# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 53.4163 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.117 0.063 0.032 0.064 0.126 0.078 0.057 0.464 2 M 0.087 0.019 0.021 0.043 0.095 0.103 0.053 0.579 3 F 0.020 0.033 0.037 0.092 0.111 0.126 0.049 0.533 4 K 0.054 0.078 0.020 0.046 0.078 0.086 0.038 0.599 5 W 0.207 0.194 0.023 0.050 0.043 0.060 0.133 0.291 6 P 0.091 0.134 0.029 0.042 0.050 0.075 0.128 0.451 7 W 0.111 0.134 0.036 0.035 0.071 0.078 0.081 0.454 8 K 0.136 0.158 0.024 0.032 0.061 0.077 0.056 0.457 9 A 0.058 0.053 0.031 0.037 0.070 0.125 0.129 0.496 10 D 0.064 0.169 0.028 0.055 0.060 0.099 0.145 0.381 11 D 0.282 0.030 0.025 0.013 0.021 0.078 0.188 0.364 12 E 0.100 0.034 0.020 0.028 0.012 0.114 0.062 0.629 13 S 0.091 0.017 0.013 0.004 0.007 0.102 0.022 0.745 14 G 0.133 0.021 0.010 0.007 0.005 0.100 0.022 0.702 15 N 0.046 0.015 0.007 0.002 0.004 0.104 0.035 0.788 16 A 0.009 0.060 0.012 0.005 0.006 0.121 0.031 0.755 17 E 0.073 0.417 0.006 0.005 0.005 0.062 0.062 0.370 18 M 0.060 0.562 0.007 0.008 0.005 0.038 0.060 0.260 19 P 0.086 0.702 0.010 0.003 0.005 0.015 0.055 0.124 20 W 0.232 0.507 0.021 0.006 0.007 0.021 0.068 0.137 21 E 0.224 0.186 0.062 0.020 0.015 0.053 0.154 0.287 22 Q 0.443 0.150 0.008 0.007 0.013 0.029 0.018 0.332 23 A 0.436 0.017 0.014 0.004 0.012 0.057 0.087 0.374 24 L 0.006 0.051 0.036 0.031 0.027 0.142 0.023 0.685 25 A 0.064 0.153 0.013 0.005 0.028 0.078 0.016 0.644 26 I 0.046 0.387 0.018 0.104 0.017 0.058 0.072 0.299 27 P 0.182 0.235 0.057 0.024 0.043 0.049 0.148 0.262 28 V 0.309 0.217 0.095 0.014 0.017 0.039 0.067 0.242 29 L 0.394 0.064 0.073 0.007 0.013 0.053 0.107 0.290 30 A 0.112 0.040 0.036 0.014 0.020 0.119 0.046 0.615 31 H 0.006 0.006 0.035 0.003 0.011 0.186 0.096 0.658 32 L 0.004 0.082 0.036 0.007 0.008 0.179 0.084 0.599 33 S 0.113 0.763 0.001 0.001 0.001 0.014 0.060 0.048 34 S 0.024 0.867 0.001 0.001 0.001 0.010 0.029 0.068 35 T 0.003 0.925 0.002 0.001 0.001 0.006 0.029 0.036 36 E 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 37 Q 0.019 0.234 0.003 0.001 0.001 0.008 0.720 0.015 38 H 0.002 0.800 0.002 0.003 0.001 0.015 0.135 0.041 39 K 0.004 0.964 0.002 0.001 0.001 0.003 0.015 0.011 40 L 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 41 T 0.004 0.944 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 0.007 42 Q 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.005 43 M 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 44 A 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 45 A 0.005 0.899 0.003 0.001 0.002 0.004 0.074 0.013 46 R 0.010 0.746 0.010 0.003 0.005 0.008 0.195 0.023 47 F 0.038 0.746 0.016 0.006 0.005 0.012 0.143 0.035 48 L 0.070 0.572 0.033 0.013 0.009 0.032 0.170 0.101 49 Q 0.056 0.427 0.040 0.011 0.017 0.063 0.098 0.287 50 Q 0.087 0.335 0.072 0.017 0.027 0.085 0.105 0.273 51 K 0.042 0.142 0.059 0.037 0.046 0.092 0.161 0.422 52 R 0.017 0.105 0.086 0.083 0.117 0.084 0.055 0.452 53 L 0.021 0.055 0.186 0.070 0.175 0.080 0.066 0.347 54 V 0.021 0.009 0.282 0.136 0.112 0.071 0.122 0.248 55 A 0.250 0.011 0.052 0.034 0.047 0.078 0.051 0.476 56 L 0.267 0.012 0.059 0.015 0.030 0.081 0.042 0.494 57 Q 0.013 0.008 0.047 0.011 0.021 0.112 0.017 0.771 58 G 0.018 0.019 0.093 0.038 0.102 0.129 0.084 0.517 59 L 0.011 0.005 0.091 0.101 0.093 0.115 0.038 0.545 60 E 0.008 0.012 0.176 0.084 0.154 0.120 0.051 0.394 61 L 0.023 0.039 0.067 0.032 0.048 0.105 0.054 0.631 62 T 0.186 0.373 0.027 0.018 0.018 0.045 0.229 0.103 63 P 0.076 0.648 0.009 0.005 0.007 0.036 0.074 0.144 64 L 0.031 0.578 0.014 0.006 0.016 0.038 0.157 0.160 65 H 0.005 0.800 0.011 0.023 0.020 0.016 0.084 0.040 66 Q 0.008 0.817 0.012 0.019 0.041 0.008 0.061 0.033 67 A 0.002 0.903 0.006 0.028 0.017 0.003 0.029 0.011 68 R 0.012 0.813 0.014 0.021 0.038 0.004 0.088 0.011 69 I 0.031 0.781 0.010 0.049 0.028 0.007 0.074 0.021 70 A 0.108 0.576 0.021 0.022 0.057 0.016 0.136 0.064 71 M 0.060 0.597 0.032 0.042 0.045 0.021 0.128 0.075 72 L 0.068 0.270 0.029 0.030 0.070 0.057 0.186 0.291 73 F 0.015 0.645 0.043 0.066 0.060 0.030 0.038 0.103 74 C 0.060 0.696 0.013 0.017 0.043 0.018 0.033 0.120 75 L 0.059 0.580 0.022 0.062 0.027 0.031 0.105 0.114 76 P 0.122 0.365 0.037 0.037 0.056 0.040 0.158 0.184 77 V 0.219 0.137 0.082 0.025 0.043 0.059 0.179 0.256 78 L 0.184 0.125 0.022 0.026 0.024 0.067 0.059 0.491 79 E 0.143 0.087 0.020 0.010 0.024 0.087 0.034 0.596 80 L 0.034 0.164 0.023 0.009 0.016 0.079 0.028 0.648 81 G 0.111 0.286 0.015 0.012 0.012 0.071 0.078 0.415 82 I 0.294 0.106 0.009 0.015 0.009 0.069 0.062 0.434 83 E 0.088 0.047 0.034 0.016 0.022 0.077 0.071 0.644 84 W 0.184 0.024 0.025 0.005 0.009 0.063 0.027 0.663 85 L 0.573 0.019 0.008 0.003 0.004 0.038 0.050 0.306 86 D 0.023 0.005 0.018 0.005 0.006 0.085 0.016 0.841 87 G 0.019 0.007 0.037 0.007 0.017 0.108 0.021 0.785 88 F 0.021 0.005 0.046 0.031 0.023 0.141 0.031 0.702 89 H 0.006 0.005 0.306 0.034 0.063 0.114 0.063 0.410 90 E 0.001 0.002 0.579 0.052 0.107 0.041 0.082 0.136 91 V 0.001 0.001 0.784 0.054 0.048 0.017 0.017 0.080 92 L 0.001 0.001 0.878 0.041 0.047 0.006 0.010 0.017 93 I 0.002 0.001 0.807 0.036 0.056 0.016 0.015 0.068 94 Y 0.029 0.002 0.560 0.038 0.066 0.064 0.059 0.183 95 P 0.087 0.004 0.087 0.013 0.016 0.127 0.031 0.636 96 A 0.115 0.030 0.070 0.029 0.065 0.123 0.120 0.448 97 P 0.022 0.012 0.051 0.027 0.054 0.126 0.056 0.651 98 F 0.018 0.008 0.071 0.078 0.103 0.130 0.056 0.537 99 I 0.041 0.012 0.052 0.102 0.095 0.131 0.078 0.490 100 V 0.045 0.014 0.017 0.048 0.062 0.085 0.047 0.682 101 D 0.094 0.061 0.013 0.037 0.064 0.097 0.067 0.566 102 D 0.048 0.064 0.014 0.047 0.082 0.096 0.061 0.588 103 E 0.058 0.060 0.028 0.099 0.153 0.079 0.093 0.430 104 W 0.121 0.046 0.041 0.089 0.192 0.072 0.136 0.303 105 E 0.063 0.012 0.053 0.119 0.151 0.092 0.112 0.398 106 D 0.227 0.014 0.026 0.048 0.133 0.075 0.069 0.407 107 D 0.092 0.012 0.029 0.043 0.111 0.124 0.055 0.534 108 I 0.009 0.008 0.032 0.049 0.135 0.158 0.028 0.582 109 G 0.010 0.014 0.044 0.126 0.242 0.119 0.074 0.371 110 L 0.008 0.010 0.046 0.255 0.156 0.102 0.066 0.357 111 V 0.015 0.026 0.060 0.227 0.182 0.082 0.070 0.338 112 H 0.075 0.085 0.052 0.108 0.149 0.068 0.087 0.376 113 N 0.095 0.201 0.025 0.088 0.114 0.067 0.101 0.310 114 Q 0.046 0.228 0.024 0.087 0.134 0.066 0.102 0.315 115 R 0.027 0.089 0.048 0.136 0.197 0.054 0.246 0.204 116 V 0.031 0.078 0.067 0.200 0.148 0.066 0.202 0.208 117 V 0.255 0.085 0.035 0.057 0.095 0.061 0.070 0.342 118 Q 0.125 0.039 0.022 0.029 0.060 0.100 0.112 0.513 119 S 0.010 0.042 0.024 0.035 0.053 0.138 0.049 0.649 120 G 0.048 0.056 0.017 0.046 0.074 0.109 0.075 0.574 121 Q 0.046 0.035 0.045 0.214 0.097 0.091 0.136 0.336 122 S 0.137 0.016 0.046 0.075 0.119 0.072 0.104 0.432 123 W 0.208 0.002 0.038 0.052 0.073 0.086 0.078 0.462 124 Q 0.102 0.003 0.063 0.027 0.087 0.100 0.032 0.587 125 Q 0.008 0.001 0.020 0.017 0.057 0.129 0.011 0.757 126 G 0.002 0.002 0.047 0.137 0.187 0.145 0.025 0.455 127 P 0.002 0.001 0.115 0.186 0.398 0.057 0.033 0.208 128 V 0.002 0.001 0.235 0.325 0.254 0.028 0.028 0.126 129 V 0.003 0.001 0.354 0.193 0.275 0.034 0.032 0.108 130 L 0.012 0.002 0.289 0.148 0.178 0.059 0.036 0.276 131 N 0.094 0.009 0.097 0.110 0.175 0.087 0.094 0.336