# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 53.6898 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.284 0.109 0.050 0.109 0.096 0.088 0.105 0.063 0.049 0.030 0.016 2 M 0.136 0.096 0.058 0.126 0.114 0.099 0.120 0.079 0.079 0.058 0.034 3 F 0.057 0.053 0.041 0.097 0.097 0.129 0.184 0.128 0.108 0.065 0.041 4 K 0.144 0.136 0.107 0.180 0.133 0.089 0.087 0.050 0.038 0.025 0.012 5 W 0.044 0.041 0.041 0.091 0.100 0.123 0.178 0.152 0.114 0.072 0.044 6 P 0.083 0.079 0.081 0.150 0.119 0.116 0.142 0.080 0.073 0.054 0.025 7 W 0.032 0.032 0.049 0.101 0.107 0.138 0.195 0.140 0.103 0.068 0.036 8 K 0.069 0.081 0.125 0.171 0.132 0.114 0.121 0.071 0.058 0.042 0.018 9 A 0.043 0.047 0.066 0.109 0.111 0.127 0.170 0.122 0.097 0.071 0.039 10 D 0.111 0.117 0.108 0.159 0.130 0.099 0.114 0.065 0.046 0.033 0.018 11 D 0.167 0.104 0.099 0.146 0.122 0.096 0.106 0.062 0.046 0.035 0.018 12 E 0.293 0.187 0.101 0.160 0.093 0.058 0.053 0.025 0.016 0.010 0.005 13 S 0.185 0.109 0.055 0.150 0.114 0.108 0.116 0.064 0.052 0.032 0.016 14 G 0.241 0.132 0.058 0.118 0.106 0.099 0.108 0.052 0.043 0.027 0.015 15 N 0.236 0.277 0.076 0.163 0.100 0.055 0.049 0.019 0.014 0.008 0.004 16 A 0.048 0.043 0.023 0.048 0.054 0.090 0.168 0.162 0.152 0.113 0.099 17 E 0.326 0.286 0.075 0.151 0.086 0.029 0.024 0.011 0.006 0.004 0.002 18 M 0.325 0.133 0.066 0.115 0.085 0.082 0.082 0.047 0.030 0.021 0.014 19 P 0.293 0.268 0.085 0.172 0.084 0.046 0.027 0.010 0.008 0.005 0.002 20 W 0.014 0.014 0.013 0.051 0.066 0.131 0.228 0.207 0.138 0.080 0.059 21 E 0.088 0.094 0.162 0.212 0.152 0.114 0.079 0.041 0.027 0.023 0.008 22 Q 0.029 0.061 0.149 0.291 0.208 0.139 0.082 0.023 0.011 0.005 0.002 23 A 0.005 0.010 0.029 0.027 0.027 0.040 0.105 0.131 0.198 0.210 0.218 24 L 0.003 0.005 0.015 0.029 0.036 0.096 0.194 0.186 0.184 0.150 0.102 25 A 0.032 0.108 0.390 0.265 0.124 0.039 0.021 0.008 0.006 0.005 0.002 26 I 0.010 0.010 0.024 0.037 0.059 0.118 0.216 0.191 0.149 0.108 0.079 27 P 0.173 0.165 0.096 0.173 0.118 0.076 0.074 0.038 0.037 0.037 0.012 28 V 0.008 0.018 0.022 0.044 0.039 0.058 0.140 0.155 0.188 0.198 0.130 29 L 0.007 0.023 0.041 0.088 0.091 0.129 0.174 0.130 0.150 0.098 0.069 30 A 0.098 0.092 0.164 0.189 0.161 0.093 0.097 0.036 0.032 0.028 0.010 31 H 0.037 0.080 0.095 0.249 0.231 0.121 0.107 0.038 0.022 0.013 0.006 32 L 0.001 0.004 0.005 0.008 0.010 0.025 0.092 0.178 0.242 0.225 0.210 33 S 0.039 0.355 0.162 0.188 0.131 0.046 0.048 0.019 0.007 0.005 0.001 34 S 0.492 0.164 0.186 0.084 0.031 0.017 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 35 T 0.809 0.070 0.059 0.038 0.009 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 36 E 0.062 0.119 0.066 0.125 0.074 0.141 0.254 0.078 0.048 0.026 0.007 37 Q 0.013 0.022 0.082 0.097 0.139 0.232 0.243 0.103 0.043 0.017 0.007 38 H 0.108 0.027 0.737 0.076 0.023 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 39 K 0.004 0.014 0.309 0.181 0.182 0.162 0.116 0.021 0.008 0.003 0.001 40 L 0.001 0.001 0.008 0.002 0.004 0.011 0.085 0.155 0.255 0.248 0.230 41 T 0.001 0.004 0.231 0.131 0.307 0.134 0.140 0.028 0.013 0.009 0.002 42 Q 0.005 0.007 0.891 0.056 0.025 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 43 M 0.001 0.004 0.042 0.027 0.036 0.171 0.457 0.108 0.091 0.045 0.018 44 A 0.001 0.001 0.007 0.003 0.004 0.010 0.079 0.112 0.280 0.242 0.261 45 A 0.004 0.009 0.280 0.174 0.264 0.114 0.095 0.031 0.017 0.010 0.003 46 R 0.003 0.015 0.414 0.141 0.201 0.098 0.092 0.025 0.008 0.003 0.001 47 F 0.002 0.004 0.030 0.012 0.011 0.044 0.251 0.132 0.206 0.195 0.114 48 L 0.005 0.004 0.024 0.016 0.018 0.050 0.204 0.174 0.229 0.133 0.142 49 Q 0.011 0.024 0.485 0.171 0.134 0.072 0.053 0.027 0.013 0.007 0.003 50 Q 0.009 0.021 0.144 0.149 0.200 0.205 0.191 0.043 0.022 0.011 0.004 51 K 0.008 0.006 0.027 0.015 0.021 0.042 0.144 0.220 0.212 0.193 0.112 52 R 0.065 0.073 0.171 0.183 0.186 0.095 0.111 0.053 0.033 0.022 0.008 53 L 0.009 0.018 0.102 0.049 0.042 0.070 0.129 0.115 0.185 0.151 0.131 54 V 0.109 0.109 0.136 0.171 0.168 0.088 0.107 0.047 0.037 0.020 0.009 55 A 0.083 0.066 0.068 0.107 0.094 0.109 0.181 0.097 0.093 0.062 0.039 56 L 0.028 0.033 0.030 0.064 0.065 0.099 0.121 0.108 0.156 0.144 0.153 57 Q 0.168 0.367 0.073 0.168 0.101 0.054 0.041 0.015 0.008 0.004 0.002 58 G 0.389 0.184 0.047 0.188 0.100 0.042 0.025 0.012 0.007 0.004 0.002 59 L 0.026 0.016 0.010 0.021 0.036 0.049 0.115 0.173 0.204 0.188 0.162 60 E 0.062 0.214 0.064 0.282 0.199 0.076 0.059 0.023 0.012 0.007 0.002 61 L 0.002 0.003 0.005 0.006 0.006 0.014 0.052 0.094 0.205 0.286 0.329 62 T 0.061 0.167 0.069 0.275 0.232 0.085 0.057 0.025 0.015 0.009 0.004 63 P 0.456 0.275 0.061 0.091 0.042 0.025 0.022 0.011 0.009 0.006 0.003 64 L 0.290 0.130 0.039 0.217 0.162 0.093 0.038 0.014 0.009 0.006 0.003 65 H 0.021 0.024 0.022 0.058 0.075 0.108 0.191 0.169 0.156 0.107 0.070 66 Q 0.008 0.039 0.067 0.198 0.263 0.132 0.129 0.074 0.049 0.029 0.011 67 A 0.001 0.003 0.023 0.014 0.021 0.036 0.106 0.161 0.232 0.232 0.171 68 R 0.004 0.017 0.088 0.204 0.265 0.136 0.160 0.060 0.038 0.021 0.007 69 I 0.001 0.002 0.013 0.009 0.009 0.021 0.076 0.128 0.255 0.251 0.234 70 A 0.002 0.003 0.027 0.027 0.028 0.051 0.153 0.119 0.218 0.197 0.176 71 M 0.001 0.002 0.026 0.017 0.021 0.050 0.152 0.182 0.261 0.156 0.131 72 L 0.002 0.005 0.048 0.046 0.069 0.167 0.276 0.177 0.119 0.060 0.031 73 F 0.001 0.003 0.029 0.012 0.014 0.038 0.117 0.142 0.245 0.256 0.143 74 C 0.001 0.001 0.009 0.005 0.007 0.014 0.058 0.127 0.234 0.264 0.280 75 L 0.002 0.004 0.023 0.014 0.021 0.040 0.108 0.172 0.234 0.232 0.149 76 P 0.003 0.007 0.035 0.022 0.030 0.057 0.172 0.201 0.198 0.170 0.104 77 V 0.004 0.006 0.020 0.017 0.018 0.028 0.105 0.125 0.213 0.243 0.222 78 L 0.005 0.005 0.011 0.016 0.020 0.046 0.127 0.157 0.229 0.204 0.179 79 E 0.035 0.067 0.094 0.182 0.180 0.124 0.126 0.084 0.052 0.034 0.022 80 L 0.018 0.021 0.026 0.044 0.060 0.107 0.205 0.189 0.141 0.120 0.068 81 G 0.169 0.189 0.100 0.186 0.118 0.064 0.060 0.034 0.033 0.030 0.016 82 I 0.048 0.028 0.024 0.074 0.076 0.132 0.184 0.130 0.130 0.097 0.076 83 E 0.226 0.191 0.124 0.192 0.119 0.054 0.040 0.021 0.016 0.012 0.006 84 W 0.032 0.062 0.043 0.125 0.108 0.112 0.162 0.125 0.104 0.076 0.051 85 L 0.011 0.013 0.014 0.036 0.036 0.077 0.142 0.133 0.199 0.163 0.177 86 D 0.241 0.252 0.133 0.187 0.092 0.039 0.028 0.011 0.008 0.005 0.002 87 G 0.188 0.177 0.081 0.224 0.138 0.087 0.059 0.022 0.014 0.007 0.004 88 F 0.023 0.010 0.009 0.024 0.030 0.043 0.091 0.121 0.203 0.202 0.243 89 H 0.026 0.089 0.045 0.183 0.187 0.183 0.161 0.059 0.037 0.020 0.010 90 E 0.037 0.080 0.110 0.219 0.185 0.117 0.107 0.063 0.046 0.023 0.012 91 V 0.002 0.002 0.005 0.008 0.014 0.026 0.082 0.177 0.243 0.228 0.211 92 L 0.006 0.015 0.020 0.048 0.048 0.066 0.152 0.159 0.194 0.170 0.122 93 I 0.001 0.004 0.013 0.013 0.014 0.025 0.066 0.128 0.209 0.296 0.230 94 Y 0.005 0.012 0.028 0.047 0.060 0.087 0.179 0.191 0.157 0.135 0.101 95 P 0.025 0.036 0.037 0.083 0.079 0.095 0.154 0.143 0.138 0.138 0.073 96 A 0.143 0.119 0.048 0.156 0.157 0.112 0.107 0.066 0.043 0.032 0.016 97 P 0.282 0.172 0.054 0.181 0.133 0.069 0.050 0.026 0.018 0.010 0.005 98 F 0.061 0.037 0.028 0.065 0.062 0.076 0.125 0.105 0.163 0.163 0.115 99 I 0.066 0.135 0.064 0.181 0.154 0.105 0.118 0.060 0.056 0.039 0.022 100 V 0.032 0.074 0.055 0.093 0.094 0.122 0.168 0.120 0.111 0.077 0.054 101 D 0.289 0.251 0.106 0.177 0.090 0.034 0.025 0.012 0.008 0.005 0.002 102 D 0.245 0.109 0.046 0.117 0.113 0.113 0.123 0.066 0.037 0.020 0.011 103 E 0.424 0.189 0.088 0.153 0.072 0.030 0.020 0.011 0.007 0.005 0.002 104 W 0.055 0.040 0.048 0.104 0.108 0.146 0.201 0.124 0.090 0.051 0.031 105 E 0.073 0.115 0.138 0.163 0.145 0.089 0.105 0.067 0.049 0.037 0.018 106 D 0.115 0.114 0.122 0.183 0.138 0.123 0.108 0.047 0.028 0.015 0.007 107 D 0.335 0.144 0.131 0.143 0.084 0.059 0.047 0.024 0.018 0.012 0.005 108 I 0.094 0.066 0.039 0.103 0.114 0.149 0.182 0.105 0.076 0.048 0.023 109 G 0.212 0.130 0.070 0.132 0.103 0.093 0.102 0.060 0.051 0.031 0.017 110 L 0.026 0.024 0.035 0.051 0.062 0.086 0.161 0.148 0.166 0.152 0.090 111 V 0.052 0.064 0.075 0.112 0.107 0.101 0.148 0.112 0.100 0.078 0.050 112 H 0.027 0.039 0.043 0.073 0.085 0.095 0.159 0.144 0.136 0.120 0.078 113 N 0.096 0.136 0.096 0.164 0.138 0.100 0.101 0.062 0.049 0.037 0.022 114 Q 0.105 0.059 0.053 0.124 0.135 0.140 0.157 0.097 0.062 0.042 0.026 115 R 0.293 0.156 0.119 0.187 0.102 0.052 0.040 0.022 0.015 0.010 0.004 116 V 0.063 0.052 0.057 0.111 0.113 0.118 0.163 0.124 0.097 0.067 0.036 117 V 0.038 0.038 0.062 0.101 0.096 0.115 0.160 0.117 0.120 0.099 0.053 118 Q 0.076 0.095 0.141 0.172 0.144 0.119 0.111 0.054 0.045 0.029 0.014 119 S 0.129 0.131 0.114 0.137 0.120 0.108 0.114 0.061 0.045 0.028 0.014 120 G 0.265 0.084 0.047 0.094 0.086 0.082 0.115 0.077 0.071 0.050 0.030 121 Q 0.081 0.068 0.047 0.101 0.102 0.114 0.148 0.113 0.110 0.072 0.043 122 S 0.115 0.119 0.090 0.185 0.134 0.100 0.109 0.053 0.046 0.029 0.019 123 W 0.046 0.029 0.029 0.059 0.070 0.084 0.152 0.148 0.143 0.121 0.119 124 Q 0.126 0.151 0.078 0.209 0.132 0.111 0.085 0.041 0.032 0.020 0.014 125 Q 0.196 0.159 0.070 0.200 0.133 0.083 0.071 0.035 0.025 0.016 0.011 126 G 0.084 0.043 0.026 0.068 0.087 0.103 0.158 0.152 0.124 0.092 0.063 127 P 0.071 0.102 0.045 0.179 0.172 0.155 0.128 0.058 0.046 0.028 0.015 128 V 0.003 0.004 0.007 0.010 0.011 0.021 0.066 0.126 0.225 0.279 0.248 129 V 0.013 0.023 0.028 0.057 0.073 0.083 0.163 0.177 0.152 0.134 0.096 130 L 0.005 0.009 0.015 0.018 0.018 0.024 0.060 0.109 0.191 0.272 0.280 131 N 0.024 0.029 0.036 0.078 0.095 0.113 0.151 0.129 0.132 0.118 0.095