# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 53.6898 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.047 0.017 0.003 0.030 0.060 0.094 0.082 0.001 0.001 0.005 0.660 2 M 0.055 0.022 0.003 0.044 0.069 0.130 0.088 0.001 0.001 0.004 0.583 3 F 0.076 0.034 0.003 0.051 0.084 0.141 0.092 0.002 0.001 0.005 0.512 4 K 0.042 0.024 0.003 0.026 0.032 0.072 0.072 0.002 0.001 0.003 0.723 5 W 0.056 0.016 0.003 0.036 0.049 0.095 0.082 0.001 0.001 0.002 0.660 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.993 7 W 0.016 0.006 0.001 0.013 0.017 0.048 0.113 0.001 0.001 0.002 0.784 8 K 0.259 0.080 0.001 0.023 0.023 0.031 0.108 0.001 0.001 0.008 0.466 9 A 0.165 0.183 0.003 0.023 0.023 0.041 0.046 0.003 0.001 0.004 0.508 10 D 0.092 0.206 0.004 0.025 0.028 0.051 0.086 0.003 0.001 0.004 0.501 11 D 0.098 0.161 0.003 0.020 0.025 0.038 0.063 0.005 0.001 0.006 0.582 12 E 0.109 0.234 0.006 0.013 0.022 0.031 0.127 0.010 0.001 0.007 0.439 13 S 0.259 0.206 0.009 0.012 0.010 0.020 0.190 0.015 0.001 0.010 0.268 14 G 0.354 0.239 0.015 0.014 0.017 0.022 0.060 0.020 0.001 0.012 0.248 15 N 0.084 0.064 0.027 0.014 0.009 0.013 0.067 0.016 0.001 0.007 0.699 16 A 0.141 0.050 0.045 0.038 0.029 0.041 0.089 0.006 0.001 0.007 0.554 17 E 0.047 0.017 0.005 0.014 0.007 0.018 0.101 0.003 0.001 0.004 0.784 18 M 0.080 0.012 0.004 0.022 0.009 0.016 0.126 0.002 0.001 0.004 0.725 19 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.987 20 W 0.009 0.003 0.001 0.009 0.004 0.018 0.095 0.001 0.001 0.001 0.862 21 E 0.133 0.081 0.001 0.022 0.014 0.026 0.134 0.001 0.001 0.009 0.579 22 Q 0.137 0.269 0.001 0.012 0.024 0.031 0.099 0.001 0.001 0.005 0.420 23 A 0.167 0.585 0.003 0.011 0.020 0.025 0.025 0.002 0.001 0.002 0.161 24 L 0.063 0.688 0.002 0.008 0.043 0.046 0.019 0.003 0.001 0.001 0.128 25 A 0.135 0.431 0.010 0.008 0.016 0.049 0.036 0.017 0.001 0.002 0.295 26 I 0.200 0.410 0.015 0.017 0.030 0.036 0.024 0.011 0.001 0.001 0.256 27 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.991 28 V 0.013 0.122 0.009 0.031 0.056 0.175 0.063 0.002 0.001 0.001 0.530 29 L 0.081 0.585 0.002 0.027 0.061 0.056 0.022 0.001 0.001 0.003 0.162 30 A 0.124 0.580 0.001 0.011 0.033 0.026 0.021 0.009 0.001 0.002 0.192 31 H 0.447 0.388 0.002 0.010 0.007 0.012 0.016 0.030 0.001 0.001 0.088 32 L 0.659 0.185 0.017 0.011 0.007 0.011 0.014 0.025 0.001 0.001 0.070 33 S 0.047 0.058 0.077 0.007 0.006 0.008 0.183 0.015 0.001 0.004 0.595 34 S 0.003 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.003 0.964 35 T 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.342 0.001 0.001 0.001 0.651 36 E 0.091 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.762 0.001 0.001 0.008 0.129 37 Q 0.218 0.559 0.003 0.003 0.001 0.002 0.050 0.001 0.001 0.003 0.160 38 H 0.017 0.835 0.004 0.003 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.126 39 K 0.014 0.872 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.096 40 L 0.013 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.036 41 T 0.006 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.032 42 Q 0.007 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.044 43 M 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 44 A 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 45 A 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 46 R 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 47 F 0.013 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.006 48 L 0.014 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.005 49 Q 0.047 0.862 0.008 0.002 0.003 0.002 0.003 0.029 0.001 0.001 0.042 50 Q 0.220 0.580 0.025 0.008 0.003 0.004 0.009 0.065 0.001 0.001 0.086 51 K 0.266 0.416 0.066 0.026 0.010 0.010 0.017 0.042 0.001 0.002 0.146 52 R 0.079 0.090 0.188 0.090 0.027 0.019 0.083 0.022 0.001 0.003 0.398 53 L 0.048 0.060 0.076 0.225 0.067 0.071 0.039 0.005 0.001 0.003 0.406 54 V 0.027 0.034 0.004 0.513 0.116 0.144 0.031 0.002 0.001 0.003 0.127 55 A 0.010 0.016 0.002 0.141 0.061 0.078 0.057 0.004 0.001 0.001 0.631 56 L 0.018 0.018 0.001 0.464 0.116 0.209 0.028 0.001 0.001 0.003 0.142 57 Q 0.020 0.016 0.001 0.123 0.092 0.135 0.141 0.002 0.001 0.009 0.459 58 G 0.072 0.008 0.004 0.103 0.043 0.058 0.137 0.004 0.001 0.034 0.535 59 L 0.189 0.013 0.022 0.097 0.096 0.087 0.155 0.002 0.001 0.008 0.331 60 E 0.094 0.008 0.003 0.208 0.149 0.199 0.079 0.001 0.001 0.010 0.248 61 L 0.028 0.009 0.015 0.068 0.063 0.102 0.094 0.001 0.001 0.004 0.614 62 T 0.045 0.008 0.002 0.172 0.069 0.192 0.242 0.001 0.001 0.004 0.265 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.993 64 L 0.001 0.005 0.001 0.008 0.004 0.015 0.412 0.001 0.001 0.004 0.552 65 H 0.125 0.047 0.001 0.002 0.001 0.002 0.612 0.001 0.001 0.014 0.197 66 Q 0.068 0.861 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.055 67 A 0.003 0.961 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.027 68 R 0.002 0.977 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 69 I 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 70 A 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 71 M 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 72 L 0.031 0.942 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.015 73 F 0.026 0.920 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.030 74 C 0.047 0.820 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.062 75 L 0.029 0.871 0.022 0.004 0.003 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.059 76 P 0.005 0.296 0.003 0.002 0.002 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.676 77 V 0.056 0.749 0.008 0.008 0.005 0.011 0.006 0.015 0.001 0.001 0.140 78 L 0.064 0.837 0.003 0.011 0.015 0.006 0.006 0.005 0.001 0.001 0.053 79 E 0.107 0.639 0.009 0.009 0.015 0.012 0.027 0.022 0.001 0.001 0.159 80 L 0.235 0.467 0.023 0.020 0.008 0.011 0.023 0.024 0.001 0.003 0.187 81 G 0.145 0.148 0.031 0.017 0.010 0.017 0.090 0.031 0.001 0.006 0.505 82 I 0.124 0.043 0.112 0.024 0.011 0.022 0.095 0.004 0.001 0.004 0.563 83 E 0.023 0.044 0.009 0.030 0.016 0.020 0.273 0.003 0.001 0.005 0.576 84 W 0.138 0.090 0.008 0.035 0.023 0.039 0.204 0.004 0.001 0.006 0.452 85 L 0.150 0.411 0.006 0.067 0.043 0.081 0.054 0.007 0.001 0.003 0.177 86 D 0.075 0.205 0.004 0.031 0.041 0.048 0.076 0.010 0.001 0.014 0.497 87 G 0.234 0.060 0.010 0.028 0.023 0.033 0.063 0.024 0.001 0.022 0.504 88 F 0.443 0.044 0.071 0.051 0.027 0.053 0.138 0.011 0.001 0.007 0.155 89 H 0.118 0.026 0.015 0.216 0.140 0.135 0.062 0.005 0.001 0.024 0.260 90 E 0.021 0.006 0.022 0.333 0.099 0.115 0.088 0.002 0.001 0.004 0.310 91 V 0.010 0.002 0.002 0.698 0.116 0.098 0.014 0.001 0.001 0.001 0.058 92 L 0.001 0.001 0.001 0.718 0.091 0.155 0.006 0.001 0.001 0.001 0.028 93 I 0.001 0.001 0.001 0.750 0.055 0.144 0.006 0.001 0.001 0.002 0.042 94 Y 0.002 0.001 0.001 0.742 0.073 0.112 0.008 0.001 0.001 0.001 0.060 95 P 0.001 0.001 0.001 0.027 0.009 0.023 0.024 0.001 0.001 0.001 0.916 96 A 0.004 0.001 0.001 0.135 0.055 0.120 0.157 0.001 0.001 0.002 0.526 97 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.987 98 F 0.056 0.002 0.001 0.067 0.063 0.109 0.101 0.001 0.001 0.008 0.594 99 I 0.181 0.010 0.001 0.047 0.077 0.109 0.059 0.001 0.001 0.005 0.512 100 V 0.064 0.015 0.002 0.053 0.129 0.173 0.069 0.001 0.001 0.003 0.492 101 D 0.033 0.005 0.001 0.014 0.046 0.091 0.064 0.001 0.001 0.001 0.744 102 D 0.017 0.005 0.001 0.016 0.032 0.070 0.102 0.001 0.001 0.005 0.752 103 E 0.058 0.006 0.002 0.015 0.015 0.026 0.329 0.001 0.001 0.008 0.539 104 W 0.147 0.038 0.004 0.023 0.037 0.064 0.213 0.002 0.001 0.015 0.458 105 E 0.100 0.125 0.005 0.031 0.054 0.093 0.170 0.005 0.001 0.006 0.411 106 D 0.083 0.120 0.003 0.031 0.116 0.147 0.076 0.007 0.001 0.007 0.410 107 D 0.193 0.098 0.006 0.034 0.060 0.091 0.104 0.009 0.001 0.013 0.392 108 I 0.164 0.111 0.014 0.018 0.024 0.031 0.447 0.006 0.001 0.018 0.167 109 G 0.419 0.049 0.008 0.034 0.036 0.042 0.042 0.012 0.001 0.211 0.145 110 L 0.080 0.023 0.302 0.045 0.034 0.033 0.211 0.005 0.001 0.004 0.263 111 V 0.022 0.008 0.008 0.129 0.116 0.175 0.149 0.001 0.001 0.004 0.387 112 H 0.013 0.016 0.001 0.063 0.190 0.408 0.056 0.001 0.001 0.002 0.250 113 N 0.013 0.036 0.001 0.090 0.081 0.151 0.086 0.001 0.001 0.004 0.537 114 Q 0.066 0.037 0.002 0.070 0.048 0.117 0.140 0.002 0.001 0.008 0.510 115 R 0.067 0.058 0.003 0.036 0.062 0.092 0.235 0.002 0.001 0.010 0.437 116 V 0.048 0.077 0.005 0.028 0.054 0.075 0.113 0.003 0.001 0.004 0.594 117 V 0.051 0.184 0.005 0.037 0.131 0.177 0.046 0.002 0.001 0.003 0.364 118 Q 0.042 0.315 0.003 0.024 0.202 0.170 0.070 0.003 0.001 0.003 0.168 119 S 0.107 0.339 0.003 0.018 0.064 0.088 0.061 0.009 0.001 0.005 0.305 120 G 0.327 0.193 0.008 0.020 0.028 0.084 0.022 0.019 0.001 0.012 0.287 121 Q 0.278 0.153 0.112 0.027 0.047 0.056 0.126 0.008 0.001 0.005 0.189 122 S 0.030 0.080 0.010 0.025 0.081 0.069 0.089 0.006 0.001 0.003 0.608 123 W 0.051 0.081 0.005 0.036 0.087 0.229 0.041 0.004 0.001 0.003 0.463 124 Q 0.127 0.096 0.005 0.042 0.070 0.118 0.136 0.010 0.001 0.007 0.390 125 Q 0.269 0.037 0.007 0.024 0.026 0.058 0.105 0.015 0.001 0.014 0.443 126 G 0.342 0.016 0.020 0.062 0.046 0.061 0.051 0.008 0.001 0.014 0.378 127 P 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.958 128 V 0.007 0.001 0.003 0.198 0.156 0.188 0.065 0.001 0.001 0.001 0.381 129 V 0.028 0.002 0.001 0.369 0.123 0.318 0.021 0.001 0.001 0.002 0.137 130 L 0.018 0.004 0.001 0.468 0.132 0.192 0.031 0.001 0.001 0.004 0.150 131 N 0.013 0.004 0.001 0.311 0.117 0.173 0.080 0.001 0.001 0.003 0.297