# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 53.4163 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.028 0.018 0.421 0.013 0.055 0.077 0.004 0.002 0.033 0.093 0.077 0.079 0.101 2 M 0.032 0.024 0.378 0.013 0.060 0.079 0.008 0.002 0.031 0.063 0.069 0.061 0.181 3 F 0.026 0.025 0.342 0.013 0.044 0.092 0.008 0.002 0.031 0.092 0.077 0.111 0.136 4 K 0.018 0.022 0.428 0.011 0.024 0.082 0.003 0.001 0.030 0.136 0.059 0.076 0.109 5 W 0.005 0.013 0.609 0.004 0.028 0.060 0.001 0.001 0.011 0.127 0.033 0.034 0.076 6 P 0.002 0.007 0.413 0.007 0.119 0.192 0.001 0.001 0.008 0.067 0.121 0.016 0.048 7 W 0.002 0.009 0.125 0.005 0.259 0.296 0.001 0.001 0.006 0.059 0.202 0.013 0.025 8 K 0.005 0.018 0.218 0.005 0.185 0.271 0.001 0.001 0.008 0.082 0.120 0.022 0.065 9 A 0.005 0.031 0.336 0.005 0.085 0.228 0.001 0.001 0.010 0.111 0.076 0.035 0.080 10 D 0.002 0.015 0.457 0.004 0.089 0.199 0.001 0.001 0.007 0.078 0.077 0.025 0.046 11 D 0.001 0.009 0.181 0.005 0.255 0.301 0.001 0.001 0.004 0.045 0.168 0.007 0.023 12 E 0.001 0.007 0.103 0.004 0.297 0.314 0.001 0.001 0.004 0.046 0.205 0.008 0.010 13 S 0.002 0.018 0.151 0.005 0.320 0.150 0.001 0.001 0.008 0.111 0.210 0.009 0.014 14 G 0.001 0.015 0.395 0.002 0.081 0.048 0.001 0.001 0.012 0.225 0.181 0.025 0.014 15 N 0.001 0.024 0.642 0.001 0.030 0.021 0.001 0.001 0.008 0.104 0.143 0.004 0.022 16 A 0.001 0.030 0.657 0.001 0.014 0.019 0.001 0.001 0.008 0.208 0.046 0.010 0.005 17 E 0.001 0.006 0.754 0.001 0.009 0.044 0.001 0.001 0.003 0.153 0.025 0.002 0.004 18 M 0.001 0.018 0.348 0.001 0.097 0.275 0.001 0.001 0.003 0.203 0.049 0.003 0.003 19 P 0.001 0.005 0.289 0.001 0.137 0.454 0.001 0.001 0.003 0.052 0.046 0.001 0.013 20 W 0.001 0.001 0.006 0.001 0.045 0.915 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.001 0.001 21 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.111 0.872 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 22 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.949 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.056 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 24 L 0.001 0.002 0.006 0.001 0.025 0.858 0.001 0.001 0.001 0.005 0.102 0.001 0.001 25 A 0.001 0.003 0.023 0.001 0.013 0.801 0.001 0.001 0.001 0.013 0.142 0.001 0.001 26 I 0.001 0.006 0.113 0.001 0.011 0.630 0.001 0.001 0.003 0.113 0.113 0.004 0.004 27 P 0.001 0.005 0.257 0.001 0.016 0.421 0.001 0.001 0.004 0.078 0.208 0.001 0.010 28 V 0.001 0.005 0.092 0.001 0.100 0.696 0.001 0.001 0.006 0.025 0.071 0.001 0.003 29 L 0.001 0.003 0.034 0.001 0.327 0.567 0.001 0.001 0.006 0.017 0.040 0.001 0.003 30 A 0.001 0.002 0.023 0.001 0.481 0.353 0.001 0.001 0.017 0.028 0.088 0.003 0.004 31 H 0.001 0.011 0.171 0.001 0.117 0.334 0.001 0.001 0.020 0.067 0.253 0.002 0.021 32 L 0.001 0.037 0.469 0.001 0.015 0.121 0.001 0.001 0.009 0.272 0.062 0.009 0.004 33 S 0.001 0.002 0.876 0.001 0.004 0.021 0.001 0.001 0.001 0.082 0.008 0.001 0.004 34 S 0.001 0.001 0.035 0.001 0.122 0.722 0.001 0.001 0.001 0.016 0.103 0.001 0.001 35 T 0.001 0.001 0.010 0.001 0.196 0.730 0.001 0.001 0.001 0.007 0.056 0.001 0.001 36 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.098 0.879 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 37 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 38 H 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 39 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 41 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 45 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.004 47 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 48 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.019 0.939 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.001 0.005 49 Q 0.001 0.001 0.012 0.002 0.015 0.905 0.001 0.001 0.001 0.009 0.047 0.005 0.004 50 Q 0.005 0.002 0.046 0.004 0.034 0.625 0.001 0.001 0.005 0.029 0.219 0.006 0.022 51 K 0.009 0.005 0.236 0.010 0.020 0.320 0.001 0.001 0.009 0.122 0.204 0.039 0.021 52 R 0.022 0.016 0.327 0.007 0.027 0.179 0.005 0.003 0.024 0.129 0.135 0.051 0.075 53 L 0.057 0.029 0.304 0.021 0.047 0.116 0.015 0.009 0.040 0.066 0.069 0.057 0.170 54 V 0.067 0.020 0.197 0.033 0.063 0.120 0.016 0.013 0.052 0.057 0.087 0.183 0.092 55 A 0.084 0.046 0.182 0.020 0.074 0.057 0.020 0.034 0.076 0.055 0.055 0.046 0.251 56 L 0.052 0.016 0.332 0.030 0.046 0.028 0.010 0.011 0.047 0.102 0.079 0.170 0.077 57 Q 0.004 0.004 0.089 0.076 0.021 0.012 0.002 0.002 0.029 0.152 0.583 0.011 0.014 58 G 0.003 0.007 0.123 0.008 0.025 0.007 0.001 0.001 0.007 0.263 0.530 0.015 0.009 59 L 0.035 0.020 0.521 0.004 0.011 0.009 0.012 0.010 0.079 0.123 0.017 0.036 0.123 60 E 0.064 0.078 0.206 0.004 0.006 0.018 0.038 0.024 0.167 0.051 0.017 0.202 0.126 61 L 0.028 0.055 0.391 0.014 0.007 0.054 0.017 0.012 0.071 0.078 0.022 0.043 0.208 62 T 0.002 0.003 0.739 0.016 0.004 0.063 0.001 0.001 0.008 0.096 0.004 0.049 0.013 63 P 0.001 0.002 0.058 0.003 0.050 0.776 0.001 0.001 0.003 0.034 0.052 0.001 0.020 64 L 0.001 0.001 0.007 0.002 0.019 0.947 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 65 H 0.001 0.001 0.005 0.001 0.013 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.004 66 Q 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 67 A 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 68 R 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 69 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 70 A 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 M 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 72 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 73 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 74 C 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.002 75 L 0.002 0.001 0.006 0.001 0.011 0.948 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 0.003 0.001 76 P 0.001 0.001 0.008 0.001 0.010 0.898 0.001 0.001 0.001 0.005 0.073 0.001 0.004 77 V 0.001 0.001 0.006 0.001 0.052 0.874 0.001 0.001 0.001 0.003 0.062 0.001 0.001 78 L 0.001 0.002 0.015 0.001 0.062 0.845 0.001 0.001 0.001 0.012 0.058 0.002 0.002 79 E 0.001 0.002 0.038 0.001 0.049 0.774 0.001 0.001 0.003 0.021 0.104 0.002 0.005 80 L 0.001 0.005 0.082 0.001 0.029 0.405 0.001 0.001 0.005 0.073 0.391 0.003 0.005 81 G 0.001 0.004 0.238 0.002 0.013 0.256 0.001 0.001 0.003 0.139 0.335 0.003 0.005 82 I 0.001 0.012 0.302 0.002 0.074 0.351 0.001 0.001 0.005 0.169 0.066 0.006 0.012 83 E 0.002 0.013 0.157 0.002 0.111 0.475 0.001 0.001 0.009 0.094 0.101 0.011 0.023 84 W 0.002 0.036 0.094 0.005 0.203 0.424 0.001 0.002 0.012 0.036 0.141 0.007 0.038 85 L 0.010 0.022 0.250 0.007 0.160 0.259 0.001 0.001 0.008 0.081 0.118 0.042 0.042 86 D 0.003 0.005 0.052 0.015 0.083 0.087 0.001 0.001 0.005 0.060 0.659 0.007 0.025 87 G 0.002 0.003 0.041 0.007 0.033 0.019 0.001 0.001 0.004 0.064 0.814 0.007 0.006 88 F 0.015 0.006 0.587 0.028 0.024 0.011 0.002 0.001 0.023 0.120 0.063 0.014 0.105 89 H 0.025 0.011 0.243 0.108 0.012 0.007 0.022 0.011 0.184 0.189 0.027 0.121 0.040 90 E 0.061 0.003 0.066 0.042 0.005 0.002 0.130 0.148 0.372 0.028 0.014 0.036 0.093 91 V 0.097 0.001 0.011 0.011 0.001 0.001 0.162 0.503 0.177 0.003 0.001 0.013 0.022 92 L 0.113 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.117 0.590 0.148 0.001 0.001 0.019 0.007 93 I 0.056 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.129 0.533 0.217 0.001 0.001 0.007 0.044 94 Y 0.028 0.004 0.296 0.030 0.001 0.001 0.030 0.106 0.330 0.030 0.004 0.112 0.030 95 P 0.005 0.006 0.431 0.042 0.010 0.002 0.006 0.010 0.122 0.225 0.063 0.013 0.067 96 A 0.002 0.004 0.432 0.009 0.020 0.002 0.001 0.001 0.028 0.328 0.142 0.020 0.011 97 P 0.004 0.012 0.348 0.008 0.112 0.011 0.001 0.001 0.014 0.236 0.203 0.006 0.044 98 F 0.026 0.050 0.300 0.007 0.085 0.025 0.007 0.002 0.023 0.147 0.107 0.154 0.065 99 I 0.086 0.056 0.266 0.008 0.036 0.031 0.015 0.005 0.031 0.064 0.036 0.043 0.322 100 V 0.078 0.037 0.309 0.023 0.014 0.025 0.006 0.003 0.022 0.110 0.039 0.228 0.105 101 D 0.016 0.011 0.503 0.020 0.010 0.022 0.002 0.001 0.014 0.126 0.061 0.041 0.172 102 D 0.012 0.012 0.331 0.019 0.050 0.061 0.002 0.001 0.011 0.167 0.210 0.055 0.071 103 E 0.015 0.023 0.269 0.016 0.089 0.083 0.003 0.001 0.013 0.121 0.157 0.072 0.140 104 W 0.020 0.042 0.210 0.015 0.112 0.110 0.005 0.001 0.011 0.074 0.115 0.096 0.189 105 E 0.034 0.042 0.252 0.023 0.078 0.075 0.006 0.002 0.019 0.072 0.099 0.127 0.172 106 D 0.018 0.015 0.378 0.026 0.044 0.036 0.002 0.001 0.011 0.115 0.124 0.103 0.127 107 D 0.015 0.008 0.210 0.039 0.051 0.040 0.002 0.001 0.009 0.147 0.378 0.042 0.057 108 I 0.022 0.011 0.190 0.040 0.027 0.021 0.003 0.002 0.011 0.187 0.379 0.053 0.055 109 G 0.074 0.018 0.322 0.020 0.021 0.020 0.011 0.002 0.015 0.160 0.092 0.116 0.129 110 L 0.259 0.021 0.175 0.012 0.007 0.020 0.032 0.012 0.056 0.032 0.017 0.164 0.193 111 V 0.298 0.023 0.097 0.016 0.006 0.020 0.044 0.016 0.037 0.019 0.013 0.124 0.288 112 H 0.169 0.015 0.167 0.066 0.008 0.033 0.028 0.009 0.035 0.043 0.024 0.222 0.181 113 N 0.071 0.009 0.229 0.041 0.014 0.056 0.014 0.003 0.037 0.083 0.071 0.103 0.269 114 Q 0.050 0.011 0.208 0.050 0.039 0.118 0.008 0.002 0.023 0.107 0.149 0.066 0.168 115 R 0.063 0.015 0.178 0.028 0.054 0.149 0.006 0.002 0.019 0.106 0.083 0.184 0.113 116 V 0.089 0.018 0.125 0.011 0.069 0.246 0.007 0.002 0.015 0.049 0.062 0.064 0.244 117 V 0.073 0.032 0.130 0.034 0.057 0.303 0.011 0.005 0.017 0.041 0.072 0.093 0.131 118 Q 0.074 0.012 0.145 0.021 0.046 0.322 0.007 0.003 0.012 0.058 0.090 0.130 0.080 119 S 0.046 0.009 0.104 0.023 0.045 0.276 0.003 0.001 0.011 0.061 0.282 0.022 0.118 120 G 0.033 0.009 0.148 0.022 0.035 0.235 0.002 0.001 0.006 0.114 0.268 0.089 0.039 121 Q 0.049 0.025 0.201 0.015 0.051 0.251 0.004 0.001 0.008 0.081 0.062 0.056 0.194 122 S 0.054 0.033 0.158 0.014 0.069 0.209 0.004 0.002 0.012 0.048 0.070 0.102 0.227 123 W 0.028 0.017 0.211 0.044 0.080 0.147 0.005 0.002 0.016 0.042 0.174 0.066 0.168 124 Q 0.018 0.006 0.268 0.030 0.085 0.068 0.003 0.002 0.016 0.109 0.240 0.089 0.066 125 Q 0.018 0.007 0.201 0.051 0.029 0.016 0.003 0.002 0.027 0.215 0.341 0.023 0.065 126 G 0.007 0.006 0.241 0.046 0.009 0.004 0.002 0.002 0.027 0.438 0.127 0.080 0.011 127 P 0.022 0.009 0.414 0.036 0.010 0.005 0.050 0.014 0.069 0.136 0.047 0.021 0.166 128 V 0.180 0.006 0.031 0.005 0.002 0.001 0.111 0.250 0.288 0.007 0.002 0.086 0.031 129 V 0.187 0.007 0.021 0.002 0.001 0.001 0.164 0.327 0.154 0.002 0.001 0.028 0.104 130 L 0.062 0.015 0.142 0.025 0.002 0.002 0.139 0.196 0.207 0.015 0.002 0.123 0.071 131 N 0.003 0.002 0.791 0.009 0.002 0.002 0.005 0.006 0.064 0.053 0.004 0.022 0.036