# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 53.4163 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.224 0.097 0.057 0.109 0.101 0.082 0.119 0.084 0.061 0.038 0.026 2 M 0.065 0.059 0.046 0.097 0.101 0.089 0.142 0.120 0.121 0.090 0.072 3 F 0.037 0.040 0.038 0.077 0.097 0.112 0.180 0.140 0.131 0.092 0.056 4 K 0.116 0.133 0.124 0.205 0.147 0.093 0.080 0.044 0.031 0.017 0.010 5 W 0.055 0.043 0.059 0.103 0.117 0.114 0.177 0.133 0.095 0.061 0.041 6 P 0.065 0.057 0.062 0.131 0.130 0.111 0.156 0.109 0.088 0.059 0.031 7 W 0.032 0.035 0.063 0.091 0.099 0.114 0.188 0.131 0.117 0.086 0.044 8 K 0.046 0.079 0.182 0.215 0.159 0.111 0.095 0.049 0.033 0.021 0.009 9 A 0.061 0.060 0.118 0.126 0.115 0.123 0.173 0.097 0.065 0.043 0.020 10 D 0.090 0.169 0.169 0.211 0.131 0.083 0.069 0.037 0.022 0.013 0.007 11 D 0.174 0.098 0.091 0.125 0.115 0.090 0.115 0.083 0.053 0.037 0.021 12 E 0.271 0.183 0.110 0.161 0.096 0.058 0.056 0.032 0.017 0.011 0.005 13 S 0.114 0.138 0.095 0.148 0.124 0.120 0.117 0.062 0.042 0.028 0.013 14 G 0.321 0.135 0.078 0.128 0.099 0.075 0.074 0.045 0.025 0.013 0.007 15 N 0.236 0.278 0.072 0.147 0.086 0.060 0.058 0.031 0.018 0.010 0.006 16 A 0.057 0.052 0.026 0.050 0.067 0.080 0.153 0.136 0.155 0.122 0.101 17 E 0.474 0.282 0.060 0.107 0.042 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 18 M 0.299 0.096 0.066 0.142 0.111 0.089 0.087 0.051 0.032 0.017 0.011 19 P 0.238 0.256 0.061 0.151 0.109 0.059 0.058 0.036 0.017 0.009 0.006 20 W 0.008 0.012 0.011 0.045 0.079 0.113 0.208 0.190 0.163 0.109 0.062 21 E 0.127 0.085 0.196 0.203 0.142 0.098 0.079 0.039 0.017 0.010 0.004 22 Q 0.021 0.061 0.215 0.296 0.167 0.110 0.080 0.027 0.014 0.006 0.003 23 A 0.005 0.005 0.019 0.019 0.031 0.045 0.109 0.138 0.204 0.208 0.218 24 L 0.005 0.009 0.022 0.033 0.056 0.092 0.179 0.159 0.198 0.164 0.083 25 A 0.018 0.082 0.328 0.235 0.138 0.082 0.057 0.026 0.019 0.010 0.005 26 I 0.024 0.014 0.051 0.054 0.084 0.108 0.206 0.173 0.125 0.088 0.073 27 P 0.115 0.096 0.080 0.139 0.128 0.104 0.129 0.096 0.059 0.034 0.021 28 V 0.016 0.023 0.037 0.063 0.084 0.079 0.188 0.196 0.146 0.106 0.063 29 L 0.010 0.010 0.025 0.054 0.092 0.132 0.220 0.162 0.133 0.109 0.054 30 A 0.096 0.108 0.269 0.203 0.121 0.075 0.073 0.028 0.016 0.008 0.003 31 H 0.047 0.060 0.108 0.208 0.188 0.144 0.150 0.055 0.024 0.011 0.005 32 L 0.003 0.005 0.006 0.005 0.008 0.023 0.091 0.102 0.224 0.288 0.245 33 S 0.055 0.528 0.152 0.161 0.064 0.023 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 34 S 0.759 0.119 0.062 0.040 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 35 T 0.918 0.048 0.012 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.058 0.140 0.056 0.157 0.136 0.141 0.177 0.085 0.032 0.015 0.003 37 Q 0.008 0.017 0.074 0.097 0.142 0.265 0.227 0.100 0.042 0.024 0.005 38 H 0.015 0.025 0.727 0.120 0.049 0.036 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 39 K 0.004 0.028 0.393 0.270 0.150 0.086 0.049 0.015 0.004 0.001 0.001 40 L 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.011 0.070 0.146 0.243 0.318 0.201 41 T 0.006 0.019 0.287 0.189 0.218 0.154 0.087 0.024 0.010 0.004 0.001 42 Q 0.009 0.013 0.866 0.074 0.026 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.002 0.004 0.030 0.028 0.057 0.200 0.398 0.143 0.083 0.045 0.011 44 A 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.012 0.076 0.117 0.279 0.294 0.212 45 A 0.006 0.016 0.451 0.183 0.151 0.096 0.059 0.022 0.010 0.005 0.002 46 R 0.007 0.020 0.519 0.135 0.109 0.095 0.081 0.021 0.008 0.004 0.002 47 F 0.001 0.002 0.008 0.007 0.016 0.029 0.124 0.201 0.210 0.180 0.222 48 L 0.003 0.003 0.012 0.015 0.032 0.052 0.144 0.161 0.210 0.229 0.139 49 Q 0.009 0.037 0.467 0.199 0.120 0.081 0.055 0.015 0.010 0.005 0.002 50 Q 0.012 0.036 0.258 0.197 0.178 0.124 0.114 0.044 0.021 0.011 0.005 51 K 0.006 0.006 0.014 0.012 0.020 0.062 0.160 0.166 0.216 0.214 0.124 52 R 0.051 0.133 0.145 0.278 0.167 0.093 0.071 0.032 0.017 0.008 0.004 53 L 0.005 0.003 0.017 0.010 0.019 0.034 0.100 0.151 0.191 0.247 0.223 54 V 0.043 0.095 0.156 0.216 0.181 0.107 0.087 0.050 0.033 0.020 0.012 55 A 0.090 0.084 0.091 0.125 0.113 0.101 0.161 0.102 0.067 0.040 0.025 56 L 0.026 0.029 0.032 0.067 0.092 0.128 0.161 0.133 0.127 0.112 0.094 57 Q 0.153 0.209 0.086 0.167 0.117 0.080 0.094 0.048 0.027 0.013 0.005 58 G 0.285 0.119 0.064 0.185 0.126 0.076 0.070 0.037 0.020 0.012 0.007 59 L 0.040 0.018 0.018 0.024 0.032 0.066 0.141 0.127 0.197 0.188 0.149 60 E 0.065 0.114 0.056 0.264 0.214 0.112 0.091 0.045 0.023 0.010 0.006 61 L 0.002 0.004 0.007 0.005 0.009 0.018 0.060 0.096 0.190 0.256 0.353 62 T 0.048 0.152 0.103 0.283 0.227 0.085 0.049 0.024 0.014 0.008 0.005 63 P 0.608 0.161 0.062 0.087 0.033 0.019 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 64 L 0.127 0.078 0.052 0.201 0.172 0.133 0.112 0.058 0.035 0.019 0.013 65 H 0.029 0.044 0.034 0.064 0.073 0.105 0.207 0.161 0.132 0.101 0.050 66 Q 0.008 0.040 0.083 0.205 0.217 0.167 0.130 0.068 0.042 0.025 0.014 67 A 0.002 0.003 0.016 0.010 0.017 0.040 0.114 0.138 0.226 0.242 0.193 68 R 0.003 0.013 0.039 0.131 0.165 0.164 0.208 0.119 0.085 0.045 0.028 69 I 0.001 0.001 0.010 0.007 0.013 0.017 0.065 0.116 0.211 0.232 0.327 70 A 0.001 0.001 0.007 0.010 0.024 0.036 0.092 0.122 0.210 0.230 0.267 71 M 0.001 0.001 0.006 0.006 0.012 0.031 0.098 0.107 0.275 0.271 0.192 72 L 0.001 0.003 0.025 0.038 0.065 0.083 0.195 0.167 0.184 0.132 0.108 73 F 0.001 0.001 0.010 0.010 0.018 0.030 0.100 0.156 0.231 0.244 0.200 74 C 0.001 0.001 0.005 0.006 0.009 0.018 0.057 0.101 0.232 0.293 0.277 75 L 0.001 0.002 0.008 0.015 0.030 0.039 0.102 0.195 0.196 0.210 0.202 76 P 0.002 0.005 0.020 0.023 0.034 0.045 0.107 0.185 0.206 0.223 0.150 77 V 0.002 0.004 0.014 0.022 0.039 0.047 0.124 0.184 0.199 0.192 0.174 78 L 0.003 0.003 0.011 0.016 0.025 0.036 0.099 0.167 0.223 0.216 0.200 79 E 0.032 0.074 0.123 0.184 0.150 0.133 0.138 0.060 0.053 0.033 0.020 80 L 0.015 0.018 0.030 0.051 0.084 0.105 0.199 0.178 0.141 0.098 0.079 81 G 0.192 0.238 0.092 0.164 0.091 0.066 0.069 0.035 0.026 0.018 0.009 82 I 0.075 0.045 0.036 0.095 0.108 0.130 0.197 0.108 0.094 0.065 0.048 83 E 0.351 0.201 0.098 0.147 0.087 0.047 0.032 0.018 0.010 0.006 0.004 84 W 0.032 0.056 0.036 0.108 0.114 0.133 0.186 0.123 0.101 0.069 0.042 85 L 0.013 0.015 0.012 0.024 0.039 0.076 0.149 0.138 0.178 0.182 0.175 86 D 0.197 0.200 0.164 0.221 0.115 0.046 0.030 0.013 0.008 0.004 0.002 87 G 0.200 0.145 0.078 0.192 0.135 0.087 0.087 0.041 0.019 0.010 0.006 88 F 0.028 0.021 0.014 0.032 0.040 0.045 0.089 0.107 0.191 0.209 0.224 89 H 0.056 0.075 0.049 0.163 0.170 0.151 0.161 0.085 0.050 0.028 0.012 90 E 0.017 0.063 0.149 0.220 0.160 0.137 0.103 0.058 0.047 0.033 0.014 91 V 0.002 0.003 0.005 0.008 0.013 0.040 0.105 0.123 0.245 0.274 0.182 92 L 0.005 0.013 0.013 0.051 0.062 0.106 0.171 0.154 0.181 0.155 0.089 93 I 0.003 0.003 0.013 0.012 0.017 0.030 0.064 0.108 0.207 0.275 0.268 94 Y 0.004 0.006 0.012 0.033 0.065 0.087 0.177 0.214 0.173 0.140 0.090 95 P 0.020 0.028 0.030 0.062 0.064 0.075 0.145 0.154 0.182 0.149 0.091 96 A 0.096 0.088 0.059 0.168 0.145 0.121 0.140 0.077 0.056 0.029 0.021 97 P 0.203 0.132 0.061 0.172 0.135 0.089 0.095 0.054 0.031 0.017 0.011 98 F 0.061 0.034 0.027 0.052 0.065 0.080 0.144 0.139 0.151 0.135 0.113 99 I 0.059 0.127 0.064 0.149 0.135 0.127 0.139 0.076 0.057 0.042 0.025 100 V 0.054 0.076 0.061 0.092 0.095 0.114 0.163 0.105 0.110 0.081 0.051 101 D 0.356 0.264 0.089 0.150 0.067 0.031 0.021 0.010 0.006 0.003 0.002 102 D 0.330 0.119 0.059 0.143 0.096 0.073 0.083 0.045 0.028 0.016 0.008 103 E 0.264 0.197 0.082 0.173 0.105 0.066 0.054 0.030 0.016 0.010 0.005 104 W 0.065 0.067 0.057 0.116 0.114 0.138 0.169 0.114 0.082 0.054 0.025 105 E 0.100 0.153 0.133 0.170 0.120 0.102 0.096 0.056 0.033 0.024 0.011 106 D 0.072 0.109 0.121 0.191 0.146 0.116 0.108 0.063 0.040 0.024 0.011 107 D 0.242 0.163 0.105 0.159 0.102 0.075 0.066 0.042 0.023 0.015 0.007 108 I 0.079 0.062 0.047 0.119 0.111 0.126 0.168 0.120 0.088 0.053 0.026 109 G 0.174 0.129 0.075 0.154 0.122 0.093 0.100 0.067 0.044 0.027 0.015 110 L 0.020 0.016 0.024 0.038 0.054 0.082 0.156 0.152 0.186 0.152 0.122 111 V 0.032 0.054 0.067 0.119 0.129 0.119 0.154 0.116 0.095 0.071 0.043 112 H 0.028 0.030 0.044 0.079 0.098 0.125 0.191 0.140 0.128 0.087 0.050 113 N 0.158 0.187 0.114 0.192 0.119 0.076 0.071 0.037 0.024 0.015 0.008 114 Q 0.093 0.054 0.043 0.112 0.113 0.120 0.174 0.115 0.088 0.058 0.032 115 R 0.342 0.174 0.090 0.161 0.088 0.050 0.044 0.024 0.014 0.008 0.004 116 V 0.051 0.079 0.073 0.143 0.131 0.131 0.150 0.095 0.069 0.047 0.029 117 V 0.047 0.050 0.068 0.096 0.107 0.113 0.148 0.124 0.107 0.083 0.056 118 Q 0.098 0.125 0.117 0.170 0.128 0.113 0.107 0.061 0.042 0.026 0.013 119 S 0.080 0.077 0.091 0.144 0.129 0.106 0.130 0.099 0.071 0.043 0.031 120 G 0.215 0.086 0.051 0.107 0.099 0.080 0.118 0.091 0.071 0.049 0.033 121 Q 0.068 0.044 0.045 0.095 0.101 0.101 0.156 0.137 0.116 0.081 0.055 122 S 0.101 0.131 0.099 0.177 0.144 0.099 0.102 0.065 0.042 0.026 0.016 123 W 0.044 0.034 0.039 0.081 0.099 0.094 0.157 0.142 0.128 0.098 0.085 124 Q 0.148 0.150 0.094 0.162 0.124 0.098 0.100 0.053 0.036 0.023 0.012 125 Q 0.103 0.124 0.081 0.194 0.143 0.099 0.103 0.061 0.045 0.029 0.017 126 G 0.106 0.069 0.042 0.084 0.084 0.097 0.147 0.114 0.115 0.091 0.051 127 P 0.113 0.142 0.068 0.188 0.131 0.100 0.102 0.060 0.050 0.030 0.017 128 V 0.015 0.015 0.020 0.033 0.041 0.068 0.122 0.139 0.204 0.190 0.154 129 V 0.015 0.025 0.028 0.069 0.089 0.100 0.154 0.156 0.150 0.111 0.104 130 L 0.007 0.008 0.015 0.020 0.030 0.037 0.088 0.141 0.217 0.212 0.224 131 N 0.034 0.036 0.047 0.109 0.138 0.101 0.149 0.136 0.113 0.075 0.064