# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 53.6898 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.110 0.046 0.022 0.045 0.068 0.088 0.053 0.569 2 M 0.091 0.025 0.016 0.028 0.042 0.107 0.043 0.648 3 F 0.022 0.021 0.009 0.019 0.027 0.110 0.021 0.769 4 K 0.037 0.049 0.008 0.012 0.018 0.085 0.025 0.766 5 W 0.184 0.175 0.013 0.020 0.018 0.087 0.054 0.449 6 P 0.162 0.219 0.017 0.016 0.018 0.080 0.066 0.423 7 W 0.096 0.266 0.019 0.012 0.017 0.067 0.052 0.472 8 K 0.104 0.249 0.019 0.013 0.017 0.088 0.047 0.462 9 A 0.063 0.092 0.036 0.018 0.020 0.093 0.177 0.500 10 D 0.152 0.139 0.019 0.012 0.017 0.083 0.187 0.392 11 D 0.272 0.062 0.024 0.011 0.013 0.075 0.152 0.391 12 E 0.084 0.034 0.012 0.012 0.018 0.108 0.049 0.684 13 S 0.057 0.012 0.010 0.006 0.015 0.077 0.045 0.778 14 G 0.064 0.016 0.011 0.016 0.022 0.159 0.038 0.674 15 N 0.048 0.015 0.011 0.008 0.013 0.126 0.036 0.742 16 A 0.036 0.047 0.010 0.010 0.011 0.135 0.033 0.718 17 E 0.064 0.188 0.011 0.004 0.006 0.112 0.027 0.588 18 M 0.093 0.379 0.017 0.008 0.006 0.082 0.077 0.338 19 P 0.055 0.781 0.010 0.002 0.003 0.019 0.041 0.088 20 W 0.139 0.710 0.008 0.002 0.003 0.014 0.074 0.051 21 E 0.112 0.385 0.042 0.016 0.016 0.047 0.159 0.224 22 Q 0.182 0.280 0.022 0.015 0.030 0.060 0.066 0.344 23 A 0.125 0.064 0.026 0.010 0.020 0.122 0.072 0.561 24 L 0.016 0.084 0.036 0.038 0.060 0.156 0.040 0.571 25 A 0.024 0.226 0.012 0.006 0.015 0.073 0.016 0.629 26 I 0.112 0.577 0.027 0.016 0.011 0.045 0.041 0.172 27 P 0.088 0.446 0.128 0.033 0.027 0.049 0.086 0.142 28 V 0.395 0.246 0.046 0.007 0.011 0.033 0.077 0.186 29 L 0.444 0.042 0.091 0.012 0.012 0.043 0.158 0.199 30 A 0.051 0.021 0.018 0.006 0.008 0.084 0.084 0.727 31 H 0.008 0.008 0.008 0.002 0.003 0.088 0.044 0.840 32 L 0.022 0.042 0.011 0.006 0.005 0.156 0.048 0.710 33 S 0.152 0.502 0.004 0.002 0.002 0.047 0.039 0.251 34 S 0.072 0.817 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 0.090 35 T 0.015 0.929 0.002 0.001 0.001 0.007 0.009 0.037 36 E 0.023 0.942 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.016 37 Q 0.004 0.036 0.001 0.001 0.001 0.002 0.951 0.005 38 H 0.002 0.678 0.002 0.001 0.001 0.006 0.295 0.017 39 K 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.013 40 L 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 41 T 0.004 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.004 42 Q 0.003 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.005 43 M 0.002 0.938 0.001 0.001 0.001 0.002 0.053 0.003 44 A 0.004 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.004 45 A 0.007 0.879 0.011 0.001 0.001 0.004 0.078 0.019 46 R 0.012 0.747 0.058 0.003 0.003 0.012 0.124 0.043 47 F 0.120 0.485 0.057 0.008 0.007 0.038 0.186 0.099 48 L 0.182 0.162 0.070 0.009 0.008 0.067 0.181 0.321 49 Q 0.053 0.119 0.015 0.005 0.009 0.069 0.051 0.677 50 Q 0.052 0.055 0.023 0.006 0.017 0.102 0.048 0.698 51 K 0.020 0.030 0.050 0.064 0.065 0.141 0.081 0.550 52 R 0.023 0.015 0.075 0.078 0.102 0.101 0.048 0.559 53 L 0.028 0.010 0.077 0.093 0.100 0.092 0.091 0.508 54 V 0.011 0.003 0.285 0.105 0.075 0.093 0.072 0.356 55 A 0.359 0.004 0.048 0.018 0.024 0.063 0.040 0.443 56 L 0.362 0.003 0.017 0.011 0.009 0.057 0.062 0.478 57 Q 0.023 0.001 0.024 0.010 0.040 0.135 0.010 0.756 58 G 0.005 0.001 0.039 0.020 0.148 0.074 0.032 0.681 59 L 0.003 0.002 0.062 0.225 0.142 0.097 0.030 0.439 60 E 0.002 0.009 0.143 0.175 0.207 0.077 0.029 0.358 61 L 0.008 0.027 0.047 0.058 0.041 0.061 0.047 0.711 62 T 0.124 0.505 0.039 0.020 0.008 0.013 0.257 0.033 63 P 0.024 0.939 0.002 0.001 0.002 0.003 0.012 0.017 64 L 0.007 0.946 0.002 0.001 0.003 0.005 0.013 0.024 65 H 0.002 0.949 0.001 0.005 0.005 0.002 0.028 0.008 66 Q 0.001 0.958 0.001 0.001 0.004 0.002 0.029 0.005 67 A 0.001 0.954 0.001 0.001 0.002 0.001 0.040 0.002 68 R 0.001 0.928 0.002 0.004 0.004 0.001 0.059 0.001 69 I 0.002 0.960 0.001 0.004 0.005 0.001 0.024 0.002 70 A 0.015 0.736 0.027 0.013 0.020 0.004 0.176 0.010 71 M 0.042 0.739 0.010 0.029 0.021 0.012 0.118 0.030 72 L 0.059 0.251 0.022 0.016 0.024 0.044 0.274 0.311 73 F 0.016 0.415 0.027 0.046 0.044 0.079 0.081 0.292 74 C 0.034 0.370 0.036 0.021 0.038 0.104 0.065 0.333 75 L 0.090 0.195 0.104 0.069 0.042 0.080 0.144 0.276 76 P 0.170 0.257 0.100 0.037 0.060 0.073 0.088 0.214 77 V 0.178 0.075 0.135 0.015 0.023 0.073 0.121 0.381 78 L 0.089 0.075 0.144 0.034 0.032 0.102 0.062 0.463 79 E 0.086 0.040 0.042 0.008 0.014 0.070 0.043 0.697 80 L 0.019 0.041 0.035 0.012 0.014 0.129 0.032 0.719 81 G 0.079 0.143 0.032 0.021 0.033 0.083 0.107 0.501 82 I 0.228 0.127 0.015 0.018 0.019 0.074 0.102 0.417 83 E 0.021 0.045 0.059 0.082 0.068 0.105 0.148 0.472 84 W 0.121 0.035 0.017 0.016 0.026 0.077 0.085 0.623 85 L 0.421 0.027 0.018 0.021 0.020 0.068 0.142 0.283 86 D 0.026 0.005 0.026 0.010 0.025 0.150 0.048 0.711 87 G 0.041 0.009 0.038 0.014 0.043 0.116 0.098 0.640 88 F 0.010 0.003 0.065 0.047 0.050 0.248 0.072 0.503 89 H 0.001 0.001 0.259 0.075 0.138 0.102 0.081 0.342 90 E 0.002 0.001 0.411 0.143 0.206 0.031 0.125 0.080 91 V 0.002 0.001 0.497 0.142 0.154 0.019 0.064 0.121 92 L 0.001 0.001 0.627 0.155 0.163 0.008 0.013 0.032 93 I 0.005 0.001 0.407 0.125 0.204 0.058 0.036 0.164 94 Y 0.013 0.001 0.250 0.093 0.135 0.183 0.046 0.279 95 P 0.068 0.001 0.018 0.008 0.017 0.118 0.023 0.746 96 A 0.372 0.009 0.017 0.015 0.021 0.133 0.074 0.359 97 P 0.027 0.006 0.028 0.016 0.049 0.156 0.033 0.685 98 F 0.010 0.004 0.040 0.062 0.154 0.130 0.032 0.568 99 I 0.018 0.005 0.035 0.118 0.114 0.106 0.034 0.571 100 V 0.081 0.021 0.021 0.079 0.081 0.105 0.063 0.548 101 D 0.171 0.050 0.016 0.036 0.057 0.084 0.047 0.539 102 D 0.080 0.040 0.024 0.044 0.061 0.109 0.053 0.589 103 E 0.063 0.041 0.022 0.060 0.075 0.121 0.041 0.577 104 W 0.096 0.050 0.019 0.067 0.109 0.108 0.067 0.484 105 E 0.075 0.032 0.019 0.050 0.082 0.110 0.069 0.563 106 D 0.299 0.042 0.010 0.036 0.053 0.074 0.047 0.439 107 D 0.092 0.034 0.009 0.039 0.064 0.096 0.032 0.634 108 I 0.011 0.016 0.025 0.046 0.204 0.125 0.023 0.550 109 G 0.007 0.010 0.048 0.179 0.473 0.055 0.061 0.167 110 L 0.007 0.014 0.049 0.320 0.316 0.045 0.047 0.201 111 V 0.019 0.021 0.094 0.271 0.331 0.041 0.046 0.178 112 H 0.040 0.031 0.051 0.187 0.254 0.065 0.066 0.306 113 N 0.061 0.135 0.040 0.082 0.133 0.066 0.079 0.404 114 Q 0.042 0.113 0.048 0.069 0.133 0.086 0.069 0.440 115 R 0.035 0.062 0.056 0.157 0.179 0.081 0.167 0.264 116 V 0.032 0.042 0.059 0.154 0.188 0.077 0.157 0.291 117 V 0.175 0.021 0.039 0.063 0.113 0.109 0.041 0.438 118 Q 0.187 0.019 0.020 0.080 0.098 0.092 0.086 0.418 119 S 0.012 0.016 0.010 0.017 0.047 0.085 0.019 0.795 120 G 0.030 0.025 0.024 0.054 0.123 0.133 0.043 0.568 121 Q 0.048 0.019 0.035 0.175 0.128 0.113 0.110 0.372 122 S 0.265 0.017 0.024 0.056 0.085 0.082 0.080 0.392 123 W 0.246 0.008 0.025 0.041 0.054 0.092 0.102 0.431 124 Q 0.019 0.003 0.019 0.021 0.060 0.128 0.022 0.727 125 Q 0.015 0.002 0.021 0.018 0.071 0.084 0.022 0.767 126 G 0.016 0.003 0.045 0.204 0.213 0.116 0.048 0.356 127 P 0.003 0.001 0.164 0.156 0.387 0.054 0.047 0.188 128 V 0.003 0.001 0.123 0.257 0.395 0.026 0.032 0.163 129 V 0.004 0.001 0.193 0.362 0.297 0.022 0.025 0.097 130 L 0.011 0.002 0.161 0.153 0.194 0.056 0.048 0.376 131 N 0.078 0.011 0.087 0.165 0.190 0.072 0.084 0.313