# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 53.6898 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.214 0.257 0.210 0.120 0.078 0.043 0.041 0.007 0.025 0.004 0.001 2 M 0.221 0.315 0.261 0.094 0.040 0.034 0.012 0.002 0.019 0.001 0.001 3 F 0.173 0.330 0.304 0.062 0.051 0.042 0.011 0.001 0.023 0.002 0.001 4 K 0.188 0.247 0.299 0.096 0.048 0.071 0.013 0.002 0.031 0.002 0.002 5 W 0.054 0.186 0.442 0.010 0.052 0.037 0.007 0.001 0.208 0.003 0.001 6 P 0.546 0.005 0.391 0.018 0.002 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 7 W 0.627 0.076 0.102 0.135 0.018 0.018 0.009 0.005 0.007 0.002 0.001 8 K 0.483 0.153 0.133 0.129 0.039 0.033 0.012 0.002 0.014 0.002 0.001 9 A 0.494 0.121 0.131 0.150 0.031 0.028 0.023 0.003 0.014 0.003 0.001 10 D 0.279 0.098 0.164 0.218 0.038 0.072 0.071 0.007 0.047 0.005 0.001 11 D 0.526 0.053 0.187 0.119 0.016 0.036 0.028 0.009 0.019 0.005 0.001 12 E 0.654 0.047 0.101 0.144 0.010 0.020 0.012 0.002 0.006 0.002 0.001 13 S 0.323 0.070 0.130 0.363 0.032 0.018 0.036 0.006 0.014 0.008 0.001 14 G 0.200 0.044 0.133 0.054 0.134 0.012 0.127 0.101 0.011 0.184 0.001 15 N 0.185 0.081 0.390 0.185 0.025 0.057 0.037 0.008 0.021 0.005 0.006 16 A 0.093 0.233 0.502 0.046 0.036 0.030 0.012 0.002 0.038 0.005 0.002 17 E 0.180 0.048 0.608 0.054 0.010 0.055 0.006 0.002 0.016 0.002 0.019 18 M 0.080 0.095 0.660 0.010 0.035 0.026 0.004 0.001 0.080 0.006 0.002 19 P 0.629 0.004 0.295 0.019 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 20 W 0.873 0.017 0.036 0.050 0.007 0.007 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 21 E 0.935 0.010 0.018 0.024 0.004 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 22 Q 0.927 0.016 0.016 0.027 0.002 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 23 A 0.920 0.017 0.015 0.037 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 24 L 0.772 0.045 0.046 0.096 0.009 0.018 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 25 A 0.639 0.048 0.059 0.153 0.017 0.035 0.040 0.002 0.007 0.001 0.001 26 I 0.380 0.120 0.212 0.014 0.017 0.034 0.010 0.001 0.214 0.001 0.001 27 P 0.797 0.002 0.160 0.014 0.001 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 28 V 0.884 0.033 0.018 0.044 0.005 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 29 L 0.912 0.023 0.027 0.017 0.005 0.009 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 30 A 0.848 0.008 0.031 0.090 0.003 0.008 0.007 0.001 0.002 0.001 0.002 31 H 0.416 0.033 0.045 0.363 0.011 0.023 0.088 0.008 0.011 0.001 0.001 32 L 0.087 0.073 0.537 0.263 0.004 0.011 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 33 S 0.093 0.049 0.717 0.019 0.036 0.030 0.018 0.001 0.028 0.008 0.001 34 S 0.916 0.002 0.064 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 35 T 0.974 0.002 0.006 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.976 0.002 0.002 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 Q 0.993 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 H 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 K 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 F 0.985 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 L 0.952 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 Q 0.919 0.002 0.003 0.069 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 50 Q 0.739 0.008 0.010 0.217 0.003 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 51 K 0.529 0.065 0.185 0.201 0.005 0.006 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 52 R 0.375 0.225 0.122 0.104 0.034 0.060 0.052 0.001 0.025 0.001 0.001 53 L 0.097 0.565 0.195 0.067 0.027 0.026 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 54 V 0.133 0.585 0.126 0.034 0.051 0.048 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 55 A 0.226 0.238 0.208 0.054 0.131 0.073 0.022 0.011 0.023 0.013 0.001 56 L 0.287 0.333 0.180 0.111 0.035 0.024 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 57 Q 0.198 0.088 0.159 0.299 0.077 0.018 0.124 0.012 0.013 0.012 0.001 58 G 0.029 0.011 0.031 0.027 0.078 0.007 0.161 0.557 0.004 0.094 0.001 59 L 0.043 0.491 0.346 0.043 0.032 0.015 0.010 0.001 0.017 0.001 0.001 60 E 0.033 0.465 0.341 0.014 0.024 0.080 0.008 0.001 0.030 0.001 0.004 61 L 0.034 0.261 0.538 0.050 0.012 0.071 0.002 0.001 0.029 0.001 0.002 62 T 0.029 0.166 0.543 0.006 0.058 0.033 0.002 0.001 0.158 0.004 0.001 63 P 0.903 0.001 0.073 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 64 L 0.868 0.018 0.020 0.082 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 H 0.901 0.027 0.021 0.037 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 66 Q 0.911 0.040 0.030 0.006 0.003 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 67 A 0.931 0.038 0.017 0.005 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 R 0.938 0.028 0.004 0.002 0.002 0.021 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 69 I 0.972 0.013 0.002 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.981 0.005 0.001 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 M 0.956 0.010 0.002 0.019 0.001 0.008 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 72 L 0.937 0.024 0.002 0.030 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 F 0.880 0.033 0.009 0.047 0.017 0.008 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 74 C 0.905 0.018 0.015 0.038 0.002 0.015 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 75 L 0.727 0.033 0.032 0.018 0.008 0.047 0.010 0.001 0.124 0.001 0.001 76 P 0.832 0.004 0.075 0.076 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 77 V 0.685 0.060 0.060 0.143 0.006 0.030 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 78 L 0.624 0.073 0.104 0.144 0.018 0.018 0.011 0.001 0.008 0.001 0.001 79 E 0.440 0.127 0.081 0.254 0.037 0.022 0.023 0.002 0.014 0.001 0.001 80 L 0.281 0.065 0.252 0.310 0.017 0.029 0.029 0.001 0.016 0.001 0.001 81 G 0.146 0.009 0.057 0.038 0.104 0.010 0.067 0.271 0.005 0.293 0.001 82 I 0.688 0.051 0.183 0.048 0.011 0.010 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 83 E 0.738 0.059 0.072 0.068 0.019 0.027 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 84 W 0.673 0.102 0.067 0.091 0.026 0.023 0.008 0.002 0.006 0.001 0.001 85 L 0.532 0.174 0.151 0.050 0.012 0.025 0.008 0.001 0.047 0.001 0.001 86 D 0.436 0.021 0.169 0.202 0.010 0.040 0.092 0.004 0.021 0.001 0.005 87 G 0.050 0.004 0.013 0.052 0.023 0.006 0.160 0.641 0.002 0.052 0.001 88 F 0.154 0.139 0.433 0.217 0.018 0.016 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 89 H 0.190 0.320 0.230 0.098 0.098 0.017 0.029 0.004 0.008 0.005 0.002 90 E 0.041 0.621 0.182 0.039 0.072 0.018 0.009 0.001 0.016 0.001 0.001 91 V 0.004 0.906 0.059 0.003 0.022 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 92 L 0.010 0.618 0.266 0.004 0.018 0.052 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 93 I 0.010 0.598 0.249 0.016 0.013 0.059 0.002 0.001 0.051 0.001 0.001 94 Y 0.002 0.402 0.298 0.001 0.054 0.015 0.001 0.001 0.225 0.001 0.001 95 P 0.062 0.004 0.810 0.006 0.001 0.025 0.001 0.001 0.002 0.001 0.087 96 A 0.074 0.151 0.532 0.030 0.070 0.018 0.010 0.005 0.097 0.010 0.002 97 P 0.371 0.010 0.511 0.039 0.005 0.010 0.003 0.002 0.003 0.001 0.044 98 F 0.128 0.334 0.249 0.134 0.056 0.024 0.040 0.014 0.018 0.002 0.001 99 I 0.036 0.608 0.264 0.031 0.025 0.022 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 100 V 0.043 0.562 0.281 0.020 0.038 0.028 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 101 D 0.149 0.139 0.356 0.107 0.058 0.097 0.031 0.004 0.049 0.005 0.004 102 D 0.303 0.104 0.146 0.206 0.062 0.042 0.073 0.029 0.024 0.009 0.001 103 E 0.277 0.285 0.206 0.117 0.041 0.030 0.018 0.005 0.016 0.003 0.001 104 W 0.200 0.339 0.237 0.080 0.056 0.047 0.013 0.002 0.023 0.002 0.001 105 E 0.312 0.257 0.237 0.088 0.038 0.033 0.009 0.001 0.020 0.003 0.001 106 D 0.320 0.115 0.224 0.160 0.051 0.042 0.044 0.007 0.028 0.009 0.001 107 D 0.440 0.091 0.098 0.180 0.039 0.040 0.061 0.026 0.014 0.010 0.001 108 I 0.278 0.108 0.160 0.380 0.020 0.009 0.031 0.001 0.010 0.001 0.001 109 G 0.027 0.016 0.037 0.011 0.162 0.005 0.100 0.511 0.004 0.127 0.001 110 L 0.056 0.443 0.399 0.018 0.029 0.032 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 111 V 0.041 0.571 0.290 0.020 0.015 0.043 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 112 H 0.088 0.473 0.228 0.038 0.108 0.039 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 113 N 0.271 0.187 0.213 0.104 0.094 0.071 0.025 0.006 0.024 0.005 0.002 114 Q 0.441 0.194 0.150 0.096 0.046 0.027 0.022 0.004 0.017 0.003 0.001 115 R 0.446 0.191 0.136 0.068 0.070 0.037 0.026 0.005 0.019 0.002 0.001 116 V 0.395 0.308 0.155 0.044 0.038 0.041 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 117 V 0.412 0.312 0.165 0.029 0.016 0.043 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 118 Q 0.496 0.153 0.095 0.121 0.026 0.071 0.011 0.001 0.025 0.001 0.001 119 S 0.145 0.119 0.081 0.448 0.086 0.012 0.086 0.004 0.015 0.003 0.001 120 G 0.032 0.012 0.047 0.013 0.130 0.007 0.128 0.437 0.004 0.190 0.001 121 Q 0.148 0.316 0.358 0.047 0.037 0.061 0.006 0.001 0.026 0.001 0.001 122 S 0.169 0.389 0.237 0.054 0.082 0.047 0.004 0.001 0.012 0.004 0.001 123 W 0.420 0.167 0.146 0.112 0.090 0.028 0.009 0.005 0.013 0.008 0.001 124 Q 0.299 0.131 0.117 0.313 0.032 0.022 0.059 0.005 0.016 0.005 0.001 125 Q 0.073 0.070 0.082 0.540 0.042 0.021 0.131 0.019 0.017 0.005 0.001 126 G 0.011 0.094 0.255 0.004 0.267 0.003 0.033 0.069 0.029 0.234 0.001 127 P 0.056 0.013 0.874 0.006 0.003 0.017 0.002 0.001 0.003 0.001 0.027 128 V 0.020 0.746 0.164 0.012 0.028 0.016 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 129 V 0.027 0.520 0.321 0.013 0.031 0.058 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 130 L 0.068 0.430 0.299 0.078 0.041 0.049 0.005 0.001 0.025 0.001 0.002 131 N 0.051 0.290 0.229 0.097 0.116 0.074 0.043 0.005 0.085 0.009 0.001