# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 53.4163 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.162 0.189 0.043 0.016 0.301 0.018 0.035 0.091 0.050 0.055 0.042 2 M 0.165 0.142 0.050 0.018 0.266 0.031 0.053 0.089 0.053 0.066 0.066 3 F 0.160 0.220 0.058 0.017 0.326 0.015 0.026 0.057 0.033 0.042 0.045 4 K 0.127 0.210 0.113 0.031 0.201 0.029 0.048 0.063 0.040 0.076 0.062 5 W 0.086 0.371 0.150 0.008 0.262 0.007 0.011 0.030 0.018 0.016 0.042 6 P 0.111 0.211 0.040 0.011 0.192 0.015 0.027 0.169 0.131 0.054 0.039 7 W 0.058 0.128 0.054 0.013 0.123 0.028 0.079 0.259 0.151 0.074 0.032 8 K 0.130 0.135 0.055 0.011 0.168 0.014 0.037 0.192 0.075 0.129 0.053 9 A 0.062 0.215 0.069 0.019 0.138 0.025 0.043 0.237 0.083 0.074 0.033 10 D 0.079 0.156 0.053 0.017 0.162 0.021 0.031 0.261 0.104 0.073 0.043 11 D 0.046 0.062 0.027 0.008 0.078 0.011 0.029 0.428 0.209 0.077 0.026 12 E 0.030 0.049 0.025 0.010 0.044 0.021 0.067 0.464 0.169 0.100 0.021 13 S 0.048 0.171 0.056 0.030 0.074 0.033 0.070 0.190 0.116 0.170 0.042 14 G 0.046 0.208 0.136 0.077 0.099 0.026 0.039 0.098 0.073 0.143 0.057 15 N 0.059 0.133 0.105 0.040 0.078 0.023 0.052 0.133 0.123 0.197 0.058 16 A 0.027 0.362 0.238 0.031 0.078 0.012 0.032 0.081 0.050 0.068 0.021 17 E 0.033 0.280 0.200 0.043 0.066 0.019 0.033 0.150 0.070 0.078 0.028 18 M 0.024 0.276 0.165 0.014 0.069 0.014 0.029 0.269 0.085 0.038 0.016 19 P 0.018 0.160 0.037 0.002 0.035 0.004 0.011 0.560 0.108 0.052 0.012 20 W 0.004 0.010 0.003 0.001 0.006 0.002 0.003 0.728 0.203 0.037 0.003 21 E 0.002 0.007 0.003 0.001 0.003 0.003 0.007 0.819 0.142 0.011 0.002 22 Q 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.003 0.014 0.789 0.128 0.050 0.002 23 A 0.003 0.003 0.002 0.001 0.003 0.004 0.016 0.700 0.203 0.063 0.002 24 L 0.006 0.021 0.009 0.004 0.010 0.010 0.039 0.615 0.213 0.067 0.005 25 A 0.013 0.035 0.029 0.008 0.020 0.015 0.040 0.429 0.151 0.250 0.010 26 I 0.043 0.181 0.101 0.007 0.109 0.007 0.030 0.380 0.083 0.044 0.015 27 P 0.051 0.149 0.022 0.002 0.081 0.005 0.041 0.547 0.076 0.014 0.010 28 V 0.040 0.022 0.005 0.002 0.037 0.006 0.035 0.632 0.168 0.043 0.010 29 L 0.027 0.020 0.006 0.005 0.040 0.015 0.028 0.528 0.259 0.061 0.011 30 A 0.011 0.021 0.008 0.006 0.026 0.027 0.147 0.488 0.198 0.059 0.009 31 H 0.065 0.052 0.025 0.004 0.096 0.008 0.072 0.213 0.090 0.328 0.047 32 L 0.048 0.377 0.119 0.012 0.133 0.014 0.034 0.073 0.033 0.114 0.044 33 S 0.039 0.462 0.330 0.010 0.083 0.003 0.003 0.035 0.008 0.011 0.015 34 S 0.004 0.018 0.004 0.001 0.008 0.002 0.006 0.797 0.149 0.008 0.002 35 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.868 0.117 0.005 0.001 36 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.928 0.055 0.010 0.001 37 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.042 0.009 0.001 38 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.966 0.027 0.001 0.001 39 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.977 0.012 0.002 0.001 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.016 0.001 0.001 41 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.018 0.001 0.001 42 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.010 0.001 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.008 0.001 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.016 0.001 0.001 45 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.009 0.001 0.001 46 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.984 0.004 0.001 0.001 47 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.967 0.022 0.003 0.001 48 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.886 0.101 0.004 0.001 49 Q 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.019 0.849 0.108 0.011 0.001 50 Q 0.015 0.010 0.005 0.001 0.015 0.003 0.057 0.723 0.123 0.042 0.006 51 K 0.046 0.129 0.023 0.006 0.124 0.013 0.067 0.438 0.108 0.031 0.014 52 R 0.130 0.037 0.013 0.009 0.142 0.014 0.065 0.360 0.103 0.088 0.037 53 L 0.244 0.071 0.016 0.008 0.228 0.009 0.046 0.210 0.069 0.058 0.041 54 V 0.088 0.184 0.060 0.019 0.279 0.028 0.073 0.135 0.042 0.046 0.047 55 A 0.253 0.125 0.086 0.023 0.189 0.013 0.022 0.060 0.030 0.070 0.129 56 L 0.069 0.124 0.081 0.102 0.118 0.142 0.080 0.126 0.055 0.061 0.041 57 Q 0.008 0.093 0.104 0.278 0.019 0.167 0.223 0.047 0.028 0.024 0.008 58 G 0.088 0.030 0.034 0.057 0.057 0.013 0.009 0.021 0.032 0.502 0.158 59 L 0.092 0.393 0.025 0.002 0.420 0.005 0.008 0.011 0.011 0.011 0.023 60 E 0.183 0.186 0.043 0.001 0.515 0.002 0.004 0.007 0.002 0.004 0.054 61 L 0.159 0.361 0.088 0.034 0.155 0.015 0.015 0.019 0.018 0.066 0.072 62 T 0.017 0.386 0.383 0.061 0.090 0.009 0.005 0.030 0.011 0.002 0.004 63 P 0.002 0.006 0.004 0.002 0.002 0.007 0.036 0.781 0.151 0.006 0.001 64 L 0.004 0.004 0.005 0.002 0.004 0.002 0.015 0.686 0.154 0.111 0.013 65 H 0.010 0.045 0.004 0.001 0.033 0.002 0.004 0.837 0.053 0.006 0.004 66 Q 0.008 0.003 0.001 0.001 0.013 0.001 0.003 0.938 0.029 0.002 0.002 67 A 0.009 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.963 0.012 0.001 0.001 68 R 0.007 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.974 0.005 0.001 0.001 69 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.980 0.010 0.001 0.001 70 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.970 0.018 0.001 0.001 71 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.967 0.021 0.001 0.001 72 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.957 0.026 0.001 0.001 73 F 0.004 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.016 0.935 0.028 0.002 0.001 74 C 0.008 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.933 0.032 0.007 0.002 75 L 0.005 0.024 0.007 0.002 0.021 0.002 0.009 0.829 0.093 0.005 0.003 76 P 0.010 0.010 0.003 0.001 0.010 0.001 0.021 0.852 0.082 0.006 0.003 77 V 0.011 0.006 0.002 0.001 0.015 0.002 0.037 0.766 0.130 0.024 0.004 78 L 0.020 0.064 0.027 0.008 0.064 0.015 0.093 0.469 0.160 0.068 0.014 79 E 0.081 0.029 0.018 0.017 0.054 0.018 0.092 0.344 0.094 0.180 0.073 80 L 0.017 0.413 0.171 0.030 0.092 0.032 0.063 0.088 0.040 0.041 0.013 81 G 0.137 0.059 0.049 0.048 0.094 0.020 0.012 0.089 0.069 0.272 0.151 82 I 0.051 0.095 0.027 0.011 0.128 0.016 0.028 0.310 0.258 0.056 0.022 83 E 0.069 0.064 0.022 0.010 0.140 0.021 0.063 0.364 0.131 0.084 0.031 84 W 0.158 0.066 0.040 0.016 0.135 0.016 0.056 0.237 0.092 0.127 0.058 85 L 0.079 0.092 0.085 0.087 0.122 0.086 0.062 0.174 0.079 0.084 0.047 86 D 0.014 0.160 0.137 0.226 0.030 0.101 0.137 0.102 0.045 0.035 0.012 87 G 0.034 0.019 0.042 0.055 0.021 0.018 0.014 0.031 0.039 0.569 0.158 88 F 0.219 0.213 0.033 0.009 0.334 0.012 0.016 0.028 0.036 0.055 0.045 89 H 0.129 0.172 0.054 0.036 0.269 0.096 0.130 0.033 0.021 0.026 0.034 90 E 0.365 0.056 0.009 0.008 0.477 0.006 0.005 0.004 0.004 0.021 0.044 91 V 0.177 0.076 0.001 0.001 0.735 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 92 L 0.188 0.031 0.003 0.001 0.768 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 93 I 0.379 0.071 0.010 0.003 0.400 0.006 0.003 0.002 0.002 0.007 0.119 94 Y 0.125 0.270 0.136 0.009 0.372 0.006 0.004 0.001 0.002 0.004 0.069 95 P 0.170 0.260 0.069 0.033 0.191 0.045 0.064 0.019 0.036 0.061 0.052 96 A 0.085 0.256 0.295 0.052 0.201 0.015 0.018 0.009 0.019 0.019 0.031 97 P 0.105 0.141 0.028 0.019 0.194 0.025 0.052 0.077 0.250 0.078 0.031 98 F 0.122 0.199 0.058 0.011 0.354 0.015 0.043 0.039 0.048 0.064 0.047 99 I 0.243 0.166 0.039 0.010 0.336 0.011 0.019 0.023 0.017 0.050 0.086 100 V 0.063 0.313 0.227 0.058 0.170 0.038 0.028 0.023 0.016 0.026 0.038 101 D 0.113 0.169 0.091 0.102 0.171 0.053 0.053 0.097 0.063 0.055 0.034 102 D 0.063 0.074 0.041 0.020 0.108 0.025 0.043 0.211 0.232 0.145 0.038 103 E 0.111 0.162 0.051 0.010 0.224 0.013 0.039 0.173 0.071 0.092 0.055 104 W 0.139 0.191 0.051 0.011 0.236 0.012 0.021 0.141 0.048 0.081 0.069 105 E 0.094 0.157 0.052 0.030 0.205 0.035 0.042 0.223 0.066 0.054 0.042 106 D 0.072 0.066 0.082 0.031 0.079 0.034 0.055 0.368 0.107 0.071 0.036 107 D 0.058 0.044 0.032 0.022 0.069 0.035 0.079 0.385 0.131 0.111 0.034 108 I 0.034 0.391 0.138 0.070 0.079 0.040 0.050 0.084 0.049 0.045 0.020 109 G 0.054 0.050 0.064 0.110 0.045 0.038 0.023 0.072 0.055 0.312 0.177 110 L 0.129 0.256 0.048 0.008 0.364 0.008 0.018 0.064 0.033 0.036 0.035 111 V 0.271 0.153 0.025 0.007 0.357 0.011 0.022 0.052 0.021 0.028 0.053 112 H 0.102 0.261 0.137 0.026 0.249 0.032 0.031 0.070 0.025 0.021 0.046 113 N 0.170 0.100 0.042 0.023 0.172 0.025 0.024 0.227 0.077 0.082 0.059 114 Q 0.071 0.084 0.027 0.013 0.116 0.021 0.024 0.371 0.184 0.063 0.027 115 R 0.065 0.086 0.034 0.010 0.119 0.016 0.037 0.456 0.103 0.045 0.029 116 V 0.101 0.071 0.017 0.007 0.214 0.007 0.020 0.413 0.071 0.046 0.033 117 V 0.122 0.060 0.029 0.014 0.143 0.013 0.064 0.428 0.070 0.032 0.025 118 Q 0.095 0.037 0.028 0.032 0.060 0.035 0.115 0.465 0.053 0.047 0.033 119 S 0.022 0.297 0.123 0.094 0.058 0.072 0.064 0.147 0.044 0.059 0.019 120 G 0.039 0.043 0.055 0.129 0.033 0.034 0.012 0.146 0.072 0.308 0.129 121 Q 0.041 0.204 0.058 0.013 0.111 0.015 0.033 0.334 0.113 0.052 0.026 122 S 0.117 0.141 0.036 0.008 0.234 0.010 0.028 0.247 0.084 0.050 0.044 123 W 0.101 0.052 0.042 0.024 0.084 0.032 0.064 0.370 0.129 0.069 0.034 124 Q 0.052 0.048 0.040 0.026 0.064 0.064 0.174 0.340 0.097 0.069 0.025 125 Q 0.051 0.236 0.147 0.165 0.067 0.060 0.059 0.048 0.041 0.090 0.035 126 G 0.017 0.077 0.237 0.428 0.025 0.040 0.020 0.015 0.015 0.078 0.047 127 P 0.176 0.219 0.036 0.008 0.383 0.009 0.017 0.029 0.032 0.038 0.055 128 V 0.141 0.190 0.003 0.001 0.634 0.002 0.006 0.005 0.003 0.003 0.010 129 V 0.326 0.067 0.010 0.001 0.558 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.027 130 L 0.296 0.103 0.033 0.018 0.305 0.029 0.016 0.017 0.013 0.046 0.124 131 N 0.088 0.298 0.152 0.053 0.262 0.028 0.014 0.021 0.015 0.019 0.050