# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 53.4163 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.128 0.061 0.005 0.019 0.035 0.051 0.064 0.015 0.003 0.045 0.574 2 M 0.078 0.028 0.003 0.024 0.044 0.049 0.093 0.008 0.002 0.048 0.622 3 F 0.021 0.032 0.003 0.022 0.038 0.045 0.133 0.004 0.001 0.028 0.673 4 K 0.033 0.110 0.003 0.019 0.038 0.035 0.098 0.007 0.001 0.028 0.628 5 W 0.174 0.222 0.003 0.017 0.029 0.033 0.096 0.013 0.002 0.067 0.344 6 P 0.121 0.186 0.005 0.021 0.019 0.024 0.078 0.009 0.002 0.082 0.452 7 W 0.120 0.212 0.005 0.026 0.014 0.024 0.068 0.011 0.002 0.058 0.460 8 K 0.101 0.185 0.004 0.035 0.020 0.029 0.055 0.010 0.002 0.060 0.499 9 A 0.049 0.049 0.003 0.029 0.023 0.029 0.109 0.009 0.002 0.181 0.517 10 D 0.080 0.111 0.008 0.036 0.029 0.031 0.094 0.010 0.003 0.153 0.443 11 D 0.285 0.060 0.005 0.023 0.022 0.021 0.080 0.011 0.002 0.086 0.404 12 E 0.178 0.036 0.003 0.017 0.013 0.023 0.086 0.007 0.001 0.044 0.592 13 S 0.076 0.008 0.001 0.012 0.010 0.020 0.093 0.003 0.001 0.043 0.733 14 G 0.068 0.007 0.001 0.016 0.016 0.023 0.108 0.003 0.001 0.035 0.722 15 N 0.030 0.003 0.001 0.008 0.007 0.008 0.071 0.001 0.001 0.027 0.843 16 A 0.016 0.008 0.001 0.010 0.008 0.007 0.125 0.002 0.001 0.025 0.797 17 E 0.024 0.145 0.001 0.010 0.006 0.006 0.098 0.002 0.001 0.022 0.687 18 M 0.083 0.514 0.001 0.009 0.008 0.009 0.054 0.007 0.001 0.061 0.252 19 P 0.046 0.818 0.002 0.005 0.003 0.004 0.021 0.003 0.001 0.020 0.078 20 W 0.054 0.836 0.003 0.003 0.002 0.004 0.008 0.004 0.001 0.017 0.068 21 E 0.228 0.379 0.028 0.009 0.012 0.016 0.028 0.029 0.011 0.085 0.176 22 Q 0.229 0.278 0.008 0.006 0.008 0.016 0.041 0.015 0.006 0.050 0.344 23 A 0.117 0.077 0.004 0.011 0.015 0.012 0.058 0.009 0.002 0.102 0.593 24 L 0.014 0.106 0.006 0.020 0.020 0.017 0.148 0.005 0.003 0.059 0.603 25 A 0.018 0.637 0.002 0.005 0.004 0.008 0.037 0.005 0.001 0.016 0.266 26 I 0.073 0.736 0.003 0.005 0.008 0.005 0.020 0.009 0.001 0.041 0.100 27 P 0.104 0.551 0.006 0.011 0.006 0.010 0.043 0.009 0.003 0.137 0.121 28 V 0.191 0.395 0.013 0.014 0.005 0.009 0.041 0.011 0.005 0.104 0.213 29 L 0.217 0.087 0.010 0.026 0.012 0.013 0.046 0.019 0.007 0.114 0.449 30 A 0.076 0.044 0.003 0.025 0.010 0.015 0.053 0.006 0.003 0.062 0.703 31 H 0.011 0.018 0.001 0.013 0.007 0.007 0.071 0.002 0.001 0.054 0.814 32 L 0.018 0.069 0.003 0.015 0.008 0.006 0.149 0.006 0.002 0.102 0.622 33 S 0.092 0.697 0.001 0.003 0.001 0.001 0.040 0.005 0.001 0.027 0.134 34 S 0.058 0.812 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.029 0.087 35 T 0.007 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.017 0.035 36 E 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 37 Q 0.016 0.232 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.001 0.683 0.049 38 H 0.004 0.875 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.088 0.018 39 K 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 40 L 0.004 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.008 41 T 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 42 Q 0.003 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.035 0.007 43 M 0.002 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 44 A 0.003 0.974 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.007 45 A 0.006 0.935 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.033 0.014 46 R 0.014 0.848 0.012 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.009 0.081 0.027 47 F 0.046 0.620 0.041 0.003 0.001 0.001 0.015 0.008 0.028 0.171 0.066 48 L 0.128 0.408 0.071 0.005 0.001 0.002 0.033 0.017 0.052 0.129 0.154 49 Q 0.127 0.405 0.023 0.005 0.002 0.002 0.044 0.013 0.017 0.039 0.323 50 Q 0.100 0.310 0.011 0.010 0.003 0.005 0.050 0.012 0.008 0.058 0.433 51 K 0.049 0.178 0.021 0.027 0.010 0.013 0.143 0.013 0.009 0.103 0.434 52 R 0.062 0.128 0.011 0.040 0.012 0.028 0.132 0.015 0.004 0.080 0.487 53 L 0.084 0.076 0.015 0.091 0.023 0.020 0.121 0.012 0.006 0.122 0.430 54 V 0.047 0.026 0.039 0.140 0.041 0.044 0.152 0.009 0.010 0.075 0.417 55 A 0.242 0.024 0.008 0.039 0.010 0.026 0.098 0.017 0.005 0.047 0.484 56 L 0.470 0.005 0.002 0.036 0.010 0.014 0.041 0.009 0.001 0.034 0.378 57 Q 0.015 0.003 0.001 0.030 0.010 0.011 0.139 0.001 0.001 0.013 0.777 58 G 0.011 0.002 0.001 0.052 0.019 0.093 0.084 0.002 0.001 0.035 0.701 59 L 0.005 0.001 0.001 0.063 0.075 0.045 0.102 0.001 0.001 0.031 0.677 60 E 0.005 0.017 0.001 0.158 0.097 0.104 0.117 0.001 0.001 0.028 0.473 61 L 0.007 0.049 0.001 0.023 0.030 0.023 0.090 0.002 0.001 0.053 0.723 62 T 0.076 0.724 0.001 0.011 0.012 0.010 0.014 0.005 0.001 0.075 0.071 63 P 0.011 0.925 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.015 0.039 64 L 0.002 0.931 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.029 0.028 65 H 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 66 Q 0.001 0.980 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 67 A 0.001 0.975 0.002 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 68 R 0.001 0.960 0.004 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.019 0.002 69 I 0.005 0.897 0.019 0.001 0.008 0.006 0.002 0.001 0.006 0.047 0.008 70 A 0.026 0.591 0.070 0.005 0.017 0.025 0.009 0.009 0.045 0.163 0.040 71 M 0.052 0.668 0.050 0.006 0.016 0.023 0.015 0.008 0.032 0.054 0.075 72 L 0.056 0.318 0.025 0.016 0.030 0.051 0.045 0.017 0.019 0.121 0.303 73 F 0.018 0.529 0.017 0.017 0.027 0.031 0.051 0.009 0.008 0.061 0.233 74 C 0.023 0.680 0.008 0.015 0.016 0.032 0.036 0.009 0.005 0.049 0.126 75 L 0.032 0.501 0.025 0.025 0.047 0.035 0.046 0.010 0.006 0.104 0.170 76 P 0.076 0.309 0.029 0.042 0.033 0.066 0.069 0.014 0.012 0.169 0.181 77 V 0.155 0.077 0.072 0.066 0.049 0.065 0.059 0.019 0.022 0.134 0.281 78 L 0.134 0.039 0.014 0.060 0.041 0.057 0.112 0.013 0.008 0.037 0.485 79 E 0.073 0.028 0.004 0.051 0.019 0.038 0.059 0.009 0.003 0.028 0.689 80 L 0.024 0.048 0.005 0.041 0.029 0.019 0.160 0.007 0.002 0.018 0.646 81 G 0.106 0.140 0.003 0.029 0.017 0.053 0.081 0.027 0.002 0.028 0.515 82 I 0.186 0.119 0.003 0.029 0.022 0.015 0.081 0.011 0.001 0.048 0.483 83 E 0.050 0.051 0.017 0.084 0.054 0.078 0.104 0.009 0.005 0.061 0.487 84 W 0.159 0.025 0.011 0.021 0.019 0.038 0.087 0.015 0.005 0.046 0.575 85 L 0.554 0.008 0.008 0.024 0.023 0.029 0.044 0.013 0.004 0.040 0.253 86 D 0.036 0.002 0.001 0.015 0.015 0.018 0.128 0.001 0.001 0.017 0.766 87 G 0.017 0.005 0.001 0.029 0.016 0.041 0.133 0.001 0.001 0.021 0.738 88 F 0.011 0.001 0.001 0.041 0.042 0.067 0.176 0.001 0.001 0.048 0.613 89 H 0.002 0.001 0.001 0.162 0.082 0.104 0.154 0.001 0.001 0.066 0.427 90 E 0.001 0.001 0.001 0.298 0.094 0.270 0.051 0.001 0.001 0.083 0.201 91 V 0.001 0.001 0.001 0.510 0.152 0.125 0.033 0.001 0.001 0.077 0.103 92 L 0.001 0.001 0.001 0.702 0.087 0.129 0.010 0.001 0.001 0.017 0.053 93 I 0.002 0.001 0.001 0.509 0.086 0.098 0.041 0.001 0.001 0.040 0.223 94 Y 0.018 0.003 0.001 0.255 0.087 0.111 0.122 0.001 0.001 0.032 0.370 95 P 0.067 0.013 0.001 0.041 0.015 0.022 0.153 0.002 0.001 0.025 0.662 96 A 0.331 0.019 0.001 0.043 0.018 0.035 0.108 0.006 0.001 0.062 0.376 97 P 0.022 0.009 0.001 0.038 0.020 0.031 0.123 0.001 0.001 0.030 0.726 98 F 0.021 0.012 0.002 0.104 0.049 0.119 0.115 0.003 0.001 0.047 0.528 99 I 0.033 0.011 0.002 0.063 0.085 0.109 0.131 0.005 0.001 0.038 0.522 100 V 0.070 0.039 0.003 0.047 0.092 0.060 0.106 0.008 0.001 0.033 0.541 101 D 0.200 0.100 0.001 0.031 0.049 0.054 0.091 0.011 0.001 0.036 0.426 102 D 0.108 0.117 0.003 0.036 0.051 0.063 0.089 0.009 0.001 0.047 0.476 103 E 0.053 0.112 0.004 0.039 0.050 0.077 0.090 0.007 0.001 0.051 0.518 104 W 0.097 0.081 0.011 0.031 0.053 0.087 0.107 0.014 0.003 0.134 0.383 105 E 0.126 0.040 0.025 0.028 0.069 0.048 0.105 0.012 0.006 0.095 0.445 106 D 0.244 0.050 0.004 0.017 0.032 0.041 0.070 0.011 0.002 0.039 0.490 107 D 0.094 0.037 0.001 0.014 0.032 0.045 0.086 0.006 0.001 0.029 0.655 108 I 0.010 0.035 0.001 0.029 0.078 0.109 0.114 0.001 0.001 0.032 0.591 109 G 0.009 0.021 0.001 0.055 0.138 0.383 0.057 0.002 0.001 0.067 0.266 110 L 0.007 0.019 0.002 0.046 0.276 0.233 0.087 0.002 0.001 0.052 0.277 111 V 0.021 0.062 0.003 0.059 0.241 0.201 0.076 0.002 0.001 0.059 0.276 112 H 0.068 0.183 0.002 0.049 0.116 0.122 0.052 0.005 0.001 0.069 0.333 113 N 0.052 0.404 0.002 0.027 0.068 0.109 0.039 0.006 0.001 0.047 0.246 114 Q 0.029 0.519 0.001 0.019 0.047 0.088 0.034 0.003 0.001 0.048 0.213 115 R 0.017 0.258 0.004 0.035 0.065 0.098 0.043 0.004 0.001 0.274 0.200 116 V 0.026 0.197 0.024 0.026 0.074 0.115 0.078 0.011 0.007 0.223 0.218 117 V 0.207 0.300 0.010 0.017 0.050 0.046 0.027 0.011 0.005 0.073 0.253 118 Q 0.223 0.073 0.004 0.026 0.055 0.049 0.046 0.011 0.003 0.157 0.354 119 S 0.015 0.074 0.003 0.017 0.028 0.052 0.156 0.002 0.002 0.066 0.584 120 G 0.068 0.154 0.009 0.028 0.042 0.082 0.100 0.006 0.004 0.075 0.432 121 Q 0.164 0.045 0.027 0.038 0.114 0.117 0.094 0.015 0.005 0.079 0.302 122 S 0.115 0.019 0.006 0.011 0.034 0.077 0.137 0.007 0.002 0.050 0.542 123 W 0.345 0.005 0.003 0.021 0.030 0.056 0.095 0.004 0.001 0.050 0.388 124 Q 0.047 0.002 0.001 0.034 0.026 0.037 0.122 0.001 0.001 0.018 0.711 125 Q 0.004 0.002 0.001 0.017 0.022 0.041 0.078 0.001 0.001 0.015 0.821 126 G 0.003 0.001 0.001 0.039 0.107 0.179 0.177 0.001 0.001 0.067 0.426 127 P 0.001 0.001 0.001 0.212 0.142 0.192 0.094 0.001 0.001 0.068 0.289 128 V 0.002 0.001 0.001 0.290 0.169 0.277 0.045 0.001 0.001 0.050 0.166 129 V 0.004 0.002 0.001 0.350 0.179 0.194 0.042 0.001 0.001 0.036 0.191 130 L 0.017 0.008 0.001 0.377 0.123 0.166 0.038 0.001 0.001 0.037 0.232 131 N 0.049 0.021 0.001 0.131 0.070 0.123 0.101 0.003 0.001 0.059 0.442