# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 53.4163 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.104 0.120 0.047 0.054 0.076 0.065 0.016 0.518 2 M 0.100 0.130 0.058 0.057 0.091 0.080 0.015 0.470 3 F 0.089 0.106 0.069 0.091 0.125 0.073 0.013 0.434 4 K 0.083 0.084 0.072 0.046 0.104 0.059 0.014 0.539 5 W 0.052 0.034 0.042 0.033 0.051 0.072 0.006 0.710 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 7 W 0.047 0.023 0.021 0.030 0.071 0.172 0.006 0.629 8 K 0.305 0.058 0.023 0.036 0.048 0.102 0.012 0.417 9 A 0.182 0.117 0.027 0.023 0.043 0.070 0.013 0.525 10 D 0.096 0.067 0.022 0.017 0.027 0.060 0.012 0.699 11 D 0.062 0.061 0.018 0.010 0.018 0.037 0.008 0.786 12 E 0.098 0.150 0.016 0.010 0.019 0.306 0.018 0.383 13 S 0.338 0.162 0.010 0.004 0.007 0.184 0.046 0.249 14 G 0.517 0.118 0.024 0.004 0.005 0.055 0.055 0.221 15 N 0.191 0.040 0.034 0.004 0.005 0.071 0.022 0.633 16 A 0.123 0.047 0.071 0.015 0.022 0.102 0.011 0.610 17 E 0.081 0.033 0.013 0.005 0.013 0.130 0.007 0.719 18 M 0.067 0.029 0.009 0.006 0.010 0.136 0.005 0.739 19 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.989 20 W 0.039 0.084 0.015 0.010 0.016 0.202 0.004 0.630 21 E 0.100 0.446 0.033 0.009 0.013 0.055 0.004 0.340 22 Q 0.059 0.761 0.012 0.005 0.006 0.023 0.005 0.129 23 A 0.118 0.776 0.011 0.003 0.007 0.004 0.009 0.072 24 L 0.043 0.869 0.020 0.008 0.011 0.005 0.009 0.036 25 A 0.088 0.593 0.019 0.014 0.027 0.013 0.043 0.203 26 I 0.126 0.324 0.081 0.032 0.039 0.019 0.028 0.351 27 P 0.002 0.003 0.004 0.001 0.002 0.003 0.001 0.985 28 V 0.024 0.045 0.077 0.056 0.069 0.057 0.004 0.668 29 L 0.078 0.181 0.213 0.065 0.100 0.060 0.005 0.298 30 A 0.147 0.234 0.065 0.040 0.062 0.092 0.010 0.351 31 H 0.414 0.114 0.037 0.012 0.033 0.029 0.028 0.332 32 L 0.411 0.131 0.082 0.019 0.037 0.070 0.036 0.213 33 S 0.058 0.041 0.012 0.009 0.008 0.291 0.022 0.559 34 S 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.975 35 T 0.007 0.008 0.004 0.001 0.001 0.526 0.002 0.453 36 E 0.029 0.015 0.001 0.001 0.001 0.803 0.003 0.149 37 Q 0.104 0.540 0.003 0.001 0.001 0.060 0.005 0.287 38 H 0.015 0.910 0.008 0.001 0.001 0.020 0.001 0.046 39 K 0.015 0.913 0.002 0.001 0.001 0.008 0.002 0.060 40 L 0.008 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 41 T 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.014 42 Q 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.018 43 M 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 44 A 0.002 0.990 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 45 A 0.006 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 46 R 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 47 F 0.009 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 48 L 0.005 0.985 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 49 Q 0.014 0.919 0.009 0.001 0.001 0.009 0.011 0.036 50 Q 0.059 0.821 0.006 0.002 0.002 0.015 0.029 0.066 51 K 0.080 0.771 0.027 0.003 0.003 0.010 0.028 0.078 52 R 0.050 0.692 0.082 0.011 0.006 0.021 0.020 0.118 53 L 0.067 0.513 0.105 0.024 0.027 0.012 0.018 0.235 54 V 0.095 0.392 0.149 0.079 0.065 0.029 0.013 0.179 55 A 0.056 0.158 0.050 0.041 0.051 0.034 0.015 0.596 56 L 0.092 0.181 0.236 0.072 0.092 0.048 0.021 0.257 57 Q 0.051 0.054 0.095 0.036 0.038 0.087 0.018 0.621 58 G 0.102 0.027 0.069 0.026 0.041 0.145 0.043 0.547 59 L 0.405 0.025 0.165 0.061 0.041 0.070 0.026 0.206 60 E 0.038 0.013 0.127 0.152 0.101 0.097 0.007 0.464 61 L 0.018 0.008 0.092 0.086 0.180 0.046 0.002 0.568 62 T 0.013 0.014 0.064 0.085 0.132 0.291 0.001 0.399 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 64 L 0.004 0.011 0.002 0.001 0.006 0.777 0.001 0.198 65 H 0.227 0.066 0.001 0.002 0.002 0.510 0.006 0.186 66 Q 0.025 0.871 0.003 0.001 0.002 0.019 0.002 0.078 67 A 0.003 0.936 0.005 0.001 0.002 0.007 0.001 0.045 68 R 0.002 0.972 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.018 69 I 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 70 A 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 M 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 L 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 73 F 0.007 0.978 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 74 C 0.043 0.872 0.009 0.003 0.004 0.002 0.035 0.032 75 L 0.038 0.805 0.057 0.012 0.011 0.006 0.014 0.056 76 P 0.008 0.130 0.014 0.004 0.004 0.011 0.006 0.823 77 V 0.115 0.378 0.046 0.019 0.032 0.026 0.024 0.361 78 L 0.097 0.576 0.177 0.021 0.026 0.011 0.009 0.084 79 E 0.086 0.485 0.071 0.033 0.032 0.031 0.021 0.239 80 L 0.158 0.321 0.064 0.019 0.031 0.042 0.031 0.335 81 G 0.166 0.123 0.076 0.009 0.017 0.069 0.040 0.500 82 I 0.083 0.076 0.095 0.039 0.034 0.085 0.014 0.574 83 E 0.050 0.073 0.065 0.044 0.045 0.209 0.009 0.505 84 W 0.230 0.112 0.029 0.016 0.039 0.102 0.018 0.454 85 L 0.208 0.359 0.053 0.039 0.086 0.039 0.016 0.200 86 D 0.068 0.170 0.017 0.023 0.022 0.116 0.015 0.570 87 G 0.190 0.066 0.017 0.012 0.018 0.107 0.054 0.536 88 F 0.671 0.026 0.061 0.016 0.016 0.031 0.041 0.138 89 H 0.036 0.025 0.225 0.312 0.088 0.109 0.007 0.198 90 E 0.022 0.013 0.245 0.086 0.133 0.112 0.004 0.384 91 V 0.022 0.008 0.646 0.071 0.110 0.012 0.002 0.129 92 L 0.003 0.003 0.853 0.059 0.054 0.010 0.001 0.018 93 I 0.001 0.001 0.891 0.027 0.027 0.005 0.001 0.047 94 Y 0.001 0.001 0.838 0.043 0.060 0.021 0.001 0.036 95 P 0.001 0.001 0.016 0.001 0.007 0.003 0.001 0.973 96 A 0.006 0.001 0.114 0.029 0.112 0.281 0.003 0.454 97 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 98 F 0.143 0.003 0.023 0.061 0.114 0.109 0.010 0.538 99 I 0.387 0.009 0.032 0.057 0.083 0.046 0.006 0.381 100 V 0.073 0.024 0.053 0.146 0.255 0.044 0.004 0.401 101 D 0.019 0.012 0.017 0.057 0.120 0.045 0.003 0.726 102 D 0.044 0.018 0.021 0.066 0.114 0.090 0.007 0.640 103 E 0.075 0.026 0.015 0.036 0.044 0.395 0.017 0.393 104 W 0.163 0.065 0.018 0.064 0.082 0.202 0.022 0.384 105 E 0.104 0.116 0.038 0.056 0.102 0.184 0.016 0.383 106 D 0.080 0.108 0.039 0.105 0.139 0.099 0.018 0.412 107 D 0.112 0.063 0.037 0.035 0.056 0.099 0.021 0.577 108 I 0.072 0.075 0.039 0.071 0.088 0.341 0.031 0.283 109 G 0.314 0.045 0.059 0.074 0.110 0.130 0.061 0.207 110 L 0.072 0.040 0.228 0.205 0.137 0.074 0.006 0.237 111 V 0.007 0.021 0.160 0.211 0.272 0.046 0.002 0.281 112 H 0.013 0.015 0.073 0.201 0.377 0.046 0.002 0.273 113 N 0.013 0.028 0.047 0.117 0.271 0.082 0.004 0.437 114 Q 0.047 0.041 0.047 0.093 0.189 0.123 0.012 0.449 115 R 0.095 0.048 0.032 0.076 0.114 0.187 0.014 0.435 116 V 0.056 0.060 0.042 0.062 0.111 0.088 0.008 0.573 117 V 0.030 0.154 0.065 0.115 0.225 0.062 0.006 0.343 118 Q 0.044 0.270 0.056 0.084 0.158 0.103 0.007 0.278 119 S 0.068 0.386 0.049 0.037 0.095 0.051 0.021 0.293 120 G 0.258 0.218 0.050 0.045 0.095 0.032 0.066 0.236 121 Q 0.206 0.139 0.111 0.127 0.078 0.101 0.019 0.218 122 S 0.028 0.086 0.046 0.100 0.099 0.059 0.012 0.570 123 W 0.053 0.097 0.061 0.098 0.200 0.045 0.012 0.434 124 Q 0.080 0.080 0.043 0.065 0.072 0.249 0.013 0.398 125 Q 0.188 0.059 0.034 0.039 0.048 0.210 0.064 0.357 126 G 0.580 0.019 0.047 0.038 0.042 0.043 0.056 0.174 127 P 0.002 0.001 0.011 0.004 0.005 0.005 0.001 0.972 128 V 0.008 0.002 0.160 0.179 0.262 0.074 0.002 0.314 129 V 0.045 0.003 0.269 0.149 0.256 0.037 0.001 0.239 130 L 0.016 0.004 0.381 0.170 0.211 0.045 0.001 0.171 131 N 0.006 0.003 0.294 0.179 0.216 0.072 0.001 0.228