0.007 0.001 0.002 29 L 0.001 0.025 0.010 0.020 0.003 0.019 0.025 0.001 0.001 0.001 0.035 0.114 0.705 0.025 0.012 0.003 30 A 0.001 0.008 0.016 0.019 0.001 0.005 0.012 0.005 0.001 0.001 0.020 0.037 0.800 0.002 0.054 0.020 31 H 0.012 0.023 0.039 0.026 0.001 0.004 0.008 0.001 0.010 0.001 0.002 0.006 0.163 0.014 0.007 0.684 32 L 0.049 0.030 0.694 0.119 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.049 0.001 0.018 0.025 33 S 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 34 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 35 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 0.001 0.001 36 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.978 0.001 0.001 0.003 37 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.979 0.001 0.001 0.002 38 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.985 0.001 0.001 0.001 39 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 41 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 45 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 46 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 47 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.001 0.003 48 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.007 0.007 0.001 49 Q 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.903 0.012 0.024 0.050 50 Q 0.015 0.003 0.021 0.006 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.619 0.031 0.056 0.226 51 K 0.045 0.010 0.460 0.013 0.001 0.005 0.011 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.303 0.006 0.031 0.107 52 R 0.045 0.079 0.293 0.172 0.001 0.043 0.005 0.002 0.004 0.001 0.016 0.011 0.254 0.004 0.004 0.066 53 L 0.053 0.036 0.139 0.245 0.043 0.145 0.055 0.002 0.003 0.001 0.037 0.024 0.183 0.017 0.002 0.015 54 V 0.004 0.214 0.164 0.389 0.016 0.036 0.009 0.023 0.001 0.001 0.018 0.025 0.082 0.002 0.011 0.007 55 A 0.005 0.018 0.029 0.147 0.359 0.199 0.041 0.009 0.016 0.019 0.017 0.017 0.069 0.023 0.002 0.029 56 L 0.010 0.029 0.028 0.023 0.400 0.021 0.214 0.046 0.001 0.002 0.059 0.006 0.016 0.131 0.011 0.002 57 Q 0.002 0.025 0.007 0.015 0.001 0.010 0.003 0.567 0.019 0.012 0.007 0.019 0.007 0.002 0.297 0.007 58 G 0.030 0.020 0.021 0.031 0.001 0.002 0.002 0.001 0.489 0.039 0.005 0.005 0.007 0.001 0.003 0.347 59 L 0.889 0.003 0.063 0.028 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.003 60 E 0.013 0.030 0.719 0.157 0.003 0.061 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 61 L 0.003 0.064 0.034 0.864 0.001 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 62 T 0.001 0.004 0.002 0.011 0.002 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 64 L 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.005 0.001 0.001 0.001 65 H 0.001 0.002 0.026 0.011 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.011 0.907 0.001 0.003 0.014 66 Q 0.004 0.015 0.104 0.025 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.037 0.784 0.001 0.001 0.008 67 A 0.004 0.004 0.018 0.073 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.027 0.831 0.001 0.001 0.001 68 R 0.001 0.006 0.007 0.061 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.887 0.001 0.001 0.001 69 I 0.001 0.011 0.001 0.040 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.893 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.007 0.003 0.118 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.839 0.001 0.001 0.003 71 M 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 72 L 0.001 0.011 0.007 0.035 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.913 0.003 0.001 0.007 73 F 0.001 0.003 0.004 0.053 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.912 0.001 0.004 0.002 74 C 0.001 0.031 0.022 0.047 0.001 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.846 0.001 0.001 0.023 75 L 0.007 0.022 0.014 0.305 0.001 0.030 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.589 0.001 0.001 0.005 76 P 0.002 0.033 0.035 0.113 0.003 0.128 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.016 0.644 0.003 0.002 0.006 77 V 0.002 0.026 0.010 0.081 0.043 0.072 0.049 0.002 0.001 0.001 0.073 0.019 0.512 0.096 0.003 0.012 78 L 0.002 0.058 0.024 0.050 0.003 0.017 0.007 0.027 0.001 0.001 0.030 0.079 0.587 0.002 0.104 0.008 79 E 0.005 0.008 0.020 0.018 0.038 0.009 0.099 0.002 0.014 0.010 0.011 0.010 0.161 0.378 0.003 0.213 80 L 0.070 0.018 0.070 0.043 0.001 0.008 0.005 0.119 0.001 0.001 0.013 0.014 0.130 0.002 0.496 0.009 81 G 0.005 0.024 0.086 0.032 0.002 0.089 0.008 0.004 0.053 0.117 0.026 0.024 0.268 0.005 0.003 0.254 82 I 0.231 0.013 0.010 0.047 0.002 0.100 0.009 0.003 0.001 0.001 0.224 0.097 0.255 0.003 0.002 0.002 83 E 0.003 0.239 0.074 0.082 0.002 0.023 0.006 0.004 0.003 0.001 0.043 0.283 0.210 0.002 0.008 0.015 84 W 0.017 0.034 0.087 0.132 0.008 0.024 0.013 0.003 0.007 0.002 0.015 0.046 0.490 0.007 0.011 0.105 85 L 0.013 0.003 0.104 0.009 0.131 0.038 0.398 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.068 0.216 0.002 0.004 86 D 0.002 0.026 0.014 0.012 0.001 0.012 0.002 0.481 0.001 0.001 0.026 0.004 0.028 0.001 0.390 0.002 87 G 0.001 0.019 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.331 0.019 0.002 0.003 0.004 0.002 0.001 0.608 88 F 0.821 0.001 0.026 0.012 0.001 0.082 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.038 0.001 0.001 0.001 89 H 0.001 0.870 0.119 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 90 E 0.003 0.001 0.009 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 V 0.001 0.001 0.969 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 L 0.001 0.001 0.004 0.989 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 I 0.001 0.008 0.005 0.969 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 Y 0.001 0.013 0.006 0.645 0.063 0.253 0.001 0.004 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 P 0.007 0.259 0.013 0.488 0.009 0.113 0.001 0.038 0.004 0.004 0.060 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 96 A 0.006 0.231 0.016 0.223 0.011 0.338 0.003 0.009 0.025 0.016 0.037 0.080 0.002 0.001 0.001 0.001 97 P 0.026 0.151 0.159 0.425 0.005 0.017 0.003 0.020 0.011 0.001 0.137 0.026 0.008 0.001 0.006 0.005 98 F 0.021 0.032 0.327 0.460 0.008 0.027 0.009 0.002 0.015 0.006 0.007 0.047 0.012 0.001 0.002 0.024 99 I 0.029 0.034 0.207 0.580 0.053 0.036 0.019 0.003 0.001 0.002 0.006 0.005 0.014 0.003 0.001 0.008 100 V 0.008 0.049 0.046 0.396 0.077 0.315 0.014 0.041 0.003 0.005 0.016 0.007 0.013 0.004 0.003 0.003 101 D 0.006 0.175 0.025 0.195 0.006 0.270 0.002 0.097 0.025 0.025 0.118 0.023 0.018 0.001 0.008 0.006 102 D 0.035 0.077 0.030 0.180 0.004 0.086 0.002 0.009 0.065 0.023 0.321 0.115 0.035 0.001 0.002 0.014 103 E 0.076 0.112 0.215 0.158 0.004 0.039 0.007 0.005 0.005 0.002 0.055 0.238 0.069 0.002 0.004 0.009 104 W 0.012 0.049 0.256 0.202 0.019 0.143 0.027 0.005 0.005 0.002 0.030 0.056 0.161 0.009 0.005 0.019 105 E 0.007 0.123 0.138 0.286 0.024 0.092 0.037 0.015 0.003 0.002 0.048 0.032 0.162 0.005 0.012 0.014 106 D 0.009 0.045 0.035 0.084 0.024 0.378 0.009 0.029 0.011 0.014 0.052 0.065 0.216 0.003 0.010 0.018 107 D 0.010 0.022 0.017 0.013 0.114 0.016 0.117 0.005 0.005 0.003 0.146 0.013 0.035 0.467 0.002 0.014 108 I 0.005 0.032 0.030 0.020 0.001 0.003 0.002 0.113 0.002 0.001 0.003 0.025 0.012 0.001 0.750 0.002 109 G 0.005 0.006 0.073 0.024 0.001 0.004 0.002 0.001 0.119 0.028 0.002 0.002 0.024 0.001 0.002 0.708 110 L 0.854 0.007 0.051 0.059 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.011 0.001 0.001 0.004 111 V 0.008 0.045 0.523 0.317 0.009 0.061 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.008 0.015 0.001 0.001 0.002 112 H 0.003 0.043 0.043 0.612 0.031 0.208 0.004 0.008 0.001 0.002 0.012 0.005 0.024 0.001 0.001 0.002 113 N 0.003 0.086 0.027 0.323 0.023 0.256 0.002 0.030 0.006 0.006 0.181 0.018 0.032 0.002 0.001 0.003 114 Q 0.012 0.107 0.048 0.289 0.008 0.105 0.003 0.034 0.014 0.005 0.170 0.117 0.074 0.002 0.005 0.005 115 R 0.016 0.133 0.128 0.314 0.003 0.038 0.004 0.007 0.018 0.004 0.034 0.145 0.129 0.002 0.006 0.018 116 V 0.026 0.030 0.106 0.262 0.015 0.126 0.016 0.003 0.004 0.002 0.030 0.038 0.313 0.004 0.003 0.021 117 V 0.009 0.048 0.118 0.142 0.051 0.185 0.022 0.010 0.001 0.001 0.076 0.037 0.284 0.006 0.004 0.006 118 Q 0.003 0.048 0.021 0.078 0.243 0.034 0.119 0.023 0.004 0.003 0.036 0.035 0.067 0.271 0.006 0.009 119 S 0.005 0.027 0.029 0.085 0.002 0.014 0.004 0.276 0.010 0.003 0.011 0.015 0.078 0.002 0.427 0.013 120 G 0.017 0.015 0.068 0.069 0.002 0.015 0.006 0.003 0.151 0.100 0.027 0.010 0.109 0.003 0.003 0.403 121 Q 0.641 0.027 0.062 0.122 0.003 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.016 0.038 0.059 0.002 0.003 0.005 122 S 0.008 0.021 0.145 0.086 0.025 0.451 0.011 0.009 0.003 0.004 0.032 0.035 0.152 0.005 0.004 0.008 123 W 0.006 0.072 0.030 0.086 0.138 0.130 0.052 0.015 0.003 0.002 0.247 0.040 0.132 0.033 0.005 0.008 124 Q 0.010 0.147 0.030 0.110 0.029 0.038 0.039 0.130 0.017 0.005 0.051 0.152 0.084 0.031 0.109 0.018 125 Q 0.022 0.093 0.180 0.119 0.001 0.005 0.011 0.017 0.107 0.017 0.005 0.010 0.043 0.004 0.069 0.300 126 G 0.351 0.013 0.292 0.141 0.001 0.045 0.020 0.001 0.018 0.013 0.004 0.008 0.045 0.001 0.003 0.044 127 P 0.098 0.084 0.505 0.274 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.008 0.001 0.001 0.009 128 V 0.005 0.005 0.062 0.920 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 V 0.003 0.005 0.079 0.603 0.150 0.145 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 130 L 0.001 0.098 0.007 0.596 0.083 0.109 0.003 0.046 0.001 0.001 0.045 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 131 N 0.002 0.130 0.006 0.175 0.043 0.357 0.005 0.064 0.057 0.032 0.042 0.069 0.008 0.002 0.004 0.003