# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 53.6898 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.241 0.121 0.121 0.125 0.119 0.102 0.072 0.041 0.026 0.016 0.010 0.004 0.001 0.001 2 M 0.155 0.103 0.117 0.137 0.153 0.116 0.093 0.056 0.036 0.018 0.010 0.004 0.001 0.001 3 F 0.189 0.109 0.107 0.142 0.135 0.114 0.084 0.055 0.029 0.022 0.010 0.004 0.001 0.001 4 K 0.361 0.184 0.143 0.105 0.085 0.046 0.033 0.019 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 5 W 0.142 0.080 0.114 0.148 0.161 0.129 0.091 0.065 0.031 0.024 0.009 0.003 0.001 0.001 6 P 0.199 0.110 0.132 0.148 0.158 0.095 0.065 0.044 0.026 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 7 W 0.236 0.107 0.117 0.153 0.141 0.093 0.057 0.049 0.022 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 8 K 0.360 0.165 0.116 0.135 0.106 0.051 0.027 0.017 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 9 A 0.301 0.133 0.134 0.152 0.122 0.073 0.038 0.024 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 10 D 0.414 0.160 0.127 0.123 0.090 0.042 0.020 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.421 0.154 0.137 0.117 0.082 0.046 0.021 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.492 0.168 0.108 0.098 0.068 0.033 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 S 0.358 0.176 0.145 0.124 0.089 0.051 0.029 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 14 G 0.448 0.163 0.102 0.106 0.082 0.049 0.024 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 15 N 0.323 0.188 0.172 0.122 0.091 0.049 0.029 0.014 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 16 A 0.086 0.048 0.066 0.130 0.186 0.202 0.131 0.075 0.039 0.025 0.008 0.002 0.001 0.001 17 E 0.247 0.204 0.195 0.143 0.102 0.053 0.031 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 18 M 0.436 0.173 0.136 0.101 0.071 0.043 0.019 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 19 P 0.167 0.141 0.137 0.171 0.170 0.102 0.056 0.032 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 20 W 0.032 0.032 0.053 0.136 0.189 0.195 0.140 0.120 0.066 0.029 0.006 0.001 0.001 0.001 21 E 0.269 0.250 0.182 0.135 0.083 0.043 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 22 Q 0.289 0.240 0.201 0.125 0.075 0.038 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.033 0.026 0.041 0.116 0.185 0.192 0.178 0.154 0.051 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 24 L 0.033 0.042 0.079 0.124 0.164 0.201 0.190 0.100 0.039 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 25 A 0.325 0.243 0.166 0.098 0.076 0.043 0.026 0.013 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 26 I 0.084 0.102 0.151 0.178 0.186 0.136 0.084 0.034 0.021 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 27 P 0.136 0.081 0.107 0.139 0.160 0.152 0.104 0.056 0.039 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 28 V 0.055 0.055 0.064 0.128 0.188 0.174 0.125 0.087 0.072 0.027 0.015 0.006 0.002 0.001 29 L 0.081 0.070 0.079 0.143 0.141 0.159 0.118 0.084 0.064 0.029 0.021 0.007 0.003 0.001 30 A 0.390 0.250 0.156 0.092 0.049 0.031 0.017 0.007 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 31 H 0.364 0.189 0.166 0.104 0.088 0.043 0.023 0.011 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 32 L 0.083 0.065 0.109 0.210 0.219 0.152 0.088 0.041 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 33 S 0.485 0.229 0.142 0.081 0.037 0.014 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 S 0.767 0.156 0.046 0.021 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 T 0.721 0.218 0.045 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.497 0.243 0.140 0.056 0.041 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 Q 0.310 0.202 0.158 0.156 0.118 0.035 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 H 0.769 0.163 0.044 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 K 0.227 0.210 0.197 0.167 0.133 0.042 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.017 0.011 0.025 0.087 0.174 0.224 0.212 0.169 0.059 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 41 T 0.128 0.170 0.216 0.203 0.148 0.080 0.035 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.596 0.251 0.097 0.030 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.028 0.048 0.093 0.175 0.228 0.190 0.138 0.082 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 44 A 0.007 0.009 0.025 0.061 0.147 0.204 0.266 0.172 0.078 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 45 A 0.096 0.138 0.145 0.197 0.194 0.122 0.056 0.028 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 46 R 0.304 0.241 0.176 0.127 0.072 0.040 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 47 F 0.033 0.032 0.060 0.162 0.221 0.197 0.145 0.081 0.045 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 48 L 0.028 0.034 0.068 0.134 0.198 0.193 0.161 0.100 0.055 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 49 Q 0.359 0.217 0.164 0.108 0.069 0.041 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 50 Q 0.183 0.149 0.147 0.177 0.164 0.084 0.041 0.020 0.017 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 51 K 0.087 0.069 0.094 0.164 0.186 0.156 0.101 0.064 0.043 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 52 R 0.068 0.071 0.091 0.152 0.209 0.143 0.100 0.076 0.051 0.025 0.008 0.004 0.001 0.001 53 L 0.048 0.029 0.042 0.082 0.115 0.147 0.131 0.134 0.104 0.080 0.048 0.024 0.012 0.004 54 V 0.092 0.082 0.118 0.179 0.148 0.122 0.090 0.060 0.051 0.025 0.016 0.010 0.004 0.002 55 A 0.071 0.041 0.045 0.085 0.114 0.122 0.109 0.124 0.131 0.079 0.044 0.023 0.008 0.004 56 L 0.043 0.051 0.055 0.100 0.139 0.150 0.122 0.137 0.099 0.051 0.029 0.012 0.009 0.002 57 Q 0.208 0.160 0.155 0.147 0.104 0.075 0.066 0.031 0.019 0.013 0.014 0.004 0.002 0.002 58 G 0.158 0.123 0.205 0.124 0.160 0.094 0.064 0.024 0.026 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 59 L 0.081 0.042 0.054 0.111 0.162 0.188 0.118 0.086 0.063 0.051 0.024 0.009 0.008 0.002 60 E 0.106 0.123 0.116 0.202 0.192 0.092 0.079 0.047 0.026 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 61 L 0.050 0.027 0.039 0.078 0.114 0.174 0.135 0.152 0.101 0.082 0.030 0.011 0.006 0.001 62 T 0.142 0.140 0.164 0.194 0.163 0.095 0.049 0.024 0.017 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 63 P 0.187 0.127 0.144 0.162 0.141 0.087 0.059 0.039 0.025 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 64 L 0.079 0.108 0.104 0.184 0.184 0.131 0.085 0.064 0.037 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 65 H 0.058 0.069 0.088 0.120 0.108 0.158 0.155 0.131 0.061 0.026 0.017 0.004 0.003 0.001 66 Q 0.025 0.037 0.057 0.114 0.196 0.186 0.157 0.123 0.058 0.028 0.010 0.006 0.002 0.001 67 A 0.034 0.021 0.031 0.044 0.057 0.122 0.170 0.164 0.159 0.076 0.064 0.030 0.022 0.006 68 R 0.030 0.034 0.052 0.096 0.135 0.188 0.196 0.116 0.076 0.038 0.016 0.012 0.006 0.004 69 I 0.019 0.013 0.018 0.024 0.039 0.096 0.133 0.192 0.201 0.114 0.080 0.037 0.028 0.007 70 A 0.014 0.014 0.025 0.057 0.101 0.194 0.245 0.188 0.092 0.042 0.014 0.009 0.005 0.003 71 M 0.022 0.033 0.052 0.067 0.123 0.175 0.201 0.138 0.101 0.049 0.023 0.009 0.004 0.002 72 L 0.014 0.029 0.051 0.104 0.150 0.195 0.224 0.173 0.038 0.015 0.003 0.002 0.001 0.001 73 F 0.009 0.015 0.038 0.051 0.087 0.154 0.301 0.279 0.044 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 74 C 0.010 0.016 0.041 0.070 0.140 0.180 0.244 0.216 0.059 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 75 L 0.040 0.068 0.105 0.139 0.196 0.171 0.137 0.094 0.031 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 76 P 0.047 0.054 0.096 0.157 0.181 0.164 0.150 0.094 0.035 0.017 0.003 0.002 0.001 0.001 77 V 0.031 0.027 0.052 0.115 0.156 0.188 0.217 0.136 0.051 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 78 L 0.057 0.048 0.087 0.108 0.152 0.217 0.170 0.083 0.045 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 79 E 0.218 0.155 0.130 0.168 0.158 0.085 0.039 0.022 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 80 L 0.133 0.094 0.111 0.183 0.167 0.145 0.081 0.040 0.024 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 81 G 0.236 0.133 0.113 0.143 0.143 0.111 0.054 0.027 0.029 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 82 I 0.196 0.150 0.147 0.192 0.142 0.076 0.043 0.024 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 83 E 0.542 0.214 0.132 0.059 0.026 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 W 0.206 0.135 0.157 0.147 0.155 0.105 0.048 0.022 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 85 L 0.064 0.064 0.082 0.167 0.239 0.166 0.106 0.059 0.033 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 86 D 0.228 0.255 0.183 0.156 0.087 0.040 0.027 0.014 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 87 G 0.190 0.185 0.210 0.128 0.106 0.082 0.049 0.022 0.015 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 88 F 0.016 0.022 0.041 0.100 0.183 0.184 0.152 0.134 0.074 0.050 0.025 0.010 0.006 0.002 89 H 0.024 0.039 0.054 0.101 0.110 0.132 0.197 0.123 0.091 0.058 0.038 0.019 0.009 0.005 90 E 0.011 0.013 0.025 0.043 0.080 0.109 0.130 0.150 0.159 0.122 0.086 0.040 0.017 0.014 91 V 0.003 0.002 0.004 0.008 0.015 0.031 0.042 0.083 0.129 0.141 0.211 0.155 0.121 0.054 92 L 0.003 0.003 0.004 0.012 0.019 0.030 0.054 0.081 0.139 0.179 0.136 0.184 0.088 0.069 93 I 0.002 0.002 0.002 0.006 0.009 0.019 0.042 0.137 0.175 0.185 0.198 0.136 0.065 0.021 94 Y 0.005 0.007 0.011 0.023 0.037 0.075 0.094 0.165 0.157 0.131 0.152 0.074 0.045 0.025 95 P 0.015 0.023 0.028 0.049 0.090 0.107 0.126 0.114 0.131 0.119 0.092 0.061 0.023 0.023 96 A 0.031 0.049 0.080 0.102 0.149 0.126 0.133 0.111 0.095 0.065 0.036 0.014 0.006 0.004 97 P 0.059 0.088 0.113 0.129 0.155 0.146 0.108 0.076 0.062 0.033 0.021 0.006 0.003 0.002 98 F 0.061 0.054 0.069 0.111 0.150 0.169 0.137 0.097 0.065 0.046 0.025 0.010 0.005 0.002 99 I 0.095 0.094 0.116 0.157 0.180 0.112 0.104 0.065 0.044 0.019 0.009 0.004 0.001 0.001 100 V 0.120 0.084 0.098 0.139 0.146 0.140 0.097 0.082 0.045 0.029 0.015 0.004 0.002 0.001 101 D 0.317 0.190 0.170 0.119 0.099 0.046 0.025 0.015 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 102 D 0.340 0.144 0.125 0.142 0.116 0.058 0.029 0.020 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 103 E 0.368 0.187 0.138 0.131 0.096 0.039 0.019 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 104 W 0.222 0.122 0.134 0.182 0.140 0.096 0.048 0.029 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 105 E 0.415 0.176 0.141 0.109 0.083 0.037 0.018 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 106 D 0.409 0.174 0.123 0.122 0.080 0.043 0.021 0.013 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 107 D 0.380 0.211 0.131 0.098 0.084 0.044 0.023 0.013 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 108 I 0.112 0.083 0.100 0.161 0.172 0.132 0.089 0.066 0.036 0.027 0.015 0.004 0.002 0.001 109 G 0.198 0.130 0.119 0.119 0.119 0.106 0.085 0.051 0.035 0.016 0.013 0.005 0.002 0.001 110 L 0.046 0.033 0.047 0.092 0.145 0.164 0.122 0.106 0.086 0.079 0.048 0.020 0.009 0.004 111 V 0.073 0.062 0.073 0.121 0.135 0.126 0.125 0.096 0.078 0.047 0.034 0.020 0.006 0.003 112 H 0.091 0.057 0.070 0.099 0.111 0.139 0.112 0.096 0.084 0.065 0.043 0.021 0.009 0.003 113 N 0.142 0.102 0.109 0.131 0.138 0.100 0.085 0.069 0.059 0.030 0.021 0.010 0.003 0.002 114 Q 0.140 0.096 0.111 0.128 0.124 0.116 0.088 0.072 0.050 0.039 0.023 0.008 0.003 0.001 115 R 0.304 0.177 0.150 0.114 0.097 0.061 0.039 0.024 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 116 V 0.160 0.116 0.128 0.149 0.159 0.101 0.072 0.050 0.031 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 117 V 0.121 0.091 0.106 0.139 0.161 0.137 0.099 0.068 0.038 0.024 0.010 0.004 0.001 0.001 118 Q 0.183 0.123 0.137 0.141 0.136 0.101 0.067 0.049 0.029 0.018 0.010 0.004 0.001 0.001 119 S 0.175 0.093 0.098 0.128 0.139 0.114 0.086 0.070 0.047 0.028 0.013 0.007 0.002 0.001 120 G 0.110 0.090 0.093 0.140 0.155 0.128 0.090 0.080 0.055 0.032 0.016 0.006 0.003 0.001 121 Q 0.205 0.162 0.139 0.164 0.120 0.083 0.052 0.034 0.020 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 122 S 0.242 0.170 0.162 0.143 0.108 0.072 0.045 0.023 0.019 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 123 W 0.078 0.068 0.103 0.153 0.167 0.170 0.117 0.069 0.040 0.020 0.010 0.003 0.001 0.001 124 Q 0.208 0.193 0.169 0.143 0.111 0.074 0.045 0.030 0.014 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 125 Q 0.200 0.156 0.149 0.136 0.133 0.086 0.053 0.040 0.022 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 126 G 0.111 0.104 0.105 0.141 0.156 0.119 0.095 0.063 0.049 0.026 0.018 0.008 0.003 0.002 127 P 0.049 0.049 0.066 0.096 0.136 0.145 0.136 0.120 0.090 0.052 0.035 0.015 0.008 0.005 128 V 0.029 0.016 0.023 0.040 0.067 0.107 0.117 0.136 0.135 0.121 0.090 0.062 0.039 0.018 129 V 0.032 0.017 0.023 0.046 0.075 0.093 0.110 0.105 0.125 0.120 0.104 0.082 0.044 0.024 130 L 0.031 0.015 0.018 0.034 0.046 0.077 0.094 0.096 0.128 0.141 0.145 0.104 0.050 0.022 131 N 0.070 0.048 0.057 0.092 0.101 0.120 0.130 0.097 0.099 0.066 0.060 0.036 0.015 0.009