# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 53.4163 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.202 0.102 0.106 0.126 0.145 0.113 0.079 0.056 0.032 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 2 M 0.141 0.085 0.089 0.125 0.154 0.124 0.104 0.078 0.047 0.028 0.016 0.006 0.003 0.002 3 F 0.154 0.085 0.096 0.122 0.146 0.116 0.094 0.075 0.049 0.031 0.018 0.009 0.003 0.002 4 K 0.266 0.148 0.133 0.120 0.107 0.079 0.058 0.036 0.026 0.014 0.009 0.002 0.001 0.001 5 W 0.152 0.099 0.112 0.136 0.155 0.124 0.088 0.060 0.034 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 6 P 0.211 0.136 0.133 0.144 0.131 0.098 0.067 0.037 0.024 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 7 W 0.260 0.146 0.135 0.147 0.120 0.085 0.049 0.028 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 8 K 0.364 0.179 0.153 0.113 0.079 0.051 0.031 0.013 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 9 A 0.378 0.175 0.140 0.122 0.086 0.049 0.028 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 10 D 0.554 0.179 0.113 0.065 0.041 0.022 0.016 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.533 0.179 0.107 0.074 0.049 0.028 0.019 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.615 0.149 0.097 0.053 0.036 0.021 0.020 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 S 0.555 0.167 0.109 0.062 0.046 0.029 0.021 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 14 G 0.437 0.157 0.126 0.099 0.081 0.049 0.030 0.009 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 15 N 0.380 0.176 0.136 0.114 0.090 0.050 0.031 0.010 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.186 0.095 0.102 0.150 0.176 0.132 0.074 0.040 0.026 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 17 E 0.336 0.171 0.185 0.110 0.083 0.052 0.031 0.011 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 18 M 0.437 0.177 0.120 0.110 0.075 0.041 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 19 P 0.304 0.208 0.140 0.130 0.090 0.067 0.036 0.011 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 20 W 0.040 0.044 0.064 0.156 0.213 0.228 0.126 0.072 0.039 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 21 E 0.359 0.224 0.206 0.094 0.056 0.036 0.014 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 Q 0.469 0.230 0.183 0.057 0.026 0.024 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.040 0.057 0.069 0.165 0.190 0.181 0.149 0.092 0.036 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 24 L 0.040 0.049 0.064 0.140 0.216 0.187 0.152 0.091 0.040 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 25 A 0.376 0.219 0.187 0.090 0.047 0.048 0.015 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 I 0.138 0.089 0.098 0.182 0.203 0.131 0.080 0.042 0.020 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 27 P 0.113 0.119 0.149 0.156 0.175 0.131 0.081 0.041 0.021 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 28 V 0.056 0.044 0.058 0.104 0.166 0.169 0.161 0.132 0.060 0.029 0.014 0.004 0.002 0.001 29 L 0.087 0.093 0.068 0.143 0.166 0.152 0.126 0.088 0.046 0.017 0.009 0.003 0.002 0.001 30 A 0.353 0.190 0.186 0.116 0.069 0.047 0.019 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 31 H 0.141 0.140 0.198 0.201 0.152 0.089 0.042 0.018 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 32 L 0.096 0.076 0.066 0.174 0.238 0.153 0.105 0.056 0.025 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 33 S 0.465 0.249 0.158 0.059 0.034 0.022 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 S 0.734 0.143 0.074 0.023 0.013 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 T 0.708 0.143 0.074 0.035 0.021 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.563 0.158 0.119 0.058 0.042 0.035 0.019 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 Q 0.401 0.164 0.143 0.107 0.094 0.049 0.032 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 H 0.685 0.159 0.096 0.028 0.016 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 K 0.314 0.258 0.210 0.100 0.055 0.043 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.020 0.018 0.026 0.100 0.183 0.227 0.203 0.129 0.068 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 41 T 0.077 0.126 0.223 0.242 0.164 0.099 0.037 0.016 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.619 0.215 0.107 0.032 0.012 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.042 0.077 0.098 0.202 0.223 0.186 0.100 0.046 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 44 A 0.013 0.016 0.026 0.071 0.126 0.209 0.241 0.199 0.059 0.020 0.014 0.003 0.002 0.001 45 A 0.175 0.222 0.182 0.196 0.115 0.064 0.027 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 R 0.306 0.189 0.181 0.156 0.095 0.045 0.015 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 F 0.043 0.047 0.064 0.151 0.201 0.204 0.139 0.093 0.036 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 48 L 0.046 0.061 0.081 0.150 0.229 0.186 0.136 0.070 0.028 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 49 Q 0.535 0.205 0.154 0.051 0.025 0.018 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 Q 0.359 0.165 0.188 0.125 0.072 0.055 0.021 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 K 0.089 0.082 0.117 0.180 0.201 0.165 0.103 0.037 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 52 R 0.151 0.135 0.125 0.170 0.174 0.126 0.064 0.032 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 53 L 0.121 0.054 0.040 0.082 0.135 0.135 0.153 0.127 0.068 0.039 0.026 0.011 0.007 0.002 54 V 0.158 0.106 0.132 0.122 0.138 0.120 0.078 0.062 0.042 0.018 0.016 0.005 0.001 0.001 55 A 0.115 0.083 0.100 0.131 0.154 0.123 0.094 0.072 0.054 0.034 0.022 0.010 0.005 0.003 56 L 0.063 0.057 0.057 0.116 0.149 0.150 0.121 0.106 0.087 0.042 0.027 0.014 0.008 0.003 57 Q 0.171 0.135 0.154 0.148 0.124 0.106 0.069 0.042 0.028 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 58 G 0.135 0.125 0.118 0.141 0.154 0.127 0.083 0.049 0.037 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 59 L 0.087 0.056 0.054 0.088 0.134 0.149 0.151 0.118 0.063 0.044 0.034 0.011 0.009 0.002 60 E 0.129 0.117 0.139 0.181 0.158 0.116 0.065 0.048 0.027 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 61 L 0.060 0.043 0.046 0.089 0.139 0.137 0.143 0.133 0.102 0.056 0.025 0.017 0.008 0.002 62 T 0.140 0.158 0.157 0.172 0.140 0.095 0.066 0.035 0.022 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 63 P 0.325 0.194 0.136 0.108 0.077 0.076 0.042 0.015 0.013 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 64 L 0.093 0.114 0.117 0.174 0.183 0.132 0.098 0.044 0.025 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 65 H 0.048 0.066 0.076 0.150 0.189 0.165 0.122 0.093 0.047 0.026 0.009 0.005 0.003 0.001 66 Q 0.031 0.043 0.046 0.114 0.166 0.162 0.164 0.143 0.067 0.042 0.010 0.007 0.003 0.002 67 A 0.014 0.009 0.014 0.025 0.054 0.094 0.160 0.142 0.167 0.126 0.107 0.051 0.027 0.009 68 R 0.022 0.032 0.051 0.077 0.112 0.137 0.166 0.170 0.099 0.065 0.031 0.021 0.010 0.007 69 I 0.024 0.022 0.024 0.041 0.062 0.083 0.143 0.131 0.146 0.131 0.079 0.062 0.035 0.018 70 A 0.007 0.013 0.014 0.039 0.064 0.137 0.149 0.172 0.175 0.105 0.050 0.039 0.024 0.013 71 M 0.006 0.012 0.015 0.035 0.073 0.107 0.228 0.213 0.105 0.077 0.072 0.028 0.017 0.013 72 L 0.018 0.050 0.049 0.094 0.129 0.158 0.149 0.121 0.103 0.058 0.031 0.020 0.012 0.008 73 F 0.009 0.017 0.027 0.049 0.082 0.134 0.177 0.185 0.124 0.085 0.052 0.028 0.023 0.009 74 C 0.009 0.014 0.019 0.045 0.088 0.152 0.189 0.183 0.120 0.077 0.049 0.029 0.017 0.009 75 L 0.032 0.055 0.088 0.124 0.140 0.165 0.123 0.105 0.077 0.049 0.016 0.013 0.008 0.004 76 P 0.062 0.046 0.050 0.102 0.159 0.143 0.163 0.116 0.062 0.044 0.025 0.016 0.008 0.004 77 V 0.027 0.035 0.051 0.090 0.125 0.170 0.153 0.134 0.102 0.053 0.030 0.017 0.009 0.005 78 L 0.045 0.031 0.043 0.060 0.129 0.143 0.188 0.147 0.082 0.061 0.047 0.013 0.008 0.003 79 E 0.130 0.158 0.145 0.169 0.132 0.110 0.071 0.042 0.024 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 80 L 0.105 0.069 0.100 0.141 0.174 0.147 0.098 0.077 0.041 0.024 0.013 0.007 0.003 0.001 81 G 0.222 0.153 0.164 0.151 0.113 0.092 0.052 0.023 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 82 I 0.165 0.101 0.127 0.155 0.160 0.126 0.074 0.047 0.025 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 83 E 0.482 0.197 0.133 0.074 0.050 0.028 0.020 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 84 W 0.114 0.109 0.126 0.171 0.175 0.135 0.075 0.047 0.029 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 85 L 0.062 0.074 0.072 0.143 0.193 0.164 0.125 0.088 0.047 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 86 D 0.228 0.235 0.179 0.146 0.085 0.063 0.032 0.013 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 87 G 0.138 0.194 0.163 0.193 0.132 0.092 0.043 0.024 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 88 F 0.015 0.028 0.034 0.090 0.146 0.182 0.179 0.167 0.071 0.037 0.029 0.011 0.008 0.004 89 H 0.012 0.024 0.040 0.087 0.130 0.166 0.162 0.156 0.106 0.061 0.027 0.016 0.007 0.005 90 E 0.013 0.017 0.025 0.052 0.092 0.109 0.152 0.163 0.141 0.104 0.062 0.039 0.017 0.013 91 V 0.002 0.002 0.004 0.007 0.017 0.034 0.062 0.076 0.150 0.176 0.188 0.162 0.081 0.039 92 L 0.002 0.002 0.004 0.006 0.014 0.028 0.049 0.081 0.148 0.173 0.182 0.151 0.099 0.062 93 I 0.002 0.002 0.002 0.003 0.006 0.014 0.035 0.063 0.120 0.178 0.246 0.166 0.113 0.050 94 Y 0.004 0.006 0.007 0.016 0.027 0.052 0.081 0.120 0.162 0.166 0.130 0.111 0.067 0.051 95 P 0.003 0.005 0.008 0.021 0.036 0.063 0.105 0.142 0.170 0.170 0.131 0.080 0.042 0.025 96 A 0.018 0.037 0.050 0.105 0.136 0.140 0.148 0.144 0.088 0.061 0.042 0.016 0.007 0.007 97 P 0.041 0.077 0.101 0.125 0.162 0.145 0.105 0.081 0.079 0.041 0.026 0.010 0.004 0.003 98 F 0.031 0.037 0.040 0.074 0.140 0.150 0.166 0.161 0.085 0.060 0.032 0.013 0.007 0.003 99 I 0.075 0.098 0.112 0.147 0.167 0.138 0.102 0.074 0.048 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 100 V 0.118 0.100 0.111 0.141 0.154 0.128 0.087 0.074 0.046 0.023 0.009 0.006 0.002 0.001 101 D 0.335 0.187 0.149 0.113 0.080 0.054 0.043 0.017 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 102 D 0.368 0.162 0.144 0.114 0.081 0.064 0.035 0.015 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 103 E 0.478 0.167 0.113 0.090 0.068 0.038 0.028 0.008 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 104 W 0.235 0.154 0.115 0.163 0.148 0.092 0.048 0.026 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 105 E 0.473 0.183 0.114 0.079 0.064 0.036 0.030 0.008 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 106 D 0.432 0.185 0.131 0.094 0.059 0.045 0.030 0.010 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 107 D 0.480 0.163 0.104 0.081 0.064 0.042 0.040 0.008 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 108 I 0.126 0.108 0.113 0.146 0.158 0.160 0.083 0.051 0.026 0.017 0.006 0.004 0.002 0.001 109 G 0.208 0.110 0.114 0.124 0.143 0.108 0.078 0.043 0.034 0.024 0.009 0.004 0.001 0.001 110 L 0.066 0.040 0.055 0.091 0.138 0.139 0.134 0.124 0.083 0.060 0.035 0.023 0.011 0.003 111 V 0.091 0.060 0.080 0.104 0.139 0.123 0.111 0.096 0.075 0.049 0.040 0.020 0.007 0.004 112 H 0.098 0.062 0.081 0.103 0.123 0.110 0.108 0.104 0.078 0.060 0.039 0.022 0.010 0.004 113 N 0.149 0.108 0.105 0.132 0.131 0.103 0.095 0.069 0.045 0.031 0.021 0.007 0.003 0.002 114 Q 0.155 0.105 0.109 0.130 0.126 0.117 0.085 0.069 0.044 0.030 0.016 0.008 0.004 0.002 115 R 0.221 0.145 0.119 0.140 0.114 0.091 0.067 0.046 0.025 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 116 V 0.170 0.125 0.105 0.146 0.139 0.119 0.073 0.054 0.032 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 117 V 0.149 0.096 0.087 0.115 0.148 0.122 0.106 0.073 0.046 0.033 0.015 0.007 0.003 0.002 118 Q 0.223 0.120 0.135 0.121 0.118 0.089 0.070 0.051 0.033 0.022 0.013 0.005 0.002 0.001 119 S 0.181 0.112 0.108 0.132 0.139 0.107 0.079 0.057 0.036 0.027 0.012 0.006 0.002 0.001 120 G 0.170 0.109 0.109 0.129 0.126 0.110 0.082 0.064 0.045 0.030 0.014 0.007 0.003 0.001 121 Q 0.267 0.136 0.141 0.132 0.110 0.078 0.056 0.038 0.020 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 122 S 0.243 0.150 0.127 0.133 0.119 0.086 0.060 0.034 0.024 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 123 W 0.094 0.093 0.089 0.153 0.189 0.147 0.097 0.067 0.035 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 124 Q 0.234 0.166 0.151 0.140 0.107 0.083 0.050 0.026 0.023 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 125 Q 0.163 0.143 0.143 0.156 0.132 0.106 0.066 0.040 0.026 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 126 G 0.071 0.073 0.084 0.135 0.160 0.158 0.118 0.083 0.054 0.031 0.018 0.009 0.004 0.002 127 P 0.052 0.046 0.068 0.108 0.152 0.148 0.135 0.115 0.080 0.050 0.023 0.014 0.006 0.004 128 V 0.038 0.019 0.025 0.038 0.066 0.090 0.135 0.142 0.130 0.116 0.100 0.061 0.029 0.010 129 V 0.033 0.023 0.031 0.048 0.079 0.102 0.125 0.142 0.124 0.100 0.086 0.063 0.029 0.017 130 L 0.023 0.014 0.016 0.024 0.041 0.063 0.095 0.112 0.141 0.145 0.148 0.103 0.054 0.021 131 N 0.076 0.065 0.068 0.096 0.112 0.118 0.119 0.111 0.086 0.062 0.050 0.021 0.009 0.008